genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54004640--54004808	27	6.3	27	81	2	180	36	18	19	26	1.95
54005626--54005674	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
54006497--54006647	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
54006533--54006663	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
54011879--54012064	40	4.6	39	88	5	187	24	19	27	28	1.99
54011879--54012064	80	2.3	82	85	5	247	24	19	27	28	1.99
54011932--54012064	40	3.3	39	93	4	221	24	19	27	28	1.98
54018713--54018884	27	6.4	27	85	0	227	37	18	20	23	1.94
54018713--54018911	27	7.4	26	81	5	191	36	17	21	24	1.94
54018913--54018966	27	2.0	26	86	10	74	24	20	18	37	1.94
54020061--54020088	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
54024532--54024557	10	2.6	10	100	0	52	61	7	0	30	1.24
54025019--54025094	27	2.8	27	93	0	125	35	21	23	19	1.96
54025204--54025255	26	2.0	26	88	0	77	26	19	19	34	1.95
54026339--54026384	23	1.9	25	82	8	60	60	0	34	4	1.16
54030390--54030544	43	3.7	43	78	11	167	27	17	27	27	1.98
54030393--54030510	41	2.8	41	85	11	143	27	16	27	27	1.97
54031247--54031426	90	2.0	90	98	0	351	26	8	22	42	1.82
54033151--54033220	28	2.5	28	86	4	97	28	12	25	32	1.93
54034837--54034869	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
54040716--54040746	13	2.4	13	94	0	53	51	9	3	35	1.51
54046390--54046531	38	3.7	39	89	3	225	26	20	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54046391--54046571	77	2.3	78	88	3	258	24	22	29	23	1.99
54051913--54052014	29	3.6	27	77	7	96	29	33	16	20	1.95
54051885--54052016	57	2.3	56	83	7	151	31	31	15	21	1.94
54055806--54055861	14	3.6	14	71	28	51	57	8	8	25	1.58
54062614--54062740	27	4.7	27	88	8	179	40	17	8	33	1.80
54062563--54062740	53	3.3	54	82	5	200	39	19	8	31	1.83
54062724--54063276	27	20.6	27	84	2	610	37	17	19	26	1.93
54063643--54063701	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
54063900--54063966	27	2.5	26	88	4	98	19	20	20	38	1.93
54064086--54064164	31	2.5	31	85	0	104	17	18	12	50	1.77
54064086--54064179	6	15.3	6	70	16	59	19	18	12	50	1.78
54065296--54065360	32	2.0	32	100	0	130	38	9	21	30	1.85
54075432--54075475	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
54076907--54077059	79	1.9	80	82	6	195	25	26	21	26	2.00
54076860--54077063	40	5.1	40	79	8	211	25	26	23	25	2.00
54079393--54079462	28	2.5	28	86	4	97	28	12	25	32	1.93
54093221--54093304	27	3.2	26	84	5	105	16	22	22	38	1.93
54100608--54100713	51	2.1	51	98	0	203	28	13	28	30	1.94
54102613--54102741	40	3.2	40	85	4	172	22	25	29	22	1.99
54104247--54104358	27	4.2	26	85	7	143	16	24	23	36	1.94
54104247--54104358	54	2.1	54	89	3	172	16	24	23	36	1.94
54107882--54107921	17	2.4	17	95	0	71	27	12	12	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54115181--54115232	23	2.3	23	83	9	63	65	7	11	15	1.46
54118166--54118348	39	4.6	39	87	0	240	22	30	22	24	1.99
54122655--54122714	27	2.3	26	82	2	66	35	16	23	25	1.95
54122676--54122739	33	2.0	32	87	3	92	35	18	23	21	1.95
54123282--54123312	10	3.1	10	100	0	62	29	9	29	32	1.89
54125870--54125949	40	2.0	40	92	4	135	23	21	22	32	1.98
54128875--54128980	35	3.0	35	94	0	185	16	49	11	22	1.78
54129382--54129456	33	2.3	33	86	6	100	64	18	5	12	1.46
54129716--54129765	11	4.5	11	82	9	57	0	56	0	44	0.99
54130285--54130334	22	2.3	21	90	6	82	38	0	8	54	1.30
54142586--54143174	70	8.2	70	92	5	980	32	15	20	31	1.94
54142780--54143152	77	5.0	77	92	4	603	31	15	19	32	1.93
54142586--54143174	217	2.7	217	97	2	1093	32	15	20	31	1.94
54142586--54143174	147	4.1	140	92	4	980	32	15	20	31	1.94
54142606--54143275	147	4.7	142	86	10	686	30	16	21	31	1.95
54143225--54143379	54	3.0	52	81	11	194	29	16	18	34	1.93
54144086--54144191	35	3.0	35	95	0	194	16	49	12	22	1.78
