genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.326.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95668658--95668708	22	2.3	22	83	12	61	31	1	5	60	1.31
95668754--95668782	13	2.1	14	93	6	51	13	0	0	86	0.58
95669143--95669250	29	3.3	32	71	18	66	25	3	4	65	1.28
95669321--95669396	3	26.0	3	77	10	59	31	7	1	59	1.34
95669281--95669337	26	2.3	25	82	11	64	49	1	7	42	1.40
95669421--95669460	20	2.0	20	85	9	55	32	2	0	65	1.06
95676578--95676607	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
95677280--95677317	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
95682380--95682484	25	4.2	25	95	2	192	37	24	6	31	1.81
95682380--95682484	51	2.1	50	96	1	192	37	24	6	31	1.81
95692341--95692448	26	4.2	26	93	0	189	36	26	6	30	1.82
95694545--95694818	32	8.5	32	84	2	244	30	22	13	32	1.93
95694575--95694818	32	7.6	32	86	0	317	32	22	13	31	1.92
95694584--95694818	96	2.4	96	89	0	353	32	21	13	31	1.92
95694581--95694845	96	2.7	95	81	7	320	30	22	13	32	1.93
95703057--95703187	32	4.1	32	84	1	163	33	21	13	31	1.92
95711631--95711810	32	5.6	32	87	0	243	30	21	14	33	1.93
95720301--95720480	32	5.6	32	87	0	243	30	21	14	33	1.93
95729567--95729619	26	2.0	28	85	7	74	30	0	5	64	1.17
95733238--95733274	16	2.3	16	95	0	65	35	2	32	29	1.72
95733572--95733645	37	2.0	37	89	0	112	28	24	20	27	1.99
95767212--95767286	38	2.0	37	86	2	105	26	20	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95767583--95767619	16	2.3	16	95	0	65	29	32	2	35	1.72
95771235--95771288	27	2.0	28	85	3	74	64	5	0	29	1.16
95772578--95772620	21	2.1	21	87	12	63	60	2	2	34	1.22
95779328--95779370	21	2.0	21	100	0	86	18	18	13	48	1.80
95784291--95784350	30	2.0	30	83	6	77	53	3	5	38	1.39
95784755--95784933	99	1.8	99	96	0	331	16	27	10	45	1.80
95786537--95786946	158	2.7	149	85	5	536	45	13	10	30	1.77
95787142--95787166	6	4.2	6	100	0	50	0	0	68	32	0.90
95788004--95788045	18	2.2	20	83	8	52	66	7	0	26	1.17
95789671--95789712	2	21.0	2	90	9	68	50	2	0	47	1.14
95791705--95791732	12	2.3	12	100	0	56	32	0	14	53	1.41
95793096--95793157	19	3.3	19	78	10	65	62	1	1	33	1.14
95793105--95793162	10	6.0	10	77	18	52	65	1	0	32	1.03
95795003--95795034	10	3.2	10	95	0	55	50	0	0	50	1.00
95796080--95796114	18	2.1	16	89	10	52	45	0	0	54	0.99
95797337--95797376	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
95798714--95798905	97	2.0	95	82	8	228	26	0	23	50	1.54
95802378--95802445	35	1.9	35	90	0	109	25	19	23	32	1.97
95804662--95804696	18	2.0	18	88	5	54	60	2	5	31	1.35
95805239--95805302	3	21.3	3	100	0	128	67	0	32	0	0.91
95806197--95806233	3	12.0	3	88	5	56	2	29	0	67	1.04
95806289--95806330	21	2.0	21	90	0	66	28	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95806362--95806432	31	2.3	32	83	9	94	21	9	21	47	1.79
95814430--95814465	11	3.3	11	92	7	56	72	0	0	27	0.85
95825894--95825932	19	2.1	19	100	0	78	43	25	20	10	1.83
95827852--95827962	57	1.9	57	90	3	179	51	4	6	37	1.48
95829776--95829876	50	2.0	50	92	0	166	31	16	11	39	1.85
95835339--95835658	159	2.0	159	100	0	640	42	12	9	35	1.75
95838594--95838641	24	2.0	24	84	8	62	68	8	14	8	1.37
95840135--95840171	18	2.1	17	90	5	56	29	0	0	70	0.88
95840135--95840171	17	2.1	18	85	14	51	29	0	0	70	0.88
95840436--95840464	15	2.0	15	93	6	51	51	0	13	34	1.42
95842259--95842308	25	2.0	25	100	0	100	20	44	4	32	1.70
95842608--95842680	36	2.0	36	97	0	137	39	9	19	31	1.84
95842708--95842756	24	2.0	24	84	0	62	40	6	28	24	1.79
95847046--95847176	58	2.2	58	85	4	165	32	12	25	29	1.93
95847046--95847176	30	4.5	30	84	8	162	32	12	25	29	1.93
95853947--95854054	26	4.2	26	97	0	207	30	6	26	36	1.82
95860154--95860289	26	5.2	26	98	0	236	36	24	5	33	1.80
95862417--95862465	24	2.1	23	81	11	55	46	10	16	26	1.78
