genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71045356--71045474	43	2.8	43	76	11	136	32	15	23	28	1.95
71055164--71055246	32	2.6	31	77	9	87	15	19	42	22	1.89
71060230--71060457	40	5.7	40	91	2	343	23	21	28	26	1.99
71063274--71063326	23	2.3	23	84	9	65	33	1	0	64	1.05
71065863--71065966	33	3.2	33	86	5	122	27	21	22	28	1.99
71066404--71066468	27	2.4	27	84	5	87	27	16	15	40	1.89
71069515--71069574	27	2.2	27	91	5	95	30	16	15	38	1.89
71069525--71069602	27	3.0	26	85	7	97	34	11	19	34	1.88
71074587--71074636	26	1.9	26	84	15	68	28	2	6	64	1.28
71076920--71076975	23	2.5	23	85	2	78	33	16	21	28	1.95
71076946--71077033	23	3.8	23	72	12	74	38	15	18	27	1.91
71081122--71081176	2	27.5	2	88	0	83	49	1	3	45	1.30
71081176--71081206	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
71082944--71083127	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
71091055--71091157	37	2.7	40	77	9	104	27	22	30	20	1.98
71094875--71095039	64	2.6	64	80	3	197	26	8	29	35	1.86
71105010--71105047	16	2.4	16	91	4	60	57	0	10	31	1.32
71118595--71118698	55	1.9	54	89	0	145	23	20	30	25	1.98
71124594--71124729	68	2.0	68	100	0	272	33	7	17	41	1.77
71124859--71124998	40	3.5	39	89	5	203	24	25	27	22	2.00
71124863--71125035	79	2.2	79	82	6	199	26	23	26	24	2.00
71134874--71134937	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71135129--71135271	24	6.0	24	90	4	191	25	21	23	29	1.99
71135129--71135270	47	3.0	48	88	5	189	26	21	23	28	1.99
71135128--71135271	71	2.0	72	86	4	202	25	21	22	29	1.99
71135321--71135381	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
71135424--71135471	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
71142826--71143227	27	14.9	27	78	4	220	37	21	7	33	1.82
71142973--71143220	54	4.6	53	80	6	266	40	21	8	29	1.82
71142973--71143247	81	3.4	80	79	8	279	40	21	8	29	1.83
71143353--71143439	27	3.2	27	83	0	84	37	25	18	18	1.93
71143371--71143454	27	3.1	27	85	0	96	36	22	21	19	1.95
71144254--71144415	26	6.3	26	88	2	233	27	20	24	27	1.99
71144548--71144639	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
71144663--71144741	31	2.5	31	89	0	131	30	16	25	27	1.97
71152826--71152864	10	3.8	10	83	16	53	53	23	5	17	1.63
71154847--71154888	14	3.0	14	80	13	59	50	7	0	42	1.30
71158310--71158395	44	2.0	44	92	0	145	19	18	29	32	1.96
71168375--71168418	18	2.4	18	88	0	61	52	4	4	38	1.42
71172072--71172414	184	1.9	182	93	1	587	38	11	19	30	1.87
71174099--71174128	11	2.7	11	89	0	51	66	6	0	26	1.16
71176223--71176302	42	1.9	42	84	0	106	28	22	28	20	1.98
71176683--71176730	21	2.3	21	88	0	69	29	25	33	12	1.92
71177037--71177061	13	1.9	13	100	0	50	28	0	24	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71179333--71179459	49	2.6	50	81	9	154	25	17	29	27	1.97
71182893--71183056	40	4.1	40	85	1	204	23	20	28	28	1.99
71187348--71187423	31	2.4	32	82	4	84	25	15	7	51	1.70
71189787--71189830	23	1.9	23	85	0	61	40	13	9	36	1.76
71191703--71191751	3	17.0	3	79	12	50	67	0	2	30	1.02
71191727--71191777	15	3.2	16	82	15	54	62	7	0	29	1.23
71194707--71194798	43	2.1	43	93	0	157	36	23	11	27	1.90
71196749--71196823	28	2.7	27	85	6	96	33	13	25	28	1.93
71196766--71196827	28	2.2	28	88	0	97	37	9	22	30	1.86
71197229--71197269	21	1.9	22	85	5	57	39	4	24	31	1.76
71204177--71204231	20	2.8	20	81	13	60	3	18	3	74	1.11
71204192--71204240	20	2.3	20	86	6	62	4	12	6	77	1.09
71207004--71207074	27	2.6	27	88	0	106	23	16	18	40	1.90
71216202--71216259	30	1.9	30	82	0	71	43	6	20	29	1.78
71216679--71216807	46	2.8	46	93	0	213	20	21	28	29	1.98
71219107--71219273	40	4.2	40	86	3	214	26	28	21	22	1.99
71227268--71227474	40	5.2	40	88	2	285	28	28	20	22	1.99
71234409--71234510	42	2.4	41	83	6	125	32	13	22	31	1.93
71257368--71257423	27	2.2	24	74	17	58	12	25	26	35	1.91
