genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  255  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77368558--77368725	54	3.1	54	83	1	203	23	20	19	36	1.95
77368557--77368725	27	6.3	27	82	1	178	23	20	20	36	1.95
77377876--77377913	17	2.2	17	90	9	60	21	18	34	26	1.96
77378115--77378147	14	2.4	14	94	0	57	36	9	12	42	1.74
77378364--77378422	6	10.2	6	80	10	61	67	3	1	27	1.16
77378386--77378424	19	2.1	19	95	0	69	66	0	5	28	1.12
77378373--77378453	24	3.3	24	77	13	76	70	2	4	22	1.19
77384675--77384720	20	2.3	20	88	0	65	23	17	30	28	1.97
77384684--77384724	20	2.0	20	100	0	82	21	19	24	34	1.97
77399731--77399906	46	3.8	46	73	12	162	22	21	27	28	1.99
77399728--77399899	93	1.8	93	89	0	272	22	22	27	27	1.99
77405151--77405214	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
77405423--77405503	23	3.4	24	80	11	78	28	19	22	29	1.98
77405551--77405597	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
77409365--77409410	11	4.5	11	78	13	53	34	13	19	32	1.90
77409359--77409410	9	5.2	10	77	13	54	34	11	19	34	1.88
77418479--77418663	40	4.7	40	79	10	184	24	22	27	25	2.00
77418479--77418661	79	2.3	81	84	9	234	24	22	27	25	2.00
77418480--77418696	79	2.7	78	76	12	210	25	21	27	25	2.00
77421870--77421915	11	4.5	11	78	13	53	34	13	19	32	1.90
77421864--77421915	9	5.2	10	77	13	54	34	11	19	34	1.88
77425928--77425964	18	2.1	18	100	0	74	35	10	32	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77430352--77430484	31	3.9	36	83	12	135	31	24	14	29	1.94
77430381--77430496	31	3.8	31	94	1	207	30	25	15	29	1.96
77430352--77430496	62	2.3	62	88	8	202	30	25	15	28	1.96
77433012--77433180	48	3.5	48	95	0	302	37	5	26	29	1.80
77433030--77433206	48	3.5	52	89	9	230	37	6	27	27	1.82
77434803--77434879	25	3.2	25	63	17	63	31	11	29	27	1.92
77434790--77435079	47	6.1	47	87	4	311	33	10	27	28	1.89
77434795--77435128	48	7.0	48	89	4	301	33	9	27	29	1.88
77435173--77435280	37	2.9	37	94	0	180	24	19	31	25	1.98
77436757--77436819	31	2.0	31	96	0	117	33	0	28	38	1.58
77436788--77436998	48	4.4	48	98	0	386	36	5	27	30	1.80
77438067--77438158	42	2.2	42	96	0	166	33	20	15	30	1.93
77438306--77438375	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
77439185--77439249	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
77439303--77439400	27	3.6	27	81	13	110	33	9	17	39	1.81
77439391--77439515	27	4.7	27	86	3	164	29	8	21	40	1.82
77439338--77439548	54	3.9	54	75	8	153	30	9	18	40	1.84
77439366--77439557	80	2.4	80	76	14	182	29	10	20	39	1.86
77439419--77439548	27	4.8	26	80	10	120	30	12	19	38	1.88
77439547--77439717	27	6.3	27	86	0	216	39	7	23	29	1.82
77439547--77439717	81	2.1	81	90	0	261	39	7	23	29	1.82
77451514--77451615	24	4.2	24	84	0	132	19	39	3	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77452287--77452346	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
77453232--77453305	34	2.2	34	95	0	130	28	12	27	32	1.92
77457083--77457161	33	2.4	32	87	2	113	43	12	18	25	1.86
77457103--77457185	32	2.5	32	82	3	85	38	13	20	27	1.90
77457178--77457384	31	6.5	31	83	5	247	28	15	28	27	1.97
77457448--77457499	27	1.9	27	92	0	86	38	13	25	23	1.91
77457452--77457512	27	2.3	27	85	0	77	40	14	22	21	1.90
77461008--77461141	56	2.4	56	87	2	189	29	13	23	32	1.93
77461478--77461531	27	2.0	27	100	0	108	25	3	18	51	1.62
77465736--77465854	43	2.8	43	88	2	159	28	28	17	25	1.98
77472964--77473000	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
77475207--77475345	49	2.8	49	79	4	145	27	19	23	30	1.98
77481464--77481651	40	4.7	40	84	2	173	26	27	20	26	1.99
77481444--77481651	80	2.6	78	79	6	202	28	26	19	25	1.99
77489504--77489685	40	4.6	40	87	2	152	25	26	20	26	1.99
77489484--77489691	80	2.6	78	81	6	220	26	26	21	25	1.99
