genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.322.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94674858--94674894	13	3.0	13	88	7	51	86	0	13	0	0.57
94675769--94675799	6	5.3	6	92	7	55	87	0	12	0	0.55
94682053--94682127	24	3.3	22	78	10	80	60	1	6	32	1.31
94682037--94682127	46	2.0	47	85	10	125	57	1	8	32	1.37
94682030--94682177	24	6.2	23	68	21	74	57	2	9	30	1.44
94684510--94684693	67	2.8	64	77	8	203	29	16	30	22	1.96
94684990--94685141	28	5.6	27	72	13	132	31	15	26	25	1.96
94685067--94685166	28	3.6	28	81	8	114	30	20	26	24	1.98
94684990--94685148	53	2.9	56	85	7	236	31	16	26	25	1.97
94696114--94696144	16	1.9	16	100	0	62	32	22	12	32	1.92
94697518--94697555	18	2.1	18	100	0	76	34	21	10	34	1.87
94699640--94699694	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
94702360--94702426	33	2.0	33	97	0	125	32	16	5	44	1.72
94708312--94708366	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
94712420--94712451	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
94720124--94720195	35	2.1	35	97	0	135	22	0	29	48	1.51
94721824--94721869	22	2.1	22	91	0	74	21	19	21	36	1.95
94723056--94723106	25	2.0	25	96	0	93	43	19	7	29	1.79
94723854--94723910	29	2.0	29	83	13	73	63	5	0	31	1.17
94726509--94726632	51	2.4	51	83	2	151	35	16	6	41	1.74
94728079--94728147	31	2.2	31	89	0	102	31	8	14	44	1.75
94729651--94729689	19	2.1	19	100	0	78	28	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94730954--94730983	13	2.3	13	94	0	51	30	6	3	60	1.39
94732326--94732611	136	2.1	137	96	0	520	32	25	18	24	1.97
94732859--94732911	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
94734397--94734558	26	6.2	26	95	0	270	36	24	5	33	1.79
94734397--94734558	78	2.1	78	97	0	306	36	24	5	33	1.79
94739850--94739883	15	2.4	14	90	5	50	20	2	0	76	0.92
94741834--94741881	20	2.5	20	86	3	62	64	0	6	29	1.18
94742516--94742802	142	2.0	142	100	0	574	32	12	15	39	1.85
94743354--94743451	39	2.6	37	77	4	99	54	4	6	35	1.45
94743970--94744056	16	5.7	16	72	15	67	3	3	22	70	1.18
94743957--94744050	44	2.1	45	84	2	118	3	5	18	73	1.16
94744002--94744037	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
94744002--94744035	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
94744682--94744923	88	2.8	86	80	8	292	34	20	18	26	1.96
94744852--94744995	72	2.0	71	91	1	234	38	23	16	21	1.93
94751517--94751803	142	2.0	142	100	0	574	32	12	15	39	1.85
94752964--94752998	15	2.3	15	95	0	61	5	0	31	62	1.18
94759445--94759513	34	2.0	34	100	0	138	46	0	5	47	1.26
94759451--94759566	34	3.8	29	74	11	90	37	2	6	52	1.42
94760344--94760399	19	2.9	19	82	17	71	25	1	0	73	0.93
94764546--94764601	15	3.7	15	78	19	53	32	0	0	67	0.91
94764653--94764710	24	2.4	24	81	13	66	29	0	3	67	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94769895--94769931	17	2.2	17	90	4	58	27	0	2	70	1.01
94770872--94770948	29	2.6	29	76	15	77	25	14	14	45	1.82
94774138--94774227	45	2.0	45	93	0	153	26	10	27	35	1.88
94774245--94774317	29	2.6	29	86	2	94	27	13	30	28	1.94
94775707--94775735	11	2.5	12	88	11	51	55	24	0	20	1.44
94778827--94778880	5	11.0	5	84	11	76	38	0	1	59	1.08
94778837--94778875	7	5.4	7	82	17	53	38	0	2	58	1.12
94780148--94780200	15	3.5	15	89	0	88	33	0	13	52	1.40
94780575--94780649	21	3.4	23	82	12	95	13	21	26	38	1.90
94780767--94781044	18	15.1	18	70	11	152	34	10	14	39	1.81
94780765--94780899	72	1.9	72	84	3	182	38	9	13	38	1.77
94785403--94785492	45	2.0	45	100	0	180	26	11	28	33	1.91
94785510--94785582	29	2.6	29	86	2	94	27	13	30	28	1.94
94787527--94787634	45	2.4	45	82	3	128	34	18	23	24	1.96
94789393--94789436	21	2.1	21	100	0	88	36	27	4	31	1.77
94790033--94790072	17	2.4	17	83	8	55	40	5	0	55	1.22
94790617--94790721	53	2.0	53	94	0	183	45	10	16	27	1.80
