genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80844754--80844826	27	2.6	28	93	2	121	28	16	26	28	1.97
80844757--80844838	27	3.0	27	84	8	69	29	17	24	29	1.97
80844830--80844872	18	2.4	18	100	0	86	27	18	9	44	1.80
80850639--80850687	26	2.0	24	88	8	71	65	6	0	28	1.16
80851499--80851546	17	2.7	18	83	6	62	39	27	8	25	1.84
80851499--80851546	9	5.4	9	90	5	62	39	27	8	25	1.84
80851545--80851691	37	4.0	37	86	3	217	45	14	6	32	1.72
80851755--80851781	12	2.2	12	100	0	54	88	11	0	0	0.50
80854032--80854086	28	2.0	28	96	0	101	40	10	20	29	1.86
80854032--80854102	28	2.5	28	86	4	90	40	8	21	29	1.82
80854175--80854475	39	7.7	39	88	2	417	20	21	27	29	1.98
80856351--80856409	28	2.1	27	90	3	91	27	0	23	49	1.51
80856567--80856600	13	2.6	13	90	0	50	17	0	47	35	1.48
80856650--80856675	6	4.3	6	100	0	52	0	0	46	53	1.00
80856800--80856835	18	2.0	18	88	0	54	33	16	16	33	1.92
80857330--80857489	44	3.8	42	75	15	141	23	17	25	33	1.96
80857330--80857489	42	3.7	44	75	12	145	23	17	25	33	1.96
80859690--80859790	27	3.8	26	78	7	80	39	18	10	30	1.85
80859739--80859789	26	1.9	27	88	11	79	41	11	13	33	1.81
80859776--80860115	27	12.6	27	82	1	421	38	19	16	25	1.92
80860468--80860519	22	2.4	22	80	0	59	21	25	21	32	1.98
80860677--80860785	27	4.1	27	78	5	89	18	23	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80860902--80861042	25	5.7	25	84	2	187	19	17	13	49	1.79
80860902--80861042	50	2.8	50	93	3	232	19	17	13	49	1.79
80860902--80861051	6	24.3	6	67	17	76	19	17	14	49	1.80
80861064--80861128	34	2.0	32	82	14	80	26	20	23	30	1.98
80865073--80865239	48	3.6	48	73	14	145	29	26	17	25	1.98
80865078--80865242	90	1.8	90	82	7	210	30	26	16	26	1.97
80867422--80867622	27	7.4	27	85	1	258	35	18	19	25	1.95
80867422--80867622	82	2.5	82	84	4	255	35	18	19	25	1.95
80867423--80867622	109	1.8	109	86	0	292	35	19	19	26	1.95
80868357--80868384	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
80869692--80870050	27	13.3	27	88	1	470	24	20	21	33	1.97
80870175--80870213	17	2.3	17	95	0	69	10	33	30	25	1.89
80872900--80873035	50	2.8	50	86	2	177	27	26	19	27	1.99
80883658--80883687	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
80889184--80889293	55	2.0	55	96	0	202	35	17	11	35	1.86
80894874--80894907	16	2.1	16	89	10	52	2	8	0	88	0.62
80895695--80895803	55	2.0	55	96	0	200	35	17	9	37	1.82
80900275--80900549	38	7.3	38	92	0	444	21	22	25	30	1.98
80900275--80900549	113	2.4	114	93	0	462	21	22	25	30	1.98
80902184--80902220	14	2.6	14	100	0	74	21	8	5	64	1.40
80915292--80915345	27	2.0	27	100	0	108	22	22	7	48	1.75
80935319--80935509	39	4.8	40	88	0	199	25	32	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80935357--80935509	39	3.9	39	91	0	243	25	32	18	22	1.97
80943265--80943427	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
80950543--80950669	40	3.2	41	83	12	133	24	29	24	21	1.99
80950565--80950709	40	3.8	38	81	16	142	25	28	23	22	1.99
80957229--80957448	40	5.6	40	83	4	259	25	26	23	24	2.00
80964123--80964271	51	3.1	51	74	15	154	30	28	16	24	1.97
80965408--80965444	19	1.9	19	100	0	74	48	21	5	24	1.71
80965638--80965665	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
80967691--80967883	40	4.8	39	89	5	246	23	26	24	25	2.00
80967691--80967883	80	2.4	81	87	7	277	23	26	24	25	2.00
80970015--80970072	28	2.1	28	87	6	82	34	25	10	29	1.89
80976757--80976782	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
80989419--80989517	28	3.5	29	82	6	114	31	26	14	28	1.95
80989632--80989659	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
80991574--80991607	14	2.5	14	95	4	61	38	11	0	50	1.39
80995700--80995768	21	3.3	21	85	2	86	11	23	8	56	1.62
80999788--80999936	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
