genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57563028--57563152	23	5.3	23	69	18	78	26	21	18	33	1.96
57562971--57563131	73	2.2	74	87	6	247	24	20	19	36	1.95
57563099--57563157	22	2.6	23	76	12	68	25	22	20	32	1.98
57569356--57569431	25	3.1	25	88	1	109	28	21	21	28	1.98
57569480--57569527	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
57576088--57576139	25	2.1	25	92	3	88	25	19	21	34	1.96
57576068--57576140	25	3.0	23	84	9	83	24	21	23	30	1.99
57576187--57576234	20	2.3	21	92	3	80	35	18	10	35	1.85
57580797--57580830	11	3.1	11	95	0	59	35	35	0	29	1.58
57583541--57583797	55	4.8	53	78	8	256	36	17	24	21	1.95
57583551--57583748	108	1.8	109	89	4	310	35	17	24	22	1.95
57583704--57583797	49	1.9	49	91	0	152	37	18	23	21	1.94
57583987--57584017	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
57593086--57593142	8	7.4	8	72	21	50	61	0	3	35	1.13
57593085--57593150	25	2.6	25	81	13	73	62	0	3	34	1.11
57593662--57593695	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
57593884--57593917	16	2.2	15	89	5	50	55	0	2	41	1.15
57596221--57596439	46	4.7	46	83	5	237	28	21	27	21	1.99
57598791--57598902	27	4.1	27	84	7	129	37	23	24	15	1.93
57598791--57598902	54	2.1	54	84	3	145	37	23	24	15	1.93
57601733--57601914	40	4.6	40	93	2	305	25	26	23	24	2.00
57609726--57609867	40	3.6	40	91	2	216	26	26	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57615326--57615400	28	2.6	28	78	2	87	21	36	20	22	1.96
57615384--57615457	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
57623199--57623273	29	2.6	29	78	4	80	21	36	21	21	1.96
57623257--57623330	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
57628809--57628921	27	4.2	26	85	7	145	38	23	23	15	1.92
57628809--57628921	54	2.1	54	88	3	165	38	23	23	15	1.92
57634252--57634419	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
57644059--57644094	17	2.1	17	100	0	72	33	13	16	36	1.89
57646753--57646778	13	2.0	13	100	0	52	7	15	30	46	1.74
57652833--57652902	27	2.6	27	90	2	113	28	11	27	32	1.91
57652857--57652914	27	2.1	27	81	6	64	31	13	22	32	1.93
57659830--57659899	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
57659830--57659911	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
57663693--57663762	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
57663693--57663774	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
57667567--57667636	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
57667567--57667648	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
57669734--57669779	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
57669741--57669785	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
57671371--57671418	25	1.9	25	95	0	87	33	25	16	25	1.96
57671462--57671519	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
57671466--57671519	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57671570--57671665	47	2.1	47	92	2	158	29	19	19	31	1.97
57671569--57671672	23	4.4	24	92	3	158	29	19	21	29	1.97
57671879--57671942	31	2.1	31	93	0	110	40	15	20	23	1.90
57674902--57675047	48	3.0	48	82	4	188	27	23	19	29	1.98
57680265--57680330	24	2.6	25	80	4	80	27	24	15	33	1.95
57681351--57681485	27	5.0	27	76	7	139	42	20	13	24	1.87
57681346--57681561	54	4.0	53	74	10	179	41	20	12	25	1.87
57681549--57681694	27	5.4	27	83	1	114	19	18	21	39	1.92
57681604--57681715	27	4.2	26	89	4	161	18	16	23	41	1.89
57681604--57681715	53	2.1	54	89	1	172	18	16	23	41	1.89
57684455--57684485	12	2.6	12	89	0	53	22	41	25	9	1.84
57685918--57685997	27	2.9	27	88	5	115	32	21	25	21	1.98
57686112--57686175	28	2.3	27	97	2	119	31	6	28	34	1.82
57693502--57693616	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
57693527--57693616	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
57693722--57693781	28	2.2	27	96	3	111	31	6	28	33	1.83
57694028--57694059	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
