genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64900208--64900310	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
64902175--64902262	40	2.2	40	85	4	115	30	19	25	25	1.98
64907081--64907215	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
64907027--64907216	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
64914372--64914506	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
64914318--64914507	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
64918143--64918207	31	2.1	30	83	8	78	24	4	10	60	1.49
64924084--64924247	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
64924084--64924281	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
64928281--64928466	37	4.8	40	82	11	219	24	23	28	24	2.00
64928281--64928466	76	2.4	77	81	11	213	24	23	28	24	2.00
64936257--64936439	77	2.3	80	83	9	225	23	23	27	25	2.00
64936258--64936439	40	4.6	39	83	9	210	23	23	27	25	2.00
64939753--64939815	24	2.6	25	87	9	96	52	14	9	23	1.71
64942173--64942311	60	2.3	60	79	13	153	26	19	25	28	1.99
64943154--64943185	15	2.1	15	100	0	64	34	31	6	28	1.82
64943791--64943828	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
64947980--64948071	46	2.0	46	100	0	184	19	21	32	26	1.97
64949170--64949390	37	6.0	37	94	0	388	25	31	18	24	1.98
64949523--64949820	48	6.2	48	92	0	488	32	25	6	35	1.81
64955949--64955981	17	1.9	17	93	0	57	18	15	39	27	1.90
64962435--64962519	42	2.0	42	97	0	161	45	21	1	31	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64963079--64963114	17	2.1	17	90	10	56	47	19	0	33	1.50
64984768--64984898	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
64993880--64993991	29	3.9	30	81	11	128	25	32	16	25	1.96
64993887--64993999	58	2.0	57	87	5	165	25	30	15	28	1.95
64994132--64994169	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
64995786--64995854	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
64998330--64998362	16	2.1	16	100	0	66	24	6	21	48	1.72
65000425--65000454	14	2.1	15	93	6	53	60	6	6	26	1.47
65001228--65001338	29	3.9	28	77	10	84	23	29	18	28	1.97
65002756--65002850	48	2.0	48	95	0	172	32	25	15	26	1.96
65005381--65005498	42	2.8	42	83	6	139	22	20	28	27	1.99
65005428--65005532	42	2.5	41	80	7	104	28	18	25	27	1.98
65008936--65009145	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
65012337--65012521	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
65012338--65012529	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
65012337--65012554	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
65019652--65019690	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
65021246--65021283	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
65021512--65021682	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
65021507--65021679	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
65028822--65028859	18	2.1	19	85	14	53	42	23	0	34	1.55
65029082--65029207	46	2.7	46	88	0	189	30	27	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65031721--65031906	40	4.7	40	84	5	225	24	20	27	27	1.99
65031721--65031939	80	2.8	80	79	8	234	25	20	26	26	1.99
65031721--65031929	40	5.2	40	79	9	187	25	20	26	27	1.99
65032901--65032948	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
65032992--65033050	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
65032996--65033050	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
65033101--65033219	24	5.0	24	84	8	154	28	23	22	25	1.99
65033101--65033219	47	2.5	48	89	5	170	28	23	22	25	1.99
65033411--65033505	31	3.1	31	96	0	172	40	15	21	23	1.91
65038373--65038547	40	4.4	40	96	1	325	28	27	21	22	1.99
65038373--65038547	79	2.2	80	96	1	325	28	27	21	22	1.99
65039970--65039997	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
65046500--65046705	40	5.2	40	94	1	353	27	27	22	22	1.99
65048122--65048149	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
65052018--65052095	34	2.3	34	88	6	113	51	10	21	16	1.74
