genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67401852--67401906	24	2.3	24	78	12	60	29	3	1	65	1.20
67401897--67401929	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
67414107--67414777	44	15.2	44	88	0	948	32	14	26	26	1.95
67415056--67415081	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
67416419--67416473	24	2.3	24	78	12	60	29	3	1	65	1.20
67416464--67416496	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
67418092--67418177	31	2.7	32	80	3	93	58	18	5	17	1.58
67418398--67418455	21	2.8	20	84	10	55	3	48	17	31	1.64
67418409--67418505	21	4.6	21	80	10	117	1	48	19	30	1.56
67424080--67424439	9	41.1	9	68	10	113	35	0	17	45	1.54
67424196--67424243	24	2.0	24	91	0	78	33	2	10	54	1.46
67424115--67424540	130	3.3	129	91	4	654	36	1	15	46	1.54
67426314--67426368	19	2.8	20	71	17	53	63	1	5	29	1.27
67426322--67426368	19	2.5	19	86	6	60	61	2	4	31	1.27
67428213--67428269	26	2.1	27	87	9	82	49	3	5	42	1.42
67428403--67428477	38	2.0	38	82	10	91	32	40	1	26	1.65
67428526--67428570	15	3.1	15	87	3	56	44	35	2	17	1.62
67428582--67428640	21	2.8	20	78	14	57	45	33	1	18	1.60
67428609--67428664	7	7.9	7	75	11	51	51	28	0	19	1.47
67428702--67428789	29	3.1	28	80	9	88	34	39	1	25	1.63
67428701--67428797	7	13.3	7	74	7	59	32	40	1	25	1.63
67428726--67428797	29	2.5	29	83	0	90	37	34	1	26	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67428790--67428832	21	2.0	21	82	8	52	39	39	0	20	1.53
67429157--67429211	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
67429501--67429610	40	2.8	38	74	14	107	21	23	22	31	1.98
67431941--67431973	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
67433212--67433252	14	2.8	15	96	3	75	65	12	21	0	1.25
67435362--67435391	5	6.0	5	100	0	60	20	0	80	0	0.72
67437100--67437145	21	2.1	21	84	4	56	34	17	21	26	1.95
67447150--67447216	34	2.0	34	88	5	100	37	17	16	28	1.92
67447247--67447282	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
67456842--67457007	40	4.2	40	85	1	199	15	28	19	36	1.92
67456839--67456907	20	3.5	20	69	0	57	15	28	21	33	1.95
67456939--67457000	20	3.1	20	80	0	79	9	25	24	40	1.85
67458260--67458331	31	2.3	31	100	0	144	16	48	19	15	1.81
67459241--67459387	3	49.3	3	69	6	66	29	10	2	57	1.46
67459317--67459549	87	2.7	86	86	7	287	33	12	2	52	1.50
67459382--67459561	87	2.1	87	98	0	351	33	11	3	51	1.55
67472667--67473098	81	5.4	81	81	10	395	29	12	10	47	1.75
67472670--67473100	160	2.7	163	80	6	423	28	13	10	47	1.75
67472833--67473170	77	4.3	76	80	8	300	29	12	10	47	1.74
67472970--67473210	77	3.1	76	83	3	275	28	12	10	48	1.75
67474521--67474568	21	2.3	21	88	0	69	20	37	27	14	1.92
67480125--67480284	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67488084--67488243	29	5.5	29	82	4	180	26	16	31	25	1.97
67494824--67494996	40	4.3	40	90	3	181	26	26	20	26	1.99
67494845--67495049	80	2.6	80	86	4	306	25	26	20	26	1.99
67494852--67495049	40	4.9	40	90	3	276	26	26	20	26	1.99
67511665--67511842	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
67519781--67519958	40	4.5	40	83	4	191	25	27	20	25	1.99
67522863--67523059	100	2.0	99	87	6	283	37	25	9	28	1.86
67535268--67535342	29	2.6	29	89	4	107	26	16	32	25	1.96
67537634--67537682	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
67538505--67538671	40	4.2	40	82	3	176	25	20	27	25	1.99
67538505--67538671	80	2.1	79	84	5	212	25	20	27	25	1.99
67539986--67540087	52	2.0	52	92	0	168	13	30	32	23	1.93
67542324--67542356	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
67550225--67550257	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
67557537--67557704	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
67557553--67557702	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
67568348--67568449	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
