genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335197--335229	17	1.9	17	93	0	57	15	3	0	81	0.80
335419--335459	19	2.0	19	86	13	55	43	4	2	48	1.37
337226--337283	21	2.8	21	77	15	57	17	37	36	8	1.80
338120--338319	102	2.0	98	87	9	291	37	12	1	49	1.50
351509--351556	13	3.8	13	79	20	50	58	4	0	37	1.18
351607--351650	21	2.0	23	82	8	56	56	4	0	38	1.20
353584--353617	13	2.6	13	85	0	50	23	11	8	55	1.63
354859--354932	38	2.0	38	89	2	114	58	5	1	35	1.30
356313--356365	20	2.7	19	82	2	52	45	1	1	50	1.23
356366--356422	30	1.9	30	82	13	73	47	1	0	50	1.11
356747--356814	31	2.2	31	86	2	93	57	5	16	20	1.60
357072--357104	2	16.5	2	93	0	57	0	45	3	51	1.16
360822--360868	13	3.7	13	86	11	62	72	2	0	25	0.96
362691--362863	93	1.9	93	87	0	256	27	28	20	22	1.99
366583--366662	38	2.1	38	88	0	115	20	21	28	30	1.98
366634--366907	43	6.4	43	90	1	383	13	22	33	30	1.93
372091--372252	26	6.2	26	91	1	254	35	24	6	33	1.80
372091--372252	78	2.1	78	95	0	288	35	24	6	33	1.80
376616--376831	46	4.7	46	91	0	315	39	15	23	21	1.91
376566--376831	138	2.0	130	87	5	379	39	15	23	21	1.92
380550--380580	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
383749--383910	26	6.2	26	91	1	254	35	24	6	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
383749--383910	78	2.1	78	95	0	288	35	24	6	33	1.80
385214--385342	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
387917--388190	46	6.0	46	92	0	415	22	23	14	39	1.91
398197--398229	13	2.6	13	90	4	50	81	3	0	15	0.80
399286--399346	21	2.9	21	87	0	86	27	9	34	27	1.89
399557--399636	18	4.6	18	69	20	71	48	1	2	47	1.23
410258--410309	25	2.1	25	96	0	95	28	13	11	46	1.78
412691--412716	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
422765--422810	20	2.3	20	85	10	60	43	2	0	54	1.12
424295--424322	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
426188--426291	9	11.0	9	68	9	55	56	1	3	37	1.28
426608--426642	17	2.0	18	88	5	54	25	2	0	71	1.00
446776--446812	19	1.9	19	88	0	56	59	0	27	13	1.35
448133--448184	25	2.1	25	85	0	68	36	9	15	38	1.80
449724--449879	42	3.7	43	75	9	149	26	19	23	30	1.98
449699--449867	85	2.0	86	92	1	286	25	19	24	30	1.98
449705--449890	85	2.2	85	89	0	264	26	19	25	29	1.99
451669--451693	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
454094--454146	20	2.7	20	85	8	65	41	0	5	52	1.25
454604--454648	23	2.0	23	86	8	65	77	2	8	11	1.07
455638--455686	23	2.2	22	89	10	73	10	8	38	42	1.68
457845--458014	53	3.2	53	82	8	211	24	25	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
458951--459308	183	2.0	183	97	0	671	35	8	22	33	1.85
459949--459982	8	4.0	9	88	11	54	79	0	8	11	0.94
466115--466163	15	3.3	14	86	11	62	77	0	22	0	0.77
466127--466163	5	7.4	5	88	11	58	78	0	21	0	0.75
478695--478850	53	3.0	53	88	2	208	26	16	27	29	1.97
481758--481872	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
481758--481891	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
488844--488994	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
493588--493640	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
509661--509686	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
511962--511991	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
515367--515396	9	3.3	9	90	0	51	0	3	20	76	0.92
519809--519847	18	2.2	18	86	9	53	66	0	5	28	1.12
519904--519936	14	2.3	15	89	5	50	39	0	0	60	0.97
525032--525091	30	2.0	30	100	0	120	56	6	6	30	1.51
526947--526980	9	3.8	9	88	11	52	20	2	0	76	0.92
