genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44041721--44041762	6	7.2	6	89	7	52	78	0	0	21	0.75
44045171--44045272	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
44048078--44048104	14	1.9	14	100	0	54	25	7	29	37	1.83
44051541--44051572	15	2.1	15	100	0	64	46	18	6	28	1.73
44060936--44060999	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
44061193--44061429	24	10.0	24	88	4	329	26	21	23	29	1.99
44061192--44061430	47	5.0	48	88	4	333	25	21	23	29	1.99
44061193--44061429	71	3.3	71	94	1	386	26	21	23	29	1.99
44061488--44061544	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
44061484--44061546	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
44062765--44062842	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
44062860--44062934	27	2.8	26	84	8	96	30	8	18	42	1.79
44062927--44063266	27	12.6	27	85	3	407	39	8	23	29	1.84
44066685--44066946	47	5.6	47	70	12	225	30	26	17	24	1.97
44066638--44066996	93	3.9	93	89	2	542	29	26	18	24	1.98
44066631--44066988	46	7.7	46	69	9	244	30	26	18	24	1.98
44066647--44066996	186	1.9	186	94	1	621	30	26	18	25	1.98
44073699--44073732	15	2.3	15	90	10	52	0	11	0	88	0.52
44073699--44073732	8	4.2	8	89	10	52	0	11	0	88	0.52
44084309--44084334	4	6.5	4	100	0	52	23	23	53	0	1.46
44085413--44085444	16	2.0	16	93	0	55	59	3	6	31	1.38
44090029--44090114	43	2.0	43	97	0	163	43	23	13	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44091483--44091524	18	2.3	18	100	0	84	40	4	16	38	1.70
44092009--44092173	46	3.5	46	73	6	152	24	18	21	35	1.95
44092009--44092233	94	2.4	94	84	1	281	27	17	19	35	1.94
44094730--44094779	24	2.1	24	92	0	82	30	24	8	38	1.84
44101250--44101275	12	2.2	12	100	0	52	15	38	34	11	1.83
44102348--44102505	43	3.7	42	77	10	151	32	24	18	24	1.97
44114793--44114827	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
44114889--44114965	3	25.7	3	75	17	63	35	3	1	59	1.24
44115110--44115190	3	27.7	3	71	16	55	30	3	1	64	1.19
44127352--44127539	76	2.5	75	86	4	263	32	16	20	29	1.95
44127426--44127651	78	2.9	77	79	5	183	29	17	22	30	1.97
44127668--44127900	81	2.8	82	81	6	267	33	16	20	28	1.95
44129627--44129672	24	1.9	24	82	8	58	30	30	15	23	1.95
44137668--44137713	24	1.9	24	82	8	58	30	30	15	23	1.95
44139291--44139505	88	2.4	87	81	7	222	30	15	19	34	1.93
44140045--44140078	15	2.3	15	94	0	59	35	44	11	8	1.72
44140640--44140702	28	2.2	28	88	5	92	33	6	28	31	1.82
44146065--44146127	28	2.2	28	85	0	81	31	9	30	28	1.89
44147320--44147476	43	3.7	43	82	5	167	26	16	24	32	1.96
44149760--44149843	41	2.1	40	82	10	100	46	1	3	48	1.27
44149813--44149863	5	10.8	5	85	12	54	56	0	1	41	1.10
44149813--44149863	9	5.4	10	81	9	54	56	0	1	41	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44150049--44150082	15	2.1	15	89	10	50	64	0	35	0	0.94
44150048--44150086	17	2.3	18	82	13	55	66	0	33	0	0.92
44150922--44151032	40	2.8	40	87	2	134	38	11	16	33	1.85
44154963--44155090	47	2.7	47	82	2	132	35	29	10	24	1.90
44176941--44177107	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
44184137--44184303	40	4.2	40	81	2	176	23	27	22	26	1.99
44191661--44191728	33	2.1	33	88	0	100	20	19	32	27	1.97
44196372--44196417	24	1.9	24	100	0	92	50	19	4	26	1.66
44197275--44197425	29	5.2	29	82	0	176	37	13	23	25	1.92
44203268--44203327	27	2.2	27	85	5	77	50	3	1	45	1.28
44207343--44207382	9	4.4	9	84	9	55	35	2	17	45	1.62
44207589--44207634	21	2.2	20	84	3	56	41	4	2	52	1.33
44208633--44208672	20	2.0	21	95	5	73	75	7	7	10	1.20
44212747--44212875	25	5.4	24	84	6	133	39	18	22	19	1.92
44212792--44212875	25	3.4	25	96	0	159	40	17	21	20	1.91
44220527--44220596	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
44228511--44228580	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
