genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56890666--56890695	14	2.1	14	100	0	60	43	20	13	23	1.86
56892880--56892945	29	2.3	29	81	5	80	33	24	18	24	1.97
56893421--56893454	13	2.6	13	85	0	50	2	17	47	32	1.63
56895367--56895396	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
56895589--56895617	14	2.1	14	100	0	58	13	0	6	79	0.93
56914497--56914704	46	4.5	46	80	8	251	22	20	27	29	1.98
56917646--56917769	40	3.1	39	80	6	135	21	24	25	29	1.99
56917583--56917769	80	2.3	80	78	13	197	22	26	24	26	2.00
56924225--56924325	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
56924254--56924325	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
56957166--56957312	78	1.9	80	84	5	201	24	26	23	25	2.00
56957129--56957312	40	4.6	39	74	9	149	24	26	24	25	2.00
56965196--56965324	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
56965231--56965377	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
56965212--56965377	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
56971121--56971232	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
56971121--56971232	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
56980859--56980902	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
56983897--56983965	28	2.5	28	95	2	122	44	26	10	18	1.81
56986355--56986398	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
56989396--56989464	28	2.5	28	95	2	122	44	26	10	18	1.81
56997138--56997233	47	2.0	47	94	4	167	29	11	14	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56997477--56997509	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
56998058--56998233	45	4.0	45	81	5	207	26	22	24	26	2.00
57003184--57003208	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
57003301--57003373	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
57011153--57011177	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
57011270--57011342	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
57015906--57016048	47	3.0	47	95	2	252	28	11	15	44	1.80
57016850--57017028	45	4.0	45	85	0	241	25	22	24	27	2.00
57016867--57017065	90	2.2	88	85	4	258	26	22	26	24	2.00
57017599--57017631	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
57024324--57024569	79	3.1	81	85	5	308	24	21	28	26	1.99
57024324--57024569	40	6.2	40	86	4	304	24	21	28	26	1.99
57032569--57032742	40	4.6	37	85	12	207	24	21	28	25	1.99
57032668--57032779	40	2.8	40	89	1	154	26	21	28	23	1.99
57032569--57032742	73	2.3	73	87	10	253	24	21	28	25	1.99
57040329--57040496	40	4.2	40	80	3	187	25	27	22	25	2.00
57040320--57040496	80	2.2	80	82	5	207	24	27	22	25	2.00
57048357--57048524	40	4.2	40	80	3	187	25	27	22	25	2.00
57048357--57048524	80	2.1	80	83	5	207	25	27	22	25	2.00
57055633--57055690	27	2.1	27	93	0	98	34	24	24	17	1.96
57056930--57056975	23	1.9	25	82	8	60	60	0	34	4	1.16
57058280--57058379	48	2.1	48	92	0	164	48	19	9	24	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57060764--57060903	47	3.0	47	85	2	174	30	27	17	23	1.97
57072358--57072440	40	2.1	40	90	0	130	22	31	25	20	1.98
57075233--57075293	30	2.0	32	87	6	90	8	50	1	39	1.42
57077462--57077668	46	4.4	47	73	13	144	25	26	18	30	1.98
57088340--57088509	47	3.7	46	70	16	127	26	27	17	29	1.97
57090188--57090227	21	2.0	21	90	5	64	27	7	22	42	1.80
57093054--57093636	27	21.6	27	84	3	699	27	22	9	40	1.84
57094962--57095018	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
57094960--57095030	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
57094971--57095025	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
57095075--57095241	24	7.0	24	91	4	259	28	22	21	28	1.99
57095075--57095241	47	3.5	46	87	7	237	28	22	21	28	1.99
57095076--57095241	71	2.3	71	92	3	271	28	22	21	27	1.99
57097732--57097904	93	1.9	93	90	2	276	30	28	19	21	1.98
57100597--57100651	18	3.2	17	76	19	51	3	32	1	61	1.24
57100594--57100645	15	3.3	15	75	15	50	3	28	1	65	1.21
