genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60188737--60188880	27	5.3	27	87	3	182	27	20	16	35	1.94
60191049--60191111	20	3.2	20	86	8	87	34	7	19	38	1.81
60191174--60191309	26	5.3	26	85	3	172	29	20	22	27	1.99
60191174--60191309	52	2.7	51	90	5	206	29	20	22	27	1.99
60199452--60199535	25	3.4	25	81	6	100	28	19	23	28	1.98
60206254--60206351	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
60214499--60214533	13	2.8	13	95	4	63	5	8	8	77	1.13
60214498--60214532	12	2.6	14	86	13	56	5	5	8	80	1.03
60216121--60216164	21	2.0	22	86	4	63	25	6	34	34	1.82
60216966--60217025	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
60217772--60217887	27	4.3	27	82	8	96	27	20	16	35	1.94
60217770--60217887	54	2.2	54	87	3	166	27	20	17	34	1.95
60217799--60217888	27	3.3	27	93	0	153	26	21	16	35	1.94
60222798--60223004	53	3.8	54	78	1	236	38	19	23	18	1.94
60228047--60228105	26	2.4	24	86	8	82	11	23	0	64	1.27
60228065--60228116	6	8.3	6	80	6	50	5	19	1	73	1.14
60228113--60228143	12	2.6	12	89	0	53	25	12	12	48	1.77
60228204--60228251	15	3.1	15	84	6	60	2	18	2	77	0.97
60228193--60228251	6	9.3	6	76	20	50	3	16	1	77	0.98
60228193--60228262	21	3.4	20	81	13	72	2	17	2	77	1.02
60230787--60230883	30	3.2	30	76	2	106	27	16	27	27	1.97
60241744--60241798	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60243758--60243886	53	2.4	53	80	5	143	37	21	21	19	1.95
60243794--60243901	53	2.0	53	83	3	137	37	19	22	20	1.94
60247185--60247211	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
60252366--60252399	12	2.8	13	86	13	54	8	5	5	79	1.05
60254014--60254040	10	2.7	10	100	0	54	18	11	29	40	1.85
60254587--60254817	118	2.0	118	100	0	462	19	27	22	30	1.98
60259526--60259567	11	3.7	11	87	3	57	16	4	7	71	1.26
60261712--60261974	40	6.6	40	90	2	377	27	25	21	25	1.99
60261943--60262281	123	2.8	123	95	0	597	33	25	11	30	1.91
60269076--60269278	40	5.1	39	83	5	212	28	27	20	24	1.99
60269247--60269585	123	2.8	123	95	0	597	33	25	11	30	1.91
60273668--60273737	27	2.5	28	93	2	115	28	15	27	28	1.96
60273692--60273749	27	2.1	27	84	6	73	31	15	22	31	1.95
60295161--60295340	64	2.8	64	77	9	177	23	30	17	29	1.97
60297071--60297174	27	3.9	27	70	5	84	36	24	6	32	1.81
60297159--60297299	27	5.2	27	90	0	183	34	16	21	26	1.95
60297159--60297300	54	2.6	54	88	0	203	34	16	21	26	1.95
60297814--60297867	22	2.5	22	79	11	74	20	24	22	33	1.97
60298152--60298189	6	6.3	6	87	0	58	15	18	13	52	1.74
60301411--60301435	12	2.1	12	100	0	50	24	24	16	36	1.94
60311209--60311306	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
60316724--60316777	2	28.0	2	76	14	51	51	1	3	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60317130--60317235	52	2.0	52	98	0	203	39	15	9	35	1.79
60322950--60323000	26	2.0	26	92	0	84	9	25	1	62	1.36
60326108--60326159	27	1.9	27	92	0	86	11	23	25	40	1.88
60326380--60326445	33	1.9	35	84	6	91	25	22	25	25	2.00
60327445--60327503	23	2.6	23	94	0	100	18	3	49	28	1.64
60327542--60327611	35	2.0	35	86	5	97	27	20	22	30	1.98
60331380--60331602	40	5.6	40	90	1	304	23	27	25	23	2.00
60331347--60331643	40	7.5	39	84	5	287	23	27	25	23	2.00
60339546--60339810	40	6.7	40	85	6	319	24	28	23	23	2.00
60339551--60339765	116	1.9	116	91	2	351	23	28	24	22	1.99
60354580--60354694	56	2.1	56	89	0	176	32	23	16	27	1.96
60363965--60364068	49	2.1	49	100	0	208	43	22	1	32	1.64
60365361--60365491	44	3.0	43	83	5	138	25	27	19	26	1.99
60373053--60373276	79	2.8	79	84	6	283	24	21	27	26	1.99
60373053--60373276	40	5.7	40	85	4	260	24	21	27	26	1.99
60373053--60373309	79	3.2	78	81	8	218	25	21	26	26	1.99
60375277--60375490	88	2.4	88	86	5	290	25	28	21	23	1.99
60375277--60375490	45	4.9	44	85	5	265	25	28	21	23	1.99
