genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84732507--84732753	101	2.5	99	82	5	309	30	25	18	25	1.98
84735211--84735247	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
84737708--84737785	39	2.0	39	97	0	147	41	16	7	34	1.77
84749869--84749903	12	2.9	12	91	0	61	25	28	0	45	1.54
84753460--84753494	7	5.0	7	92	0	52	28	0	51	20	1.47
84753952--84754015	30	2.1	31	97	2	121	37	3	0	59	1.13
84778719--84778821	52	2.0	52	96	0	188	31	7	20	40	1.81
84783048--84783092	17	2.6	17	100	0	90	13	42	28	15	1.85
84789326--84789397	18	4.0	17	75	22	67	36	18	5	40	1.74
84795653--84795733	21	3.7	22	77	9	85	38	22	20	18	1.94
84807989--84808014	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
84809001--84809287	29	9.9	29	83	3	290	40	12	26	21	1.88
84810694--84810759	29	2.2	30	82	12	75	37	0	3	59	1.13
84810737--84810761	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
84810803--84810842	2	20.0	2	100	0	80	50	50	0	0	1.00
84811392--84811501	26	4.2	26	92	0	166	35	5	22	36	1.78
84815414--84815480	33	2.0	33	97	0	125	40	5	23	29	1.79
84816506--84816565	31	1.9	31	100	0	120	38	13	16	31	1.87
84819235--84819316	43	1.9	42	82	7	103	56	12	12	19	1.67
84821096--84821132	20	1.9	19	89	10	58	40	0	27	32	1.57
84829592--84829627	13	2.8	13	86	0	54	11	0	52	36	1.37
84829739--84829809	36	2.0	36	91	0	115	22	11	26	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84840686--84840730	18	2.6	17	86	10	65	24	6	2	66	1.27
84841515--84841580	28	2.3	28	79	7	71	10	13	10	65	1.48
84846303--84846356	22	2.4	22	87	3	72	61	5	9	24	1.48
84847383--84847903	132	4.0	132	82	4	586	35	18	18	27	1.95
84853953--84854086	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
84853953--84854086	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
84859786--84859920	26	5.2	26	94	1	227	36	25	5	33	1.78
84859786--84859920	51	2.6	52	96	1	245	36	25	5	33	1.78
84861061--84861167	55	1.9	55	92	3	180	29	14	14	41	1.86
84861447--84861477	16	1.9	16	93	0	53	70	3	0	25	1.02
84861874--84861898	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
84863327--84863358	3	10.7	3	93	0	55	34	0	0	65	0.93
84863556--84863608	26	2.0	27	81	3	63	45	5	1	47	1.37
84871567--84871607	18	2.3	18	87	4	57	46	0	0	53	1.00
84872483--84872533	23	2.2	23	96	0	93	33	13	7	45	1.73
84873166--84873328	42	3.7	42	83	9	175	28	25	15	30	1.96
84873247--84873418	47	3.6	47	82	8	188	29	25	15	30	1.95
84873440--84873588	31	4.8	31	90	3	230	28	28	16	26	1.97
84873564--84873692	50	2.5	51	87	2	197	26	20	17	35	1.94
84880275--84880405	48	2.9	44	80	8	138	32	8	6	53	1.56
84886977--84887015	20	2.0	20	94	0	69	23	10	5	61	1.48
84888396--84888456	30	2.1	30	90	3	97	36	22	14	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84890683--84891063	126	3.0	126	90	0	584	28	17	17	36	1.93
84891613--84891700	19	4.7	20	83	12	116	44	21	0	34	1.53
84891621--84891692	20	4.0	17	84	8	65	44	20	0	34	1.52
84891613--84891700	39	2.4	38	86	7	119	44	21	0	34	1.53
84892233--84892264	12	2.7	12	100	0	64	46	6	0	46	1.27
84892559--84892585	14	1.9	14	100	0	54	37	0	14	48	1.45
84892749--84892820	32	2.2	33	82	2	83	44	5	5	44	1.50
84893240--84893267	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
84897417--84897492	30	2.5	28	81	12	80	60	3	0	35	1.15
84897404--84897540	9	14.6	9	68	17	64	63	2	0	32	1.14
84897448--84897540	19	4.8	19	72	9	73	63	2	1	33	1.13
84897449--84897540	48	1.9	48	83	14	120	63	2	1	33	1.14
84897755--84897865	10	11.6	9	68	13	62	27	5	1	64	1.25
84897771--84897850	41	2.0	41	80	14	94	30	6	2	61	1.34
84897756--84897844	31	3.0	29	75	16	83	28	6	1	64	1.26
84897755--84897836	21	4.0	20	69	20	53	26	7	1	64	1.27
84897827--84897861	17	1.9	17	88	11	52	31	0	2	65	1.07
