genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24713001--24713067	15	4.5	15	75	15	59	31	2	4	61	1.31
24712992--24713068	29	2.5	30	80	16	79	31	3	3	61	1.32
24713101--24713144	18	2.4	18	84	3	61	36	0	0	63	0.95
24713227--24713457	23	9.7	23	74	18	167	33	4	4	57	1.39
24713246--24713341	11	8.5	10	70	21	57	32	2	5	60	1.30
24713581--24713628	25	1.9	25	91	0	78	31	8	8	52	1.61
24713608--24713646	20	2.0	20	84	0	51	30	5	5	58	1.41
24713620--24713672	27	2.0	26	81	3	61	26	5	3	64	1.33
24714799--24714841	22	2.0	22	81	9	52	30	2	16	51	1.57
24715460--24715541	7	12.0	7	85	5	114	17	1	39	42	1.57
24715460--24715523	33	1.9	33	93	0	110	15	1	42	40	1.57
24715567--24715598	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
24717574--24717626	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
24721450--24721482	17	1.9	17	93	0	57	15	0	24	60	1.35
24722346--24722632	87	3.3	87	89	0	441	20	19	21	37	1.94
24722335--24722632	43	6.9	42	73	9	231	20	19	21	38	1.94
24737621--24737730	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
24743413--24743518	26	4.1	26	97	0	185	36	24	5	33	1.79
24759791--24759859	33	2.1	33	81	5	77	49	5	7	37	1.55
24759909--24759958	20	2.5	21	78	12	61	54	8	6	32	1.54
24759954--24760018	27	2.3	30	84	7	91	53	6	6	33	1.50
24760222--24760622	143	2.9	141	82	9	414	58	6	3	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24760602--24760698	3	31.7	3	70	15	56	60	6	3	29	1.36
24760602--24760659	16	3.6	16	86	4	73	62	5	3	29	1.33
24762016--24762076	20	3.2	19	72	20	56	55	4	3	36	1.38
24762012--24762093	25	3.4	24	74	15	71	57	3	3	35	1.34
24762470--24762531	21	2.8	23	70	22	60	51	12	3	32	1.56
24762481--24762541	23	2.7	23	84	0	86	50	11	1	36	1.48
24762481--24762554	23	3.1	23	81	11	71	51	10	1	36	1.46
24762481--24762543	25	2.7	25	85	9	80	50	11	1	36	1.47
24763568--24763597	14	2.1	14	93	0	51	30	3	56	10	1.48
24764883--24764925	23	1.9	23	90	4	70	27	4	0	67	1.10
24766178--24766231	23	2.3	23	81	12	65	33	9	1	55	1.42
24767042--24767075	1	34.0	1	93	0	59	97	0	2	0	0.19
24767302--24767375	31	2.4	32	75	6	80	43	4	9	43	1.56
24767852--24767900	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
24768092--24768121	13	2.2	14	94	5	53	50	0	0	50	1.00
24768139--24768172	14	2.7	12	83	16	50	47	2	0	50	1.16
24770263--24770332	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
24770346--24770448	42	2.4	42	95	1	179	21	34	15	28	1.94
24774259--24774445	26	7.2	26	96	0	322	36	24	5	34	1.78
24778022--24778065	20	2.1	21	84	12	56	59	0	4	36	1.18
24780057--24780090	17	2.0	17	88	0	50	55	0	5	38	1.24
24780372--24780441	35	2.0	35	94	0	122	31	14	7	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24794549--24794579	16	1.9	16	93	0	53	22	0	9	67	1.19
24794549--24794592	19	2.5	19	85	10	58	27	0	9	63	1.24
24807908--24807955	24	2.0	24	84	8	62	56	6	6	31	1.49
24807992--24808037	19	2.4	19	85	0	56	23	0	4	71	1.03
24808579--24808623	19	2.3	20	84	3	56	57	2	4	35	1.31
24812813--24813063	131	1.9	132	91	0	414	29	19	19	31	1.96
24812813--24813095	131	2.2	132	87	0	406	30	18	18	32	1.95
24812821--24813176	131	2.7	131	81	3	324	29	19	18	32	1.96
24824944--24825721	132	5.9	132	89	2	1073	29	18	24	27	1.98
24824944--24825721	263	2.9	262	87	2	1105	29	18	24	27	1.98
24824944--24825721	133	5.9	133	88	2	1070	29	18	24	27	1.98
24829108--24829148	19	2.1	20	95	4	75	70	4	24	0	1.06
24829194--24829227	12	2.9	12	86	4	52	67	0	17	14	1.23
24829196--24829246	15	3.6	14	77	12	52	70	1	15	11	1.25
24831269--24831314	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
24831266--24831314	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
24834951--24835198	131	1.9	132	91	1	410	29	20	18	31	1.96
