genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52083413--52083605	38	5.1	39	88	7	308	24	30	23	21	1.99
52083413--52083605	75	2.6	75	90	5	302	24	30	23	21	1.99
52086428--52086582	28	5.5	28	73	6	141	29	33	21	16	1.95
52086398--52086584	57	3.2	57	92	1	302	28	34	19	17	1.95
52086398--52086554	29	5.4	28	71	10	120	29	35	18	17	1.94
52088808--52088966	39	4.1	39	89	0	237	26	28	22	22	1.99
52095094--52095205	43	2.6	42	83	5	136	28	25	16	29	1.96
52098373--52098643	94	2.8	93	77	9	278	22	30	20	25	1.98
52101052--52101089	19	2.0	19	100	0	76	57	0	42	0	0.98
52121315--52121369	27	2.0	27	100	0	110	45	21	3	29	1.69
52126187--52126313	40	3.2	41	81	9	131	27	22	25	23	2.00
52134167--52134316	40	3.8	38	82	8	151	26	24	26	22	2.00
52134206--52134316	38	2.9	37	86	8	141	24	24	27	23	2.00
52134205--52134332	40	3.3	38	81	9	150	24	24	26	25	2.00
52136471--52136531	25	2.4	26	78	8	72	29	19	22	27	1.98
52153277--52153307	12	2.6	12	94	0	53	38	41	12	6	1.69
52154839--52155013	46	3.8	46	77	13	196	28	29	21	20	1.98
52154846--52155017	93	1.8	93	93	2	301	27	29	21	20	1.98
52154888--52155026	47	3.0	46	73	16	135	29	29	19	21	1.98
52159629--52159653	11	2.3	11	100	0	50	60	8	0	32	1.26
52162297--52162330	18	1.9	18	94	5	61	5	17	23	52	1.66
52165018--52165047	13	2.3	13	100	0	60	46	16	6	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52168263--52168400	40	3.5	40	86	3	181	23	25	23	27	2.00
52176159--52176335	40	4.4	40	98	1	347	25	28	23	22	1.99
52176159--52176335	79	2.2	80	98	1	347	25	28	23	22	1.99
52185933--52185999	20	3.3	20	93	4	109	32	19	10	37	1.86
52185933--52185988	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
52192569--52192637	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
52194400--52194424	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
52197059--52197155	26	3.8	26	91	1	153	26	23	23	25	2.00
52197059--52197155	51	1.9	51	93	4	169	26	23	23	25	2.00
52197222--52197260	11	3.7	11	80	13	55	33	20	10	35	1.86
52197217--52197279	20	3.2	20	91	8	96	36	19	7	36	1.81
52197222--52197278	9	5.8	10	76	15	57	35	19	8	36	1.83
52197307--52197354	25	1.9	25	82	0	60	29	14	20	35	1.93
52202649--52202687	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
52214581--52214609	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
52221210--52221358	60	2.5	61	81	7	162	26	24	20	29	1.99
52221351--52221394	20	2.3	19	84	11	54	27	29	18	25	1.98
52225916--52226087	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
52225908--52226083	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
52228466--52228554	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
52228466--52228548	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
52228477--52228554	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52231501--52231672	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
52231493--52231668	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
52234332--52234494	60	2.7	61	79	11	158	28	23	19	27	1.98
52234487--52234532	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
52235980--52236034	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
52252841--52252870	13	2.3	13	94	0	51	0	16	6	76	0.99
52254233--52254318	27	3.2	26	81	4	109	37	19	17	25	1.94
52257150--52257210	30	2.1	29	90	3	95	24	16	22	36	1.94
52257546--52257592	19	2.5	19	96	0	85	27	17	19	36	1.93
52264210--52264270	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
52270604--52270743	30	4.7	30	75	3	111	28	23	10	37	1.88
52270651--52270863	60	3.6	59	81	4	248	20	25	14	39	1.90
52270736--52270836	30	3.4	30	91	1	159	13	28	16	40	1.87
52273899--52274042	39	3.7	39	89	0	225	27	21	29	22	1.99
52275980--52276075	28	3.5	28	92	2	160	19	10	26	43	1.83
52277691--52277728	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
52283977--52284070	28	3.5	28	92	5	151	19	10	25	44	1.82
