Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  82  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27209275--27209456
96
1.9
97
87
1
267
32
24
14
28
1.95
27210183--27210247
15
4.5
14
81
14
71
76
1
1
20
0.94
27210188--27210255
11
6.2
11
75
14
61
77
1
1
19
0.92
27210195--27210255
5
11.4
5
78
13
59
78
1
1
18
0.91
27210182--27210255
25
2.9
25
84
11
80
77
1
2
18
0.97
27213970--27214004
16
2.2
16
89
0
52
77
0
8
14
0.99
27213982--27214015
10
3.4
10
92
8
52
70
0
8
20
1.13
27217732--27217808
34
2.3
34
95
0
136
40
12
11
35
1.80
27229544--27229568
12
2.1
12
100
0
50
28
0
24
48
1.52
27242291--27242466
50
3.5
50
89
0
262
34
15
23
26
1.94
27242442--27242590
31
4.8
31
87
3
228
26
16
28
28
1.97
27242659--27242878
48
4.7
48
81
5
213
30
14
25
29
1.95
27242640--27242826
48
3.9
48
82
2
198
28
14
26
30
1.95
27242801--27242896
42
2.3
42
83
3
122
33
14
25
27
1.94
27245628--27245658
2
16.0
2
93
6
55
48
0
0
51
1.00
27245727--27245767
19
2.2
20
91
8
68
70
0
29
0
0.87
27246411--27246438
6
4.7
6
100
0
56
14
14
17
53
1.73
27246423--27246541
53
2.2
53
89
0
184
17
15
22
43
1.87
27246417--27246550
53
2.4
59
77
14
172
17
15
21
44
1.86
27246655--27246932
36
7.5
36
71
12
179
35
12
15
37
1.85
27246655--27246932
18
15.1
18
74
10
159
35
12
15
37
1.85
27251122--27251548
208
2.1
208
93
0
732
24
14
19
42
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27254076--27254272
102
1.9
102
83
2
252
34
14
21
29
1.93
27263076--27263180
53
2.0
53
94
0
183
26
9
16
47
1.77
27265367--27265392
11
2.4
11
100
0
52
46
0
0
53
1.00
27265385--27265459
19
3.7
20
75
18
73
57
2
1
38
1.21
27265378--27265459
43
1.9
43
97
0
155
56
2
1
40
1.20
27266311--27266414
24
4.3
24
92
0
163
43
12
34
9
1.75
27267384--27267463
39
2.1
39
95
0
142
42
3
6
47
1.46
27282221--27282260
20
2.0
20
85
4
55
20
7
7
65
1.43
27286102--27286185
42
2.0
42
95
0
150
42
7
26
23
1.80
27291452--27291481
14
2.1
14
93
0
51
16
0
36
46
1.47
27292342--27292413
25
2.9
25
75
8
74
29
25
23
22
1.99
27292367--27292439
25
2.9
25
80
11
87
38
23
17
20
1.93
27294120--27294193
36
2.1
35
94
2
130
29
2
9
58
1.44
27298405--27298457
3
18.0
3
88
11
83
32
1
0
66
1.03
27298588--27298632
16
2.9
15
87
6
56
77
0
13
8
0.98
27300629--27300706
20
3.9
20
93
0
120
20
37
26
15
1.92
27303148--27303187
13
3.2
13
80
19
50
25
25
0
50
1.50
27303135--27303175
18
2.2
19
87
12
59
29
24
0
46
1.53
27304716--27304754
19
2.1
19
95
0
69
33
5
10
51
1.58
27304719--27304762
19
2.4
19
78
17
56
34
6
9
50
1.61
27308661--27308761
20
4.8
21
91
4
143
33
26
25
13
1.94
27308650--27308761
41
2.7
41
81
6
145
36
25
24
13
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27309144--27309201
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
27309147--27309205
30
2.0
28
93
6
100
55
11
0
32
1.36
27310749--27310775
8
3.4
8
100
0
54
62
0
0
37
0.95
27315352--27315433
21
3.8
21
91
3
119
34
28
24
13
1.93
27315342--27315445
21
4.8
23
84
7
94
36
25
23
15
1.93
27315816--27315873
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
27315819--27315877
30
2.0
28
93
6
100
55
11
0
32
1.36
27316029--27316107
2
39.0
2
87
2
77
46
41
0
11
1.40
27317340--27317385
22
2.0
23
91
4
76
0
32
2
65
1.05
27317433--27317474
5
8.2
5
97
2
75
57
0
0
42
0.99
27320548--27320704
38
4.1
38
86
3
208
33
24
20
22
1.97
27323733--27323764
15
2.1
15
94
0
55
25
0
12
62
1.30
27327530--27327582
21
2.5
21
90
0
79
33
33
5
26
1.80
27327723--27327804
39
2.1
40
97
2
157
34
2
10
52
1.50
27332621--27332760
69
2.0
70
97
1
264
35
8
20
36
1.83
27348866--27348900
16
2.2
16
100
0
70
48
11
0
