genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  266  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80464265--80464372	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
80470390--80470483	40	2.3	40	85	7	120	24	27	23	24	2.00
80478309--80478456	40	3.7	41	84	8	162	22	27	22	27	1.99
80480190--80480505	96	3.3	96	90	0	443	26	25	16	31	1.96
80480196--80480506	144	2.1	144	82	4	367	27	25	16	31	1.96
80480235--80480506	48	5.7	48	84	1	348	26	25	16	30	1.97
80484174--80484284	42	2.6	41	88	8	161	30	13	24	31	1.93
80484606--80484632	14	1.9	14	100	0	54	14	7	14	62	1.51
80485955--80485994	20	2.0	20	85	9	55	32	5	22	40	1.76
80487382--80487474	6	15.5	6	78	0	51	67	9	9	12	1.41
80487389--80487414	9	2.9	9	100	0	52	69	0	19	11	1.18
80491663--80491704	21	2.0	21	100	0	84	23	9	14	52	1.71
80494149--80494235	44	2.0	44	93	0	147	19	12	11	56	1.66
80496433--80496599	42	4.0	41	82	4	181	30	26	14	28	1.95
80499446--80499474	14	2.1	14	100	0	58	24	13	41	20	1.89
80499460--80499563	39	2.7	39	80	0	118	23	19	28	28	1.98
80501766--80501834	35	2.0	35	100	0	138	28	26	8	36	1.86
80506046--80506156	57	1.9	57	100	0	222	30	22	9	36	1.87
80513751--80513847	37	2.6	37	85	4	108	22	29	19	27	1.98
80513784--80513884	37	2.7	37	92	0	157	24	24	17	32	1.97
80514138--80514176	20	1.9	21	89	5	62	53	12	2	30	1.52
80516853--80516921	27	2.6	27	85	0	93	42	15	18	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80523125--80523210	27	3.2	26	85	4	100	20	23	19	36	1.95
80535001--80535151	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
80535037--80535167	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
80558302--80558341	19	2.2	18	81	4	53	77	5	0	17	0.94
80558302--80558341	6	6.5	6	88	5	53	77	5	0	17	0.94
80558361--80558419	9	6.6	9	90	0	73	27	8	20	44	1.80
80572528--80572751	40	5.6	40	84	3	290	25	24	27	23	2.00
80572528--80572787	79	3.3	80	82	5	296	25	23	26	23	2.00
80572528--80572787	40	6.6	39	80	7	260	25	23	26	23	2.00
80574270--80574299	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
80579285--80579347	30	2.1	30	88	5	92	36	9	25	28	1.87
80579776--80579995	47	4.7	46	74	9	167	27	17	29	25	1.98
80579738--80579995	94	2.8	94	79	5	274	27	18	28	25	1.98
80585918--80586126	53	3.9	53	74	9	199	36	15	23	23	1.94
80586684--80586757	37	2.0	37	97	0	139	37	6	12	43	1.69
80587758--80587804	20	2.3	20	89	7	69	29	23	23	23	1.99
80597719--80597839	60	2.0	60	93	0	206	23	12	14	50	1.76
80597928--80597961	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
80598302--80598344	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
80599546--80599587	7	6.3	7	83	5	52	59	11	11	16	1.61
80602698--80602855	79	2.0	79	85	4	212	27	25	23	24	2.00
80602691--80602859	40	4.2	40	89	3	218	26	25	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80618189--80618220	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
80620107--80620137	16	2.0	15	93	6	53	61	12	6	19	1.53
80620245--80620274	13	2.3	13	94	0	51	60	13	6	20	1.55
80627002--80627034	16	2.1	16	94	0	57	27	9	30	33	1.88
80627135--80627164	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
80629419--80629563	37	3.9	37	94	0	245	26	32	18	22	1.97
80629726--80630145	47	9.0	47	89	0	608	26	29	11	32	1.92
80629726--80630145	94	4.5	94	92	0	698	26	29	11	32	1.92
80629718--80630145	187	2.3	188	92	1	698	26	29	11	32	1.91
80650588--80650718	69	1.9	68	82	4	165	25	15	27	31	1.96
80654118--80654284	43	3.9	43	82	6	205	29	13	24	32	1.93
80654121--80654284	86	1.9	85	88	3	249	29	13	24	32	1.93
80656356--80656526	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
80656347--80656522	46	3.8	46	75	15	182	28	27	21	22	1.99
80660791--80660819	11	2.7	11	94	5	51	51	0	10	37	1.36
