genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72104137--72104201	32	2.0	32	100	0	130	38	6	15	40	1.72
72106142--72106289	43	3.5	42	75	12	124	27	25	20	26	1.99
72109062--72109139	22	3.6	22	91	3	124	11	33	37	17	1.86
72117322--72117360	21	1.9	20	94	5	69	56	5	12	25	1.57
72119913--72119940	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
72120940--72121006	32	2.1	32	100	0	134	43	8	19	28	1.81
72127745--72127774	6	5.0	6	91	0	51	36	0	0	63	0.95
72127722--72127774	12	4.6	12	75	15	58	37	0	1	60	1.08
72132356--72132418	30	2.1	30	93	0	108	58	15	1	23	1.46
72134064--72134199	3	45.0	3	94	1	218	34	2	0	62	1.10
72134528--72134818	149	2.0	148	84	5	381	40	4	9	45	1.59
72145831--72145861	14	2.2	14	100	0	62	51	35	0	12	1.40
72147032--72147066	18	1.9	18	94	0	61	40	48	2	8	1.49
72147043--72147067	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
72147152--72147219	9	7.6	9	83	6	75	26	11	20	41	1.87
72157172--72157216	21	2.1	21	95	0	81	48	15	8	26	1.74
72160735--72160896	45	3.6	45	83	2	130	21	20	16	41	1.90
72160780--72160949	45	3.9	43	82	8	182	21	18	14	45	1.85
72161130--72161348	109	2.0	109	96	0	402	45	19	1	33	1.59
72164183--72164234	25	2.1	25	96	0	95	55	21	3	19	1.58
72166696--72166756	30	2.1	29	93	3	104	36	22	14	26	1.93
72173960--72174020	30	2.1	29	93	3	104	36	21	16	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72179261--72179292	11	2.9	11	95	0	55	18	6	25	50	1.70
72179659--72179701	18	2.4	18	80	7	52	44	2	2	51	1.27
72181005--72181093	29	3.1	28	76	14	92	37	0	2	60	1.09
72181014--72181102	28	3.1	28	78	16	101	37	0	3	59	1.14
72187732--72187864	47	2.8	47	96	0	239	38	22	14	24	1.91
72191459--72191653	27	7.2	27	81	5	234	20	25	21	33	1.97
72191456--72191653	54	3.7	54	93	1	326	19	25	21	33	1.97
72193520--72193737	35	6.2	35	82	2	213	19	14	27	38	1.90
72193520--72193737	70	3.1	70	85	0	283	19	14	27	38	1.90
72193518--72193714	105	1.9	105	84	2	270	19	15	27	38	1.91
72193520--72193737	105	2.1	105	82	1	258	19	14	27	38	1.90
72198361--72198490	40	3.3	39	71	8	109	23	27	24	24	2.00
72204051--72204128	30	2.6	30	89	0	111	23	24	12	39	1.89
72204113--72204275	30	5.5	30	79	4	161	23	28	11	35	1.90
72204083--72204299	60	3.7	60	72	7	192	24	29	11	34	1.91
72204191--72204274	29	2.9	29	87	0	114	22	33	14	29	1.93
72204261--72204329	29	2.4	29	85	0	93	26	27	13	33	1.93
72212780--72212847	35	1.9	35	96	0	127	19	22	29	29	1.98
72213297--72213344	10	4.8	10	92	0	78	25	18	35	20	1.95
72213296--72213344	20	2.5	20	100	0	98	24	18	36	20	1.94
72213541--72213571	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
72221199--72221223	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72224267--72224364	29	3.4	27	72	10	79	43	1	3	52	1.23
72224279--72224432	58	2.7	56	83	6	186	41	0	3	54	1.21
72224388--72224428	14	3.1	14	79	10	50	41	0	0	58	0.98
72224597--72224648	16	3.2	16	86	0	68	26	28	5	38	1.79
72227766--72227941	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	28	1.98
72227762--72227933	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
72235434--72235464	3	10.3	3	92	0	53	67	0	29	3	1.06
72235525--72235583	31	1.9	30	83	10	75	40	3	15	40	1.64
72235525--72235583	30	1.9	32	86	6	86	40	3	15	40	1.64
72238846--72238961	43	2.7	43	82	2	126	36	26	14	22	1.93
72240795--72240962	40	4.2	40	79	1	149	22	27	24	25	2.00
72247588--72247654	35	1.9	35	90	0	107	35	13	10	40	1.79
72255622--72255657	13	2.8	13	100	0	72	0	27	50	22	1.50
72256528--72256558	16	2.0	16	93	6	55	19	25	0	54	1.44
72260730--72261042	46	6.6	45	75	15	210	26	17	30	25	1.97
72260727--72260988	94	2.8	92	79	12	270	26	17	31	24	1.97
72267529--72267745	46	4.7	47	74	15	143	26	18	30	23	1.98
72284346--72284415	27	2.6	27	93	2	113	31	25	14	28	1.95
72286586--72286621	6	5.8	6	90	3	54	0	22	0	77	0.76