65054008--65054105	43	2.3	43	81	0	115	27	17	24	30	1.97
65054869--65054917	22	2.2	20	77	19	53	18	0	26	55	1.43
65061772--65061822	26	2.0	26	85	11	70	41	1	0	56	1.10
65063858--65064045	49	3.8	49	85	2	259	29	25	18	27	1.98
65063858--65064050	100	1.9	100	94	0	341	29	24	18	27	1.98
65069303--65069339	19	1.9	19	88	0	56	45	10	10	32	1.74
65076159--65076190	15	2.1	15	100	0	64	34	31	6	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65081064--65081088	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
65081880--65081905	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
65083282--65083447	40	4.2	40	94	2	282	22	22	27	27	1.99
65090146--65090215	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
65097960--65098029	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
65100776--65100801	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
65102180--65102385	40	5.2	40	90	0	324	22	21	26	28	1.99
65102180--65102385	80	2.6	80	96	0	369	22	21	26	28	1.99
65117765--65117886	43	2.8	42	81	6	136	31	20	18	28	1.97
65117778--65117890	43	2.6	43	84	0	145	31	20	18	29	1.96
65140891--65140951	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65142091--65142181	34	2.6	34	87	1	119	28	24	28	18	1.98
65142190--65142248	29	2.0	29	96	0	109	23	16	25	33	1.96
65142665--65142689	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
65150279--65150407	40	3.2	40	80	5	147	22	24	29	24	1.99
65164340--65164503	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65164340--65164537	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
65171670--65171833	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65171670--65171867	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
65175379--65175550	46	3.7	46	77	13	199	27	27	22	22	1.99
65175384--65175554	93	1.8	93	93	0	297	27	28	22	21	1.99
65175973--65176032	30	2.0	30	83	0	75	26	25	8	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65182456--65182724	46	5.8	46	77	14	293	21	20	28	28	1.98
65182453--65182717	93	2.8	93	97	0	494	21	20	29	28	1.98
65187971--65188120	43	3.5	43	81	1	167	32	24	16	26	1.96
65198280--65198502	49	4.7	50	74	12	186	27	20	31	21	1.98
65200134--65200204	27	2.6	27	82	4	81	29	22	29	18	1.97
65201637--65201707	24	3.0	24	95	0	124	22	42	4	30	1.73
65204458--65204567	27	4.1	27	81	5	125	36	21	22	19	1.95
65204458--65204567	54	2.1	53	89	1	166	36	21	22	19	1.95
65205974--65206071	24	4.0	24	89	1	142	21	40	4	33	1.72
65205974--65206071	48	2.0	49	92	2	162	21	40	4	33	1.72
65232477--65232586	39	2.8	39	93	2	177	23	20	31	24	1.98
65236782--65236824	18	2.4	18	84	7	52	20	27	9	41	1.83
65240314--65240821	126	4.0	126	87	0	703	27	19	16	36	1.93
65241366--65241396	16	1.9	16	100	0	62	38	22	0	38	1.54
65241526--65241581	16	3.5	16	75	18	62	53	26	0	19	1.45
65243234--65243409	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
65243231--65243402	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
65250809--65250984	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
65250806--65250977	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
65254733--65254780	23	2.1	22	81	11	53	18	12	0	68	1.20
65256981--65257213	49	4.7	49	72	6	200	30	25	17	27	1.97
65260355--65260382	12	2.3	12	100	0	56	28	0	17	53	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65263080--65263127	23	2.1	23	100	0	96	27	18	37	16	1.92
65268068--65268234	40	4.2	40	79	3	160	25	22	26	25	2.00
65271938--65271997	28	2.1	29	84	3	77	31	23	3	41	1.71
65279629--65279743	43	2.7	42	79	2	131	32	26	17	23	1.97
65282541--65282570	15	2.0	15	93	0	51	60	20	3	16	1.50
65287601--65287684	6	15.8	5	73	20	57	77	2	2	17	0.99
65287621--65287689	6	11.8	6	81	9	81	79	2	1	15	0.92
65289187--65289227	20	2.0	20	90	0	64	12	17	51	19	1.76
65303333--65303768	47	9.3	47	91	0	701	27	29	8	33	1.87
65307069--65307104	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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