genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81527850--81528025	39	4.5	40	78	7	164	24	26	22	26	2.00
81527878--81528023	78	1.9	78	83	8	190	24	28	21	26	1.99
81535902--81536094	40	4.8	39	76	9	140	22	26	24	26	2.00
81535902--81536094	80	2.4	80	82	2	217	22	26	24	26	2.00
81535944--81536095	40	3.8	39	82	4	160	24	26	23	25	2.00
81539504--81539696	40	4.8	39	75	9	131	23	26	23	26	2.00
81539518--81539696	80	2.2	81	83	3	218	24	26	24	25	2.00
81539548--81539697	40	3.7	40	77	7	142	25	26	23	24	2.00
81542395--81542523	63	2.0	63	100	0	258	44	21	9	24	1.82
81544430--81544464	18	1.9	18	88	0	52	62	0	5	31	1.18
81548284--81548312	13	2.2	13	100	0	58	41	0	6	51	1.28
81550331--81550395	22	3.0	22	77	8	69	30	21	26	21	1.98
81550541--81550659	41	2.9	41	88	0	166	26	30	21	21	1.98
81550917--81551281	27	13.5	27	78	4	247	30	10	19	40	1.85
81550981--81551242	81	3.2	80	80	7	280	28	9	19	41	1.83
81551033--81551303	107	2.5	106	83	7	330	29	9	20	39	1.84
81551313--81551414	27	3.8	26	85	7	116	27	20	16	35	1.94
81551309--81551414	54	2.0	53	85	5	142	27	19	17	34	1.95
81553910--81553957	21	2.2	22	82	14	64	37	50	8	4	1.52
81554023--81554092	22	3.2	22	81	4	79	40	27	22	10	1.86
81554295--81554346	22	2.4	22	83	6	61	32	21	25	21	1.98
81554504--81554622	41	2.9	41	91	0	184	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81554949--81555269	27	11.9	27	78	6	231	30	10	20	38	1.86
81554949--81555200	81	3.1	81	80	3	274	30	11	19	38	1.87
81554966--81555269	108	2.8	108	84	4	373	29	10	21	39	1.86
81554942--81555258	54	5.9	54	79	2	296	30	10	19	40	1.84
81555233--81555357	54	2.3	55	82	6	141	27	15	20	37	1.92
81555261--81555366	27	4.0	26	87	6	135	27	17	18	35	1.94
81556128--81556198	36	2.0	36	91	0	115	28	19	16	35	1.94
81557710--81557774	3	21.3	3	74	14	53	64	1	4	29	1.22
81557740--81557791	21	2.5	21	84	3	61	63	3	5	26	1.34
81558070--81558100	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
81558499--81558534	18	2.0	18	88	0	54	19	0	55	25	1.43
81558516--81558587	37	1.9	37	97	0	135	19	0	51	29	1.47
81558554--81558616	29	2.2	29	85	5	83	17	1	49	31	1.56
81558953--81559179	43	5.2	43	65	14	133	20	23	22	33	1.98
81558843--81559170	87	3.8	87	87	2	423	20	23	23	32	1.98
81558842--81559233	87	4.5	87	84	2	418	20	22	23	33	1.97
81559295--81559903	44	13.6	46	66	16	194	26	23	20	29	1.98
81559245--81559998	133	5.6	135	85	1	989	27	23	20	29	1.99
81562982--81563167	40	4.7	40	83	7	177	25	20	27	26	1.99
81562982--81563167	80	2.3	81	79	10	213	25	20	27	26	1.99
81564655--81564726	24	3.1	24	70	9	60	0	26	2	70	1.00
81564699--81564776	14	5.5	13	75	15	75	0	28	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81564671--81564780	44	2.5	44	92	2	177	0	25	0	73	0.89
81564668--81564788	13	8.8	13	71	17	75	0	24	0	74	0.87
81571143--81571193	13	3.9	14	77	12	54	64	0	3	31	1.11
81571496--81571534	14	2.7	14	92	4	60	64	2	0	33	1.08
81571488--81571543	19	2.9	19	84	15	71	64	1	0	33	1.04
81571580--81571617	15	2.6	15	79	4	51	78	7	2	10	1.04
81571666--81571722	20	2.7	21	84	15	73	56	12	17	14	1.68
81571671--81571708	20	1.9	20	100	0	76	52	15	21	10	1.72
81571873--81571946	37	2.0	36	94	2	130	16	0	54	29	1.43
81571914--81571975	28	2.2	29	85	8	83	14	1	51	32	1.52
81573751--81573988	40	5.9	40	94	2	390	28	21	25	25	1.99
81573751--81574016	120	2.2	120	88	5	403	27	21	25	25	1.99
81575715--81575765	26	2.0	26	96	0	93	27	29	15	27	1.96
81577518--81577551	16	2.1	16	88	0	50	23	0	0	76	0.79
81585112--81585145	16	2.3	14	90	10	50	52	2	0	44	1.16
81586278--81586321	20	2.1	21	84	12	56	52	18	2	27	1.57
81586966--81587039	38	1.9	38	94	0	130	21	17	5	55	1.62
81587133--81587185	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