52285678--52285715	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
52289242--52289426	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
52289243--52289434	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
52289242--52289459	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
52294817--52294887	28	2.6	28	86	6	92	19	32	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52295139--52295181	8	5.4	8	85	0	59	4	25	20	48	1.69
52302672--52302714	16	2.7	16	88	0	59	13	23	13	48	1.79
52304878--52304954	22	3.5	22	73	7	66	18	27	22	32	1.97
52305102--52305177	27	2.8	27	100	0	152	14	30	23	31	1.94
52305098--52305194	27	3.6	27	92	1	149	15	26	23	34	1.95
52308742--52308918	40	4.5	40	89	3	261	25	26	22	25	2.00
52308758--52308918	79	2.0	80	91	5	265	26	26	22	24	2.00
52310850--52310993	39	3.7	39	90	0	216	22	19	29	27	1.98
52310860--52311031	78	2.2	78	80	5	179	23	21	27	27	1.99
52314293--52314476	40	4.7	40	87	7	243	24	21	27	26	1.99
52314293--52314476	79	2.3	79	83	9	232	24	21	27	26	1.99
52322389--52322533	40	3.7	40	82	8	172	24	22	26	26	2.00
52330022--52330170	39	3.8	39	87	0	208	24	21	26	27	1.99
52330022--52330202	78	2.3	78	83	3	204	24	21	27	26	1.99
52332948--52333030	26	3.2	26	80	0	85	39	22	19	18	1.92
52340947--52341323	48	7.9	48	77	8	313	26	16	29	27	1.97
52340959--52341323	144	2.5	143	84	4	448	27	16	29	26	1.97
52341058--52341333	96	2.9	96	84	6	353	28	16	27	27	1.97
52348755--52349017	96	2.8	96	85	1	323	26	16	30	26	1.97
52348739--52349066	48	6.9	48	75	6	274	25	16	29	28	1.97
52348842--52349021	95	1.9	96	90	1	290	26	16	32	25	1.96
52361640--52361664	13	1.9	13	100	0	50	24	40	24	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52373058--52373085	14	2.0	14	100	0	56	21	35	0	42	1.53
52375083--52375136	20	2.7	20	91	0	90	12	29	38	18	1.88
52379573--52379745	93	1.9	93	91	0	283	27	31	21	19	1.97
52379566--52379741	46	3.8	46	78	10	187	28	30	21	19	1.97
52379617--52379760	46	3.1	45	75	11	139	30	29	19	20	1.97
52382001--52382037	12	2.9	14	88	11	53	35	2	13	48	1.57
52385225--52385409	40	4.7	40	82	7	209	24	21	26	27	1.99
52385225--52385409	79	2.3	80	82	7	216	24	21	26	27	1.99
52385259--52385432	79	2.2	78	80	10	192	27	20	24	27	1.99
52391855--52392047	40	4.8	40	79	11	148	22	26	23	27	1.99
52391855--52392047	80	2.4	80	80	6	194	22	26	23	27	1.99
52392756--52392785	10	3.0	10	95	0	51	50	6	0	43	1.28
52396642--52396826	79	2.3	81	85	5	243	24	22	27	25	2.00
52396643--52396826	40	4.6	39	83	9	212	24	22	27	25	2.00
52396643--52396849	79	2.6	79	80	11	235	25	22	26	25	2.00
52413825--52413851	7	3.9	7	100	0	54	29	0	55	14	1.40
52415759--52415914	27	5.8	27	78	11	151	34	19	24	21	1.96
52415777--52415920	54	2.7	54	89	2	209	34	20	24	20	1.96
52418918--52419101	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
52426999--52427103	40	2.7	40	86	1	131	26	24	28	20	1.99
52426999--52427204	39	5.2	39	74	9	141	23	23	29	23	1.99
52427004--52427150	79	1.9	79	81	5	181	21	24	30	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52432758--52432831	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
52432815--52432890	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
52432758--52432890	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
52440637--52440710	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
52440694--52440769	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
52440637--52440769	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
52448519--52448592	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
52448576--52448651	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
52448519--52448651	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
52450698--52450725	14	2.0	14	100	0	56	28	21	14	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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