Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  49  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17613223--17613268
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2
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1.00
17613230--17613289
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4.0
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1
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4.0
46
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1
258
40
14
23
21
1.91
17626556--17627014
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32
8
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29
1.87
17626556--17627014
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2.3
192
90
6
688
32
8
28
29
1.87
17626556--17627014
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5
696
32
8
28
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1.87
17631428--17631787
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16
16
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0
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1.77
17657350--17657455
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182
33
4
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0
17
0
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0
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4
0
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1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
0
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0
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1.20
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0
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17677819--17677874
12
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41
0
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17679176--17679214
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20
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28
1.99
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50
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3
30
1.17
17685165--17685245
18
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18
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13
76
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1
3
29
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3.4
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1
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29
1.16
17685578--17685618
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2.0
20
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1.10
17685574--17685625
23
2.3
22
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68
63
28
0
7
1.22
17685580--17685648
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3.2
21
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0
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0
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45
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10
39
1.59
17686254--17686306
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10.0
5
76
11
52
39
0
3
56
1.17
17686252--17686307
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4.5
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81
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69
41
0
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55
1.17
17687612--17687650
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2.1
19
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62
41
0
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17687889--17688023
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3.4
39
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6
112
23
20
28
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
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15
23
22
1.93
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46
4.7
46
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0
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39
14
23
21
1.91
17701472--17701737
138
2.0
130
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39
15
23
22
1.91
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2.1
30
100
0
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41
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0
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0
0
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13
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0
55
6
6
31
56
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17756325--17756358
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0
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100
0
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0
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65
1.20
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4
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1.29
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1
1
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0
10
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0
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5
0
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1.12
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9
2.8
9
100
0
50
8
8
0
84
0.79
17777371--17777444
37
2.0
37
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100
21
6
4
67
1.31
17777432--17777499
23
3.0
22
77
12
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45
0
1
52
1.09
17777447--17777527
22
3.6
23
77
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41
1
1
55
1.15
17777786--17777832
18
2.8
18
75
15
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59
0
0
40
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11
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11
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51
0
0
48
1.00
17778075--17778141
35
1.9
35
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14
7
5
71
1.28
17778200--17778243
21
2.1
21
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2
0
61
1.09
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12
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0
0
42
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0
0
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0
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0
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30
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0
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28
1.99
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12
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0
0
58
0.98
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23
2.2
24
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6
72
43
0
0
56
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17785517--17785586
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2.2
32
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1
0
54
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18
2.1
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47
0
0
52
1.00
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2.7
29
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1
2
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1.23
17785523--17785643
10
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18
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1.21
17785558--17785644
19
4.6
18
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1
2
51
1.21
17785503--17785650
10
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0
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0
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0
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78
0
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15
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14
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0
6
14
0.92
17786580--17786636
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15
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1.40
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2
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2
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0
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1.00
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28
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0
0
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2
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95
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0
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0
0.90
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2.2
51
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0
179
27
21
10
40
1.86
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17838303--17838339
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1.9
20
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0
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7.0
46
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1
381
39
15
24
20
1.91
17840439--17840762
137
2.4
138
83
1
382
39
16
24
20
1.92
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21
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0
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20
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2.1
19
90
9
62
0
23
0
76
0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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