77489548--77489701	40	3.8	40	89	2	202	26	25	21	25	1.99
77490436--77490469	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
77494958--77495013	29	1.9	29	88	0	85	28	23	3	44	1.70
77502450--77502489	21	2.0	21	90	5	64	17	20	40	22	1.92
77502936--77503033	26	3.9	25	84	6	135	26	24	22	26	2.00
77508990--77509092	40	2.6	40	95	0	179	23	17	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77510694--77510825	29	4.6	29	79	1	122	23	17	34	25	1.96
77518644--77518775	29	4.6	29	81	1	131	23	16	34	25	1.96
77520184--77520292	40	2.8	40	91	1	175	24	22	25	27	2.00
77525490--77525904	49	8.5	49	95	0	704	32	9	29	28	1.89
77525953--77526080	37	3.4	37	95	1	220	23	18	32	25	1.97
77528656--77528711	24	2.4	23	75	18	55	28	3	39	28	1.73
77529608--77529647	21	2.0	21	90	5	64	17	20	40	22	1.92
77529917--77529964	25	1.9	25	82	0	60	35	20	14	29	1.93
77530016--77530066	20	2.5	20	87	0	66	37	11	21	29	1.89
77530117--77530214	26	3.8	26	86	1	144	25	23	22	28	1.99
77530833--77530867	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
77531244--77531278	17	2.1	17	100	0	70	48	5	17	28	1.69
77532822--77532944	56	2.2	56	92	0	201	27	12	24	35	1.91
77534684--77534968	40	7.2	40	91	1	439	23	20	27	28	1.99
77538772--77538951	49	3.7	49	74	13	149	28	19	27	23	1.98
77538821--77538996	49	3.6	48	75	13	148	27	18	29	24	1.98
77543292--77543492	40	5.1	40	83	5	232	23	23	26	26	2.00
77545720--77545768	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
77546588--77546738	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
77546624--77546754	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
77555703--77555953	49	5.1	49	96	0	448	29	27	9	33	1.88
77558988--77559205	40	5.5	40	85	4	266	23	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77562195--77562241	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
77562291--77562457	24	7.0	23	85	6	210	29	21	21	27	1.99
77562291--77562457	47	3.5	47	86	4	212	29	21	21	27	1.99
77562291--77562456	71	2.3	71	89	3	244	28	21	21	27	1.99
77562649--77562712	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
77567565--77567747	40	4.7	39	83	9	221	26	26	21	24	2.00
77567565--77567743	77	2.3	80	83	7	224	26	26	21	25	1.99
77570374--77571004	319	2.0	319	91	1	1016	31	25	16	25	1.97
77575963--77576146	40	4.7	39	85	8	239	26	27	22	24	2.00
77575963--77576146	78	2.3	81	86	6	252	26	27	22	24	2.00
77581962--77582009	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
77582057--77582112	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
77582046--77582112	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
77582162--77582328	24	7.0	23	87	6	228	29	22	21	26	1.99
77582162--77582328	47	3.5	47	88	4	230	29	22	21	26	1.99
77582162--77582327	71	2.3	71	91	3	262	29	22	21	26	1.99
77582524--77582585	31	2.0	31	87	0	88	30	14	25	29	1.95
77590442--77590658	40	5.5	40	88	5	275	25	27	23	23	2.00
77594236--77594261	12	2.2	12	100	0	52	26	15	0	57	1.38
77598553--77598770	40	5.5	40	91	2	309	24	27	23	23	2.00
77602508--77602745	29	8.3	29	77	3	225	27	14	32	25	1.95
77602515--77602745	86	2.7	86	92	0	381	26	15	33	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77602515--77602740	57	4.0	56	74	9	206	26	15	33	24	1.95
77610138--77610180	16	2.7	16	92	0	77	60	16	11	11	1.59
77610396--77610621	28	8.0	29	76	4	201	26	15	32	25	1.95
77610399--77610627	86	2.7	86	92	2	365	25	15	33	25	1.95
77614232--77614355	47	2.7	46	81	9	144	29	16	29	23	1.97
77614226--77614446	46	4.8	44	76	12	176	26	18	30	24	1.97
77614416--77614540	48	2.6	49	83	11	150	28	18	28	24	1.98
77616151--77616252	29	3.5	29	95	0	186	29	14	29	26	1.95
77616151--77616312	29	5.6	29	84	2	107	26	16	32	25	1.96
77616147--77616273	58	2.2	59	85	4	179	29	14	30	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335