genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85531213--85531250	16	2.3	16	83	16	51	73	0	21	5	1.02
85531213--85531251	18	2.3	16	82	8	51	74	0	20	5	1.01
85531848--85531920	18	4.2	17	81	8	76	35	2	0	61	1.10
85531870--85531920	20	2.7	19	87	6	68	37	1	0	60	1.08
85531834--85531933	20	4.7	20	67	20	51	34	4	0	62	1.14
85541308--85541356	2	24.5	2	95	0	89	53	0	0	46	1.00
85542541--85542726	90	2.0	93	82	4	225	34	13	12	38	1.83
85546563--85546604	18	2.3	18	88	8	59	64	0	2	33	1.07
85548191--85548830	44	14.5	44	86	2	784	28	26	14	30	1.95
85554044--85554226	39	4.6	39	86	0	231	24	21	30	23	1.99
85565036--85565087	21	2.5	21	80	17	63	65	1	1	30	1.14
85565126--85565152	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
85574577--85574620	10	4.5	10	85	5	63	70	0	0	29	0.88
85577801--85577844	21	2.0	22	82	4	54	13	6	22	56	1.61
85579108--85579141	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
85582033--85582058	11	2.4	11	100	0	52	53	23	7	15	1.67
85586126--85586357	44	5.3	44	68	9	177	20	25	22	31	1.98
85586066--85586368	88	3.4	88	88	1	419	22	24	20	32	1.98
85587142--85587301	53	2.9	54	77	10	155	15	25	15	44	1.85
85598020--85598268	129	1.9	131	80	9	287	37	20	15	27	1.92
85603403--85603427	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
85608017--85608069	26	2.0	27	82	13	67	22	15	22	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85618740--85618860	61	2.0	62	95	1	217	20	31	7	40	1.80
85622627--85622676	19	2.7	17	75	19	55	42	16	2	40	1.59
85626586--85626719	60	2.2	63	81	9	170	27	26	18	26	1.98
85626600--85626748	60	2.5	59	81	9	160	26	25	20	28	1.99
85627398--85627428	16	1.9	16	93	0	53	0	16	25	58	1.38
85629301--85629347	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
85629467--85629510	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
85638383--85638421	20	2.0	20	89	0	60	35	15	10	38	1.81
85638393--85638450	20	2.9	20	86	0	80	34	20	6	37	1.80
85638608--85638707	23	4.3	23	71	10	69	32	18	23	27	1.97
85638622--85638697	23	3.3	23	81	3	82	28	18	23	28	1.98
85649409--85649575	40	4.2	40	79	2	158	22	27	23	26	2.00
85649425--85649573	80	1.9	79	84	6	203	21	27	24	26	1.99
85656785--85656881	28	3.5	28	97	1	178	18	10	26	44	1.82
85658701--85658744	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
85662988--85663282	44	6.7	44	72	9	172	27	18	25	28	1.98
85663031--85663327	45	6.7	45	74	9	198	28	20	24	26	1.99
85662983--85663326	133	2.6	132	88	3	492	29	19	24	26	1.99
85663312--85663341	14	2.1	14	93	0	51	26	13	40	20	1.89
85665110--85665148	2	19.5	2	89	0	60	2	2	46	48	1.29
85673570--85673612	20	2.3	19	80	11	52	37	18	6	37	1.78
85676877--85676901	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85678052--85678155	3	34.7	3	96	0	190	0	30	0	69	0.89
85678216--85678279	21	3.0	21	95	0	110	25	26	21	26	2.00
85678308--85678380	31	2.4	31	81	6	87	23	9	19	47	1.78
85687076--85687104	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
85698332--85698405	28	2.7	27	81	6	85	63	1	2	32	1.17
85698382--85698428	20	2.4	19	79	10	58	57	0	0	42	0.98
85699837--85699885	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
85701365--85701472	26	4.2	26	91	2	182	35	24	7	33	1.83
85701365--85701472	51	2.1	52	94	1	191	35	24	7	33	1.83
85706867--85706915	25	2.0	26	84	8	66	24	16	20	38	1.92
85708401--85708509	26	4.2	26	93	0	191	35	23	7	33	1.83
85709698--85709766	28	2.5	28	87	0	93	42	14	13	30	1.84
85709715--85709779	28	2.3	28	86	0	85	43	10	15	30	1.81
85712688--85712743	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
85713873--85713927	27	2.0	27	100	0	110	32	27	21	18	1.96
85721034--85721087	28	1.9	28	92	0	90	44	9	14	31	1.77
85725145--85725190	23	2.0	24	86	4	67	43	0	2	54	1.12
