genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78202400--78202657	27	9.6	27	80	5	227	38	19	11	30	1.87
78202669--78202756	27	3.3	27	79	3	97	37	20	20	21	1.94
78202897--78202992	27	3.6	27	84	0	102	19	21	20	37	1.94
78203141--78203215	33	2.3	33	88	0	105	25	22	22	29	1.99
78206274--78206443	47	3.7	45	77	10	139	31	18	26	23	1.98
78206274--78206443	93	1.8	94	81	6	211	31	18	26	23	1.98
78209618--78209651	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
78213999--78214023	13	1.9	13	100	0	50	16	28	40	16	1.89
78215948--78215973	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
78227020--78227120	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
78227049--78227120	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
78231682--78231737	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
78231671--78231737	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
78231787--78231950	24	7.0	24	88	5	237	29	21	20	27	1.98
78231787--78231951	47	3.5	47	88	6	230	30	21	20	27	1.98
78234395--78235082	356	1.9	356	93	0	1196	21	20	32	25	1.97
78240224--78240273	25	2.0	25	92	0	82	32	24	18	26	1.97
78240317--78240376	20	3.0	20	95	0	111	35	13	20	31	1.91
78240321--78240375	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
78240425--78240597	24	7.2	24	92	3	269	29	22	20	27	1.98
78240426--78240597	71	2.4	71	91	4	267	29	22	20	27	1.98
78245366--78245435	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78250687--78250713	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
78252104--78252187	40	2.1	39	84	2	105	23	19	29	27	1.98
78256021--78256121	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
78263966--78264035	26	2.6	27	86	11	90	27	27	15	30	1.96
78267626--78267694	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
78269321--78269358	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
78273937--78273967	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
78275645--78275701	28	2.0	28	100	0	114	17	10	26	45	1.81
78277323--78277360	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
78282915--78282950	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
78288354--78288459	39	2.7	39	95	0	194	23	29	24	22	1.99
78291495--78291619	57	2.2	57	88	0	178	30	36	16	16	1.91
78291523--78291619	28	3.4	28	74	2	104	29	35	17	17	1.93
78291512--78291625	57	2.0	57	91	0	183	30	35	16	17	1.92
78293857--78294015	39	4.1	39	93	0	264	25	30	22	21	1.98
78303472--78303587	42	2.6	46	81	13	127	26	12	28	32	1.92
78307133--78307323	40	4.8	39	78	7	172	23	28	24	24	1.99
78307173--78307323	78	1.9	80	85	5	209	23	28	23	25	1.99
78309642--78309734	40	2.3	40	88	3	134	26	29	20	23	1.99
78314533--78314683	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
78314570--78314699	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
78320080--78320261	78	2.3	81	85	6	248	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78320059--78320261	40	5.1	40	83	9	247	25	27	22	24	2.00
78323040--78323226	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
78323063--78323226	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
78323063--78323260	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
78324786--78324897	27	4.2	26	83	7	116	35	23	24	16	1.95
78324786--78324897	54	2.1	54	84	3	145	35	23	24	16	1.95
78328853--78329301	27	16.7	27	86	5	561	28	22	8	40	1.83
78330615--78330691	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
78330624--78330695	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
78330613--78330695	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
78330749--78330937	24	8.0	24	89	4	269	29	22	21	26	1.99
78330749--78330916	47	3.6	47	92	2	284	29	22	20	26	1.99
78330748--78330937	71	2.7	71	87	6	269	29	22	21	26	1.99
78331131--78331194	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
