genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82415004--82415145	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
82415043--82415171	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
82422969--82423110	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
82423008--82423136	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
82426942--82426976	18	1.9	18	94	0	61	37	17	8	37	1.80
82434002--82434177	46	3.8	46	80	12	216	20	21	29	28	1.98
82433999--82434169	93	1.8	93	94	0	306	20	21	29	28	1.98
82438464--82438551	44	2.0	44	97	0	167	34	29	7	28	1.86
82443968--82444159	40	4.8	39	82	5	163	23	22	28	24	1.99
82443968--82444159	79	2.4	81	83	6	232	23	22	28	24	1.99
82443968--82444185	79	2.7	77	80	8	206	24	22	27	25	2.00
82446003--82446072	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
82452550--82452619	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
82457047--82457237	40	4.8	38	79	6	159	24	23	28	24	2.00
82457046--82457237	79	2.4	81	82	6	223	24	22	28	24	2.00
82457098--82457263	79	2.1	79	80	4	192	24	22	28	25	1.99
82459096--82459165	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
82467090--82467156	27	2.4	28	95	2	118	29	13	25	31	1.94
82469843--82469918	28	2.7	29	88	8	113	25	28	15	30	1.96
82470007--82470042	9	3.9	9	85	7	54	13	36	19	30	1.91
82470007--82470043	19	1.9	19	94	0	65	13	37	18	29	1.90
82470154--82470249	29	3.3	30	82	8	110	27	30	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82470168--82470253	28	3.0	28	80	13	104	27	30	12	29	1.93
82470322--82470367	19	2.5	19	82	3	58	15	39	19	26	1.91
82469846--82470476	324	2.0	322	90	1	1014	25	31	15	27	1.95
82471723--82471753	16	1.9	16	93	0	53	6	9	35	48	1.62
82477929--82478068	29	4.9	28	76	8	115	26	34	14	25	1.94
82481871--82482088	40	5.7	40	75	11	186	29	26	20	24	1.99
82481884--82482085	112	1.8	112	84	0	278	29	26	20	23	1.99
82487176--82487206	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
82490550--82491305	206	3.7	206	92	1	1178	31	18	21	29	1.97
82492768--82492792	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
82502735--82502852	43	2.7	44	76	13	120	30	24	19	25	1.98
82507749--82507775	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
82513097--82513204	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82518334--82518500	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
82531904--82531959	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
82531893--82531959	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
82532009--82532128	23	5.1	23	90	4	195	29	21	20	29	1.98
82532008--82532135	24	5.4	23	89	3	184	29	21	21	28	1.98
82532008--82532128	47	2.6	47	95	0	215	29	21	19	28	1.98
82532342--82532402	31	2.0	31	90	0	95	34	16	24	24	1.95
82534442--82534493	27	1.9	27	84	0	68	40	21	21	17	1.91
82534635--82534805	27	6.4	27	85	6	224	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82534635--82534867	54	4.4	52	83	8	254	26	19	18	35	1.95
82534658--82534869	105	2.0	104	84	0	271	25	20	18	35	1.95
82534661--82534863	27	7.6	27	81	5	180	26	20	19	33	1.96
82543495--82543662	46	3.6	46	77	10	189	21	17	29	31	1.96
82543541--82543708	47	3.6	47	74	10	182	22	16	29	30	1.96
82543491--82543717	93	2.4	93	94	0	382	22	17	29	30	1.96
82550909--82551011	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
82558879--82558981	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
82564553--82564656	51	2.0	51	98	0	199	25	21	17	35	1.95
82566507--82566550	18	2.4	18	84	0	52	40	0	27	31	1.56
82576876--82577135	49	5.5	48	73	9	162	28	18	28	24	1.98
82576824--82576998	94	1.9	94	85	2	244	27	18	29	24	1.98
82576876--82576998	47	2.6	46	83	3	165	26	17	28	26	1.98
82584339--82584648	47	6.6	47	72	10	163	27	19	29	23	1.98
82584290--82584554	94	2.8	93	80	3	259	27	18	29	24	1.98
82585418--82585530	55	2.1	55	84	3	147	20	23	30	25	1.99