57105012--57105066	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
57106269--57106408	28	5.0	28	93	0	235	21	25	17	35	1.95
57108249--57108746	254	2.0	245	87	5	712	39	10	15	34	1.81
57110531--57110570	16	2.6	16	88	11	57	75	0	2	22	0.93
57110799--57110836	20	1.9	20	84	10	51	52	7	5	34	1.53
57112893--57113001	44	2.4	45	75	4	114	30	22	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57112906--57113709	44	18.1	44	65	9	206	27	25	16	30	1.97
57112848--57113806	177	5.4	178	87	0	1269	27	25	17	30	1.97
57112848--57113806	355	2.7	355	87	1	1350	27	25	17	30	1.97
57121591--57121637	12	3.9	12	78	10	51	8	27	17	46	1.76
57126725--57126877	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
57126695--57126876	78	2.3	79	90	2	278	23	29	22	24	1.99
57134752--57134904	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
57134721--57134903	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
57136867--57136906	16	2.5	15	84	11	53	72	2	2	22	1.09
57139230--57139259	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
57144355--57144497	40	3.6	39	83	7	171	26	23	26	23	2.00
57144355--57144503	79	1.9	80	84	4	196	25	23	26	24	2.00
57152384--57152528	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
57157768--57157882	43	2.7	42	74	16	128	24	18	26	31	1.97
57163619--57163653	17	1.9	18	88	11	54	25	14	5	54	1.62
57165080--57165174	27	3.6	27	91	1	138	35	20	16	27	1.94
57165261--57165472	81	2.6	80	80	3	210	42	19	6	31	1.77
57165168--57165537	27	13.6	28	79	8	174	40	18	8	32	1.82
57165184--57165535	54	6.5	54	77	7	193	41	18	8	31	1.81
57165795--57165915	41	3.0	41	86	0	170	23	20	26	29	1.99
57166062--57166123	22	2.8	22	80	7	72	24	25	19	30	1.98
57166319--57166368	22	2.3	22	89	0	73	18	24	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57166328--57166380	22	2.4	22	96	0	97	13	24	18	43	1.86
57168136--57168354	27	8.2	26	78	9	165	39	17	10	32	1.84
57168136--57168330	53	3.7	52	79	7	187	38	18	10	32	1.84
57168175--57168359	27	6.9	26	81	9	167	39	17	9	33	1.82
57168136--57168354	80	2.7	80	83	6	257	39	17	10	32	1.84
57168348--57168437	27	3.3	27	87	0	126	35	20	21	23	1.96
57168442--57168508	26	2.6	26	74	6	75	31	13	22	32	1.92
57177938--57178145	40	5.2	39	84	1	227	25	26	21	25	2.00
57177938--57178145	80	2.6	80	84	1	256	25	26	21	25	2.00
57183245--57183442	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
57183311--57183428	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
57183279--57183442	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
57190814--57191011	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
57190880--57190997	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
57190848--57191011	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
57192741--57192885	40	3.6	41	84	6	188	25	25	25	23	2.00
57200761--57200905	40	3.6	40	85	4	193	26	24	26	22	2.00
57203770--57203945	45	3.9	45	88	3	257	23	23	25	27	2.00
57206925--57207083	43	3.8	41	73	10	115	27	27	20	24	1.99
57213921--57213955	16	2.2	16	100	0	70	42	0	0	57	0.99
57218607--57218692	45	1.9	45	92	0	145	24	12	24	38	1.90
57220635--57220699	28	2.3	28	97	0	121	29	26	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57221969--57222019	24	2.1	24	96	0	93	23	3	27	45	1.70
57223439--57223581	37	3.9	37	96	0	250	25	31	19	23	1.98
57223731--57224057	48	6.9	48	88	5	504	31	28	6	34	1.82
57223731--57224057	139	2.3	141	89	4	498	31	28	6	34	1.82
57224016--57224255	47	5.1	47	90	1	340	27	29	10	32	1.89
57224108--57224183	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
57224130--57224256	25	5.3	25	65	17	81	29	27	8	33	1.87
57227236--57227454	40	5.5	40	94	0	366	25	29	21	23	1.99
57228851--57229009	29	5.5	29	86	7	198	27	25	15	32	1.95
57228851--57229009	59	2.7	58	88	5	216	27	25	15	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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