Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  6  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1824468--1824560
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2.2
42
82
3
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23
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1.95
1824726--1824793
31
2.2
31
94
0
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27
16
29
1.97
1827521--1827571
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3.9
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16
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0
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9
1.11
1827517--1827570
26
2.1
25
83
13
65
72
0
18
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1.11
1851193--1851268
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1.9
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100
0
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13
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1853646--1853703
24
2.3
24
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32
10
1
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35
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192
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24
10
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1862932--1863103
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11
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2.0
21
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19
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0
0
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0
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6
0
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0
50
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0
0
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0
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0
0
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1.00
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2.2
19
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24
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2.5
23
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2.1
15
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0
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50
12
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5
0
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2.1
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44
3
0
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1.18
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2.0
31
84
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0
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1.32
1913351--1913403
26
2.0
26
96
0
97
15
28
24
32
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1913453--1913482
15
2.0
15
93
0
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20
20
23
1.95
1920494--1920538
23
2.0
23
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4
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2
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1.19
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2
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0
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0
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0
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0
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22
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22
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3
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0
0
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2.0
21
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0
0
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0.89
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4
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1.9
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5
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68
4
0
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1.10
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20
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46
0
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22
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29
2.0
30
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3
100
43
0
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20
1.52
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9
5.1
9
94
0
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28
10
15
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1.79
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9
3.7
9
100
0
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42
24
12
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26
2.0
26
92
3
88
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5
9
42
1.61
1954733--1954764
2
16.0
2
93
0
55
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46
3
0
1.17
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2.4
44
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144
29
23
13
33
1.93
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14
2.9
14
88
0
53
55
22
0
22
1.44
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24
1.9
25
86
4
69
46
0
2
51
1.13
1995750--1995803
19
2.8
20
68
15
51
48
3
0
48
1.19
2003518--2003697
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2.0
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98
0
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42
13
1
42
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2004946--2004998
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2.7
19
82
11
63
58
7
0
33
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.9
16
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1.62
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1.9
15
100
0
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55
0
0
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14
93
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6
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1.61
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12.5
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100
0
50
52
0
48
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1.00
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3
45
26
1.71
2053957--2054111
69
2.2
70
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213
21
6
48
23
1.73
2053957--2054111
75
2.2
69
89
6
229
21
6
48
23
1.73
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39
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0
122
18
3
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15
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3
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20
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0
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27
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9
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19
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2.1
22
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0
0
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15.5
2
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55
50
0
3
46
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2104415--2104511
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10
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1.53
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2
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2
100
0
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0
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1.00
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3.9
22
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15
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1
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1.23
2118566--2118611
22
2.1
22
100
0
92
58
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0
36
1.18
2122953--2123028
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0
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0
0
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0
0
40
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19
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17
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1
0
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3
0
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0
86
41
0
0
58
0.98
2149562--2149596
17
2.1
17
100
0
70
34
5
0
60
1.21
2149586--2149718
69
1.9
70
89
1
205
33
14
15
36
1.88
2150499--2150731
40
5.9
40
84
3
301
22
21
27
27
1.99
2150502--2150742
79
3.0
80
83
4
301
22
21
27
28
1.99
2150475--2150726
119
2.1
119
88
1
362
23
21
26
28
1.99
2152346--2152499
55
2.9
53
83
8
195
35
20
24
20
1.96
2152346--2152507
53
3.0
52
82
7
200
35
19
25
20
1.96
2152465--2152553
46
1.9
46
90
0
142
40
19
24
15
1.90
2162264--2162384
50
2.4
51
88
5
183
35
15
22
26
1.94
2162370--2162444
31
2.4
31
90
0
114
29
17
26
26
1.97
2162483--2162608
47
2.7
47
81
2
146
30
15
24
28
1.96
2165595--2165654
30
2.0
30
86
0
84
40
6
25
28
1.80
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2170434--2170475
21
2.0
21
85
0
57
21
16
42
19
1.89
2172700--2172759
30
2.0
30
86
0
84
30
25
6
38
1.81
2175454--2175495
22
1.9
22
85
9
59
64
0
0
35
0.94
2186196--2186226
16
1.9
16
93
0
53
29
0
19
51
1.47
2186807--2186882
33
2.3
34
78
17
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32
17
23
26
1.96
2186787--2187036
103
2.5
97
78
8
248
31
17
25
26
1.97
2186909--2187036
33
3.9
32
71
12
107
30
17
26
25
1.98
2210928--2210976
24
2.1
24
84
3
64
26
0
18
55
1.43
2211698--2211756
24
2.5
24
80
5
66
10
59
1
28
1.40
2211845--2211936
36
2.6
36
82
0
103
14
48
19
17
1.80
2254390--2254430
3
13.7
3
100
0
82
31
0
0
68
0.90
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2
14.0
2
100
0
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50
0
0
50
1.00
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1.9
126
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3
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39
16
15
28
1.89
2269261--2269288
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
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20
2.0
21
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60
0
7
31
1.24
2269484--2269515
17
1.9
17
93
6
57
59
0
3
37
1.13
2269533--2269575
15
2.9
15
89
3
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67
2
2
27
1.15
2270167--2270191
11
2.3
11
100
0
50
8
0
0
92
0.40
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17
2.3
15
90
9
54
8
0
47
44
1.33
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2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
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2
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2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
2288211--2288235
12
2.1
12
100
0
50
16
0
8
76
1.02
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2288744--2288775
3
10.7
3
100
0
64
34
0
0
65
0.93
2291890--2292056
35
4.6
35
84
8
192
31
10
23
33
1.89
2291890--2292060
75
2.4
75
84
7
212
32
11
23
33
1.90
2299547--2299586
2
20.0
2
100
0
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0
0
50
1.00
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5.0
6
100
0
60
16
0
50
33
1.46
2313341--2313512
59
2.9
60
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3
170
22
22
9
44
1.82
2313341--2313513
60
2.9
59
79
7
163
22
22
9
45
1.82
2317240--2317448
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4.9
38
81
16
177
37
15
24
22
1.93
2317278--2317492
46
4.7
46
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0
306
40
14
23
21
1.91
2318204--2318261
31
1.9
30
86
10
82
29
1
5
63
1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335