80663851--80663922	31	2.3	31	92	0	117	27	27	5	38	1.79
80664333--80664368	18	1.9	19	88	5	56	36	2	2	58	1.27
80673487--80673517	15	2.1	14	94	5	53	51	0	0	48	1.00
80681060--80681130	28	2.5	28	90	4	108	28	12	26	32	1.93
80681887--80681911	11	2.3	11	100	0	50	64	8	0	28	1.22
80682590--80682626	15	2.4	15	90	4	56	18	5	0	75	0.99
80682823--80682864	20	2.0	20	82	13	50	54	21	2	21	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80685689--80685732	21	2.1	21	83	8	54	63	0	9	27	1.24
80699191--80699291	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
80705281--80705519	119	2.0	117	93	6	360	39	17	12	30	1.86
80709596--80709815	40	5.6	40	80	5	232	24	22	26	26	2.00
80711219--80711431	46	4.6	46	91	1	320	21	23	13	41	1.88
80711334--80711409	25	3.2	25	64	27	65	22	23	13	40	1.89
80711313--80711384	21	3.2	21	66	27	58	25	26	11	37	1.89
80713318--80713360	3	14.7	3	80	4	52	0	25	2	72	0.97
80713319--80713360	9	4.8	9	94	2	68	0	23	2	73	0.94
80716162--80716208	22	2.1	22	84	0	58	44	14	21	19	1.86
80717465--80717692	46	5.0	46	93	1	359	21	22	14	41	1.89
80720433--80720510	29	2.6	30	80	8	88	25	5	16	52	1.64
80720601--80720640	19	2.0	21	90	9	66	60	0	0	40	0.97
80729749--80729788	19	2.1	19	100	0	80	30	10	5	55	1.54
80732982--80733049	21	3.2	21	68	0	55	45	19	19	16	1.85
80732949--80733044	42	2.3	42	88	0	138	42	16	23	16	1.88
80735707--80735744	18	2.1	19	95	5	69	21	42	26	10	1.85
80737507--80737696	40	4.8	40	90	2	276	23	21	28	27	1.99
80745112--80745235	40	3.1	40	91	1	196	21	22	29	26	1.99
80747555--80747770	40	5.5	40	92	2	341	22	22	28	25	1.99
80755559--80755774	40	5.5	40	90	3	296	23	23	28	25	1.99
80755559--80755774	79	2.7	79	88	4	303	23	23	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80764530--80764693	40	4.1	40	85	5	208	23	21	26	27	1.99
80764530--80764693	80	2.1	79	88	5	242	23	21	26	27	1.99
80766784--80766903	27	4.5	26	77	9	116	25	25	16	33	1.96
80769359--80769522	40	4.1	40	82	4	179	25	28	21	25	1.99
80769359--80769522	80	2.0	80	83	2	204	25	28	21	25	1.99
80777430--80777592	40	4.1	40	81	5	170	25	27	22	25	2.00
80777430--80777592	80	2.1	79	82	3	193	25	27	22	25	2.00
80781150--80781316	46	3.6	45	74	15	162	21	19	29	29	1.97
80781137--80781309	93	1.9	93	93	2	303	21	20	29	27	1.98
80782913--80782948	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
80791491--80791540	23	2.2	22	86	6	73	24	18	32	26	1.97
80791497--80791543	23	2.0	23	95	0	85	23	17	29	29	1.97
80794033--80794182	53	2.9	50	79	12	169	44	18	23	14	1.86
80795397--80795483	43	2.0	45	84	4	115	33	11	26	28	1.91
80795287--80795611	176	1.8	177	89	0	517	29	18	24	27	1.98
80795834--80795871	20	1.9	20	88	0	58	31	5	13	50	1.63
80795957--80797226	653	2.0	649	94	0	2085	27	23	16	32	1.96
80810010--80810206	49	3.9	50	83	3	236	26	18	25	28	1.98
80814373--80814398	11	2.4	11	100	0	52	53	11	19	15	1.71
80815372--80815641	46	5.8	46	82	6	321	21	20	27	30	1.98
80815370--80815634	93	2.9	92	84	5	331	21	20	27	30	1.98
80824965--80825008	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80825149--80825195	24	2.0	24	95	0	85	51	19	4	25	1.65
80827826--80828050	124	1.8	124	84	1	308	30	9	24	36	1.87
80828045--80828174	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
80836138--80836267	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
80838391--80838437	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
80840958--80841009	13	3.7	14	79	7	61	38	1	0	59	1.08
80840976--80841008	15	2.1	16	88	11	50	39	3	0	57	1.14
80841691--80841767	7	10.7	7	77	12	50	42	40	0	16	1.49
80841691--80841745	14	3.9	14	81	11	58	40	45	0	14	1.45
80842008--80842144	41	3.3	40	73	7	123	29	29	21	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335