genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70005485--70006585	87	12.9	84	76	9	361	32	11	11	43	1.78
70012030--70012089	29	2.1	29	90	0	93	43	11	16	28	1.83
70016469--70016632	42	3.9	42	79	7	172	27	24	15	32	1.96
70027456--70027500	23	2.0	23	86	4	65	22	17	17	42	1.89
70029031--70029147	23	4.9	24	77	9	98	24	22	17	35	1.96
70029308--70029385	20	3.9	19	81	8	75	34	11	15	38	1.83
70029308--70029414	40	2.7	39	80	9	126	35	10	15	38	1.82
70034492--70034542	26	2.0	26	92	0	84	21	23	9	45	1.82
70049813--70050260	243	1.8	244	90	0	727	29	12	16	41	1.85
70050595--70050893	35	8.6	35	79	8	265	25	22	14	37	1.92
70050595--70050893	70	4.3	70	78	9	299	25	22	14	37	1.92
70050595--70050892	104	2.8	104	82	7	352	25	22	14	37	1.92
70051500--70051554	24	2.3	24	87	0	74	12	34	5	47	1.65
70054486--70054548	19	3.3	19	90	0	108	36	9	17	36	1.82
70058437--70058624	21	9.0	21	68	5	103	44	17	21	16	1.86
70058439--70058634	42	4.7	42	82	5	209	45	17	20	15	1.85
70072478--70072508	12	2.6	12	89	0	53	6	16	48	29	1.70
70072668--70072703	18	2.1	18	89	5	56	11	30	44	13	1.79
70077299--70077374	24	3.1	24	81	5	82	23	23	15	36	1.94
70084352--70084397	24	1.9	24	91	8	76	17	26	21	34	1.95
70086512--70086641	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
70093726--70093855	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70096270--70096322	21	2.5	21	71	3	52	32	1	15	50	1.54
70097459--70097526	21	3.2	21	72	0	64	16	20	16	47	1.83
70097464--70097576	42	2.7	42	82	8	149	17	23	15	43	1.87
70100313--70100346	17	1.9	18	94	5	61	29	5	0	64	1.17
70103705--70103736	15	2.1	16	94	5	57	28	43	18	9	1.81
70111044--70111261	40	5.4	40	81	4	208	24	24	23	27	2.00
70111072--70111261	40	4.8	40	84	1	220	24	25	22	26	2.00
70111071--70111263	79	2.4	81	82	2	237	24	25	22	27	2.00
70123868--70124084	40	5.4	40	82	4	224	23	25	23	27	2.00
70130060--70130103	20	2.2	20	87	0	61	47	2	13	36	1.56
70130453--70130498	23	2.0	23	100	0	92	21	4	26	47	1.69
70133040--70133096	28	2.0	28	100	0	114	42	7	21	29	1.79
70139947--70140042	47	2.0	47	100	0	192	22	20	18	37	1.94
70142726--70142760	11	3.2	11	91	0	52	68	11	17	2	1.31
70149201--70149252	6	8.5	6	82	4	68	13	5	0	80	0.88
70149199--70149267	25	2.8	25	84	4	77	15	7	0	76	0.99
70152825--70153530	69	10.2	69	78	5	199	19	22	22	36	1.95
70152823--70153529	138	5.1	138	77	3	571	19	22	22	36	1.95
70152823--70153499	207	3.3	204	76	4	615	19	22	22	35	1.96
70157252--70157488	50	4.7	50	82	3	296	25	17	26	30	1.97
70157252--70157488	101	2.4	100	84	2	287	25	17	26	30	1.97
70157226--70157507	151	1.9	152	89	3	442	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70157213--70157534	151	2.1	152	84	2	432	25	15	27	31	1.96
70162230--70162271	22	1.9	22	95	0	75	21	21	26	30	1.98
70164671--70164727	12	4.5	12	75	16	53	49	0	1	49	1.11
70164915--70165340	229	1.9	227	85	2	586	40	7	7	45	1.60
70165219--70165554	156	2.1	163	81	8	395	38	10	7	43	1.68
70165960--70165990	16	1.9	16	93	0	53	35	12	22	29	1.91
70170076--70170118	23	2.0	22	86	9	61	39	2	0	58	1.11
70171696--70171745	25	2.0	25	100	0	100	36	8	24	32	1.84
70174982--70175216	40	5.9	40	93	1	375	23	22	28	25	2.00
70180050--70180097	21	2.3	21	96	0	87	20	25	18	35	1.95
70182842--70182938	28	3.4	27	85	7	115	30	26	14	27	1.95
70190113--70190211	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
70191379--70191512	41	3.2	41	81	5	144	26	17	25	29	1.98
70191379--70191530	43	3.6	44	77	12	149	25	17	26	30	1.97
70201523--70201602	41	2.0	40	85	2	106	28	26	18	26	1.98
70211997--70212261	42	6.3	42	85	5	336	28	17	20	34	1.95
70211997--70212276	88	3.2	84	80	10	307	28	17	20	33	1.95