24834959--24835306	131	2.7	130	81	4	358	29	19	18	33	1.96
24835258--24835560	130	2.3	129	80	6	313	25	19	19	35	1.95
24841607--24841656	18	2.5	19	81	15	57	38	10	12	40	1.76
24843550--24843593	3	14.7	3	81	9	54	68	0	29	2	1.02
24848848--24849472	303	2.1	302	80	6	707	40	10	12	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24851121--24851237	3	39.0	3	73	10	87	32	5	2	58	1.35
24851121--24851237	39	3.0	38	82	7	137	32	5	2	58	1.35
24851544--24851580	15	2.4	16	82	17	51	18	0	0	81	0.70
24858370--24858413	18	2.4	18	84	0	61	50	22	0	27	1.50
24860059--24860125	32	2.1	31	83	8	82	40	7	0	52	1.30
24860582--24860617	15	2.4	15	90	0	54	33	2	0	63	1.08
24860962--24861014	22	2.4	23	81	9	58	35	0	1	62	1.06
24863905--24863933	13	2.2	13	100	0	58	44	48	0	6	1.29
24864336--24864365	14	2.2	14	94	5	53	13	6	0	80	0.91
24864974--24865022	22	2.2	21	80	16	55	36	0	0	63	0.95
24865084--24865166	25	3.2	25	77	6	78	37	2	4	55	1.34
24865421--24865488	24	2.9	24	82	8	77	25	8	4	61	1.44
24865422--24865496	24	3.2	24	80	1	71	26	6	5	61	1.43
24877878--24878042	74	2.2	75	87	1	233	27	14	21	36	1.92
24878149--24878462	90	3.5	89	84	5	359	28	15	19	36	1.93
24878398--24878432	13	2.6	14	95	4	63	31	8	5	54	1.54
24878466--24878499	14	2.5	14	90	4	52	26	5	2	64	1.30
24878686--24878830	44	3.3	44	87	0	200	26	18	23	31	1.98
24878810--24878984	88	2.0	89	86	1	244	35	17	18	29	1.93
24879682--24879711	14	2.2	14	94	5	53	13	6	0	80	0.91
24881175--24881341	35	4.6	35	86	7	210	34	24	10	31	1.89
24881171--24881341	75	2.4	72	85	7	215	33	23	10	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24887366--24887788	71	6.2	69	75	12	403	24	14	22	39	1.91
24887508--24887754	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
24887199--24887791	263	2.3	257	95	2	1042	25	14	22	36	1.93
24887629--24887794	72	2.3	71	88	4	244	22	15	21	41	1.89
24888019--24888163	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
24887859--24888335	165	2.9	166	90	2	721	29	18	20	31	1.96
24888192--24888698	72	6.5	73	75	12	406	29	16	19	34	1.94
24888191--24888908	88	9.0	76	73	14	427	28	16	19	35	1.94
24888550--24888585	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
24888680--24888741	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
24888331--24888909	254	2.3	248	85	6	762	27	16	18	36	1.93
24889556--24889589	13	2.5	13	90	4	50	91	2	5	0	0.51
24889585--24889617	15	2.3	15	90	10	52	66	27	0	6	1.15
24890420--24890452	14	2.4	14	90	10	50	39	0	3	57	1.14
24891953--24892032	26	3.1	25	82	10	108	22	1	3	72	1.08
24891958--24892052	50	1.9	50	86	4	138	25	3	5	66	1.28
24891964--24892051	25	3.5	24	76	14	79	23	3	5	67	1.28
24892096--24892159	31	2.1	31	88	5	94	28	3	1	67	1.15
24892081--24892347	26	10.2	27	69	15	118	28	4	4	61	1.36
24892081--24892224	54	2.6	55	77	6	146	28	5	2	63	1.31
24892220--24892345	26	5.0	25	80	5	128	29	3	6	60	1.40
24892106--24892347	50	4.7	47	70	17	137	28	5	4	61	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24907291--24907322	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24914927--24914974	13	3.6	13	75	5	51	4	29	0	66	1.10
24916400--24916575	46	3.8	45	77	10	185	21	19	29	28	1.98
24916396--24916567	93	1.8	93	91	0	281	21	20	30	27	1.98
24923210--24923255	20	2.3	20	81	3	58	23	13	30	32	1.93
24928672--24928718	21	2.3	20	89	7	69	48	19	21	10	1.78
24933760--24933811	25	2.1	25	96	0	95	34	7	1	55	1.39
24942323--24942386	23	2.8	23	80	4	76	45	15	3	35	1.62
24944288--24944335	17	2.8	17	72	12	53	72	2	10	14	1.19
24948896--24948939	22	2.0	22	82	8	54	56	6	4	31	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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