54144593--54144666	33	2.3	33	86	6	98	63	18	5	12	1.47
54144923--54144970	11	4.5	11	82	10	55	0	56	0	43	0.99
54145487--54145539	23	2.3	23	96	0	97	39	0	7	52	1.30
54145484--54145539	2	29.0	2	82	7	62	41	0	7	51	1.29
54145822--54145847	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54147520--54147594	19	3.8	19	79	19	75	57	2	5	34	1.35
54147687--54147725	2	19.5	2	89	0	60	48	2	2	46	1.29
54147887--54147942	2	29.0	2	82	7	62	51	7	0	41	1.29
54150523--54150709	80	2.3	80	83	8	229	26	22	26	24	2.00
54150562--54150728	80	2.1	79	80	8	178	25	23	26	24	2.00
54150561--54150715	40	3.9	39	80	6	152	25	23	26	24	2.00
54162461--54162628	40	4.2	40	84	3	214	25	27	22	25	2.00
54162461--54162628	80	2.1	80	86	4	241	25	27	22	25	2.00
54170515--54170680	40	4.2	40	82	3	201	25	25	22	26	2.00
54170528--54170678	80	1.9	80	89	5	234	23	26	23	27	2.00
54179981--54180157	49	3.6	48	76	8	153	28	20	26	23	1.99
54186878--54187006	46	2.8	46	97	0	240	30	28	20	20	1.98
54189333--54189417	30	2.9	29	80	13	93	56	14	16	12	1.67
54189338--54189408	15	4.7	15	78	13	83	57	11	18	12	1.64
54189340--54189417	15	5.2	15	77	11	72	56	14	16	12	1.68
54192359--54192529	93	1.8	93	93	0	297	27	28	21	22	1.99
54192351--54192526	46	3.8	46	78	12	198	28	28	21	22	1.99
54195319--54195344	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
54199032--54199071	21	2.0	21	90	5	64	17	35	22	25	1.95
54199300--54199380	35	2.2	36	85	8	103	34	19	19	25	1.96
54202869--54202912	22	2.0	23	90	4	72	36	0	9	54	1.32
54202869--54202919	20	2.5	20	83	6	57	33	0	9	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54208053--54208080	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
54208119--54208170	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
54221039--54221214	46	3.8	46	79	12	207	19	21	30	28	1.98
54221036--54221207	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
54225350--54225396	23	2.0	23	100	0	94	48	17	12	21	1.79
54228613--54228788	46	3.8	46	78	14	191	20	20	29	29	1.98
54228610--54228781	93	1.8	93	92	2	292	20	20	29	28	1.98
54231200--54231302	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
54238998--54239100	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
54244782--54244848	33	2.1	33	94	5	120	35	20	16	26	1.94
54246992--54247069	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
54254822--54254899	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
54256930--54257002	34	2.1	34	80	9	78	26	19	20	34	1.96
54257436--54257470	17	2.0	17	88	5	52	14	40	28	17	1.88
54264139--54264207	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
54265996--54266039	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
54268389--54268457	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
54285040--54285148	56	1.9	56	88	3	166	36	22	13	26	1.92
54286025--54286075	25	2.0	25	100	0	102	39	11	15	33	1.84
54289572--54289609	17	2.2	18	90	4	60	57	0	10	31	1.32
54291871--54291916	23	2.0	23	100	0	92	8	13	47	30	1.72
54291877--54291928	23	2.2	23	82	6	59	11	17	44	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54300557--54300595	16	2.5	16	87	4	53	46	17	20	15	1.84
54300826--54300894	28	2.4	29	92	2	113	24	14	33	27	1.94
54302692--54302858	40	4.2	40	85	3	205	26	28	21	23	1.99
54310729--54310892	40	4.1	40	87	1	213	26	29	21	22	1.99
54315086--54315160	38	2.0	37	86	5	105	30	24	13	32	1.93
54318161--54318185	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
54319152--54319285	37	3.7	36	78	3	115	25	27	17	29	1.98
54324624--54324842	40	5.4	40	85	2	251	25	23	26	24	2.00
54324624--54324842	120	1.8	121	84	3	298	25	23	26	24	2.00
54324691--54324882	80	2.4	80	79	0	188	27	22	26	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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