genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58908768--58909297	48	11.0	48	94	0	907	31	27	6	35	1.82
58915649--58915753	27	4.0	27	86	2	124	40	18	8	33	1.81
58915758--58915820	27	2.3	27	81	5	65	38	19	19	23	1.93
58934133--58934195	18	3.5	18	91	0	108	25	7	30	36	1.84
58936785--58937183	49	8.1	49	96	0	717	33	8	27	30	1.87
58936785--58937203	197	2.1	198	94	0	723	33	8	27	30	1.87
58937252--58937332	38	2.1	39	86	11	123	20	17	33	28	1.95
58944437--58944583	38	3.9	37	87	7	190	24	20	31	23	1.98
58944443--58944613	38	4.5	40	83	5	144	23	22	31	22	1.98
58947570--58947752	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
58954687--58954869	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
58956297--58956422	40	3.2	40	88	0	189	23	23	27	24	2.00
58959761--58959967	40	5.2	39	82	4	202	24	26	23	25	2.00
58959761--58959966	80	2.6	80	82	4	238	24	26	23	25	2.00
58966075--58966144	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
58971173--58971220	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
58971263--58971323	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
58971373--58971515	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
58971373--58971515	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
58971373--58971516	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
58971707--58971770	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
58979120--58979189	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58981786--58981825	10	4.3	10	78	15	50	2	17	0	80	0.83
58999318--58999350	11	3.1	11	91	8	59	18	0	9	72	1.10
58999318--58999350	10	3.2	10	95	4	57	18	0	9	72	1.10
59001110--59001209	47	2.2	46	83	8	123	31	11	14	44	1.79
59002541--59002574	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
59003228--59003304	29	2.7	28	82	4	100	27	32	16	23	1.96
59003228--59003316	29	3.1	29	81	1	99	29	31	15	23	1.95
59003350--59003414	33	2.0	33	93	0	112	21	24	20	33	1.97
59006126--59006295	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
59014222--59014391	40	4.2	40	84	3	225	25	24	28	21	1.99
59026392--59026457	25	2.6	25	87	0	96	24	19	28	27	1.99
59026503--59026551	11	4.7	11	75	12	50	32	16	12	38	1.86
59028504--59028532	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
59036604--59036737	56	2.4	56	86	1	180	34	23	13	29	1.93
59037414--59037459	10	4.6	10	91	0	74	19	21	15	43	1.87
59039087--59039133	20	2.3	20	88	0	67	68	2	8	21	1.27
59040058--59040121	6	10.5	6	72	3	56	71	0	20	7	1.10
59040112--59040157	17	2.6	17	80	12	58	60	0	30	8	1.26
59043884--59043918	17	2.1	17	94	0	61	34	5	2	57	1.37
59047807--59047880	37	2.0	37	100	0	148	40	10	18	29	1.85
59051553--59051633	29	2.8	29	86	1	110	24	17	32	25	1.97
59056540--59056706	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59056556--59056706	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
59064548--59064714	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
59064564--59064714	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
59066537--59066707	93	1.8	93	91	0	279	28	26	21	23	1.99
59066529--59066704	46	3.8	46	79	10	205	29	26	20	23	1.99
59071744--59071923	39	4.9	39	79	16	213	25	21	30	22	1.99
59071822--59071877	27	2.1	27	100	0	112	30	25	28	16	1.96
59071784--59071914	66	2.0	67	92	1	219	26	22	29	21	1.99
59078887--59079078	39	4.9	39	92	0	294	24	20	31	23	1.98
59078888--59079109	117	1.9	119	89	1	349	24	22	30	22	1.99
59085919--59085987	28	2.5	28	90	4	106	30	28	14	26	1.95
59091797--59091973	40	4.5	40	89	4	229	24	20	29	24	1.99
59099854--59100031	39	4.5	40	90	3	238	24	20	29	24	1.99
59105193--59105261	28	2.5	28	90	4	106	30	28	14	26	1.95
59109426--59109508	29	2.9	29	78	1	78	24	16	31	27	1.97
59110619--59110654	18	2.1	18	89	5	56	44	11	16	27	1.82
59110783--59110839	30	1.9	30	96	0	105	35	26	15	22	1.94
