genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13969093--13969128	18	2.0	18	88	0	54	47	0	2	50	1.15
13974718--13974783	21	3.0	22	74	14	55	45	1	3	50	1.26
13976345--13976413	27	2.6	27	100	0	138	30	26	26	17	1.97
13979902--13979970	33	2.1	33	83	0	84	24	14	47	13	1.79
13982859--13982952	46	2.0	47	97	2	181	64	6	0	28	1.18
13989130--13989188	26	2.3	26	97	2	111	35	13	3	47	1.60
13989319--13989349	14	2.3	13	94	5	53	41	0	6	51	1.27
13996704--13996737	16	2.1	16	88	0	50	76	0	0	23	0.79
13998680--13998808	25	5.2	25	79	4	100	31	23	25	20	1.98
13998695--13998816	25	4.9	25	84	0	118	31	22	27	19	1.98
14000164--14000274	47	2.4	47	83	6	145	36	23	15	25	1.94
14001038--14001070	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
14008027--14008083	29	1.9	30	82	10	73	26	3	8	61	1.42
14009273--14009313	22	1.9	22	90	5	66	46	4	9	39	1.58
14013240--14013275	15	2.4	15	90	0	54	36	0	8	55	1.30
14027709--14027734	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14028713--14028755	23	1.9	23	86	13	63	37	2	2	58	1.24
14033720--14033764	2	23.5	2	91	8	76	48	0	0	51	1.00
14036420--14036558	52	2.6	53	88	4	201	28	28	17	25	1.98
14038969--14039027	27	2.1	28	84	9	77	49	0	1	49	1.11
14039297--14039565	20	13.4	20	74	11	187	43	13	5	37	1.68
14039308--14039731	60	7.0	60	74	10	281	41	14	5	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14039297--14039568	40	6.8	40	80	7	218	43	13	5	37	1.68
14039258--14039609	20	17.6	20	73	9	141	40	13	5	40	1.68
14039643--14039731	20	4.4	20	77	2	81	41	14	4	39	1.66
14039829--14039904	40	1.9	40	91	0	125	36	11	5	46	1.63
14039829--14039915	40	2.2	40	87	0	120	35	13	5	44	1.68
14040642--14040677	11	3.2	11	88	7	54	41	19	0	38	1.52
14040812--14040853	20	2.1	20	86	8	59	45	11	2	40	1.54
14040937--14040976	21	1.9	21	89	0	62	45	12	0	42	1.42
14048930--14048955	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
14049790--14049825	15	2.4	15	95	0	63	55	0	11	33	1.35
14050790--14050867	39	2.0	39	100	0	156	38	10	7	43	1.67
14053495--14053522	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
14064611--14064650	18	2.2	18	100	0	80	27	22	10	40	1.86
14066323--14066377	22	2.5	22	87	0	74	52	1	1	43	1.22
14067528--14067587	31	2.0	30	86	3	84	31	3	15	50	1.60
14068105--14068130	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
14068740--14068765	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
14068931--14068962	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14070059--14070129	27	2.8	26	77	14	69	39	4	1	54	1.28
14076567--14076629	30	2.1	30	91	5	101	58	11	4	25	1.51
14079085--14079203	62	2.0	57	83	8	148	53	11	5	28	1.60
14088348--14088392	23	2.0	24	91	8	76	60	8	0	31	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14096308--14096372	29	2.2	30	80	2	69	38	0	3	58	1.14
14097152--14097213	29	2.1	29	82	14	74	41	1	3	53	1.27
14098272--14098317	21	2.0	22	88	12	67	43	0	0	56	0.99
14098449--14098481	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
14098617--14098684	31	2.3	28	82	9	91	60	2	0	36	1.12
14098691--14098746	22	2.6	23	80	11	64	60	1	3	33	1.24
14100299--14100328	7	4.3	7	100	0	60	30	43	0	26	1.55
14102814--14102861	24	2.0	25	84	12	64	22	2	4	70	1.15
14105838--14105878	22	1.9	21	85	5	55	24	0	36	39	1.56
14105837--14105883	21	2.2	21	77	7	51	27	0	31	40	1.57
14106089--14106156	28	2.4	28	85	0	82	50	7	14	27	1.70
14106117--14106490	126	3.0	125	88	2	567	37	16	16	29	1.91
14108462--14108626	35	4.6	35	81	9	181	30	10	24	33	1.90
14108462--14108631	75	2.4	75	84	8	212	31	11	24	33	1.90
14121803--14121969	35	4.6	35	80	8	156	32	10	22	34	1.89
14121825--14121973	75	2.0	74	84	3	192	33	12	21	32	1.90
14124783--14124863	21	3.9	21	86	0	108	34	27	23	14	1.94