82585427--82585542	55	2.1	55	82	3	135	19	25	31	22	1.98
82588861--82588923	22	3.1	22	65	25	66	15	20	26	36	1.93
82588834--82589017	75	2.4	76	83	6	230	18	17	26	37	1.93
82588834--82589017	38	4.9	38	83	6	221	18	17	26	37	1.93
82589192--82589227	16	2.1	19	85	15	51	8	8	27	55	1.58
82593803--82593842	13	3.1	13	96	0	71	17	25	35	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82595876--82596028	39	3.9	39	87	0	225	24	30	19	25	1.98
82604769--82604824	5	11.6	5	84	3	71	78	1	0	19	0.84
82604772--82604824	23	2.5	22	87	9	74	79	1	0	18	0.83
82604769--82604823	28	2.0	27	89	10	85	80	1	0	18	0.81
82615933--82615957	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
82627334--82627379	22	2.1	22	84	4	58	23	4	2	69	1.17
82628467--82628503	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
82647019--82647123	39	2.7	39	93	1	183	26	21	29	21	1.99
82654999--82655141	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
82655000--82655181	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
82663118--82663339	46	4.8	46	82	9	290	20	20	29	29	1.98
82663164--82663332	93	1.8	93	94	0	302	20	21	30	28	1.98
82674745--82675007	40	6.7	40	85	4	288	28	26	20	23	1.99
82674745--82675007	79	3.3	80	82	5	295	28	26	20	23	1.99
82683011--82683255	40	6.1	40	86	5	300	28	26	20	24	1.99
82692256--82692283	6	4.7	6	100	0	56	85	14	0	0	0.59
82693526--82693912	118	3.0	131	77	12	516	38	11	10	38	1.77
82702908--82703013	20	5.3	20	71	8	81	38	14	31	16	1.88
82702908--82703027	40	3.0	40	91	0	195	39	15	29	16	1.89
82702924--82703027	20	5.2	20	70	0	82	39	15	28	16	1.89
82712259--82712429	83	2.1	83	83	4	211	29	26	21	22	1.99
82716409--82716449	20	2.0	20	100	0	82	48	0	9	41	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82718868--82718965	49	2.0	49	96	4	180	45	16	7	30	1.74
82722640--82722786	47	3.1	46	79	3	159	27	29	8	33	1.87
82726430--82726580	28	5.3	28	74	6	133	31	28	17	22	1.97
82726457--82726558	29	3.6	29	77	7	109	29	30	16	23	1.96
82726430--82726590	57	2.8	57	88	0	223	31	29	17	22	1.96
82726598--82726951	40	8.9	40	91	0	568	25	27	22	24	2.00
82728437--82728557	47	2.6	47	81	2	127	28	26	8	36	1.85
82738026--82738114	44	2.0	44	95	0	160	41	25	4	28	1.75
82744511--82744770	130	2.0	130	97	1	495	31	20	18	30	1.96
82748525--82748634	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
82748525--82748674	40	3.8	39	80	7	133	26	22	26	24	2.00
82750678--82750863	60	3.1	60	76	8	155	24	31	20	23	1.98
82759271--82759356	36	2.4	36	86	5	111	37	36	11	15	1.83
82770833--82770867	9	3.9	9	84	0	52	34	14	0	51	1.42
82771215--82771614	152	2.6	153	86	7	526	42	4	10	43	1.58
82771583--82771646	34	1.9	34	83	3	85	29	3	10	56	1.49
82775665--82775694	14	2.1	14	100	0	60	43	13	6	36	1.70
82777337--82777434	22	4.3	23	83	10	98	27	24	15	32	1.95
82779088--82779147	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
82779756--82779888	70	1.9	67	84	4	176	42	11	12	33	1.79
82780687--82780713	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
82780964--82780998	16	2.1	17	89	5	54	8	0	34	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82781127--82781561	126	3.5	126	91	0	699	37	14	19	28	1.91
82784832--82785015	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
82787795--82788296	128	3.9	130	90	2	739	56	5	3	34	1.40
82789364--82789389	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
82801273--82801345	29	2.5	29	84	0	92	21	34	16	27	1.95
82809119--82809196	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
82811136--82811233	37	2.7	37	84	4	110	39	4	16	39	1.67
82813451--82813524	36	2.1	36	92	0	121	52	8	4	35	1.50
82816103--82816138	19	1.9	18	88	5	54	55	25	0	19	1.43
82825692--82825805	42	2.7	41	80	9	122	25	32	16	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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