70211991--70212276	130	2.2	130	88	3	427	29	17	19	33	1.95
70220118--70220368	42	5.9	42	84	5	326	27	19	20	33	1.96
70220118--70220368	128	2.0	128	89	3	389	27	19	20	33	1.96
70220123--70220368	86	2.9	85	85	7	329	26	19	20	33	1.96
70229288--70229319	6	5.7	6	85	14	50	43	18	0	37	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70229288--70229319	11	2.9	11	100	0	64	43	18	0	37	1.51
70235240--70235428	40	4.7	40	81	0	225	33	15	29	21	1.94
70244387--70244450	34	1.9	34	84	9	87	28	15	7	48	1.73
70246914--70246957	22	2.0	22	95	0	79	36	20	9	34	1.84
70248400--70248475	25	3.0	25	84	7	100	25	22	18	34	1.96
70254371--70254408	18	2.1	18	100	0	76	26	5	39	28	1.78
70255581--70255654	24	3.1	24	88	0	103	32	4	40	22	1.73
70257086--70257195	27	4.1	27	82	8	125	15	22	23	38	1.92
70257086--70257195	54	2.0	54	85	3	150	15	22	23	38	1.92
70260793--70260997	46	4.4	47	78	9	190	27	18	29	24	1.98
70263124--70263217	28	3.4	28	76	5	91	21	13	36	28	1.92
70263541--70263789	27	9.3	27	82	6	267	38	20	10	31	1.85
70263541--70263789	81	3.1	81	84	8	312	38	20	10	31	1.85
70263743--70263834	27	3.4	27	84	3	96	39	16	15	29	1.89
70266440--70266464	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
70266437--70266509	29	2.5	31	78	13	82	60	4	0	35	1.16
70266444--70266515	31	2.4	30	73	22	71	61	2	0	36	1.11
70269550--70269604	25	2.2	25	96	0	101	12	25	7	54	1.63
70269636--70269691	19	2.9	19	94	0	94	25	19	28	26	1.99
70271794--70271891	46	2.3	40	79	16	108	34	15	12	37	1.85
70274164--70274322	32	5.0	32	90	1	257	32	12	10	45	1.75
70274164--70274322	63	2.5	64	94	1	284	32	12	10	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70276315--70276367	21	2.5	21	90	0	79	32	37	7	22	1.82
70279887--70279929	20	2.2	20	87	8	61	76	0	4	18	0.95
70287485--70287551	28	2.4	28	94	0	116	20	22	40	16	1.91
70289045--70289099	28	2.0	28	100	0	110	9	7	36	47	1.63
70291619--70291815	97	2.0	97	98	0	376	39	18	7	34	1.79
70298353--70298387	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
70299540--70299647	26	4.2	26	89	0	171	34	7	22	36	1.82
70306566--70306673	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
70313328--70313366	20	2.0	21	85	10	55	28	5	2	64	1.28
70324206--70324255	6	8.3	6	95	0	82	50	0	50	0	1.00
70324714--70324767	27	2.0	27	85	7	74	38	5	22	33	1.77
70328400--70328622	119	1.9	120	85	6	310	25	27	22	24	2.00
70328379--70328622	40	6.1	40	84	6	291	25	27	22	25	2.00
70337505--70337680	46	3.8	46	80	12	216	20	21	28	29	1.98
70337502--70337673	93	1.8	93	94	0	308	20	21	29	28	1.98
70339271--70339495	40	5.7	40	84	5	260	26	27	21	24	1.99
70339271--70339493	79	2.8	79	82	5	252	26	27	21	24	1.99
70339273--70339495	119	1.9	120	84	6	301	26	26	21	24	2.00
70341619--70341645	14	1.9	14	100	0	54	44	3	7	44	1.49
70341588--70341878	62	4.7	62	94	0	494	49	9	6	34	1.62
70345077--70345149	27	2.7	27	82	0	92	31	30	19	19	1.96
70347915--70347943	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70351931--70352286	92	3.8	93	77	8	271	28	19	29	22	1.98
70351934--70352291	47	7.7	46	70	13	216	28	20	29	22	1.98
70356730--70356762	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
70360912--70361271	94	3.8	91	74	14	308	27	19	29	23	1.98
70360915--70361266	47	7.5	45	70	16	157	27	19	29	23	1.98
70364421--70364657	78	3.0	78	88	2	359	41	24	4	28	1.75
70366130--70366227	42	2.3	42	82	6	119	32	13	21	32	1.92
70373674--70373824	42	3.6	41	77	7	142	31	14	23	30	1.94
70375544--70375596	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
70377066--70377130	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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