genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34536528--34536586	10	5.9	10	80	7	75	66	3	10	20	1.36
34536528--34536585	30	1.9	30	89	0	89	65	3	10	20	1.38
34536569--34536613	22	2.0	22	95	0	81	60	6	17	15	1.56
34538574--34538637	20	3.5	19	81	14	64	76	0	3	20	0.92
34539996--34540073	33	2.4	33	82	4	95	29	10	21	38	1.87
34542370--34542450	10	7.9	10	76	15	76	64	2	12	20	1.39
34542411--34542455	22	2.0	22	100	0	90	60	4	17	17	1.53
34558487--34558550	23	2.7	23	78	2	74	46	20	0	32	1.51
34559306--34559520	113	1.9	113	87	3	317	38	21	8	30	1.84
34559348--34559527	57	3.2	57	67	16	147	38	21	8	31	1.84
34559957--34559985	13	2.1	14	93	6	51	0	13	3	82	0.79
34561494--34561526	17	1.9	17	93	0	57	57	3	0	39	1.14
34564499--34564537	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
34577979--34578016	20	1.9	20	88	0	58	13	36	26	23	1.91
34581184--34581236	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
34582723--34582858	26	5.2	26	94	0	236	36	25	5	33	1.78
34584511--34584620	42	2.6	42	78	7	125	25	19	25	30	1.98
34584472--34584628	43	3.7	42	72	14	142	25	17	26	30	1.97
34585281--34585325	13	3.7	13	82	17	69	26	0	24	48	1.51
34585280--34585326	23	2.0	23	100	0	94	25	0	27	46	1.53
34586932--34586977	13	3.9	12	78	21	53	41	45	0	13	1.43
34586937--34587003	22	3.0	22	91	0	107	38	50	0	10	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34587369--34587410	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
34587395--34587476	33	2.3	39	83	12	104	34	13	0	52	1.41
34587422--34587506	23	3.6	24	70	9	59	29	9	2	58	1.42
34596836--34597390	206	2.7	206	95	0	968	29	18	23	28	1.98
34597896--34597995	13	8.6	13	71	23	89	37	52	0	11	1.37
34597899--34597995	22	4.2	22	72	14	79	37	52	0	10	1.36
34597900--34597995	35	2.7	35	95	0	165	37	52	0	10	1.36
34598357--34598489	3	44.3	3	69	12	51	30	9	2	58	1.41
34598357--34598398	19	2.3	18	87	4	57	26	2	2	69	1.13
34598383--34598464	33	2.3	39	85	12	113	34	12	0	53	1.38
34598410--34598494	23	3.6	23	70	9	64	29	8	2	60	1.39
34598693--34598732	19	2.2	19	86	8	57	25	17	2	55	1.55
34600846--34601149	47	6.5	46	74	10	217	29	20	27	22	1.98
34602700--34602753	25	2.3	22	84	12	72	53	9	3	33	1.50
34605294--34605427	26	5.2	26	97	0	241	31	5	26	36	1.80
34607001--34607104	27	3.9	27	86	8	133	18	25	22	34	1.96
34613233--34613362	25	5.2	25	95	4	226	32	5	26	36	1.79
34614944--34615030	27	3.2	27	87	6	115	16	22	25	35	1.94
34617059--34617244	10	19.2	10	64	22	51	34	5	1	58	1.31
34617284--34617318	18	1.9	18	88	11	54	22	0	2	74	0.95
34617165--34617328	24	6.9	24	65	20	76	29	4	1	63	1.26
34628373--34628408	8	4.4	8	93	6	63	86	0	0	13	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34628376--34628407	9	3.7	9	91	8	57	90	0	0	9	0.45
34628373--34628407	17	2.1	17	100	0	70	88	0	0	11	0.51
34629247--34629596	119	2.9	119	93	0	585	33	16	19	30	1.94
34629303--34630006	321	2.2	321	93	0	1192	34	17	19	29	1.94
34629413--34629798	202	1.9	202	89	0	592	32	17	19	29	1.95
34629607--34629917	119	2.6	119	89	0	442	31	17	20	30	1.96
34629845--34630026	83	2.2	82	84	2	231	35	15	19	29	1.92
34631726--34631821	23	4.1	22	71	17	59	25	4	4	66	1.27
34631834--34631871	20	1.9	19	85	15	51	34	0	2	63	1.09
34634248--34634345	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
34634248--34634338	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
34634248--34634361	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
34634626--34634661	18	2.0	18	89	10	56	30	0	0	69	0.89
34642655--34642876	124	1.8	122	82	3	284	31	11	24	32	1.90
34642835--34642985	40	3.8	40	77	11	141	26	24	27	21	2.00
34642872--34643001	40	3.2	40	79	2	154	23	23	28	23	2.00
34642834--34643001	80	2.1	80	82	6	207	26	23	27	22	2.00
