genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.332.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97228995--97229084	36	2.6	34	78	13	94	54	1	13	31	1.46
97229064--97229105	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
97229558--97229641	33	2.3	38	84	11	106	52	0	13	34	1.40
97229626--97229667	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
97228785--97229909	562	2.0	562	95	1	2017	48	11	12	27	1.76
97229936--97230073	49	2.8	49	95	2	233	44	30	3	21	1.69
97230131--97230182	22	2.4	22	83	6	70	15	0	50	34	1.45
97230164--97230192	13	2.2	13	100	0	58	13	0	48	37	1.43
97231177--97231221	20	2.2	20	88	0	63	40	0	35	24	1.56
97232880--97232913	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
97237340--97237373	6	5.3	6	86	13	50	0	20	0	79	0.73
97237655--97237720	18	3.7	18	68	11	64	68	24	4	3	1.23
97237659--97237740	32	2.5	33	92	7	132	71	18	6	3	1.21
97237716--97237762	24	1.9	23	83	12	58	76	12	4	6	1.12
97237712--97237758	13	3.5	13	78	18	51	82	8	4	4	0.91
97237788--97237817	12	2.5	12	100	0	60	10	43	0	46	1.37
97238514--97238615	37	2.6	37	75	20	93	32	4	4	57	1.41
97240287--97240322	12	3.0	12	87	0	54	25	22	5	47	1.73
97247248--97247472	72	3.1	71	82	1	315	24	13	22	39	1.90
97247083--97247700	259	2.4	259	95	0	1094	25	14	23	35	1.93
97247512--97247700	72	2.6	72	83	6	240	25	14	24	35	1.93
97247342--97247794	198	2.4	187	83	5	539	25	16	23	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97247723--97248133	87	4.8	87	82	8	452	27	17	20	34	1.95
97247953--97247987	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
97247735--97248060	181	1.8	175	84	5	438	25	16	20	36	1.94
97247967--97248578	77	7.7	77	80	9	610	29	16	19	33	1.94
97248375--97248537	88	1.9	88	85	2	229	25	15	20	38	1.92
97248560--97248621	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
97249321--97249407	35	2.6	33	89	10	142	73	16	6	3	1.18
97249446--97249475	12	2.5	12	100	0	60	10	43	0	46	1.37
97250105--97250144	20	1.9	20	85	10	53	30	0	2	67	1.04
97254611--97254715	27	3.9	27	85	9	126	34	22	24	18	1.96
97256331--97256387	26	2.3	23	81	16	78	33	26	7	33	1.83
97256337--97256389	26	2.0	26	96	0	97	35	24	7	32	1.84
97257028--97257052	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
97259884--97259956	18	4.1	18	85	3	94	31	19	13	35	1.91
97265799--97265863	25	2.4	27	80	17	82	52	26	10	10	1.69
97266857--97266899	20	2.2	20	87	4	61	39	4	0	55	1.20
97266946--97267003	17	3.2	17	73	21	64	63	0	1	34	1.04
97266950--97267007	10	6.2	10	77	20	56	62	0	1	36	1.06
97266939--97267013	37	2.0	37	100	0	150	62	0	2	34	1.09
97274658--97274721	31	2.1	31	96	0	119	35	7	9	46	1.65
97290708--97290752	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
97290781--97290887	28	3.7	27	73	23	74	26	19	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97290776--97290917	61	2.3	61	82	8	155	28	19	26	26	1.99
97295171--97295260	44	2.0	44	95	0	162	44	16	7	31	1.76
97295389--97295441	26	2.0	26	96	0	97	39	0	13	47	1.43
97300406--97300440	11	3.2	11	100	0	70	34	17	0	48	1.47
97301158--97301197	9	4.4	9	80	0	53	50	2	2	45	1.28
97301647--97301679	16	2.1	16	100	0	66	30	0	6	63	1.18
97303063--97303105	23	1.9	23	85	4	61	65	2	6	25	1.30
97311828--97311875	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
97311824--97311880	27	2.1	27	100	0	114	28	0	14	57	1.37
97314566--97314625	23	2.6	23	84	7	68	30	1	1	66	1.11
97314582--97314606	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
97314581--97314662	25	3.4	24	70	18	62	32	2	1	63	1.15
97314653--97314733	17	4.8	16	75	18	51	32	3	2	61	1.26
97314688--97314734	17	2.7	18	80	12	62	31	2	0	65	1.04
97315139--97315194	26	2.2	26	100	0	112	35	0	28	35	1.58
97315697--97315764	25	2.8	25	79	2	66	27	2	2	66	1.21
