genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81779109--81779213	22	5.0	22	70	11	85	20	23	15	40	1.90
81779116--81779194	39	2.0	39	97	0	149	21	24	15	39	1.91
81780009--81780057	17	2.8	18	78	6	64	38	14	10	36	1.80
81780981--81781021	12	3.5	11	90	6	55	26	17	0	56	1.41
81781407--81781445	17	2.3	17	86	8	53	0	30	0	69	0.89
81781503--81781530	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81781789--81781854	3	21.7	3	96	3	123	66	0	0	33	0.92
81782058--81782114	24	2.4	24	90	0	87	42	17	5	35	1.72
81782406--81782478	3	24.3	3	100	0	146	65	0	0	34	0.93
81789780--81789846	20	3.3	20	82	0	80	41	5	17	34	1.74
81792779--81792881	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
81801097--81801130	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
81801554--81801588	17	2.1	17	89	10	54	2	17	2	77	1.02
81801880--81801911	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
81801991--81802056	3	21.7	3	90	3	105	65	1	0	33	1.02
81802270--81802335	33	2.0	33	100	0	132	36	9	15	39	1.79
81808733--81808766	18	1.9	17	88	5	50	20	2	8	67	1.31
81810552--81810586	17	2.0	18	88	5	54	20	0	8	71	1.11
81812373--81812402	15	2.0	15	100	0	60	20	0	6	73	1.05
81812687--81812730	21	2.1	21	100	0	88	50	4	9	36	1.55
81812757--81812846	39	2.2	41	88	3	130	52	6	1	40	1.35
81814024--81814060	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81815181--81815209	14	2.1	14	100	0	58	34	20	17	27	1.95
81823211--81823312	41	2.5	41	85	6	127	23	25	24	26	2.00
81826284--81826385	29	3.5	28	76	7	89	27	34	17	20	1.95
81834358--81834535	40	4.4	41	75	10	161	24	24	23	26	2.00
81834358--81834535	80	2.2	81	81	5	209	24	24	23	26	2.00
81836643--81836675	16	2.1	16	94	0	57	54	12	6	27	1.60
81843048--81843351	49	6.4	49	90	6	482	28	9	32	28	1.88
81843053--81843330	89	3.0	89	91	6	430	29	8	33	28	1.88
81843102--81843351	138	1.8	138	97	0	473	28	9	33	29	1.88
81843453--81843537	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
81845353--81845517	40	4.1	40	92	0	240	27	20	26	24	1.99
81845691--81845854	29	5.7	29	97	0	292	26	16	32	24	1.96
81846338--81846436	41	2.4	41	79	11	105	26	25	23	25	2.00
81849231--81849484	49	5.4	49	88	9	402	28	9	32	29	1.88
81849231--81849465	89	2.5	90	91	6	364	28	8	32	29	1.88
81849236--81849484	138	1.8	137	95	0	453	28	9	32	28	1.89
81849586--81849670	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
81851508--81851553	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
81851515--81851559	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
81860747--81860874	24	5.4	23	80	13	104	33	16	21	28	1.95
81860747--81860839	46	1.9	48	85	12	129	32	16	22	29	1.95
81860759--81860875	23	5.0	23	78	14	109	33	16	22	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81866575--81866637	30	2.1	30	100	0	126	42	6	14	36	1.71
81871954--81872113	39	4.1	39	95	0	284	23	30	25	20	1.99
81873039--81873064	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
81876877--81877059	46	4.0	46	91	1	269	21	23	14	39	1.91
81877038--81877083	24	1.9	24	100	0	92	28	23	13	34	1.92
81876992--81877128	70	2.0	70	100	0	274	25	24	13	36	1.92
81882075--81882286	46	4.9	39	76	19	183	37	14	25	22	1.92
81882114--81882330	46	4.7	46	86	3	276	40	14	24	21	1.90
81882066--81882320	138	1.9	130	84	7	341	39	13	24	21	1.90
81882591--81882637	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
81889653--81889792	46	3.0	45	71	11	113	24	27	17	30	1.97
81895796--81895827	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
81896594--81896707	40	2.8	40	85	5	140	24	21	27	27	1.99
81904066--81904211	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
81904098--81904249	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
81912161--81912343	40	4.6	40	83	3	181	23	26	22	27	1.99
81914633--81914702	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