34646135--34646218	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
34647835--34647976	54	2.6	54	87	4	189	18	23	21	36	1.95
34647835--34647976	27	5.3	27	85	5	162	18	23	21	36	1.95
34649030--34649062	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
34649100--34649195	20	4.8	20	72	20	67	35	3	1	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34649118--34649211	3	32.0	3	72	23	76	32	2	1	63	1.13
34649120--34649246	13	9.3	13	72	24	70	32	2	1	63	1.16
34649114--34649213	26	4.0	26	75	20	88	35	2	1	62	1.14
34649169--34649217	16	3.1	17	74	14	50	32	2	0	65	1.04
34649103--34649250	29	4.9	30	71	23	89	34	2	1	61	1.19
34649343--34649388	17	2.6	18	78	18	51	23	4	0	71	1.03
34649121--34649451	14	23.0	14	66	22	68	31	4	1	61	1.26
34649516--34649579	18	3.5	19	70	18	55	29	0	6	64	1.18
34649628--34649683	22	2.5	22	77	11	60	30	1	3	64	1.21
34649862--34649931	33	2.1	33	94	0	122	22	11	7	58	1.57
34652108--34652142	13	2.5	15	90	9	56	77	5	2	14	1.07
34652287--34652338	22	2.5	21	79	14	54	44	1	3	50	1.31
34652371--34652516	52	2.8	54	73	14	135	60	0	5	33	1.25
34652408--34652520	16	7.3	16	69	18	69	58	0	6	34	1.29
34652379--34652513	23	5.5	24	72	13	80	60	0	5	34	1.25
34654096--34654824	44	16.6	44	87	0	958	28	25	14	31	1.95
34662625--34662870	40	6.1	40	89	2	334	24	29	21	23	1.99
34662648--34662870	122	1.8	121	90	2	358	23	29	22	24	1.99
34668960--34669005	18	2.6	18	75	21	51	63	8	6	21	1.46
34669039--34669070	12	2.4	14	90	10	50	75	6	3	15	1.14
34669326--34669379	28	2.0	28	81	3	65	61	0	7	31	1.24
34686803--34686866	33	1.9	33	87	6	94	35	15	20	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34688030--34688139	39	2.8	40	80	5	136	35	3	18	42	1.68
34688996--34689060	33	2.0	33	96	0	121	27	13	15	43	1.85
34691259--34691457	91	2.2	90	78	3	204	27	21	16	35	1.94
34691335--34691456	45	2.7	47	76	12	128	28	21	14	35	1.93
34691991--34692020	11	2.8	11	95	5	53	43	6	10	40	1.64
34696002--34696041	15	2.7	15	92	0	62	30	15	12	42	1.83
34698615--34698663	22	2.2	22	92	0	80	28	4	18	48	1.66
34698578--34698726	68	2.2	68	85	4	203	26	7	21	44	1.78
34705973--34706010	19	2.0	19	94	0	67	28	5	31	34	1.80
34706453--34706509	19	2.7	22	84	10	66	36	8	15	38	1.79
34706778--34706811	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
34714971--34716220	220	5.7	220	92	0	2005	32	18	22	26	1.97
34716162--34716531	78	4.7	78	90	2	600	31	18	25	25	1.98
34716557--34716747	45	4.3	45	84	2	233	31	13	28	26	1.93
34717096--34717193	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
34717096--34717186	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
34717476--34717510	18	1.9	18	88	11	54	25	0	0	74	0.82
34719253--34719293	22	1.9	22	90	5	66	36	0	4	58	1.20
34723561--34723627	15	4.3	16	81	16	61	37	0	0	62	0.95
34723577--34723803	3	73.3	3	66	23	73	33	3	1	60	1.26
34723577--34723798	29	7.3	30	68	22	108	33	3	1	60	1.24
34723659--34723747	25	3.6	25	78	13	87	34	1	2	61	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34723724--34723773	19	2.7	19	87	9	68	36	2	2	60	1.20
34723819--34723868	24	2.0	25	88	3	75	34	2	0	64	1.05
34727841--34727890	14	3.5	15	80	20	54	24	22	10	44	1.83
34731059--34731114	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
34732557--34732632	26	2.8	26	84	4	89	35	22	11	30	1.90
34732736--34732872	27	5.1	26	84	7	175	17	24	22	35	1.95
34732736--34732872	54	2.5	53	91	2	220	17	24	22	35	1.95
34737363--34737527	54	3.1	53	88	3	233	18	24	20	36	1.95
34737363--34737527	81	2.0	81	86	4	226	18	24	20	36	1.95
34737363--34737527	27	6.1	27	85	5	183	18	24	20	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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