60376750--60376923	56	3.1	56	84	0	197	33	25	14	27	1.94
60376885--60377026	43	3.3	43	91	2	214	32	26	16	23	1.96
60378773--60378959	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
60378796--60378959	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60378796--60378993	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
60386337--60386523	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
60386360--60386523	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
60386360--60386557	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
60390319--60390437	44	2.7	44	80	13	138	31	29	16	22	1.96
60397082--60397125	23	1.9	23	85	0	61	52	6	2	38	1.41
60398185--60398279	31	3.0	30	82	10	102	20	14	11	53	1.71
60400834--60400867	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
60409254--60409330	33	2.3	33	80	6	84	18	16	44	20	1.87
60409378--60409518	72	2.0	72	89	0	219	34	19	25	20	1.96
60411556--60411597	22	2.0	21	90	4	66	33	0	7	59	1.25
60411952--60411987	12	2.8	13	87	4	56	22	2	0	75	0.94
60411381--60412279	297	3.1	293	85	8	1101	30	8	6	55	1.54
60411540--60412279	305	2.5	293	88	5	1040	30	7	6	55	1.53
60412864--60412926	14	4.4	14	74	14	58	0	31	0	68	0.90
60412875--60412921	19	2.6	18	78	15	51	0	36	0	63	0.94
60412963--60413030	3	23.0	3	74	14	52	0	33	0	66	0.92
60412963--60413031	16	4.4	16	69	18	56	0	33	0	66	0.92
60412949--60413030	24	3.2	25	71	13	69	0	37	0	62	0.96
60412978--60413012	8	4.4	8	92	0	52	0	42	0	57	0.99
60422815--60423250	47	9.4	47	91	2	675	33	8	30	28	1.86
60422815--60423250	93	4.7	93	91	2	680	33	8	30	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60422815--60423250	140	3.1	140	91	2	682	33	8	30	28	1.86
60423085--60423174	44	2.2	40	88	11	130	37	8	26	26	1.86
60440455--60440494	20	2.0	20	90	0	62	37	22	27	12	1.90
60442268--60442367	24	4.2	24	90	0	146	35	1	39	25	1.63
60443775--60443884	27	4.1	27	81	10	127	18	23	21	36	1.95
60443775--60443884	54	2.1	53	86	5	150	18	23	21	36	1.95
60449871--60449929	29	2.0	29	93	0	100	35	6	20	37	1.79
60450142--60450242	24	4.2	24	90	0	157	32	1	39	25	1.67
60451648--60451758	27	4.1	27	86	5	145	16	26	21	36	1.94
60459328--60459375	19	2.5	19	100	0	96	47	10	8	33	1.68
60461479--60461517	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
60461969--60462070	28	3.6	28	86	1	132	32	21	24	21	1.98
60462176--60462240	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
60477225--60477322	28	3.5	28	81	4	99	29	15	24	30	1.95
60482138--60482176	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
60482639--60482729	28	3.2	28	87	4	130	32	23	24	19	1.97
60482835--60482899	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
60485769--60485831	27	2.3	27	91	0	99	42	15	11	30	1.82
60502950--60503170	47	4.7	48	76	15	173	23	29	18	28	1.98
60502995--60503170	94	1.9	94	87	7	259	23	29	18	27	1.98
60510707--60510758	21	2.5	21	83	0	68	21	23	36	19	1.95
60511836--60512000	46	3.5	46	79	10	151	22	29	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60512373--60512431	30	2.0	30	89	0	91	25	25	18	30	1.98
60513089--60513132	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
60514948--60515016	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
60517751--60517944	99	2.0	99	82	0	235	24	29	21	24	1.99
60522127--60522264	42	3.2	43	78	12	142	31	26	18	23	1.98
60522160--60522260	44	2.4	42	86	6	132	29	28	20	20	1.98
60530830--60530881	24	2.2	24	100	0	104	15	19	3	61	1.48
60532701--60532734	11	3.1	11	91	0	50	17	20	20	41	1.91
60533468--60533546	40	1.9	42	82	10	101	43	13	21	21	1.87
60538075--60538221	64	2.2	66	81	8	163	33	17	27	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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