44231576--44231623	24	2.0	24	87	0	69	43	18	18	18	1.88
44233479--44233569	45	2.0	45	100	0	182	32	23	17	26	1.96
44238144--44238282	40	3.5	40	86	4	176	24	30	21	23	1.99
44243953--44244032	24	3.3	24	67	11	74	28	27	13	30	1.94
44243941--44244034	47	2.0	47	100	0	188	29	27	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44243943--44244015	22	3.2	22	66	11	65	26	27	13	32	1.94
44246214--44246352	40	3.5	40	84	4	167	24	29	21	24	1.99
44248132--44248164	11	3.0	11	91	8	50	27	24	12	36	1.91
44249688--44249746	13	4.6	13	73	12	50	38	20	1	38	1.63
44249812--44250190	45	8.4	45	73	12	224	21	19	14	44	1.86
44249837--44249957	46	2.6	46	85	5	172	20	22	13	43	1.86
44250073--44250190	46	2.6	45	90	4	175	18	16	17	47	1.83
44252040--44252080	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
44255806--44255856	25	2.0	25	88	7	77	27	19	21	31	1.97
44256246--44256293	25	2.0	25	91	4	80	20	22	14	41	1.89
44256404--44256450	24	1.9	25	91	4	78	19	23	21	36	1.95
44256401--44256484	24	3.4	24	69	21	66	20	26	20	33	1.97
44260824--44260849	12	2.2	12	100	0	52	7	15	15	61	1.55
44262433--44262622	43	4.4	43	78	5	197	28	14	24	31	1.95
44262433--44262622	86	2.2	86	83	5	224	28	14	24	31	1.95
44264277--44264443	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
44264293--44264443	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
44265742--44265780	21	1.9	20	84	5	51	15	15	0	69	1.20
44271555--44271979	228	1.9	229	81	4	518	33	17	16	32	1.93
44276247--44276282	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
44277581--44277712	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
44277551--44277712	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44277581--44277712	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
44282376--44282408	10	3.3	10	95	0	57	51	0	6	42	1.26
44290943--44291055	27	4.2	26	85	8	136	36	22	23	17	1.95
44290943--44291055	55	2.1	54	86	5	156	36	22	23	17	1.95
44300750--44301045	43	6.9	43	80	3	310	29	13	26	31	1.94
44300757--44300998	86	2.8	86	91	1	369	28	14	26	30	1.95
44305339--44305489	40	3.8	39	77	8	126	21	26	25	26	2.00
44308346--44308529	95	1.9	94	84	5	246	14	27	9	49	1.73
44317515--44317587	27	2.7	27	79	10	78	41	23	21	13	1.89
44330630--44330689	30	2.0	30	86	0	84	23	6	13	56	1.60
44345485--44345553	33	2.1	33	100	0	138	40	5	17	36	1.74
44348351--44348401	19	2.7	19	75	6	50	68	3	0	27	1.07
44354327--44354359	11	3.0	11	100	0	66	45	0	36	18	1.49
44356343--44356411	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
44358230--44358273	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
44360395--44360664	27	10.1	27	82	3	276	31	21	17	30	1.96
44367829--44367879	21	2.4	21	90	0	84	41	9	17	31	1.82
44375250--44375288	16	2.4	16	91	0	60	48	2	2	46	1.29
44376932--44377192	41	6.4	41	91	2	402	37	23	22	16	1.94
44377348--44377401	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
44377356--44377440	21	3.9	21	76	11	89	28	1	25	44	1.61
44377363--44377456	46	2.0	46	95	0	170	30	2	24	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44377516--44377616	44	2.3	43	80	12	109	22	0	40	36	1.54
44377504--44377615	7	15.6	7	70	12	50	22	0	39	38	1.54
44378149--44378191	19	2.3	18	84	4	50	27	0	4	67	1.10
44379013--44379056	18	2.4	18	85	7	54	22	40	0	36	1.54
44380966--44381021	23	2.5	22	72	8	60	33	16	25	25	1.95
44383259--44383292	17	1.9	18	94	5	61	35	11	29	23	1.90
44383615--44383714	44	2.3	44	91	1	157	25	18	29	28	1.98
44383755--44383812	27	2.1	27	83	0	71	13	24	34	27	1.93
44384351--44384447	40	2.5	38	74	12	106	34	36	11	18	1.87
44385984--44386151	54	3.1	53	74	2	156	20	23	17	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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