97318512--97318780	128	2.1	128	90	0	421	28	19	24	27	1.99
97324746--97324783	20	1.9	20	88	0	58	31	23	26	18	1.97
97329226--97329269	13	3.2	14	81	15	56	59	0	0	40	0.98
97330269--97330325	29	1.9	30	82	3	71	22	21	12	43	1.85
97330655--97330710	22	2.5	23	83	11	71	26	5	0	67	1.11
97330735--97330771	17	2.1	19	85	10	51	32	0	8	59	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97330817--97330891	30	2.6	29	83	8	89	34	2	6	56	1.40
97331078--97331107	9	3.3	9	90	0	51	40	0	0	60	0.97
97334079--97334171	32	2.9	32	93	0	159	34	6	21	37	1.79
97335655--97335707	26	2.0	26	85	7	72	35	22	16	24	1.95
97335902--97335948	21	2.2	21	85	11	60	12	2	51	34	1.52
97343964--97344165	39	5.2	39	96	0	359	21	19	33	25	1.97
97352014--97352215	39	5.2	39	96	0	359	21	19	33	25	1.97
97354038--97354432	86	4.9	82	86	8	485	27	17	20	33	1.95
97354111--97354352	73	3.2	73	87	5	340	25	17	20	36	1.94
97354111--97354601	161	3.1	160	85	5	554	27	17	19	35	1.95
97354281--97354443	88	1.9	88	96	0	299	27	18	21	32	1.97
97354349--97354519	73	2.3	75	86	3	229	29	17	18	33	1.94
97356030--97356086	29	1.9	30	82	3	71	22	21	12	43	1.85
97358091--97358146	25	2.4	23	82	8	69	55	7	0	37	1.27
97358363--97358409	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
97368843--97368893	15	3.5	15	81	13	70	60	0	9	29	1.28
97370501--97370704	76	2.6	76	81	9	227	37	3	37	21	1.70
97372209--97372249	22	1.9	21	85	5	55	41	12	9	36	1.76
97372614--97372699	31	2.9	30	79	5	93	34	10	12	41	1.78
97373453--97373500	20	2.3	20	82	3	60	25	16	12	45	1.82
97373462--97373504	20	2.2	20	91	0	68	25	11	11	51	1.72
97377419--97377474	25	2.2	25	96	0	103	3	3	26	66	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97377438--97377500	32	1.9	33	87	3	92	3	4	22	69	1.21
97381771--97381795	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
97383129--97383221	46	2.0	45	97	2	177	36	35	6	21	1.79
97383272--97383297	13	2.0	13	100	0	52	46	30	7	15	1.74
97396675--97396710	9	3.9	9	89	7	54	80	0	2	16	0.83
97399068--97399101	17	2.0	17	94	0	59	32	11	5	50	1.63
97399409--97399534	63	2.0	63	100	0	252	30	11	17	41	1.84
97413246--97413294	25	2.0	25	91	0	80	42	6	24	26	1.78
97418664--97418693	12	2.5	12	100	0	60	46	0	43	10	1.37
97418732--97418794	18	3.6	17	73	18	58	3	6	12	77	1.07
97418723--97418820	33	3.0	33	85	11	130	4	5	15	75	1.13
97419477--97420789	88	15.9	83	71	18	313	34	20	18	27	1.95
97419645--97419706	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
97419801--97419835	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
97419814--97420213	76	5.3	76	79	6	386	33	18	18	30	1.95
97419855--97420213	76	4.8	76	82	6	387	32	18	18	30	1.95
97419853--97420378	74	6.8	73	76	12	439	32	19	18	29	1.96
97420127--97420302	92	2.0	89	86	6	248	32	19	19	27	1.97
97420055--97420777	165	4.3	166	89	4	953	33	21	18	26	1.97
97420372--97420544	76	2.3	77	85	5	244	32	20	19	27	1.97
97420524--97420558	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
97420051--97420789	331	2.2	334	85	5	998	33	20	18	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97420454--97420787	180	1.9	176	85	3	463	35	21	17	25	1.95
97420812--97421006	72	2.7	72	82	4	214	37	22	14	25	1.92
97421006--97421167	71	2.4	66	81	11	172	33	24	14	27	1.95
97427896--97427941	19	2.4	19	81	0	56	47	4	19	28	1.68
97430396--97430425	12	2.5	12	100	0	60	46	0	43	10	1.37
97430464--97430554	34	2.7	34	94	3	157	3	6	15	74	1.15
97431896--97432058	35	4.5	35	81	7	191	33	24	11	31	1.90
97431890--97432058	75	2.3	73	82	6	209	33	23	11	31	1.90
97437121--97437163	20	2.3	18	80	8	50	16	6	6	69	1.32
97443935--97443982	21	2.3	21	100	0	96	27	20	16	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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