genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79760627--79760672	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
79760634--79760678	23	2.0	23	82	8	56	40	11	11	37	1.76
79769098--79769158	23	2.7	22	85	5	86	26	24	19	29	1.99
79769520--79769622	50	2.0	51	98	1	199	23	11	13	51	1.74
79777963--79778010	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79778053--79778113	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
79778163--79778304	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	26	1.99
79778163--79778304	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
79778496--79778558	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
79786064--79786111	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79786154--79786214	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
79786264--79786402	23	6.0	24	86	8	180	29	21	21	27	1.99
79786594--79786657	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
79787638--79787858	27	8.1	27	95	1	334	34	17	14	33	1.90
79787646--79787858	54	3.9	54	95	0	390	33	17	14	34	1.90
79787646--79787857	81	2.6	81	96	0	388	33	17	13	34	1.90
79788200--79788238	16	2.4	16	86	0	51	7	17	23	51	1.71
79793180--79793222	19	2.2	20	87	4	61	25	6	41	25	1.80
79793302--79793363	29	2.2	29	91	2	99	29	12	27	30	1.93
79793622--79793674	27	2.0	26	81	3	61	49	20	16	13	1.79
79799502--79799541	18	2.2	18	86	8	55	45	15	12	27	1.82
79804189--79804374	40	4.7	40	87	7	229	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79812289--79812481	40	4.8	40	85	5	205	25	26	21	26	1.99
79819957--79820068	28	4.0	28	81	4	127	29	12	27	30	1.93
79819959--79820066	56	1.9	56	92	0	180	28	12	27	30	1.93
79822468--79822774	49	6.3	49	95	0	537	29	29	7	33	1.85
79828516--79828666	40	3.8	39	82	2	142	23	27	22	25	2.00
79828516--79828666	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
79836529--79836678	40	3.8	39	80	3	140	23	28	22	26	1.99
79841940--79842042	42	2.5	40	80	10	127	22	21	33	23	1.98
79844260--79844301	21	2.0	20	86	4	57	52	4	9	33	1.55
79845983--79846029	24	2.0	24	100	0	94	17	31	29	21	1.96
79861416--79861471	27	2.1	27	100	0	112	30	7	37	25	1.82
79863420--79863489	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
79863420--79863501	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
79871343--79871412	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
79871343--79871424	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
79874059--79874128	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
79874030--79874140	27	4.0	28	80	10	102	29	13	23	33	1.93
79881983--79882052	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
79881983--79882064	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
79887154--79887195	21	2.1	21	86	8	61	33	4	11	50	1.60
79888569--79888656	38	2.3	38	98	0	167	44	11	2	42	1.53
79893242--79893459	40	5.4	40	85	3	251	26	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79893242--79893459	120	1.8	120	82	4	278	26	23	26	22	2.00
79893242--79893485	40	6.1	40	82	6	154	26	24	26	22	2.00
79893308--79893485	80	2.2	80	82	0	194	27	24	26	21	1.99
79899683--79899901	40	5.4	40	84	4	244	26	24	26	22	2.00
79899683--79899915	81	2.9	80	80	3	227	27	24	26	22	2.00
79899683--79899901	121	1.8	121	82	4	280	26	24	26	22	2.00
79904929--79904998	28	2.5	28	90	4	106	30	27	15	27	1.96
79912641--79912739	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
79916200--79916368	23	7.4	22	87	4	203	20	25	25	28	1.99
79916203--79916368	69	2.4	69	87	4	228	21	25	25	28	1.99
79918803--79919293	47	10.3	48	93	2	778	31	8	30	29	1.87
79918902--79918977	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
79918803--79919293	96	5.1	95	93	2	772	31	8	30	29	1.87
79927064--79927265	23	8.8	23	81	4	237	22	20	26	30	1.98
79929409--79929519	55	2.0	55	92	0	186	19	16	30	33	1.94
