genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70381933--70381970	12	3.2	12	88	0	58	13	50	18	18	1.78
70385077--70385141	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
70388378--70388595	43	5.1	43	72	6	138	26	25	18	29	1.98
70388590--70388674	45	1.9	45	85	2	118	23	18	18	38	1.93
70388580--70388682	45	2.3	43	75	4	98	19	19	22	38	1.93
70389200--70389244	9	5.0	9	91	0	72	33	0	20	46	1.51
70391200--70391365	84	2.0	84	100	0	332	37	9	22	30	1.86
70392366--70392475	26	4.2	26	96	0	184	35	23	5	35	1.78
70392913--70392998	9	9.6	9	75	5	75	32	2	19	45	1.63
70392869--70392980	43	2.5	45	85	7	158	33	3	15	47	1.62
70392918--70393036	36	3.5	36	71	18	94	36	0	18	44	1.56
70394344--70394391	16	2.9	16	75	3	51	37	0	2	60	1.09
70395139--70395190	19	2.8	19	83	13	72	36	0	34	28	1.58
70395139--70395186	18	2.6	18	84	12	62	37	0	37	25	1.56
70395412--70395695	126	2.3	125	79	6	306	27	19	17	35	1.95
70396004--70396099	7	13.7	7	79	0	93	41	37	2	18	1.63
70396202--70396322	22	5.6	22	65	20	58	44	37	0	17	1.55
70396266--70396411	14	10.4	14	67	13	50	50	28	0	20	1.54
70396266--70396320	28	2.0	28	85	7	76	47	34	0	18	1.49
70396275--70396354	35	2.3	35	80	10	92	52	30	0	17	1.45
70396418--70396531	41	2.8	41	82	4	124	23	23	13	39	1.90
70396486--70396722	111	2.1	111	89	0	366	22	22	16	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70396728--70396755	12	2.3	12	100	0	56	53	32	7	7	1.55
70397242--70397328	41	2.2	40	81	6	104	31	19	22	26	1.98
70397924--70397979	21	2.6	22	83	10	71	17	0	42	39	1.50
70398821--70399141	158	2.0	156	82	7	391	36	11	21	30	1.89
70398869--70399172	158	1.9	157	82	8	377	34	13	21	30	1.92
70399727--70399760	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
70400493--70400602	26	4.2	26	97	0	193	32	5	25	36	1.79
70404567--70404761	99	2.0	98	84	8	252	45	6	5	42	1.52
70404772--70404796	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
70404869--70404893	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
70404715--70405170	94	4.8	95	91	5	719	34	5	4	54	1.46
70404963--70404987	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
70404714--70405182	93	5.0	93	90	4	644	35	6	4	53	1.47
70405357--70405453	9	10.4	9	71	15	65	43	11	2	43	1.52
70408615--70408775	29	5.6	29	87	0	178	27	15	32	24	1.95
70410629--70410660	10	3.2	10	90	0	55	18	0	28	53	1.45
70413085--70413127	19	2.4	18	85	14	54	0	34	0	65	0.93
70413184--70413221	8	4.8	8	83	9	51	39	2	0	57	1.12
70421371--70421400	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
70421863--70421991	11	11.7	11	68	14	61	34	3	2	60	1.25
70422084--70422130	9	5.1	9	78	14	51	29	0	2	68	1.02
70422082--70422122	17	2.3	18	84	12	50	29	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70422098--70422135	17	2.2	18	86	13	53	36	0	0	63	0.95
70422532--70422574	22	2.0	22	86	9	61	65	4	9	20	1.40
70423201--70423252	21	2.3	22	87	9	70	42	0	0	57	0.98
70425860--70425904	17	2.6	16	86	10	54	62	0	4	33	1.15
70426378--70426517	70	2.0	70	100	0	280	38	8	12	40	1.74
70427321--70427430	54	2.0	54	85	3	150	38	21	22	17	1.93
70427313--70427426	27	4.2	27	85	7	133	37	22	21	17	1.94
70435256--70435414	53	3.0	54	85	5	198	37	20	22	20	1.95
70435255--70435413	27	5.9	27	79	10	148	36	20	22	20	1.95
70437534--70437578	17	2.7	16	81	18	56	53	8	2	35	1.45
70438424--70438453	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
70441272--70441377	53	2.0	53	98	0	203	29	10	13	47	1.75
70448111--70448279	48	3.6	48	83	9	172	27	17	31	24	1.97
70455454--70455863	47	8.6	50	78	12	264	26	17	31	24	1.97
70455447--70455862	48	8.8	47	78	10	307	27	18	31	23	1.97
70457566--70457611	24	1.9	24	82	8	58	30	13	4	52	1.59