59111775--59111866	32	2.9	32	83	0	121	30	26	16	27	1.97
59118798--59118828	16	1.9	16	100	0	62	45	19	25	9	1.81
59119052--59119150	28	3.5	28	83	2	119	25	14	34	26	1.94
59120398--59120434	18	2.1	19	85	10	51	43	13	16	27	1.85
59121482--59121511	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59122805--59122863	29	2.0	29	100	0	118	23	23	13	38	1.91
59126987--59127122	56	2.4	56	85	4	184	33	23	15	27	1.95
59131115--59131146	16	2.1	16	94	5	57	43	0	18	37	1.51
59133138--59133309	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
59133131--59133306	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
59140709--59140880	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
59140702--59140877	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
59149094--59149122	13	2.2	13	100	0	58	48	0	6	44	1.29
59154177--59154313	24	5.7	24	98	0	256	19	17	27	35	1.94
59154179--59154335	72	2.2	72	90	2	244	22	17	25	34	1.96
59162056--59162238	24	7.7	24	96	1	325	20	17	26	34	1.95
59168284--59168308	9	2.8	9	100	0	50	20	24	20	36	1.95
59169099--59169159	30	2.0	31	83	3	79	24	26	16	32	1.96
59176640--59176665	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
59177964--59178027	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
59178221--59178385	24	7.0	24	87	6	230	26	22	23	28	1.99
59178242--59178384	47	3.1	46	89	6	216	26	21	23	28	1.99
59178221--59178385	71	2.3	69	90	4	249	26	22	23	28	1.99
59178445--59178521	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
59178445--59178523	20	4.0	20	96	0	149	34	20	10	35	1.86
59178454--59178512	11	5.7	11	73	15	63	32	20	11	35	1.89
59179849--59180410	27	20.8	27	85	2	673	40	8	22	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59180416--59180505	27	3.3	27	85	3	119	32	10	17	40	1.83
59180399--59180505	54	2.0	54	81	7	128	30	10	20	38	1.86
59180416--59180520	27	3.9	27	79	9	90	34	9	17	39	1.82
59181653--59181691	17	2.3	17	95	0	69	58	12	7	20	1.58
59185749--59185780	14	2.4	13	90	10	55	62	9	6	21	1.47
59192378--59192544	40	4.2	40	84	6	198	26	28	21	23	1.99
59192378--59192544	80	2.1	79	86	5	230	26	28	21	23	1.99
59196955--59197103	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
59196996--59197103	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
59203686--59203856	40	4.2	40	84	7	186	26	28	21	22	1.99
59203711--59203856	40	3.7	40	85	4	188	25	27	21	25	2.00
59219089--59219151	28	2.2	29	86	8	85	31	23	22	22	1.98
59219540--59219571	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
59222045--59222181	56	2.4	56	91	0	211	32	23	16	27	1.95
59223328--59223356	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
59227293--59227500	79	2.6	80	78	6	190	24	30	23	22	1.99
59227393--59227500	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
59230537--59230563	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59230810--59230926	39	3.0	39	88	1	173	25	27	21	25	1.99
59237254--59237317	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
59237510--59237863	24	15.0	24	92	3	542	27	21	22	27	1.99
59237510--59237863	47	7.5	48	91	4	551	27	21	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59237510--59237862	71	5.0	71	93	3	570	27	21	22	27	1.99
59237912--59237958	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
59239203--59239280	27	2.9	27	81	7	95	21	19	21	37	1.95
59239325--59239523	27	7.3	27	77	12	138	32	7	20	39	1.81
59239476--59239750	81	3.3	81	79	10	262	40	8	23	28	1.83
59239475--59239750	27	9.8	27	77	9	221	39	8	23	28	1.83
59239475--59239750	54	4.9	55	76	11	245	39	8	23	28	1.83
59239564--59239645	38	2.2	38	84	0	101	39	7	30	23	1.82
59239547--59239673	65	2.0	65	85	0	173	39	7	26	26	1.82
59239519--59239702	92	2.0	92	88	0	269	40	8	24	26	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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