14125263--14125312	15	3.4	15	88	2	75	54	12	0	34	1.38
14126591--14126631	5	8.4	5	94	5	75	58	0	0	41	0.98
14129292--14129335	18	2.4	18	80	0	52	47	9	27	15	1.76
14129389--14129476	30	2.9	30	74	0	95	12	15	38	32	1.85
14131969--14131994	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14133144--14133179	18	1.9	19	88	5	56	33	8	5	52	1.55
14133144--14133179	19	1.9	18	88	5	54	33	8	5	52	1.55
14134888--14134948	22	2.7	22	77	10	52	47	6	1	44	1.39
14148056--14148082	13	2.1	13	100	0	54	44	0	7	48	1.31
14153275--14153303	4	7.2	4	100	0	58	75	0	24	0	0.80
14154065--14154175	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
14161302--14161412	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
14163428--14163480	18	2.9	18	97	0	97	30	26	15	28	1.96
14172777--14172869	18	5.2	18	86	0	123	37	17	19	25	1.93
14185016--14185080	29	2.2	28	86	7	94	69	0	0	30	0.89
14186747--14186835	44	2.1	44	83	10	114	31	4	3	60	1.33
14186826--14186888	22	3.0	21	78	15	69	33	0	1	65	1.03
14186832--14186892	19	3.2	17	78	21	59	34	0	1	63	1.04
14191929--14192051	66	1.9	64	84	3	165	26	17	9	46	1.79
14194621--14194672	20	2.6	20	93	0	86	23	30	28	17	1.97
14204454--14204621	35	4.6	35	84	7	176	33	23	10	32	1.88
14204449--14204621	75	2.4	73	82	9	201	34	23	10	32	1.88
14206226--14206438	107	2.0	108	95	2	385	43	6	7	42	1.58
14211189--14211242	23	2.3	24	78	6	58	37	14	1	46	1.56
14212368--14212393	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
14212916--14212948	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
14213101--14213366	46	6.0	46	86	7	352	21	24	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14213280--14213355	38	2.0	38	97	0	143	23	25	18	32	1.97
14215490--14215537	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
14216852--14216881	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
14217092--14217194	39	2.6	39	85	0	152	23	25	19	32	1.98
14218624--14218789	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
14218624--14218794	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
14226114--14226279	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
14226114--14226284	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
14227970--14228243	46	6.0	46	92	0	406	22	24	14	38	1.92
14233240--14233557	46	7.0	46	92	2	489	22	24	14	38	1.92
14233317--14233557	90	2.7	88	97	1	367	24	25	14	36	1.93
14235686--14235733	11	4.5	11	78	5	53	64	4	0	31	1.12
14243730--14243766	2	18.5	2	100	0	74	48	51	0	0	1.00
14243992--14244122	39	3.3	39	88	1	190	21	25	20	32	1.98
14261223--14261256	12	2.9	12	95	4	61	44	0	0	55	0.99
14261226--14261279	27	2.1	25	83	13	65	50	0	0	50	1.00
14272154--14272295	53	2.7	53	90	2	205	29	27	17	25	1.97
14276748--14276866	51	2.3	51	89	0	175	38	11	21	27	1.89
14282827--14282993	46	3.7	45	84	4	194	26	20	31	22	1.98
14282776--14282987	92	2.3	90	82	4	246	26	19	31	21	1.98
14282827--14283030	46	4.5	43	80	11	162	25	20	30	23	1.98
14288344--14288744	132	3.0	132	82	4	434	28	19	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14290863--14290973	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
14304261--14304314	22	2.4	22	87	9	74	53	1	1	42	1.22
14310882--14310920	18	2.2	17	90	9	60	66	2	0	30	1.05
14312156--14312185	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
14314273--14314431	27	5.9	27	81	11	175	35	22	23	18	1.96
14314291--14314431	54	2.6	54	90	2	230	35	23	23	17	1.95
14316033--14316140	26	4.2	26	92	0	162	36	25	7	31	1.83
14317710--14317881	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
14317713--14317879	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
14317809--14317879	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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