81915153--81915197	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
81922468--81922537	28	2.5	28	88	4	97	31	27	12	28	1.93
81922988--81923022	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
81923196--81923223	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
81926676--81926807	40	3.3	40	85	7	171	24	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81939902--81939933	12	2.6	13	90	9	50	25	40	0	34	1.56
81944114--81944142	15	1.9	15	100	0	58	41	13	10	34	1.79
81948461--81948570	40	2.8	40	85	0	148	23	26	23	26	2.00
81951841--81951945	53	2.0	53	84	3	140	20	27	18	33	1.96
81954602--81954730	46	2.8	46	96	0	231	20	21	28	29	1.98
81957633--81957711	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
81957624--81957710	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
81960071--81960246	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
81960068--81960238	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
81962295--81962367	36	2.0	36	100	0	146	45	10	21	21	1.83
81967661--81967868	55	3.8	54	82	5	242	22	25	17	34	1.96
81967661--81967861	108	1.8	110	89	4	318	22	25	17	33	1.96
81969225--81969354	50	2.6	50	80	7	151	24	29	16	29	1.97
81969225--81969363	48	2.8	50	79	4	149	25	29	16	28	1.97
81970715--81970852	39	3.5	39	84	4	154	21	28	23	26	1.99
81970717--81970905	40	4.8	40	73	12	147	22	28	23	25	2.00
81970971--81971009	18	2.2	18	100	0	78	53	28	12	5	1.60
81978786--81978969	78	2.3	82	83	8	229	23	27	24	24	2.00
81978779--81978969	40	4.8	39	75	10	154	23	28	24	24	2.00
81980677--81980936	46	5.7	44	78	9	213	24	28	18	28	1.98
81980809--81980933	47	2.7	45	82	11	155	23	29	20	27	1.98
81982383--81982463	22	3.6	22	71	22	69	35	19	18	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81989743--81990071	48	6.9	47	76	8	256	24	29	18	28	1.98
81989791--81990061	94	2.9	94	78	10	270	23	29	18	28	1.98
81997617--81997691	23	3.2	23	64	17	64	26	34	16	22	1.95
81997385--81997801	48	8.8	48	81	5	391	23	31	18	25	1.97
81997482--81997801	95	3.4	92	80	7	279	24	32	18	25	1.97
82006387--82006554	40	4.2	40	83	3	196	25	21	27	26	1.99
82010981--82011049	11	5.3	12	72	24	52	5	24	13	56	1.58
82010975--82011057	41	2.0	41	100	0	166	7	24	14	54	1.65
82015718--82015888	92	1.9	92	93	0	297	28	30	21	20	1.98
82015710--82015884	46	3.8	46	79	14	207	29	29	20	20	1.98
82015715--82015903	46	4.1	44	71	17	125	29	29	20	21	1.98
82021200--82021375	46	3.8	46	78	10	169	30	27	20	22	1.98
82021251--82021394	46	3.1	44	72	21	116	29	27	20	22	1.99
82027945--82028119	46	3.8	46	78	14	198	29	28	21	21	1.98
82027952--82028123	93	1.8	93	93	2	301	28	28	21	21	1.99
82036390--82036495	43	2.4	43	78	10	108	27	15	27	30	1.96
82036424--82036569	43	3.4	43	91	0	229	23	15	33	27	1.95
82036973--82037015	21	2.0	21	90	0	68	2	51	20	25	1.60
82045802--82045986	48	3.9	48	94	0	325	34	5	28	30	1.81
82046130--82046229	37	2.7	37	96	0	182	24	19	33	24	1.97
82056392--82056531	43	3.3	42	73	15	124	30	15	24	30	1.95
82058684--82058728	23	2.0	23	82	4	56	20	11	6	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82058753--82058786	15	2.4	14	90	9	52	17	8	2	70	1.25
82060175--82060247	20	3.7	20	74	1	58	38	21	28	10	1.88
82066462--82066669	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
82066464--82066669	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
82074499--82074706	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
82074501--82074706	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
82077782--82077989	40	5.2	39	82	3	202	25	25	23	25	2.00
82077782--82077988	80	2.6	80	82	3	238	25	26	23	25	2.00
82091801--82092008	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
82091803--82092008	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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