genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32242693--32242798	3	35.0	3	75	11	74	28	4	2	64	1.28
32242909--32242946	16	2.3	17	90	4	60	28	10	0	60	1.30
32250002--32250104	24	4.5	24	76	14	128	36	10	28	24	1.89
32254396--32254595	72	2.8	71	82	4	231	26	14	21	38	1.91
32254615--32254945	88	3.8	87	86	5	434	25	17	21	34	1.96
32254842--32254876	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
32254789--32255350	164	3.4	166	92	2	895	28	19	20	31	1.97
32254856--32255017	73	2.2	73	87	5	234	27	19	20	31	1.97
32255022--32255181	74	2.1	74	87	6	225	28	19	21	30	1.97
32254608--32255507	329	2.7	319	82	9	1018	27	18	20	33	1.96
32255207--32255711	72	6.5	73	76	11	409	29	17	19	34	1.94
32255207--32255921	88	9.0	75	72	16	419	28	17	19	35	1.94
32255564--32255599	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
32255206--32255711	155	3.2	149	77	11	437	29	17	18	33	1.94
32255334--32255916	253	2.3	249	85	6	783	27	17	18	36	1.93
32255693--32255754	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
32259731--32259859	66	2.0	66	92	0	213	30	18	12	38	1.88
32259913--32260003	43	2.1	44	87	2	130	34	25	19	20	1.97
32259977--32260122	44	3.3	43	71	10	134	36	21	21	20	1.95
32259971--32260209	88	2.7	88	86	2	295	36	21	20	20	1.95
32260407--32260566	87	1.8	87	91	0	266	35	24	20	19	1.96
32260313--32260685	130	2.9	129	81	6	375	35	23	20	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32260368--32260782	43	9.6	43	70	9	220	35	23	20	20	1.96
32260537--32260818	87	3.3	86	89	2	395	33	23	23	19	1.97
32261847--32261885	20	1.9	21	89	5	62	7	10	2	79	1.02
32262671--32262733	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
32262840--32262870	16	1.9	16	93	0	53	19	3	3	74	1.10
32265243--32265284	20	2.0	21	90	4	68	45	4	0	50	1.23
32268297--32268333	18	2.1	19	85	10	51	10	32	43	13	1.79
32268413--32268492	31	2.6	31	87	0	106	27	30	31	11	1.91
32270807--32270840	17	1.9	18	88	5	52	35	0	0	64	0.94
32270945--32270975	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
32271717--32271779	31	2.1	29	82	5	72	49	7	1	41	1.42
32273325--32273512	91	2.1	90	83	6	236	31	15	22	29	1.95
32274453--32274536	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
32276010--32276062	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
32276255--32276302	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
32280305--32280387	26	3.2	25	94	3	139	33	4	25	36	1.77
32281871--32281923	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
32282171--32282456	136	2.1	137	98	0	547	24	18	25	31	1.97
32286152--32286235	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
32287705--32287757	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
32288008--32288262	129	2.0	128	90	9	412	24	16	26	31	1.97
32290236--32290287	25	2.0	26	85	3	70	38	23	13	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32290299--32290340	22	1.9	22	85	9	59	19	14	19	47	1.82
32290480--32290527	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
32290538--32290818	134	2.1	138	95	2	516	23	18	25	32	1.97
32294530--32294613	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
32296086--32296138	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
32296331--32296378	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
32296385--32296668	136	2.1	135	97	0	541	24	18	25	31	1.98
32300366--32300449	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
32301917--32301969	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
32302159--32302206	21	2.3	21	85	7	62	12	2	52	33	1.51
32302213--32302496	136	2.1	135	96	0	523	23	18	25	32	1.97
32304157--32304203	22	2.1	22	92	0	76	27	10	17	44	1.81
32304450--32304582	46	2.9	44	80	9	135	24	21	18	35	1.96
32304684--32304723	21	1.9	21	84	0	53	27	22	22	27	1.99
32310253--32310296	20	2.3	19	84	11	54	15	0	13	70	1.17
