genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77864569--77864609	18	2.3	18	86	0	55	34	0	12	53	1.38
77868311--77868396	45	1.9	45	87	0	127	25	12	24	37	1.91
77870645--77870774	38	3.5	37	85	3	170	21	17	23	36	1.94
77870645--77870787	76	1.9	77	83	4	191	22	18	23	35	1.96
77874273--77874370	45	2.2	45	87	3	137	26	11	24	37	1.89
77879385--77879615	48	4.7	49	87	3	302	29	27	17	25	1.98
77879372--77879616	101	2.5	98	85	2	330	28	27	17	26	1.98
77891360--77891410	24	2.1	24	100	0	102	37	3	13	45	1.63
77899814--77899911	45	2.2	45	87	3	137	26	11	24	37	1.89
77906012--77906161	40	3.8	40	82	5	162	28	22	26	23	1.99
77906008--77906193	40	4.8	38	76	10	155	27	22	26	23	1.99
77907632--77907697	29	2.3	29	91	0	114	28	31	15	24	1.95
77912469--77912632	40	4.1	40	82	4	179	25	28	21	25	1.99
77912469--77912632	80	2.0	80	83	2	204	25	28	21	25	1.99
77919997--77920327	43	8.0	41	75	12	259	25	18	23	31	1.97
77919986--77920322	86	4.0	86	77	11	297	26	17	23	32	1.97
77920022--77920323	161	1.9	162	82	3	385	26	18	23	32	1.97
77920303--77920413	45	2.5	45	92	4	183	27	20	18	32	1.97
77922922--77923118	50	3.9	50	88	0	286	24	15	27	31	1.95
77922922--77923117	100	2.0	100	93	0	338	24	15	28	32	1.95
77926753--77926845	47	2.0	47	100	0	186	41	12	6	38	1.69
77927027--77927069	20	2.0	22	86	8	63	44	0	25	30	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77927713--77927957	33	7.5	33	79	5	176	34	12	21	31	1.90
77927786--77927996	66	3.2	65	76	10	162	36	11	22	28	1.90
77934118--77934160	20	2.0	22	86	8	63	44	0	25	30	1.55
77934809--77935053	33	7.5	33	80	3	208	32	13	23	30	1.93
77934865--77935053	65	2.9	66	80	3	175	33	13	22	30	1.92
77936767--77936836	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
77944719--77944788	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
77949439--77949485	23	2.0	23	91	0	76	40	0	14	44	1.46
77951755--77951784	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
77951756--77951781	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
77951755--77951783	15	1.9	15	100	0	58	51	0	0	48	1.00
77961011--77961178	40	4.2	40	81	3	178	24	26	22	26	2.00
77961027--77961135	39	2.7	39	86	6	132	22	29	23	23	1.99
77961027--77961175	79	1.9	79	83	5	194	22	27	23	26	2.00
77963649--77963697	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
77964974--77965038	27	2.4	27	78	0	76	41	4	15	38	1.68
77965281--77965468	49	3.8	49	83	2	259	25	18	26	29	1.98
77965276--77965468	100	1.9	100	94	0	341	25	19	26	29	1.98
77969716--77969743	14	2.0	14	100	0	56	35	0	7	57	1.26
77969743--77969821	13	6.5	13	75	16	71	37	1	15	45	1.54
77969742--77969785	23	1.9	23	95	0	79	38	2	13	45	1.56
77969743--77969821	36	2.2	36	93	0	131	37	1	15	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77969783--77969832	23	2.2	23	85	0	64	40	2	16	42	1.59
77974438--77974488	23	2.2	24	89	3	77	33	11	5	49	1.64
77974867--77974901	9	3.9	9	88	11	54	65	0	0	34	0.93
77974866--77974907	14	3.2	13	83	6	50	66	0	2	30	1.04
77985443--77985482	18	2.2	17	91	8	62	52	0	0	47	1.00
77985472--77985514	22	2.0	21	86	4	59	37	2	2	58	1.24
77986618--77986644	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
77987312--77987340	13	2.2	13	100	0	58	51	13	24	10	1.72
77987388--77987426	10	4.0	10	83	3	53	28	0	2	69	1.02
77988562--77988596	14	2.5	15	86	13	56	17	11	0	71	1.14
77988835--77988868	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
77989114--77989153	21	2.0	19	85	9	53	75	2	2	20	1.04
77991797--77992065	47	5.7	46	76	9	224	23	30	20	26	1.98
77992408--77992465	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
78000077--78000134	30	1.9	30	92	0	98	27	25	13	32	1.94
78001008--78001053	23	2.0	23	95	0	83	36	8	19	34	1.83
78003921--78004028	36	3.0	36	100	0	216	27	8	11	52	1.65