70459448--70459714	24	11.1	24	95	0	435	20	18	25	35	1.95
70468631--70468667	19	2.0	19	89	5	58	51	0	0	48	1.00
70469539--70469580	17	2.5	17	96	0	75	45	0	11	42	1.41
70475346--70475380	17	2.0	18	88	5	54	34	28	0	37	1.58
70475767--70475824	25	2.3	26	79	5	66	65	5	0	29	1.14
70475779--70475827	26	2.0	24	84	8	62	61	6	0	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70475814--70475856	21	2.0	22	86	4	61	69	6	2	20	1.23
70476482--70476520	20	2.0	20	94	0	69	53	12	0	33	1.39
70498079--70498111	15	2.2	15	100	0	66	18	6	27	48	1.71
70516488--70516719	40	5.8	40	91	1	360	26	27	22	23	1.99
70520341--70520439	28	3.5	28	78	9	103	28	25	17	29	1.97
70521793--70521819	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
70523352--70523419	20	3.4	19	76	13	57	39	20	7	32	1.80
70523386--70523454	20	3.5	20	79	0	75	34	18	7	39	1.79
70523422--70523462	20	2.0	20	90	9	66	36	14	4	43	1.67
70523628--70523765	45	3.0	45	81	8	163	35	17	21	25	1.95
70523632--70523765	23	5.8	24	76	17	124	35	17	21	25	1.95
70524547--70524596	21	2.4	21	76	3	57	48	16	2	34	1.57
70525631--70525797	43	3.9	43	75	8	135	26	14	26	31	1.95
70527059--70527373	48	6.6	48	89	1	427	25	16	31	26	1.96
70537638--70537804	40	4.2	40	80	5	169	25	22	26	24	2.00
70546449--70546587	38	3.4	38	72	16	134	28	24	17	29	1.97
70554817--70554879	31	2.0	31	96	0	117	36	6	4	52	1.48
70565112--70565136	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
70568413--70568461	24	1.9	26	88	12	75	48	10	4	36	1.56
70574463--70574597	69	2.0	69	98	0	261	28	11	18	41	1.85
70591385--70591671	41	7.0	41	91	0	448	26	28	22	22	1.99
70591385--70591667	82	3.5	82	95	0	494	25	28	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70591929--70592391	27	17.0	27	73	7	263	32	9	17	39	1.83
70591943--70592147	109	1.9	109	90	0	329	32	7	16	43	1.76
70591943--70592231	55	5.3	55	72	6	165	32	7	16	42	1.77
70591929--70592311	109	3.5	110	80	4	319	33	8	17	40	1.81
70592380--70592471	27	3.4	27	86	0	139	28	18	16	36	1.92
70592244--70592418	80	2.1	82	88	3	273	31	14	17	36	1.90
70602297--70602396	49	2.0	49	98	0	191	30	6	25	39	1.79
70603693--70603743	18	2.8	18	85	5	68	66	1	1	29	1.13
70603695--70603728	6	5.7	6	100	0	68	67	0	0	32	0.91
70605210--70605269	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
70613484--70613780	47	6.3	47	96	0	522	27	30	9	32	1.88
70619432--70619826	27	14.6	27	81	4	222	37	20	8	32	1.83
70619471--70619591	55	2.2	55	89	1	181	25	22	9	42	1.84
70619621--70619829	81	2.6	81	89	2	296	41	20	8	29	1.82
70619615--70619854	54	4.5	55	74	12	155	41	20	8	30	1.81
70619588--70619852	81	3.3	81	83	4	277	42	20	7	29	1.80
70619970--70620061	27	3.4	27	89	3	123	33	19	26	20	1.96
70620862--70621008	26	5.8	26	91	2	230	25	23	23	27	2.00
70620862--70621008	50	2.9	51	92	4	244	25	23	23	27	2.00
70621153--70621244	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
70622563--70622599	15	2.5	15	95	4	67	21	13	35	29	1.92
70623591--70623720	27	4.9	27	87	2	183	29	21	7	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70623591--70623720	53	2.4	54	88	3	192	29	21	7	41	1.81
70623697--70623971	27	10.2	27	79	7	229	40	21	8	29	1.83
70623697--70624023	54	6.1	54	76	8	215	40	20	8	30	1.82
70623711--70623945	81	2.9	81	89	4	350	41	21	8	28	1.82
70623711--70623973	81	3.2	80	86	6	336	41	20	9	28	1.83
70623977--70624029	25	2.1	25	83	13	65	39	11	9	39	1.74
70624083--70624172	26	3.4	26	84	7	110	34	18	26	20	1.96
70624091--70624172	27	3.1	26	86	8	112	31	20	26	20	1.98
70624969--70625065	25	3.8	25	90	1	140	26	22	22	27	1.99
70624969--70625077	51	2.2	51	85	6	152	28	21	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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