85725201--85725241	21	2.0	21	90	0	64	34	2	4	58	1.32
85727707--85727754	24	2.0	23	84	4	60	41	20	14	22	1.89
85729380--85729451	15	5.0	14	74	12	65	29	8	0	62	1.24
85729387--85729451	29	2.2	28	79	12	78	29	7	0	63	1.22
85729408--85729468	29	2.1	29	84	9	79	31	9	0	59	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85731658--85731699	19	2.2	19	83	8	50	21	23	16	38	1.93
85737771--85737818	24	2.0	24	83	0	60	56	2	0	41	1.11
85737855--85737895	19	2.2	19	100	0	82	41	4	14	39	1.67
85742756--85742808	23	2.3	23	86	0	70	50	32	5	11	1.61
85743148--85743289	43	3.3	43	85	9	193	30	30	16	22	1.96
85743148--85743301	42	3.7	41	83	6	157	31	28	15	24	1.95
85747405--85747465	15	4.3	15	72	19	67	39	36	0	24	1.56
85747509--85747597	32	2.8	32	98	0	169	41	28	3	26	1.72
85747534--85747589	18	3.3	18	71	19	66	44	26	3	25	1.70
85747520--85747624	14	6.8	15	70	17	81	44	27	1	25	1.64
85747788--85747923	41	3.3	41	88	1	202	21	24	22	32	1.98
85747788--85747949	41	4.0	40	83	4	191	20	24	21	32	1.98
85749138--85749207	28	2.6	27	81	4	88	18	8	8	64	1.47
85749290--85749357	3	23.0	3	93	3	120	30	0	1	67	0.99
85751864--85751942	38	2.1	38	92	4	133	40	10	3	45	1.56
85751872--85751950	38	2.1	38	84	9	101	41	7	3	46	1.50
85754229--85754396	3	55.7	3	81	5	187	59	1	6	32	1.33
85760195--85760265	24	3.1	24	73	13	69	45	1	0	53	1.09
85763638--85763701	32	2.0	32	100	0	128	21	15	25	37	1.93
85765961--85766016	23	2.4	25	72	19	59	41	3	21	33	1.70
85766022--85766051	5	6.2	5	92	7	53	40	0	20	40	1.52
85766003--85766055	22	2.4	23	75	12	58	43	0	22	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85767474--85767514	21	1.9	22	90	5	66	68	0	29	2	1.03
85774597--85774655	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
85774706--85774824	47	2.5	48	89	8	172	27	21	24	26	1.99
85774706--85774824	24	5.0	24	84	9	154	27	21	24	26	1.99
85775015--85775108	38	2.4	38	94	1	161	37	17	23	22	1.94
85782806--85782853	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
85782897--85782955	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
85783018--85783085	26	2.6	27	86	11	88	32	27	14	25	1.95
85790981--85791050	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
85793612--85793643	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
85797505--85797534	12	2.5	12	100	0	60	0	6	0	93	0.35
85806274--85806305	3	10.7	3	100	0	64	31	0	34	34	1.58
85806984--85807014	16	1.9	16	93	0	53	29	16	12	41	1.85
85808762--85808823	31	2.0	31	100	0	124	35	25	19	19	1.95
85811788--85811818	16	1.9	16	93	0	53	29	16	12	41	1.85
85822137--85822303	43	3.9	42	79	6	158	27	16	25	31	1.96
85824044--85824077	9	3.8	9	88	0	50	50	2	0	47	1.16
85824068--85824100	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
85830381--85830426	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
85830410--85830447	14	2.7	14	95	0	67	39	18	5	36	1.73
85837505--85837654	75	2.0	75	100	0	300	34	22	9	33	1.86
85851753--85851797	4	10.8	4	83	4	54	73	4	2	20	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85851753--85851806	26	2.1	26	96	0	99	70	3	3	22	1.19
85851841--85852245	3	133.3	3	71	9	196	61	3	7	27	1.38
85852203--85852275	13	5.6	13	78	15	80	67	1	4	27	1.17
85852190--85852279	40	2.3	38	80	19	96	68	2	3	25	1.16
85853525--85853550	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
85853574--85853863	41	7.1	40	87	1	382	33	24	23	19	1.97
85853581--85853862	81	3.5	82	87	2	390	31	24	23	19	1.98
85854894--85854932	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
85855568--85855592	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
85857615--85857643	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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