527802--527916	54	2.1	55	88	1	169	38	19	18	24	1.93
527809--527957	54	2.8	52	83	8	165	38	20	16	24	1.92
533209--533433	27	8.4	27	62	21	64	57	5	5	30	1.46
533282--533307	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
533441--533492	15	3.6	15	74	7	54	53	1	7	36	1.41
533512--533609	38	2.6	39	77	6	103	53	3	6	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
533554--533612	23	2.5	23	71	17	59	57	5	5	32	1.42
534025--534066	18	2.3	18	91	0	75	45	4	40	9	1.58
534970--535027	30	1.9	30	89	6	91	43	25	8	22	1.82
535058--535225	88	1.9	89	85	3	232	38	19	16	25	1.93
534802--535616	256	3.3	244	83	7	899	34	19	16	28	1.94
535183--535720	77	6.9	78	79	12	358	33	19	17	30	1.95
535238--535542	170	1.8	166	87	4	450	30	20	19	29	1.97
535298--535468	93	1.8	94	86	3	247	31	19	21	27	1.97
535392--535739	75	4.7	73	87	5	430	32	20	17	30	1.95
535392--535742	152	2.4	145	85	5	452	31	19	17	31	1.95
535687--535791	49	2.1	50	94	3	185	32	20	16	31	1.94
535861--535966	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
535946--535979	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
535817--536164	140	2.5	140	95	2	617	37	20	17	25	1.94
536001--536106	54	1.9	54	81	9	126	37	17	15	29	1.91
536096--536262	72	2.3	70	86	7	228	41	20	14	23	1.89
536137--536383	122	2.0	124	88	3	374	39	23	12	24	1.90
536262--536436	71	2.5	70	85	3	210	34	24	13	28	1.92
544805--544858	21	2.7	20	73	2	63	3	0	31	64	1.11
545401--545440	18	2.3	18	95	4	73	32	15	0	52	1.43
546455--546500	20	2.4	19	80	16	51	39	6	0	54	1.26
546929--546987	7	8.1	7	77	7	55	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
548366--548474	58	1.9	58	87	5	161	46	4	3	44	1.41
553263--553290	5	5.6	5	100	0	56	78	21	0	0	0.75
557866--557920	28	2.0	29	82	7	69	40	5	7	47	1.54
557995--558028	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
562840--562879	20	2.0	21	85	5	55	37	2	0	60	1.11
563591--563629	20	2.0	20	84	0	51	61	2	0	35	1.10
563955--564013	21	2.6	22	82	15	68	45	1	0	52	1.10
565473--565506	16	2.1	17	88	5	52	11	0	8	79	0.94
565667--565700	17	2.0	17	94	0	59	61	2	5	29	1.34
565823--565902	26	3.2	26	68	13	85	47	8	7	36	1.63
565819--565921	50	2.1	50	100	0	206	47	7	7	36	1.61
566950--567072	45	2.8	45	81	8	144	33	11	13	42	1.79
582654--582722	32	2.2	32	94	2	122	26	2	23	47	1.65
602662--602738	30	2.6	29	76	15	77	48	3	2	45	1.34
603321--603420	18	5.3	18	70	21	71	60	6	1	33	1.28
603332--603433	32	3.4	32	72	20	112	61	4	0	33	1.17
604964--605175	51	4.2	51	88	0	325	30	21	13	34	1.91
604961--605159	102	2.0	102	96	0	371	31	21	13	33	1.92
612279--612311	13	2.5	14	85	14	52	54	3	0	42	1.15
612504--612557	29	2.0	27	82	17	67	57	7	7	27	1.53
613058--613089	14	2.3	14	100	0	64	43	6	15	34	1.72
615364--615398	14	2.6	14	86	4	54	20	8	0	71	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622555--622589	16	2.2	16	89	0	52	71	2	0	25	1.00
622593--622647	28	2.0	28	96	0	101	34	16	10	38	1.84
622932--623004	35	2.1	34	94	2	128	36	20	4	38	1.72
631154--631208	24	2.3	24	84	6	67	41	5	3	49	1.43
633068--633093	10	2.6	10	100	0	52	42	0	0	57	0.98
637241--637281	7	5.9	7	97	0	73	39	29	0	31	1.57
638594--638637	20	2.2	20	84	8	54	47	2	2	47	1.27
639255--639299	18	2.4	18	92	3	72	40	8	15	35	1.79
644177--644216	7	5.7	7	82	11	55	15	0	0	85	0.61
644178--644220	21	2.0	21	95	0	77	16	0	0	83	0.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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