84897827--84897882	18	3.1	17	84	7	58	33	0	1	64	1.04
84899979--84900017	16	2.4	16	80	20	53	51	10	0	38	1.36
84900142--84900190	24	2.0	24	84	4	62	63	0	12	24	1.29
84901004--84901048	3	15.3	3	95	4	83	35	0	0	64	0.94
84904753--84904829	3	25.7	3	100	0	154	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84904856--84904923	24	2.8	23	77	16	66	27	14	4	52	1.61
84906830--84906875	22	2.1	22	84	8	58	23	19	0	56	1.42
84919876--84919984	33	3.3	33	89	0	155	17	37	28	16	1.91
84922582--84922635	28	1.9	28	84	0	72	29	14	24	31	1.95
84940689--84940938	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
84948857--84949099	40	6.2	40	84	8	322	22	29	22	25	1.99
84950853--84950923	34	2.1	34	84	5	90	23	25	25	25	2.00
84961077--84961142	32	2.1	32	85	0	87	30	13	15	40	1.85
84962096--84962130	18	1.9	18	100	0	70	45	17	20	17	1.85
84962496--84962584	27	3.3	27	88	0	124	34	15	15	33	1.90
84968362--84968434	3	24.3	3	100	0	146	65	0	34	0	0.93
84971228--84971358	27	4.9	27	77	1	120	29	19	22	29	1.98
84971224--84971326	54	1.9	54	87	0	152	31	18	23	27	1.97
84971226--84971366	54	2.6	54	77	9	146	32	17	21	28	1.96
84971586--84971649	30	2.1	30	100	0	128	32	15	23	28	1.95
84972436--84972483	18	2.7	18	90	6	71	35	8	0	56	1.30
84972435--84972468	3	11.3	3	93	0	50	32	5	0	61	1.20
84974035--84974072	16	2.2	18	86	9	53	34	5	2	57	1.35
84974112--84974509	199	2.0	195	81	9	457	43	3	5	47	1.43
84974687--84974735	7	7.5	6	86	9	53	48	0	12	38	1.41
84975184--84975277	49	1.9	49	81	10	113	9	11	23	55	1.65
84982789--84983271	87	5.4	88	78	11	357	36	19	16	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84983099--84983128	13	2.3	13	94	0	51	63	6	10	20	1.47
84983206--84983347	76	1.9	74	89	2	221	32	21	16	29	1.95
84983387--84983851	91	5.6	81	75	15	237	33	18	19	28	1.96
84983239--84984267	244	4.1	240	73	16	647	32	19	18	29	1.96
84983390--84983612	76	2.9	77	84	8	256	35	18	18	27	1.94
84983526--84983703	91	2.0	91	89	0	275	35	17	20	26	1.95
84983617--84983781	77	2.1	78	88	1	242	32	18	20	27	1.96
84983693--84983872	92	2.0	91	88	1	270	34	17	21	27	1.95
84983456--84984268	169	4.8	169	93	2	1187	31	19	19	28	1.97
84983785--84983950	77	2.1	78	88	1	244	32	18	21	27	1.97
84983852--84984023	92	1.9	92	82	2	220	31	19	22	27	1.97
84983954--84984101	77	1.9	78	87	2	217	26	21	18	33	1.97
84984212--84984326	61	1.9	61	96	0	212	24	26	15	33	1.95
84984151--84984402	137	1.9	135	85	3	353	29	24	15	30	1.96
84992130--84992177	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84992221--84992279	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
84992330--84992448	24	5.0	23	86	8	152	28	21	23	26	1.99
84992330--84992447	47	2.5	47	90	6	177	27	22	23	26	1.99
84992330--84992447	23	5.0	24	86	7	161	27	22	23	26	1.99
84992639--84992732	38	2.4	38	94	1	161	37	17	23	22	1.94
85000531--85000589	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
85000640--85000758	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85000640--85000758	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
85000950--85001043	38	2.4	38	94	1	161	37	17	23	22	1.94
85003033--85003100	30	2.5	25	75	20	73	25	2	2	69	1.17
85003033--85003359	150	2.2	148	91	5	534	26	5	7	59	1.47
85003220--85003473	118	2.2	116	90	4	395	26	5	8	59	1.49
85003338--85003898	143	3.9	144	90	3	871	27	5	8	58	1.50
85003069--85003617	263	2.1	266	90	4	857	26	5	8	59	1.49
85003584--85003618	13	2.7	13	81	0	52	22	0	5	71	1.07
85003895--85003920	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
85004363--85004413	18	2.8	18	85	5	59	0	29	0	70	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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