79933903--79934034	39	3.4	38	88	2	183	25	27	18	28	1.98
79936295--79936331	7	5.3	7	90	0	56	32	0	51	16	1.45
79938025--79938228	40	5.1	40	86	2	234	25	28	21	24	1.99
79946222--79946423	40	5.1	40	85	4	225	25	27	22	24	2.00
79948346--79948371	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
79952112--79952218	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
79952197--79952327	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79952197--79952327	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
79959467--79959596	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
79959483--79959634	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
79959483--79959632	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
79964500--79964544	23	1.9	24	90	4	74	24	51	2	22	1.60
79964800--79964957	27	5.9	27	90	2	237	41	20	14	23	1.89
79967192--79967227	7	5.1	7	86	0	54	30	0	41	27	1.56
79970319--79970590	48	5.7	48	81	5	302	27	19	28	25	1.98
79970319--79970590	144	1.9	144	87	0	400	27	19	28	25	1.98
79972423--79972456	18	1.9	18	88	5	52	55	2	11	29	1.50
79973175--79973224	10	5.0	10	81	13	59	68	2	8	22	1.26
79982088--79982193	43	2.5	42	80	3	122	22	16	25	35	1.94
79990402--79990572	93	1.8	93	93	2	299	26	29	22	21	1.99
79990394--79990574	46	3.9	46	80	11	217	27	29	22	21	1.99
79992953--79993041	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
79992953--79993032	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
79992964--79993041	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
80001798--80002101	49	6.3	48	74	8	185	24	25	20	30	1.98
80001798--80002118	94	3.3	95	77	6	276	23	25	19	30	1.98
80001798--80002154	94	3.7	93	77	7	258	23	25	20	30	1.98
80011516--80011665	41	3.7	41	83	1	212	20	22	28	28	1.99
80019597--80019701	40	2.6	41	76	3	122	22	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80026636--80026660	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
80026866--80026995	66	1.9	67	84	10	174	33	16	30	20	1.94
80034242--80034399	68	2.3	68	98	0	307	30	14	30	24	1.95
80047831--80047883	25	2.1	25	100	0	106	37	3	28	30	1.75
80048736--80048794	29	2.0	29	90	0	91	16	18	22	42	1.89
80052076--80052247	43	4.0	42	75	13	138	27	16	22	34	1.95
80061619--80061770	47	3.4	47	71	17	158	23	19	28	28	1.98
80061569--80061826	88	2.8	92	87	5	371	22	20	27	29	1.99
80061572--80061831	46	5.7	46	69	21	181	22	20	26	29	1.99
80067591--80067760	46	3.7	46	78	10	202	24	20	25	29	1.99
80067589--80067815	93	2.4	93	92	0	373	24	19	26	29	1.98
80067637--80067808	47	3.7	47	76	13	192	25	19	25	29	1.99
80072288--80072462	40	4.3	40	84	0	206	24	26	22	26	2.00
80078056--80078301	49	5.0	49	80	3	285	28	25	18	27	1.98
80078113--80078193	26	3.2	26	63	30	66	28	27	17	27	1.97
80079554--80079649	48	2.0	48	100	0	192	20	22	18	37	1.94
80082554--80082621	27	2.5	28	95	2	120	29	13	26	30	1.94
80082554--80082635	27	3.0	27	84	8	69	29	14	24	31	1.95
80091501--80091610	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
80091501--80091650	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
80103220--80103289	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
80103220--80103301	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80110735--80110797	24	2.6	24	97	0	117	19	17	28	34	1.94
80118595--80118657	24	2.6	24	97	0	117	19	17	28	34	1.94
80121384--80121510	40	3.2	41	83	9	156	23	29	24	22	1.99
80124884--80124979	40	2.4	39	83	10	115	29	27	14	29	1.95
80129093--80129160	34	2.0	33	85	2	91	29	20	19	30	1.97
80142087--80142162	40	1.9	40	94	0	134	14	13	35	36	1.85
80142954--80142994	15	2.7	15	88	3	64	90	9	0	0	0.46
80142955--80142994	21	1.9	21	94	0	71	90	10	0	0	0.47
80146253--80146288	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
80147047--80147109	28	2.2	30	80	13	78	60	3	3	33	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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