57695912--57696038	63	2.0	63	93	0	218	25	18	26	29	1.98
57698350--57698452	29	3.6	29	89	2	145	26	14	32	27	1.95
57703999--57704337	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
57704306--57704507	40	5.1	40	87	0	233	24	21	26	27	2.00
57706966--57707091	46	2.7	46	90	0	198	30	27	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57714017--57714188	46	3.7	46	75	10	179	28	26	22	22	1.99
57714022--57714192	93	1.8	93	89	0	270	28	27	22	21	1.99
57714019--57714208	46	4.1	45	69	18	131	28	27	22	22	1.99
57715147--57715411	40	6.7	40	88	1	354	24	22	25	27	2.00
57723515--57723695	39	4.6	39	84	3	222	23	30	22	24	1.99
57729432--57729607	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
57729428--57729599	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
57732554--57732633	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
57732545--57732632	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
57735007--57735173	46	3.6	46	80	10	214	20	21	29	28	1.98
57735003--57735173	93	1.8	93	96	0	315	20	21	30	27	1.98
57739352--57739527	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
57739348--57739519	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
57742470--57742538	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
57742461--57742548	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
57744920--57745095	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
57744916--57745087	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
57748884--57749027	39	3.7	40	84	0	175	23	29	22	23	1.99
57751079--57751328	40	6.3	40	85	1	267	23	21	27	28	1.99
57767251--57767317	33	2.0	33	100	0	134	49	5	17	26	1.70
57769549--57769719	24	7.1	24	95	0	297	36	25	17	20	1.94
57777487--57777657	24	7.1	24	95	0	297	36	25	17	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57786896--57786982	37	2.3	36	94	5	147	26	33	19	20	1.97
57787051--57787362	49	6.4	49	93	0	507	30	29	8	32	1.86
57791328--57791606	27	10.3	27	84	4	350	25	15	20	39	1.91
57791316--57791627	27	11.6	27	77	6	168	26	14	19	39	1.90
57791316--57791638	54	6.0	54	81	7	199	26	14	19	39	1.90
57803020--57803364	27	12.8	27	85	3	426	26	13	20	38	1.91
57803020--57803364	81	4.3	81	88	2	478	26	13	20	38	1.91
57806002--57806138	27	5.2	26	81	5	148	35	23	10	29	1.89
57806000--57806139	54	2.6	54	86	3	176	35	23	10	30	1.89
57806118--57806180	27	2.3	27	88	0	90	38	15	20	25	1.92
57806324--57806408	27	3.1	27	72	5	73	18	20	21	40	1.92
57806587--57806681	33	2.9	33	88	0	136	30	20	25	24	1.98
57807255--57807303	17	2.8	17	90	3	71	26	22	12	38	1.89
57807248--57807303	18	3.2	17	87	5	76	25	23	14	37	1.92
57808392--57808527	71	1.9	72	80	4	159	25	15	24	34	1.95
57809735--57809766	10	3.3	10	95	4	57	43	9	0	46	1.35
57811936--57812016	10	8.8	9	76	20	62	64	3	2	29	1.24
57811984--57812017	16	2.1	16	89	10	52	73	0	2	23	0.97
57813833--57814054	68	3.4	66	77	12	208	23	30	15	30	1.96
57815786--57815834	20	2.6	19	81	12	66	48	4	2	44	1.33
57815801--57815852	25	2.0	26	82	10	63	50	5	1	42	1.37
57819029--57819207	50	3.6	50	86	1	225	39	18	11	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57821033--57821141	54	2.0	53	89	1	164	17	24	21	36	1.94
57821033--57821141	27	4.1	26	87	5	146	17	24	21	36	1.94
57822349--57822520	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57822342--57822517	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57831077--57831286	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
57838298--57838507	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
57839532--57839707	46	3.8	46	77	15	200	30	29	19	20	1.97
57842306--57842362	28	2.0	28	100	0	114	49	14	7	29	1.69
57845866--57846063	50	4.0	50	82	4	213	27	28	19	25	1.98
57845878--57846063	101	1.9	99	85	6	259	27	28	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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