80999829--80999936	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
81005008--81005178	40	4.3	39	77	10	159	28	21	26	23	1.99
81013025--81013195	40	4.3	40	80	7	170	28	21	26	23	1.99
81015687--81015716	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
81019214--81019473	46	5.7	46	93	1	400	39	15	23	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81024501--81024728	46	5.0	46	91	1	341	39	14	23	21	1.91
81029367--81029629	25	10.5	25	86	4	291	23	24	17	33	1.96
81029367--81029629	50	5.3	48	86	3	337	23	24	17	33	1.96
81029367--81029629	75	3.5	75	83	5	343	23	24	17	33	1.96
81029615--81029670	22	2.6	21	76	23	62	14	25	19	41	1.89
81030662--81030765	46	2.2	48	79	5	113	26	15	27	29	1.96
81032944--81033129	93	2.0	93	100	0	372	30	18	16	35	1.92
81036652--81036761	40	2.8	40	90	0	166	30	25	20	23	1.99
81040215--81040390	46	3.8	46	79	5	203	21	20	28	28	1.98
81040211--81040382	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	27	1.98
81049996--81050177	39	4.7	40	81	10	207	23	21	28	26	1.99
81052605--81052805	40	5.1	39	81	11	232	24	22	27	25	2.00
81061873--81062040	40	4.2	40	78	8	173	25	22	27	25	2.00
81063919--81064100	40	4.6	40	81	8	194	24	20	28	26	1.99
81063920--81064098	79	2.2	81	82	7	215	25	20	27	26	1.99
81063969--81064133	79	2.1	79	79	6	174	27	21	26	24	1.99
81074249--81074342	31	3.0	31	84	0	116	23	27	31	17	1.96
81080819--81080893	28	2.6	29	85	2	98	32	26	13	28	1.94
81086356--81086462	24	4.5	24	89	0	151	23	13	28	35	1.92
81086357--81086492	48	2.8	48	85	0	146	23	13	28	33	1.93
81086356--81086491	72	1.9	72	84	0	182	23	13	27	34	1.93
81087505--81087542	18	2.1	18	100	0	76	50	15	5	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81092416--81092477	28	2.2	28	79	0	70	33	19	16	30	1.94
81095920--81095989	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
81103072--81103141	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
81106613--81106700	30	2.9	30	75	0	95	27	28	17	27	1.97
81115125--81115188	31	2.1	31	96	0	119	34	23	12	29	1.92
81115400--81115534	51	2.7	52	92	6	217	27	22	21	28	1.99
81115400--81115534	25	5.3	26	85	5	181	27	22	21	28	1.99
81116338--81116424	27	3.2	27	90	3	122	19	26	19	34	1.96
81116541--81116815	27	10.2	27	81	4	243	30	9	21	39	1.84
81116571--81116801	81	2.9	80	85	4	277	30	9	19	40	1.83
81116767--81116923	27	5.8	27	87	1	172	39	7	21	31	1.82
81116752--81116934	81	2.3	81	74	1	179	36	7	22	33	1.83
81117134--81117177	17	2.6	17	100	0	88	18	34	29	18	1.94
81117134--81117177	9	5.1	9	78	10	56	18	34	29	18	1.94
81119219--81119297	31	2.5	31	89	0	122	27	20	18	32	1.96
81119503--81119638	26	5.3	26	84	3	163	29	22	19	28	1.98
81119503--81119638	52	2.7	51	87	5	197	29	22	19	28	1.98
81121509--81121650	40	3.5	40	83	0	158	22	28	23	26	1.99
81129553--81129694	40	3.5	40	85	0	167	23	28	22	26	1.99
81129585--81129736	40	3.8	40	82	5	155	22	25	23	28	1.99
81131919--81132365	27	16.6	27	79	6	217	32	9	20	37	1.85
81131972--81132177	81	2.6	81	88	3	292	29	9	21	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81131972--81132218	54	4.6	53	79	4	262	29	8	22	39	1.84
81136448--81136622	45	3.8	46	80	13	225	29	29	20	21	1.98
81136456--81136626	93	1.8	92	96	1	315	28	29	21	21	1.98
81136453--81136628	46	3.8	45	77	10	169	28	29	21	21	1.98
81139008--81139085	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
81139006--81139085	30	2.6	31	81	11	94	55	15	18	11	1.69
81141972--81142145	46	3.9	43	76	16	158	28	29	20	21	1.98
81142019--81142160	46	3.1	45	75	11	119	30	28	19	21	1.98
81145687--81145732	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
81145694--81145738	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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