genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58077004--58077179	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
58077000--58077171	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
58080126--58080194	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
58080117--58080204	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
58082589--58082764	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
58082585--58082756	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
58086336--58086381	21	2.2	21	88	0	65	39	8	13	39	1.75
58089941--58090108	40	4.2	40	86	0	230	22	20	29	27	1.98
58092080--58092111	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
58092359--58092422	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
58092528--58092617	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
58092538--58092628	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
58092528--58092642	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
58093701--58093734	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
58099847--58099910	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
58101505--58101607	29	3.6	29	87	0	143	24	32	15	28	1.95
58101476--58101607	58	2.3	58	77	2	131	24	34	15	25	1.95
58108883--58109012	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
58108883--58109049	40	4.2	40	79	5	153	22	27	23	25	2.00
58116924--58117053	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
58116924--58117087	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
58121132--58121261	47	2.8	47	88	9	194	22	16	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58127361--58127429	7	9.1	7	73	20	59	18	1	1	78	0.91
58127353--58127393	20	2.0	20	85	0	55	14	4	2	78	1.03
58127361--58127429	6	11.3	6	73	17	54	18	1	1	78	0.91
58127372--58127427	9	6.8	9	72	24	52	19	0	1	78	0.84
58127369--58127415	15	3.2	16	85	11	57	19	0	2	78	0.85
58127398--58127437	19	2.0	20	90	4	64	22	0	2	75	0.93
58127362--58127429	16	4.5	15	82	14	70	19	1	1	77	0.92
58149124--58149193	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
58153294--58153442	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58153335--58153442	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58161413--58161561	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
58161454--58161561	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
58163961--58164061	36	2.8	36	73	11	98	34	20	23	20	1.96
58163972--58164125	72	2.1	72	80	2	166	34	19	22	23	1.97
58164510--58164728	107	2.1	105	90	1	339	44	16	6	32	1.73
58164757--58164818	22	2.8	22	78	7	63	35	16	11	37	1.84
58178050--58178083	2	17.0	2	87	0	50	44	0	0	55	0.99
58178901--58178932	15	2.1	15	100	0	64	37	6	12	43	1.68
58180149--58180206	25	2.4	24	81	13	66	67	3	0	29	1.07
58180178--58180235	21	2.8	22	82	10	61	67	6	0	25	1.16
58180282--58180314	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
58181384--58181439	28	2.0	29	89	3	87	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58183175--58183239	25	2.6	24	83	9	69	27	6	7	58	1.50
58183403--58183463	26	2.3	26	83	5	70	32	3	3	60	1.29
58183421--58183484	26	2.5	26	85	10	69	25	6	6	62	1.42
58184848--58184882	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
58186964--58187238	135	2.0	135	92	1	453	33	27	14	24	1.94
58191032--58191119	24	3.7	24	85	0	104	29	37	20	12	1.89
58201307--58201352	19	2.4	19	85	0	65	19	10	17	52	1.74
58201411--58201440	15	1.9	16	93	6	53	53	0	3	43	1.17
58204657--58204700	23	2.0	21	86	8	61	38	2	15	43	1.60
58208618--58208677	30	2.0	30	83	0	75	38	6	25	30	1.81
58211130--58211169	21	1.9	21	90	10	64	47	20	0	32	1.50
58214073--58214152	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
58221980--58222059	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
58229830--58229854	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