94791203--94791254	19	2.5	21	81	12	63	28	5	0	65	1.16
94791947--94792120	30	5.8	30	91	1	278	25	48	3	22	1.66
94791947--94792120	60	2.9	60	96	0	314	25	48	3	22	1.66
94792673--94792821	25	5.6	27	71	13	87	34	7	4	53	1.50
94792674--94792748	27	2.9	25	76	4	78	37	4	2	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94792779--94792827	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
94792984--94793031	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
94792984--94793035	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
94796650--94796690	14	2.9	15	78	14	59	56	9	0	34	1.32
94799048--94799153	54	1.9	55	83	5	135	39	18	14	27	1.89
94799221--94799255	14	2.5	14	90	0	52	54	2	22	20	1.58
94799097--94799311	91	2.4	88	83	8	251	34	20	17	26	1.95
94799329--94799571	70	3.4	70	79	5	220	31	24	17	26	1.97
94799994--94800278	74	3.9	73	77	9	235	32	20	16	30	1.95
94813259--94813369	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
94820511--94820621	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
94831528--94831702	71	2.5	69	86	3	226	29	14	22	34	1.93
94831800--94832281	140	3.4	140	96	1	867	24	16	20	37	1.93
94831800--94832910	280	3.9	277	74	18	903	27	16	20	35	1.94
94832125--94832158	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
94832420--94832447	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
94832456--94832637	75	2.5	74	90	1	285	31	15	23	30	1.95
94832512--94832857	127	2.7	128	83	8	416	26	16	20	36	1.94
94832878--94833021	73	1.9	74	90	2	227	26	18	23	31	1.97
94832769--94833185	164	2.5	165	93	1	687	27	17	20	34	1.95
94833041--94833266	75	3.0	73	84	4	292	29	16	20	33	1.95
94833243--94833284	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94833246--94833295	14	3.6	14	81	7	57	20	12	4	64	1.43
94834043--94834156	30	3.8	30	92	2	176	26	48	2	22	1.64
94834043--94834156	59	1.9	60	90	1	185	26	48	2	22	1.64
94834698--94834774	2	40.5	2	76	14	74	41	2	1	54	1.22
94834804--94834852	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
94835008--94835055	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
94835008--94835059	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
94837421--94837661	95	2.5	94	88	6	333	47	15	10	26	1.78
94839435--94839490	20	2.7	21	80	8	60	69	7	8	14	1.35
94839534--94839607	3	24.7	3	94	0	94	59	0	8	32	1.27
94839929--94840053	3	41.7	3	77	9	103	61	1	5	31	1.28
94839937--94840002	25	2.7	24	81	11	80	57	1	6	34	1.33
94840247--94840309	15	4.1	15	84	12	58	63	0	9	26	1.25
94840235--94840349	29	4.0	29	71	8	81	65	1	7	25	1.29
94840297--94840358	23	2.7	23	73	9	54	64	4	6	24	1.37
94840862--94840910	10	4.5	11	78	12	57	73	2	0	24	0.94
94842168--94842200	14	2.3	15	89	5	50	54	9	9	27	1.62
94843693--94843734	16	2.6	16	82	14	59	0	9	4	85	0.72
94843694--94843732	12	3.5	11	86	13	53	0	10	2	87	0.65
94844372--94844543	91	1.9	90	86	1	245	36	20	18	25	1.95
94844512--94844617	54	1.9	55	83	5	135	38	19	13	28	1.89
94844597--94844630	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94844416--94845095	140	4.8	140	95	2	1159	36	19	17	26	1.93
94844652--94844757	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
94844748--94844772	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
94844416--94845252	280	2.9	279	89	6	1191	37	20	17	25	1.94
94845028--94845171	72	2.0	72	89	1	218	38	22	16	22	1.93
94845099--94845256	85	1.8	86	90	1	255	37	22	16	22	1.93
94845099--94845279	85	2.1	85	83	5	231	42	20	14	22	1.88
94845185--94845350	72	2.3	71	87	3	233	42	20	14	22	1.88
94844986--94845335	157	2.2	157	94	0	619	36	22	16	24	1.94
94845350--94845613	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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