67576197--67576298	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
67579098--67579197	27	3.7	28	77	6	89	40	20	9	31	1.83
67579193--67579673	27	17.8	27	86	3	560	27	24	7	40	1.82
67579571--67579822	27	9.3	27	78	7	116	35	19	8	36	1.83
67579203--67579672	81	5.8	81	92	3	723	27	23	7	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67579545--67579717	81	2.1	81	79	2	186	30	19	9	40	1.84
67579881--67579945	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
67581072--67581119	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
67581163--67581221	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
67581272--67581390	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
67581272--67581390	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
67581582--67581676	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
67584073--67584172	27	3.7	28	77	6	89	40	20	9	31	1.83
67584168--67584648	27	17.8	27	86	3	560	27	24	7	40	1.82
67584546--67584797	27	9.3	27	79	7	125	36	19	8	36	1.82
67584178--67584647	81	5.8	81	92	3	723	27	23	7	40	1.82
67584520--67584692	81	2.1	81	79	2	186	30	19	9	40	1.84
67584856--67584920	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
67586047--67586094	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
67586138--67586196	20	3.0	20	92	0	100	35	11	20	32	1.89
67586247--67586365	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
67586247--67586365	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
67586557--67586651	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
67593133--67593391	44	5.6	44	72	14	177	29	18	28	23	1.98
67593130--67593443	44	6.8	44	69	13	175	29	19	28	22	1.98
67602065--67602110	22	2.1	22	100	0	92	34	4	15	45	1.66
67613940--67614107	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67617471--67617518	22	2.1	22	85	11	62	45	0	25	29	1.53
67617703--67617749	19	2.6	18	80	6	51	34	0	6	59	1.23
67617788--67617864	28	2.8	28	72	14	79	41	0	23	35	1.55
67622104--67622252	42	3.5	42	95	1	255	30	14	32	22	1.93
67622260--67622329	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
67631495--67631570	38	2.0	38	97	0	143	72	7	9	10	1.29
67644228--67644252	12	2.1	12	100	0	50	0	8	32	60	1.26
67645471--67645567	47	2.1	47	100	0	194	26	21	18	32	1.97
67655714--67655758	19	2.3	20	84	3	56	55	4	2	37	1.32
67655783--67655820	20	1.9	20	88	0	58	55	5	0	39	1.23
67655788--67655854	20	3.2	21	73	19	59	64	5	1	28	1.26
67665205--67665349	59	2.4	59	94	1	254	32	4	8	54	1.51
67666936--67666960	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
67676310--67676348	19	2.1	19	85	9	53	51	2	20	25	1.60
67682882--67682955	29	2.6	29	89	4	105	27	16	31	25	1.96
67682992--67683018	12	2.2	12	100	0	54	55	0	0	44	0.99
67691240--67691370	65	2.0	65	95	0	235	32	9	27	30	1.89
67698023--67698085	30	2.1	30	82	11	76	39	7	4	47	1.54
67699273--67699298	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
67701572--67701622	22	2.4	22	77	9	52	39	25	3	31	1.74
67705495--67705560	30	2.1	33	91	8	111	37	0	9	53	1.33
67707508--67707549	22	1.9	22	95	0	75	35	7	4	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67708869--67708911	13	3.2	13	77	6	50	41	0	4	53	1.21
67711905--67711933	15	1.9	15	100	0	58	24	0	34	41	1.55
67717280--67717325	23	2.0	23	100	0	92	39	13	4	43	1.63
67719068--67719105	16	2.2	18	86	9	53	47	2	0	50	1.15
67719376--67719408	13	2.4	14	90	5	50	66	0	3	30	1.06
67720274--67720308	13	2.6	14	86	9	54	37	0	0	62	0.95
67720266--67720304	18	2.2	18	86	9	53	30	2	0	66	1.05
67720426--67720464	19	2.0	20	90	9	64	51	2	2	43	1.29
67723354--67723398	21	2.1	21	83	0	54	15	26	37	20	1.92
67728632--67728667	19	1.9	18	88	5	54	30	2	0	66	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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