78334011--78334459	27	16.7	27	87	3	582	27	21	9	40	1.84
78335778--78335854	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
78335787--78335858	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
78335776--78335858	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
78335912--78336100	24	8.0	24	89	4	269	29	22	21	26	1.99
78335911--78336100	71	2.7	71	87	6	269	29	22	21	26	1.99
78336293--78336356	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
78339164--78339598	78	5.5	80	81	8	475	27	22	9	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78339164--78339600	105	4.2	107	82	8	474	27	22	9	40	1.85
78339164--78339598	27	16.6	27	84	7	524	27	22	9	40	1.85
78339550--78339609	27	2.2	27	81	0	66	33	23	6	36	1.81
78343513--78343553	15	2.9	14	82	10	57	39	36	12	12	1.80
78343555--78343674	39	3.1	39	95	1	197	23	31	20	25	1.98
78351491--78351686	39	5.2	39	88	6	253	24	31	20	23	1.98
78357211--78357428	40	5.4	40	84	4	208	27	21	26	25	1.99
78361283--78361331	25	2.0	25	100	0	98	44	12	6	36	1.67
78362749--78362926	46	3.8	46	79	4	223	28	28	21	21	1.99
78362757--78362927	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
78365686--78365787	43	2.4	43	96	0	186	29	30	20	19	1.97
78366041--78366081	19	2.2	19	86	4	57	70	4	2	21	1.18
78366007--78366080	31	2.4	31	78	13	82	66	4	2	27	1.23
78371636--78371674	18	2.2	17	95	4	69	20	2	0	76	0.90
78371730--78371845	8	15.0	8	85	13	154	38	0	0	61	0.96
78371730--78371845	23	5.0	23	84	11	148	38	0	0	61	0.96
78371730--78371845	15	7.5	15	87	8	162	38	0	0	61	0.96
78372741--78372906	41	4.0	41	91	0	269	19	27	21	31	1.98
78378795--78378855	30	2.0	30	87	0	86	39	4	24	31	1.77
78379590--78379773	67	2.8	64	76	8	185	29	16	30	23	1.96
78386106--78386136	15	2.1	15	100	0	62	25	19	6	48	1.72
78388460--78388531	36	2.0	36	84	10	94	70	4	19	5	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78388462--78388541	12	6.6	12	72	15	51	72	3	21	2	1.12
78388462--78388520	6	10.0	6	71	10	50	74	3	18	3	1.10
78391096--78391223	48	2.7	48	84	4	143	23	28	18	28	1.98
78396039--78396150	27	4.1	27	80	14	106	18	25	21	34	1.96
78397278--78397315	20	2.0	20	89	5	60	21	15	13	50	1.78
78401190--78401338	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
78401231--78401338	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
78414285--78414330	24	1.9	24	81	0	56	65	6	10	17	1.45
78414507--78414549	21	2.0	21	82	13	52	55	2	4	37	1.33
78419895--78420035	25	5.8	25	68	17	66	34	20	25	19	1.96
78425825--78425869	22	2.0	22	100	0	90	42	13	4	40	1.64
78426376--78426409	16	2.1	16	94	0	59	32	14	0	52	1.42
78428238--78428290	15	3.5	15	71	19	56	18	26	32	22	1.97
78428242--78428296	17	3.5	17	71	19	64	20	29	30	20	1.97
78428242--78428314	30	2.4	30	97	0	137	19	28	32	19	1.96
78428257--78428306	15	3.3	15	69	20	50	24	30	30	16	1.96
78428279--78428400	43	2.8	43	89	0	163	21	31	27	19	1.97
78429532--78429615	25	3.4	25	71	12	82	30	16	25	27	1.97
78433990--78434014	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
78434120--78434144	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
78435370--78435397	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
78435477--78435503	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78440404--78440491	45	2.0	45	83	0	113	44	2	3	50	1.31
78443393--78443734	47	7.3	47	90	0	540	26	30	9	33	1.87
78443395--78443734	94	3.6	94	97	0	617	27	30	9	33	1.88
78446827--78446889	26	2.5	25	85	14	78	39	3	0	57	1.15
78446806--78446890	27	3.2	25	80	12	89	34	4	1	60	1.25
78446854--78446896	21	2.0	21	90	4	68	39	2	0	58	1.11
78459045--78459405	44	8.0	43	77	9	292	34	19	19	26	1.96
78460211--78460239	14	2.1	14	100	0	58	65	0	20	13	1.26
78460215--78460257	16	2.9	15	83	10	52	67	0	23	9	1.19
78460215--78460252	16	2.5	16	87	8	53	68	0	21	10	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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