genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29847103--29847142	21	1.9	21	84	0	53	57	5	2	35	1.34
29847918--29848130	106	2.0	107	94	2	376	32	15	37	15	1.89
29849749--29850022	138	2.0	137	96	0	503	32	24	18	24	1.97
29850269--29850321	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
29851801--29851910	26	4.2	26	96	0	193	36	23	5	34	1.78
29852568--29852593	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
29853143--29853221	31	2.5	32	83	4	90	46	2	3	46	1.34
29855482--29855543	31	2.0	31	96	0	115	38	11	0	50	1.39
29857278--29857322	18	2.4	19	85	11	65	46	0	0	53	1.00
29859353--29859386	9	3.8	9	88	11	52	44	23	11	20	1.84
29864449--29864666	44	4.9	44	85	0	265	29	19	22	27	1.98
29866101--29866399	49	6.5	46	83	8	253	29	26	15	28	1.96
29866171--29866325	49	3.2	49	95	1	276	30	27	13	27	1.94
29866425--29866542	31	3.8	31	89	4	184	26	27	19	26	1.99
29866524--29866646	50	2.4	51	93	2	212	25	22	15	36	1.93
29866760--29866788	14	2.0	15	93	6	51	55	10	6	27	1.59
29872421--29872504	44	1.9	44	97	0	159	27	17	23	30	1.97
29872519--29872683	44	3.8	43	77	8	138	33	19	15	32	1.93
29873659--29873691	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
29873972--29874381	46	9.0	46	90	1	520	20	23	14	40	1.90
29877694--29877744	3	16.7	3	95	4	93	31	1	0	66	1.03
29877945--29878026	3	27.3	3	92	0	137	31	1	2	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29881132--29881190	30	2.0	30	93	0	100	40	25	1	32	1.66
29881639--29881721	41	2.0	41	92	0	139	34	13	12	39	1.81
29888612--29888641	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
29895969--29896182	107	2.0	108	96	0	394	42	5	8	42	1.58
29897171--29897203	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
29897324--29897381	30	1.9	30	89	6	91	60	6	3	29	1.39
29897426--29897475	11	4.6	11	82	2	57	58	4	16	22	1.55
29898546--29898726	65	2.8	64	94	2	310	39	14	11	34	1.83
29899389--29899418	9	3.3	9	95	0	51	23	0	0	76	0.78
29901691--29901727	17	2.1	19	90	10	60	72	5	5	16	1.21
29908331--29908378	16	3.1	15	79	11	53	58	8	4	29	1.46
29909096--29909120	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
29909306--29909360	24	2.2	26	83	9	69	80	5	14	0	0.89
29911075--29911117	20	2.2	20	91	0	68	58	11	11	18	1.63
29916232--29916319	31	2.9	29	83	9	122	35	9	7	47	1.64
29916242--29916343	31	3.4	30	82	5	118	32	8	8	50	1.64
29916354--29916484	65	2.0	65	88	2	192	41	16	18	23	1.90
29917745--29917827	42	2.0	42	87	0	121	39	1	8	50	1.40
29935057--29935103	23	2.0	23	100	0	94	34	12	4	48	1.61
29935104--29935295	105	1.8	105	87	0	285	47	10	14	27	1.76
29943381--29943513	66	2.0	66	98	0	257	33	8	14	44	1.75
29945671--29945699	14	2.1	14	100	0	58	13	0	24	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29955663--29955868	105	2.0	105	90	1	324	39	17	11	31	1.85
29957089--29957138	5	9.8	5	91	4	82	20	0	2	78	0.86
29957584--29957628	22	2.0	22	86	0	63	35	15	17	31	1.92
29959572--29959608	18	2.1	18	100	0	74	35	16	21	27	1.94
29984951--29984982	15	2.1	15	94	0	55	34	3	0	62	1.11
29987347--29987456	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
29993119--29993226	26	4.2	25	91	4	171	34	5	23	37	1.78
29996188--29996242	11	4.9	11	86	4	83	38	0	1	60	1.08
29996189--29996242	23	2.4	22	87	6	81	38	0	1	59	1.08
29998383--29998558	46	3.8	46	89	3	239	42	14	23	19	1.88
29998397--29998563	91	1.8	90	87	3	237	41	15	23	19	1.90
29999928--29999958	15	2.1	15	93	0	53	32	3	0	64	1.09
30000121--30000379	3	86.0	3	74	8	186	30	8	1	58	1.39
30001559--30001786	46	5.0	46	92	1	341	21	24	14	39	1.91
30004634--30004682	19	2.6	19	96	0	89	40	16	12	30	1.85
30006720--30006998	139	2.0	139	97	0	531	31	22	20	25	1.98
