genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60538099--60538282	67	2.8	64	79	8	203	30	16	28	23	1.97
60542514--60542663	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
60542538--60542721	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
60546012--60546118	27	4.0	27	87	6	146	36	21	25	16	1.94
60547522--60547578	25	2.3	24	93	6	96	19	38	5	36	1.74
60547522--60547585	25	2.6	25	90	5	85	17	42	4	35	1.70
60549440--60549509	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
60549440--60549521	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
60552225--60552324	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
60553166--60553190	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
60560080--60560179	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
60561023--60561047	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
60564264--60564338	29	2.6	29	82	4	89	25	14	33	26	1.94
60571575--60571634	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
60577256--60577334	15	5.4	15	77	10	83	56	13	17	11	1.66
60577257--60577334	29	2.7	30	84	7	90	56	14	17	11	1.67
60589569--60589603	18	1.9	18	94	0	61	14	2	0	82	0.77
60591801--60591870	35	2.0	35	100	0	140	42	2	25	28	1.69
60592696--60592738	22	1.9	23	90	4	70	23	53	2	20	1.57
60592936--60592996	27	2.3	27	85	5	79	26	9	24	39	1.86
60596733--60596875	37	3.9	37	95	0	250	25	31	19	23	1.98
60597025--60597173	50	3.0	49	83	7	212	31	26	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60597041--60597288	47	5.2	48	81	10	237	27	28	10	33	1.90
60597131--60597323	47	4.1	47	86	2	219	26	29	10	33	1.90
60597033--60597323	94	3.1	93	82	6	248	28	28	8	33	1.87
60602100--60602283	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
60602140--60602328	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
60607099--60607224	48	2.6	48	88	0	180	35	7	26	30	1.85
60607110--60607253	48	3.0	47	81	6	164	34	8	27	30	1.86
60607383--60607463	37	2.2	37	93	0	135	20	22	32	24	1.98
60618069--60618106	19	2.0	19	85	10	51	13	21	44	21	1.85
60621556--60621634	42	1.9	41	84	2	104	25	13	24	36	1.92
60623479--60623618	38	3.6	38	89	1	199	30	25	21	22	1.98
60624537--60624606	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
60628058--60628098	20	2.0	21	86	9	59	46	12	12	29	1.77
60628209--60628302	25	3.8	25	94	1	154	24	26	23	25	2.00
60628208--60628315	25	4.4	24	90	4	119	26	25	23	25	2.00
60636685--60636824	38	3.6	38	88	1	190	30	25	22	22	1.99
60642992--60643030	17	2.3	17	82	8	53	46	0	0	53	1.00
60642983--60643019	14	2.6	14	95	4	65	51	0	2	45	1.15
60643717--60643774	25	2.3	25	85	5	73	37	0	3	58	1.15
60643718--60643774	24	2.3	25	84	6	71	38	0	3	57	1.16
60645232--60645466	50	4.7	49	78	7	231	27	16	25	31	1.97
60645226--60645467	101	2.4	98	83	5	281	27	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60645553--60645604	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
60652719--60652955	50	4.8	49	75	7	199	26	18	25	30	1.98
60653043--60653094	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
60655117--60655652	47	11.3	47	90	1	820	28	29	8	32	1.88
60655214--60655292	25	3.3	25	66	16	76	31	30	5	32	1.79
60655554--60655648	49	2.1	41	74	25	118	30	30	8	30	1.87
60661303--60661392	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
60661303--60661409	54	2.0	54	81	7	128	38	20	10	30	1.86
60661398--60661607	27	7.8	27	89	3	255	28	23	8	40	1.84
60661533--60661810	27	10.2	27	76	10	120	37	19	8	34	1.82
60661344--60661619	81	3.4	80	74	7	216	30	23	8	37	1.85
60661587--60661726	54	2.6	54	81	8	176	39	21	7	31	1.82
60661587--60661754	54	3.1	54	75	10	148	39	21	8	30	1.83
60661602--60661756	81	1.9	81	85	7	217	40	20	9	30	1.83
60661869--60661933	27	2.4	27	79	5	69	35	16	24	23	1.95
60663156--60663212	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
60663154--60663224	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