58229885--58229964	29	2.7	29	86	5	108	27	32	15	25	1.95
58236433--58236485	26	2.0	26	85	3	70	26	20	24	28	1.99
58250765--58250931	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
58257981--58258148	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
58261236--58261292	27	2.1	27	90	0	87	38	21	21	19	1.93
58261428--58261543	27	4.3	27	85	1	135	26	17	18	37	1.93
58264146--58264313	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
58269007--58269087	30	2.7	30	69	7	83	25	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58271211--58271309	42	2.4	42	81	13	123	14	22	0	63	1.30
58271215--58271274	30	2.0	31	87	9	88	16	25	0	58	1.38
58271252--58271292	12	3.4	12	93	0	64	14	24	0	60	1.34
58271285--58271309	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
58271312--58271342	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
58277156--58277333	52	3.5	52	87	6	242	29	14	28	28	1.95
58277151--58277333	51	3.6	51	82	7	230	28	14	28	28	1.95
58279226--58279290	22	3.0	22	82	8	78	10	36	23	29	1.88
58279239--58279301	22	2.9	22	88	4	83	9	33	26	30	1.88
58283783--58284030	40	6.2	40	89	2	349	26	22	26	25	2.00
58288194--58288319	63	2.0	63	98	0	243	36	11	7	43	1.71
58292525--58292708	27	6.9	27	80	3	165	42	17	5	34	1.73
58292527--58292683	54	2.9	53	84	8	192	43	18	3	34	1.68
58292716--58292825	26	4.2	26	88	5	150	31	17	26	24	1.97
58292716--58292825	53	2.1	53	89	3	168	31	17	26	24	1.97
58296673--58296707	17	2.0	18	88	5	54	14	22	40	22	1.90
58296923--58297162	27	8.9	26	74	10	130	38	17	9	33	1.83
58296926--58297159	81	2.9	79	80	5	236	39	17	9	32	1.82
58296923--58297123	54	3.7	53	82	4	224	39	17	9	33	1.83
58296914--58297159	54	4.6	54	78	8	189	38	18	9	33	1.83
58297146--58297237	27	3.4	27	90	0	139	31	14	23	30	1.94
58297146--58297299	54	3.0	53	77	13	176	32	14	24	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58297216--58297256	21	2.0	21	90	4	66	36	4	31	26	1.78
58297239--58297299	27	2.3	27	88	0	86	34	16	24	24	1.95
58297807--58297902	32	3.0	32	72	6	79	31	20	15	32	1.94
58298731--58298763	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
58299275--58299381	43	2.6	41	88	4	160	30	17	22	28	1.97
58316680--58316769	27	3.3	27	85	3	119	40	17	10	32	1.83
58316680--58316786	54	2.0	54	81	7	128	38	21	9	30	1.85
58316775--58317039	27	9.8	27	89	0	269	28	21	8	41	1.83
58316775--58317038	81	3.3	81	90	2	377	28	21	8	41	1.83
58316775--58317041	54	4.9	54	85	4	324	28	21	8	40	1.83
58316708--58317174	81	5.8	80	80	4	247	34	21	8	35	1.84
58317018--58317248	27	8.5	27	77	7	144	39	20	9	30	1.84
58317300--58317392	27	3.4	27	88	2	125	35	20	24	19	1.96
58318642--58318698	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
58318640--58318702	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
58318757--58318959	24	8.6	23	92	3	316	29	21	21	27	1.98
58318757--58319011	72	3.7	71	87	7	339	29	20	21	28	1.98
58318871--58318968	23	4.5	19	89	10	63	28	16	22	32	1.95
58319204--58319305	38	3.1	31	78	17	114	33	14	23	28	1.94
58319219--58319328	38	2.9	38	91	4	168	33	12	24	29	1.92
58321571--58321753	50	3.7	49	81	7	217	27	27	18	26	1.98
58321571--58321757	101	1.9	99	87	4	277	27	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58323882--58323937	15	3.7	15	77	17	71	62	12	14	10	1.55
58328139--58328195	11	5.5	11	72	16	59	35	14	19	31	1.91
58328129--58328195	20	3.3	20	91	0	107	34	13	20	31	1.92
58328244--58328412	47	3.5	46	86	10	225	28	20	22	28	1.98
58328244--58328411	25	7.0	24	89	7	236	28	20	22	28	1.98
58328603--58328663	31	2.0	31	93	0	104	34	16	24	24	1.95
58336123--58336168	24	1.9	24	86	0	65	34	26	13	26	1.92
58336218--58336273	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
58336207--58336273	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
58336324--58336466	25	5.8	25	95	1	229	27	20	22	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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