81596303--81596380	29	2.7	29	85	0	102	26	16	33	23	1.96
81603990--81604067	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
81611575--81611600	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
81612980--81613217	40	6.2	40	90	7	370	23	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81612968--81613204	79	3.1	79	92	4	378	23	21	27	27	1.99
81619717--81619742	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
81621121--81621362	40	6.2	40	92	4	397	23	21	27	27	1.99
81621109--81621349	78	3.1	79	94	1	421	22	21	27	27	1.99
81621108--81621333	79	2.9	78	95	2	407	23	21	27	27	1.99
81625798--81625867	28	2.5	28	83	2	97	32	28	12	25	1.93
81625798--81625859	27	2.3	27	85	2	79	35	30	11	22	1.89
81632167--81632219	21	2.5	21	84	0	79	32	24	26	16	1.97
81632612--81632668	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40
81632996--81633027	5	6.2	5	96	3	55	56	0	0	43	0.99
81633050--81633078	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
81635047--81635122	40	1.9	40	91	5	127	18	10	32	38	1.85
81635990--81636057	34	2.0	34	97	0	127	30	14	16	38	1.89
81646375--81646418	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
81647976--81648061	43	2.0	43	84	13	115	25	30	20	23	1.99
81650942--81650992	21	2.4	21	76	0	57	41	13	0	45	1.44
81651120--81651179	26	2.3	26	97	0	111	40	13	5	41	1.66
81653090--81653199	54	2.0	54	94	0	193	34	21	13	30	1.92
81653365--81653405	10	4.2	10	79	17	50	43	14	0	41	1.45
81653369--81653409	19	2.2	18	91	4	64	43	9	0	46	1.36
81658884--81658935	20	2.7	19	73	5	52	65	0	3	30	1.10
81659480--81659589	26	4.2	26	92	0	175	33	5	23	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81661369--81661653	136	2.1	136	97	0	543	24	18	25	31	1.97
81662476--81662500	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
81662790--81662885	39	2.5	39	81	10	99	34	3	2	60	1.24
81662798--81662884	19	4.4	18	77	13	75	35	3	1	59	1.22
81667411--81667440	15	1.9	16	93	6	53	70	3	0	26	1.03
81668904--81668933	15	2.0	15	100	0	60	53	20	0	26	1.46
81675836--81675893	24	2.4	24	82	0	62	18	51	3	25	1.62
81680011--81680054	23	2.0	23	86	13	65	50	2	9	38	1.47
81680896--81681163	47	5.7	47	82	1	313	17	16	23	43	1.88
81680896--81681160	94	2.8	94	84	2	352	16	16	23	43	1.87
81680892--81681183	25	12.4	25	65	13	82	15	16	23	44	1.86
81692151--81692240	31	2.9	31	91	0	153	27	25	16	30	1.97
81694291--81694321	14	2.2	14	100	0	62	32	32	12	22	1.92
81702852--81702974	46	2.7	43	85	7	138	28	17	28	25	1.98
81704044--81704069	12	2.2	12	100	0	52	30	30	23	15	1.95
81705745--81705812	3	22.7	3	100	0	136	0	33	0	66	0.92
81716175--81716220	22	2.1	22	95	0	83	23	10	19	45	1.82
81717481--81717553	38	1.9	38	97	2	139	30	5	10	53	1.58
81720876--81720919	19	2.3	19	88	0	61	13	2	25	59	1.46
81721155--81721210	17	3.4	17	70	9	62	41	17	12	28	1.86
81721152--81721220	32	2.2	32	97	0	129	36	17	13	33	1.88
81721163--81721219	19	3.3	19	63	27	54	35	15	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81733092--81733246	43	3.6	42	74	6	116	32	27	14	25	1.95
81745894--81745944	21	2.3	21	83	6	57	72	3	7	15	1.23
81747264--81747330	29	2.4	28	82	12	84	47	0	0	52	1.00
81747758--81747840	39	2.1	39	84	4	105	37	2	9	50	1.48
81754824--81754862	17	2.4	17	91	4	62	2	12	2	82	0.89
81755521--81755869	3	117.3	3	70	11	143	30	7	1	60	1.34
81755711--81755777	34	2.0	34	82	5	82	29	7	0	62	1.22
81766488--81766593	31	3.4	29	74	14	86	25	15	12	47	1.80
81768212--81768372	78	2.0	84	84	7	217	45	2	14	37	1.58
81777662--81777722	31	2.0	31	100	0	122	55	16	0	27	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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