78004042--78004075	17	2.1	16	88	5	50	38	0	2	58	1.13
78009843--78009972	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
78009859--78010009	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
78009843--78010009	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
78033240--78033284	23	2.0	23	82	8	56	51	13	4	31	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78038657--78038725	27	2.5	27	95	2	120	30	27	14	27	1.95
78042872--78042899	13	2.2	13	100	0	56	17	39	35	7	1.78
78045423--78045452	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
78045423--78045459	18	2.1	18	89	0	56	21	0	0	78	0.75
78050074--78050230	43	3.7	42	75	16	153	30	25	19	24	1.98
78050858--78050917	24	2.5	24	81	2	77	35	1	6	56	1.35
78050965--78051007	17	2.6	16	82	13	52	46	0	13	39	1.44
78053344--78053446	37	2.9	36	92	2	163	27	30	18	24	1.98
78053344--78053450	36	2.9	37	91	4	173	27	29	19	23	1.98
78053596--78053781	100	1.9	96	91	6	302	30	26	6	36	1.83
78053596--78053782	48	3.8	48	90	5	295	31	26	6	35	1.83
78053752--78053992	47	5.1	47	92	0	383	26	29	11	33	1.91
78053845--78053963	22	5.1	22	63	25	66	24	28	13	33	1.93
78055537--78055562	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
78062791--78062906	58	2.0	58	100	0	232	50	12	17	20	1.78
78062989--78063022	17	2.0	17	88	0	50	29	0	8	61	1.26
78083935--78084042	25	4.2	26	86	5	78	43	0	1	53	1.17
78083974--78084051	5	15.4	5	98	1	147	39	0	0	60	0.97
78084090--78084153	13	5.1	12	73	16	58	67	1	28	3	1.15
78084090--78084161	24	2.9	24	74	15	58	68	1	27	2	1.12
78084532--78084575	18	2.4	18	96	0	79	38	2	22	36	1.67
78084822--78084873	27	2.0	26	85	11	70	34	0	23	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78085937--78086051	41	2.8	42	81	6	135	28	23	33	14	1.94
78092312--78092524	40	5.3	40	89	1	284	26	21	24	27	1.99
78108588--78108729	39	3.7	39	92	1	243	24	19	31	23	1.98
78114279--78114480	40	5.0	39	81	5	197	25	26	20	26	1.99
78116729--78116778	19	2.6	19	96	0	91	22	30	32	16	1.95
78123692--78124286	48	12.1	48	90	4	904	36	6	25	31	1.81
78124433--78124576	37	3.9	37	95	0	245	24	19	30	25	1.98
78126161--78126196	17	2.1	17	100	0	72	22	5	27	44	1.75
78129625--78129788	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
78137695--78137858	40	4.1	40	80	6	188	25	21	28	25	1.99
78139604--78139652	21	2.2	23	82	13	59	36	0	24	38	1.56
78143125--78143194	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
78145668--78145753	38	2.3	38	89	0	136	19	20	26	32	1.97
78145758--78145831	25	3.2	25	60	25	61	20	22	31	25	1.98
78145746--78146010	45	5.9	45	94	0	433	20	22	29	27	1.99
78145746--78146053	90	3.4	90	90	2	444	22	22	28	26	1.99
78154829--78154864	17	2.1	17	100	0	72	16	25	16	41	1.89
78156444--78156468	12	2.1	12	100	0	50	24	36	40	0	1.55
78164671--78164710	12	3.2	12	82	10	53	52	0	27	20	1.46
78172487--78172541	17	3.3	17	65	14	51	16	14	16	52	1.75
78172483--78172554	33	2.2	33	97	2	137	19	11	18	51	1.75
78173840--78173875	15	2.4	16	86	13	58	36	27	11	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78177492--78177748	40	6.5	39	86	2	286	22	24	28	24	1.99
78177495--78177722	120	1.9	119	87	4	334	21	23	28	25	1.99
78185024--78185279	40	6.5	39	89	3	304	22	23	28	25	1.99
78192168--78192193	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
78193569--78193774	40	5.2	40	87	1	281	24	21	25	29	1.99
78195679--78195938	46	5.6	46	71	15	212	29	28	19	22	1.98
78195732--78195891	47	3.4	47	75	14	168	29	28	18	23	1.98
78195686--78195947	93	2.8	93	88	0	407	29	28	20	22	1.98
78202335--78202405	27	2.6	27	88	4	99	29	16	23	29	1.97
78202336--78202418	27	3.1	27	85	3	87	31	18	21	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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