71257980--71258087	54	2.0	54	96	0	198	40	9	16	33	1.80
71265556--71265599	20	2.2	20	96	4	81	29	13	15	40	1.86
71267551--71267582	16	2.0	16	100	0	64	25	25	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71267808--71267930	48	2.6	47	80	5	133	23	27	18	30	1.98
71270693--71270728	18	2.0	18	88	0	54	25	25	13	36	1.93
71275328--71275426	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
71278223--71278537	49	6.7	47	76	7	196	25	29	18	26	1.98
71278223--71278403	98	1.9	97	84	3	247	25	28	18	27	1.98
71278223--71278636	48	8.7	47	76	10	233	24	27	19	27	1.99
71278273--71278636	48	7.7	48	78	8	266	23	27	20	28	1.99
71285103--71285383	48	5.9	48	88	0	400	27	31	16	24	1.96
71285103--71285384	144	2.0	144	90	1	449	27	31	16	24	1.96
71286337--71286383	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
71286890--71287073	101	1.8	101	95	0	332	26	17	24	30	1.97
71286732--71287065	50	6.6	50	76	4	348	26	17	25	30	1.97
71286731--71287065	151	2.2	151	90	0	526	26	17	25	30	1.97
71289673--71289773	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
71289702--71289773	29	2.5	28	91	6	110	30	13	26	29	1.94
71296122--71296458	24	14.1	24	88	9	494	36	25	17	20	1.94
71299340--71299515	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
71299337--71299508	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
71306914--71307089	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
71306911--71307082	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
71310115--71310285	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
71312474--71312698	40	5.7	40	84	5	287	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71312481--71312705	119	1.9	119	82	8	278	26	20	27	25	1.99
71314101--71314164	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
71321699--71321748	25	2.0	25	88	0	73	34	24	16	26	1.95
71321791--71321846	20	2.8	20	97	0	103	35	12	19	32	1.89
71321904--71321996	47	2.0	47	93	2	161	25	22	21	30	1.99
71321904--71321996	23	4.0	23	94	2	159	25	22	21	30	1.99
71321904--71322018	23	4.9	23	89	5	151	26	22	22	28	1.99
71322211--71322274	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
71326842--71326980	35	4.0	35	76	9	122	30	9	18	41	1.82
71326842--71326979	70	2.0	70	80	5	154	31	9	18	41	1.82
71326915--71326990	35	2.2	35	82	0	89	34	9	18	38	1.83
71333045--71333555	255	2.0	253	92	1	844	35	12	22	30	1.91
71336479--71336520	20	2.1	20	100	0	84	19	28	16	35	1.93
71341444--71341632	99	1.9	99	95	0	342	42	23	7	26	1.81
71348965--71349230	132	2.0	132	100	0	532	41	15	6	37	1.71
71352171--71352225	16	3.4	16	82	5	67	38	5	25	30	1.79
71352459--71352534	38	2.1	37	80	11	86	51	3	1	43	1.28
71352894--71352979	43	2.0	43	93	0	145	31	24	11	32	1.91
71354601--71354633	16	2.1	16	100	0	66	36	18	18	27	1.94
71355653--71355690	19	2.0	19	100	0	76	31	15	21	31	1.94
71359458--71359529	29	2.4	29	77	11	83	30	15	22	31	1.94
71379099--71379139	20	2.0	20	90	0	64	63	7	17	12	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71382150--71382202	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
71383689--71383770	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
71384860--71384898	18	2.2	17	90	4	60	28	2	0	69	1.02
71384866--71384938	26	3.0	25	77	13	62	23	6	0	69	1.12
71392051--71392486	47	9.3	47	90	1	685	33	9	30	26	1.88
71392051--71392484	94	4.6	94	97	0	796	33	9	29	26	1.88
71392313--71392389	25	3.2	25	63	17	63	35	5	28	31	1.79
71397076--71397566	43	11.0	43	81	7	498	29	26	16	27	1.96
71397257--71397376	60	2.0	60	98	0	231	28	27	15	29	1.96
71397219--71397406	103	1.8	103	91	0	313	29	26	14	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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