60663165--60663219	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
60663271--60663437	23	7.1	23	91	2	244	29	21	19	29	1.97
60663270--60663459	24	8.0	23	87	4	238	29	21	20	28	1.98
60663269--60663437	47	3.6	47	87	3	250	29	21	18	29	1.97
60663652--60663715	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60670084--60670232	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
60670125--60670232	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
60673965--60674020	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
60673960--60674020	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
60674069--60674198	23	5.4	24	92	4	210	28	20	22	29	1.98
60675701--60675739	12	3.2	12	92	0	60	12	28	51	7	1.67
60681952--60682007	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
60681941--60682007	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
60682056--60682199	23	6.0	24	87	5	195	28	20	21	29	1.98
60682394--60682457	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
60683438--60683467	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60684551--60684702	51	3.0	50	79	6	182	28	23	19	28	1.98
60685489--60685547	30	2.0	30	86	0	82	30	23	8	37	1.85
60688613--60688798	80	2.3	80	86	3	241	27	22	26	24	2.00
60688653--60688804	40	3.8	40	82	3	171	26	22	26	23	2.00
60688651--60688834	80	2.3	80	82	3	210	26	22	27	24	2.00
60688650--60688834	40	4.7	38	77	9	156	25	22	27	24	2.00
60696747--60696932	80	2.3	80	86	3	241	27	22	26	24	2.00
60696787--60696938	40	3.8	40	82	3	171	26	22	26	23	2.00
60696785--60696968	80	2.3	80	82	3	210	26	22	27	24	2.00
60696784--60696968	40	4.7	38	77	9	156	25	22	27	24	2.00
60713268--60713407	40	3.5	40	90	5	187	22	27	29	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60716192--60716383	29	6.6	28	73	10	136	24	23	12	39	1.89
60716196--60716383	58	3.2	56	80	8	173	23	22	12	40	1.89
60716278--60716396	59	2.0	58	86	1	166	24	22	12	40	1.89
60721720--60721850	40	3.3	40	84	0	154	34	19	26	19	1.96
60733921--60733990	25	2.8	24	76	16	63	30	24	22	22	1.99
60734185--60734295	31	3.6	31	85	9	154	30	18	26	24	1.98
60740310--60740837	27	19.6	27	87	3	688	28	22	8	40	1.83
60742074--60742121	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
60742188--60742224	11	3.5	11	78	14	51	35	8	18	37	1.81
60742164--60742224	20	3.0	20	90	0	95	34	9	21	34	1.86
60742274--60742392	24	5.0	24	88	5	161	28	22	21	26	1.99
60742584--60742677	31	3.1	31	96	1	172	39	15	21	23	1.92
60745506--60746032	27	19.6	27	87	3	715	27	22	9	40	1.85
60747267--60747314	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
60747362--60747417	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
60747357--60747417	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
60747467--60747609	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
60747467--60747609	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
60747467--60747610	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
60747799--60747892	31	3.1	31	98	1	181	39	15	22	22	1.92
60750718--60751163	27	16.6	27	86	3	596	27	22	9	40	1.84
60752400--60752447	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60752490--60752550	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
60752599--60752741	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
60752599--60752741	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
60752599--60752742	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
60752933--60753027	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
60757907--60757957	25	2.0	25	88	7	77	31	21	17	29	1.96
60758001--60758034	10	3.3	10	84	8	50	35	17	14	32	1.91
60757995--60758047	21	2.6	19	82	11	61	37	18	11	32	1.87
60759986--60760052	34	2.0	33	83	13	84	26	19	22	31	1.98
60761780--60761909	40	3.2	40	81	2	163	23	24	28	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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