32317854--32317913	11	5.9	10	76	16	61	40	1	0	58	1.08
32324274--32324303	12	2.5	12	94	0	51	73	0	3	23	0.98
32325710--32325919	114	1.8	113	80	5	253	32	20	23	23	1.97
32325710--32325949	114	2.1	113	79	3	250	31	19	24	25	1.98
32326629--32326717	28	3.1	27	79	12	81	16	2	35	44	1.61
32326667--32326770	14	7.3	14	78	8	84	17	1	39	41	1.60
32326679--32326769	29	3.2	29	77	13	98	16	2	41	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32326702--32326768	22	3.0	22	70	12	57	16	1	41	40	1.57
32326632--32326770	7	19.6	7	71	11	61	17	2	37	42	1.62
32326962--32327014	21	2.6	21	90	3	81	24	0	33	41	1.55
32326981--32327048	28	2.4	28	85	11	86	26	0	32	41	1.56
32328865--32328918	22	2.5	22	87	6	74	11	38	20	29	1.87
32330235--32330886	105	6.2	105	95	1	1090	34	5	4	55	1.44
32336551--32336613	21	3.0	21	81	4	74	28	17	50	3	1.61
32342102--32342346	49	4.9	49	84	3	292	28	27	17	25	1.98
32342573--32342626	27	2.0	27	88	0	81	38	12	7	40	1.72
32344806--32344850	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
32344915--32344953	20	2.0	19	85	5	51	38	15	2	43	1.60
32354989--32355033	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
32357807--32357937	6	21.3	6	69	18	83	47	16	16	19	1.83
32357827--32357897	25	2.8	25	82	0	97	47	16	18	16	1.82
32357855--32357934	31	2.6	31	93	0	133	47	18	16	17	1.83
32357827--32357937	25	4.5	25	76	11	88	47	17	17	18	1.83
32358364--32358961	27	22.3	27	82	6	648	25	18	19	37	1.94
32358368--32358954	81	7.3	81	85	3	747	25	18	19	37	1.94
32358364--32358961	54	11.2	54	86	4	755	25	18	19	37	1.94
32362056--32362085	15	1.9	16	93	6	53	60	0	20	20	1.37
32370003--32370045	17	2.5	17	80	3	50	44	0	9	46	1.35
32372914--32372947	9	3.8	9	96	0	59	55	2	0	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32374173--32374358	50	3.7	50	82	2	201	24	17	26	30	1.97
32374277--32374452	51	3.5	51	82	3	176	26	18	28	26	1.98
32375567--32375610	24	1.9	22	86	9	61	52	2	18	27	1.57
32377572--32377684	33	3.5	33	87	4	158	36	13	24	25	1.92
32377677--32377824	31	4.8	31	89	0	188	28	18	25	27	1.98
32377914--32377978	27	2.4	27	92	0	103	36	15	27	20	1.92
32377967--32378091	56	2.2	56	94	2	216	31	13	28	26	1.94
32383160--32383219	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
32394066--32394122	28	2.0	28	100	0	114	31	7	36	24	1.82
32412267--32412334	33	2.1	33	100	0	136	38	5	23	32	1.79
32415726--32415765	14	2.8	14	84	3	53	52	40	2	5	1.37
32416808--32416893	3	28.3	3	92	2	118	33	5	0	60	1.21
32416943--32417026	44	1.9	44	81	13	102	21	8	3	66	1.34
32422051--32422087	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
32428031--32428300	45	5.8	45	73	10	206	29	17	24	28	1.98
32428031--32428201	44	3.9	44	79	4	157	27	18	25	28	1.98
32428039--32428242	89	2.3	89	79	6	218	28	17	26	27	1.98
32428113--32428719	143	4.3	143	85	2	742	30	19	22	27	1.98
32428118--32428719	44	12.7	49	69	20	210	30	19	21	27	1.98
32428603--32428855	95	2.7	95	70	7	226	31	16	23	28	1.96
32429051--32429084	14	2.4	14	90	5	50	52	41	2	2	1.31
32430142--32430214	3	24.7	3	84	2	94	32	4	0	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32431841--32431865	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
32434820--32434873	27	2.0	27	85	0	72	33	20	31	14	1.93
32434939--32434990	18	2.9	18	68	8	52	42	17	26	13	1.86
32438910--32438956	2	23.0	2	95	4	85	48	2	0	48	1.13
32441746--32441788	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
32444172--32444206	12	2.9	12	86	0	52	37	28	28	5	1.80
32445513--32445585	20	3.7	20	78	14	71	54	9	1	34	1.41
32445554--32445591	20	1.9	19	89	5	58	52	7	0	39	1.31
32447634--32447729	40	2.4	40	82	0	120	23	36	21	17	1.95
32449972--32450013	2	21.0	2	100	0	84	50	50	0	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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