40
1.39
27348870--27348906
16
2.2
16
90
4
56
48
13
0
37
1.43
27350048--27350079
15
2.1
15
100
0
64
40
25
12
21
1.88
27354717--27354757
21
1.9
22
85
14
59
21
17
9
51
1.74
27356030--27356070
14
2.9
14
85
3
55
51
0
0
48
1.00
27356024--27356083
14
4.3
14
77
12
52
48
1
1
48
1.21
27362685--27362718
18
1.9
18
88
5
52
2
29
5
61
1.34
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27371354--27371433
41
2.0
41
100
0
160
22
25
25
27
2.00
27374671--27374711
18
2.4
17
79
4
55
29
34
9
26
1.88
27382898--27382944
23
2.0
23
100
0
94
40
12
12
34
1.82
27383126--27383163
2
19.5
2
94
5
69
50
0
0
50
1.00
27384636--27384688
25
2.1
25
82
6
63
30
0
11
58
1.33
27388902--27388934
2
16.5
2
100
0
66
0
51
0
48
1.00
27392347--27392376
2
15.0
2
92
0
51
50
0
3
46
1.18
27392981--27393126
54
2.7
54
93
2
249
45
10
14
30
1.78
27393226--27393301
38
2.0
38
100
0
152
44
7
13
34
1.72
27395387--27395464
38
2.1
38
100
0
156
42
7
10
39
1.68
27395610--27395635
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
27396692--27396734
22
2.0
22
81
9
52
25
0
18
55
1.42
27397008--27397056
20
2.4
21
75
6
55
22
14
8
55
1.65
27397015--27397072
20
2.9
19
84
5
62
24
13
8
53
1.68
27397743--27397797
18
3.1
17
87
7
74
65
1
3
29
1.20
27397853--27397900
18
2.5
19
76
6
53
60
2
0
37
1.09
27398804--27398833
3
10.0
3
100
0
60
33
33
0
33
1.58
27398940--27399007
24
2.9
23
77
14
75
17
2
14
64
1.40
27412143--27412199
20
2.8
20
71
7
53
54
5
0
40
1.23
27412238--27412322
43
2.0
41
82
13
102
40
1
5
52
1.33
27415436--27415473
3
12.7
3
100
0
76
34
0
0
65
0.93
27440386--27440502
42
2.7
42
81
5
128
36
21
21
20
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27440390--27440543
43
3.6
42
76
9
125
36
22
20
20
1.95
27440742--27441142
44
9.3
44
69
12
267
35
20
23
20
1.96
27440518--27441155
86
7.4
86
87
3
827
35
19
23
21
1.96
27446497--27446637
27
5.2
27
83
8
171
19
26
21
31
1.98
27446494--27446637
54
2.7
53
89
4
207
19
26
22
31
1.97
27446497--27446655
81
2.0
80
81
8
189
20
26
20
32
1.98
27459391--27459525
39
3.4
39
73
10
114
28
27
20
23
1.99
27461044--27461078
17
2.1
17
88
0
52
5
14
5
74
1.19
27461108--27461141
13
2.6
13
90
0
50
52
0
2
44
1.16
27463425--27463494
31
2.3
30
82
4
88
44
14
4
37
1.65
27463503--27463630
47
2.7
47
96
1
231
56
10
21
10
1.64
27465037--27465061
12
2.1
12
100
0
50
60
0
0
40
0.97
27465181--27465215
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
27465379--27465439
9
7.0
9
72
23
51
27
0
1
70
0.97
27465380--27465431
19
2.9
18
86
13
65
26
0
1
71
0.97
27465390--27465431
19
2.2
19
91
8
68
23
0
2
73
0.94
27465379--27465439
17
3.6
16
78
20
61
27
0
1
70
0.97
27465803--27465860
27
2.1
28
84
6
75
55
1
20
22
1.53
27469343--27469553
49
4.6
46
77
13
152
29
25
15
30
1.95
27469378--27469553
47
3.7
47
84
6
194
30
25
15
29
1.96
27469576--27469693
31
3.8
31
86
4
166
25
27
18
27
1.98
27469669--27469797
50
2.5
51
88
5
190
26
20
16
36
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27473475--27473534
19
3.1
19
75
4
57
43
1
8
46
1.43
27474250--27474304
23
2.5
22
75
3
56
27
0
18
54
1.44
27474359--27474388
12
2.6
12
94
5
53
53
0
6
40
1.27
27479611--27479655
20
2.2
20
88
0
63
35
13
2
48
1.54
27482470--27482626
43
3.7
42
80
10
158
31
25
19
22
1.98
27482483--27482627
44
3.4
42
83
10
134
32
25
20
22
1.98
27485460--27485605
43
3.4
42
80
9
152
33
21
13
30
1.92
27488957--27489045
43
2.1
43
89
4
135
28
8
14
48
1.74
27489582--27489621
21
1.9
21
90
10
64
57
5
2
35
1.34
27489582--27489630
20
2.4
20
83
16
57
55
6
2
36
1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335