72288386--72288529	39	3.7	39	90	0	234	27	20	29	22	1.99
72288387--72288569	78	2.3	79	89	1	269	25	22	28	23	1.99
72289973--72290006	8	4.2	8	92	0	59	58	0	2	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72306967--72307007	21	2.0	21	90	0	64	17	34	24	24	1.96
72310458--72310591	46	2.9	46	95	0	232	27	29	22	20	1.98
72312967--72313055	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72312967--72313046	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72312978--72313055	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72315612--72315782	93	1.8	93	94	0	306	27	29	22	21	1.99
72315604--72315784	46	3.9	46	81	9	224	27	29	21	21	1.99
72326910--72326945	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
72328190--72328327	62	2.2	61	82	6	154	24	28	15	31	1.95
72332503--72332531	14	2.1	14	100	0	58	20	20	13	44	1.85
72333738--72333944	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
72340647--72340853	24	8.6	24	95	0	333	20	17	25	36	1.94
72343078--72343121	19	2.3	19	84	7	54	18	2	2	77	0.98
72343231--72343255	13	1.9	13	100	0	50	52	16	16	16	1.76
72347055--72347105	6	8.5	6	100	0	102	0	15	0	84	0.63
72350270--72350329	27	2.3	26	85	2	75	35	18	21	25	1.96
72357773--72357800	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72358509--72358727	40	5.4	40	85	2	251	26	24	26	23	2.00
72358509--72358727	120	1.8	121	84	3	298	26	24	26	23	2.00
72360994--72361053	27	2.3	26	82	2	66	36	18	20	25	1.94
72368817--72368900	39	2.2	39	95	0	150	20	8	19	52	1.71
72372065--72372109	20	2.2	20	88	0	63	48	2	11	37	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72374903--72375033	27	4.9	26	80	5	127	27	20	17	34	1.95
72374890--72375002	54	2.1	54	80	9	124	28	20	21	30	1.98
72374902--72375033	54	2.5	53	84	2	174	27	20	18	34	1.96
72374930--72375034	27	3.9	27	81	5	131	26	19	18	36	1.94
72375074--72375232	54	2.9	53	86	5	203	30	10	20	37	1.87
72375081--72375233	27	5.7	27	79	3	164	30	10	20	39	1.86
72375075--72375249	81	2.2	80	75	5	172	29	10	22	37	1.87
72375209--72375292	27	3.1	27	72	8	82	30	10	23	34	1.89
72375858--72375906	22	2.2	22	96	0	89	12	32	18	36	1.88
72381382--72381569	56	3.4	56	85	0	277	35	25	11	28	1.91
72386020--72386051	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
72386047--72386109	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
72386076--72386105	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
72387639--72387683	15	2.8	16	81	18	58	77	0	2	20	0.87
72394025--72394067	20	2.2	20	86	0	59	62	2	6	27	1.33
72398525--72398673	24	6.4	24	90	6	218	28	21	20	29	1.98
72398525--72398674	70	2.1	69	90	4	230	28	21	20	29	1.98
72398731--72398787	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
72398719--72398789	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
72398724--72398778	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
72398824--72398871	25	1.9	25	86	0	69	27	16	25	31	1.97
72400456--72400507	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72409213--72409306	47	2.0	47	91	0	152	29	15	21	32	1.95
72411194--72411238	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
72412160--72412186	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
72412646--72412680	16	2.2	16	94	0	61	20	37	8	34	1.83
72415995--72416036	21	2.0	21	86	9	59	42	11	0	45	1.41
72417371--72417547	46	3.8	45	79	12	198	20	20	29	28	1.98
72417368--72417538	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
72420115--72420140	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
72426008--72426041	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
72428427--72428482	23	2.4	23	78	0	67	1	30	0	67	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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