95869521--95869558	20	1.9	20	84	10	51	44	23	7	23	1.79
95878156--95878194	2	20.0	2	86	5	53	46	2	0	51	1.14
95878666--95878690	10	2.5	10	100	0	50	8	64	20	8	1.46
95881099--95881144	24	2.0	23	82	4	56	45	39	2	13	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95882869--95882900	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
95887541--95887577	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
95904714--95904738	13	1.9	13	100	0	50	40	24	8	28	1.83
95908076--95908124	7	6.9	7	82	13	64	0	14	0	85	0.59
95908078--95908126	16	2.9	17	88	11	75	0	14	0	85	0.59
95908076--95908126	23	2.3	22	93	3	84	0	13	0	86	0.58
95909441--95909484	7	6.4	7	78	5	54	81	0	4	13	0.83
95909436--95909496	19	3.2	18	80	13	68	81	0	6	11	0.85
95909461--95909506	6	7.5	6	85	4	56	80	0	13	6	0.89
95913265--95913326	27	2.3	26	76	13	63	48	11	1	38	1.49
95916558--95916600	16	2.7	17	82	13	56	67	0	2	30	1.03
95919054--95919270	107	2.0	109	80	1	249	40	15	12	31	1.85
95919863--95919902	20	2.0	20	85	0	53	60	2	7	30	1.38
95921001--95921137	68	2.0	68	85	2	186	43	13	14	28	1.84
95922382--95922423	20	2.0	21	95	4	77	28	0	7	64	1.20
95922384--95922432	20	2.5	20	86	6	55	30	0	8	61	1.25
95928302--95928439	59	2.3	59	98	0	267	25	15	26	31	1.96
95928476--95928841	46	8.0	46	95	0	617	37	15	24	22	1.93
95930491--95930531	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
95933948--95933972	13	1.9	13	100	0	50	64	28	0	8	1.22
95935185--95935217	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
95935439--95935478	11	3.6	11	82	0	53	60	10	10	20	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95935853--95935910	30	1.9	30	85	0	80	15	29	36	18	1.92
95937119--95937147	12	2.3	13	94	5	51	48	3	0	48	1.18
95937210--95937341	68	1.9	68	86	3	185	40	13	18	27	1.88
95938427--95938467	20	2.0	20	90	9	66	26	0	7	65	1.18
95939941--95940077	68	2.0	68	86	0	193	43	14	13	28	1.83
95944248--95944301	11	5.0	11	81	4	65	29	5	46	18	1.72
95946681--95946730	18	2.8	18	87	0	73	36	12	20	32	1.89
95947274--95947315	11	3.8	11	93	0	66	28	4	50	16	1.66
95950894--95950943	21	2.4	21	80	9	59	38	2	0	60	1.09
95953927--95953972	23	2.0	23	100	0	92	30	13	21	34	1.91
95968331--95968495	18	9.2	18	89	0	222	33	14	21	29	1.93
95976964--95976994	16	1.9	16	100	0	62	58	9	6	25	1.54
95982466--95982539	18	4.1	18	76	0	85	33	14	20	31	1.93
95985565--95985598	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
95986408--95986513	50	2.1	51	89	1	169	39	21	12	26	1.89
95987225--95987295	31	2.3	31	80	2	79	50	4	8	36	1.52
95987241--95987301	31	2.0	31	93	0	104	44	4	8	42	1.55
95991960--95992032	18	4.1	18	85	0	101	32	19	12	35	1.89
95997235--95997268	18	1.9	18	88	5	52	38	20	8	32	1.84
95998831--95998875	18	2.4	19	78	14	58	33	2	4	60	1.29
95999102--95999135	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
96001173--96001393	72	3.1	72	90	5	340	29	16	23	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96003838--96003893	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
96007406--96007558	32	4.8	32	86	0	225	46	9	12	32	1.73
96007406--96007558	64	2.4	64	92	0	252	46	9	12	32	1.73
96009850--96009885	19	1.9	19	94	5	65	38	13	19	27	1.90
96018527--96018567	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
96022047--96022086	18	2.2	18	86	0	53	15	35	22	27	1.94
96028190--96028230	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
96031689--96031728	18	2.2	18	86	0	53	15	35	22	27	1.94
96037835--96037875	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
96041333--96041372	18	2.2	18	86	0	53	15	35	22	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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