30011082--30011232	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
30015823--30016136	38	8.3	38	93	0	520	31	25	23	20	1.98
30020721--30021056	44	7.7	43	65	14	120	34	21	22	21	1.97
30020625--30021107	88	5.5	88	88	1	655	33	20	24	21	1.97
30020625--30021108	175	2.8	176	87	0	682	33	20	24	21	1.97
30021124--30021378	44	5.7	44	72	12	194	30	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30021124--30021436	44	7.0	44	73	13	172	33	19	20	26	1.96
30021265--30021387	41	2.9	41	79	9	140	31	21	21	26	1.98
30021791--30021825	17	2.0	18	88	5	54	82	8	2	5	0.91
30022835--30022876	15	2.8	15	82	7	50	26	2	2	69	1.13
30022939--30022980	22	1.9	22	85	0	57	38	7	2	52	1.42
30022936--30023003	20	3.3	20	81	4	64	35	5	2	55	1.39
30023089--30023170	41	2.0	41	80	4	94	28	9	4	57	1.51
30023030--30023246	3	72.0	3	68	9	84	29	11	2	56	1.47
30024786--30024834	23	2.1	23	82	14	57	42	0	0	57	0.99
30025993--30026036	21	2.1	21	86	0	61	25	18	25	31	1.97
30028035--30028161	64	2.0	63	98	1	245	18	14	18	48	1.82
30030110--30030139	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
30033855--30033919	6	11.5	6	79	14	68	20	0	0	80	0.72
30033864--30033924	7	8.9	7	80	12	56	19	0	0	80	0.72
30033856--30033924	16	4.2	16	85	12	95	18	0	0	81	0.70
30033855--30033924	28	2.5	26	84	11	86	20	0	0	80	0.72
30033857--30033933	27	3.0	27	82	14	67	22	1	1	75	0.95
30034853--30034892	20	2.0	20	85	5	53	82	0	5	12	0.82
30035474--30035503	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
30035528--30035560	10	3.4	10	87	4	50	27	6	0	66	1.15
30039668--30039729	32	1.9	33	83	3	81	64	0	1	33	1.03
30042405--30042441	19	1.9	19	100	0	74	21	13	10	54	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30051868--30052026	43	3.7	43	78	5	151	31	15	23	28	1.96
30055567--30055595	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
30057730--30057786	30	1.9	30	85	0	78	22	21	8	47	1.78
30058916--30058985	21	3.3	20	76	9	77	20	38	22	18	1.93
30059152--30059211	21	2.9	21	82	5	77	21	40	21	16	1.92
30060129--30060486	46	7.8	46	93	1	513	21	24	13	39	1.90
30064837--30064880	22	2.0	23	81	4	54	34	20	0	45	1.51
30071259--30071283	11	2.3	11	100	0	50	20	44	0	36	1.52
30077519--30077615	30	3.2	30	77	8	99	26	18	13	41	1.88
30084299--30084330	16	2.0	16	100	0	64	18	25	18	37	1.94
30087750--30087788	19	2.0	20	85	14	55	61	0	5	33	1.18
30092252--30092291	17	2.4	17	78	0	53	17	0	2	80	0.83
30093723--30093769	15	3.2	15	72	6	51	31	2	4	61	1.27
30095304--30095593	112	2.5	112	83	3	357	27	19	18	34	1.95
30095638--30095662	11	2.3	11	100	0	50	0	8	16	76	1.02
30098340--30098476	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
30098339--30098440	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
30103251--30103456	85	2.4	85	95	1	369	32	15	22	30	1.94
30103302--30103451	38	3.7	38	76	16	158	32	15	22	29	1.95
30103387--30103463	38	2.0	38	94	0	136	33	15	22	28	1.94
30105847--30106118	76	3.6	77	87	3	363	58	1	13	25	1.46
30106038--30106156	48	2.5	48	92	0	193	56	0	15	27	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30105857--30106118	27	10.3	27	65	16	112	58	1	13	26	1.46
30106064--30106143	27	3.2	27	65	26	66	52	1	15	31	1.50
30106225--30106269	11	4.3	10	81	18	56	57	0	20	22	1.40
30106225--30106269	5	8.6	5	81	18	56	57	0	20	22	1.40
30106225--30106269	16	2.9	15	87	12	56	57	0	20	22	1.40
30106225--30106269	21	2.1	21	88	8	65	57	0	20	22	1.40
30106638--30106763	12	9.8	12	67	24	62	53	0	15	30	1.43
30106634--30106764	5	23.0	5	75	17	82	53	0	16	30	1.43
30106635--30106764	30	4.3	30	81	14	160	53	0	16	30	1.43
30106635--30106781	30	5.0	28	83	9	120	52	0	16	31	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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