genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.300.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89222172--89222243	3	24.0	3	91	5	110	62	1	2	33	1.18
89225231--89225284	27	2.0	27	96	0	99	46	3	9	40	1.54
89226196--89226278	39	2.1	39	88	0	121	53	2	15	28	1.55
89229193--89229417	102	2.2	102	84	6	296	45	12	12	29	1.79
89229513--89229940	205	2.1	204	87	3	610	32	15	14	37	1.88
89229665--89229800	65	2.1	65	85	8	179	32	13	13	40	1.84
89231078--89231109	15	2.1	15	100	0	64	46	0	21	31	1.52
89231851--89232224	191	1.9	194	88	5	560	33	19	24	22	1.97
89232327--89232486	78	2.1	78	100	0	320	45	15	17	21	1.86
89244936--89244971	9	4.2	9	86	13	58	52	0	0	47	1.00
89244936--89244970	16	2.2	16	94	0	61	54	0	0	45	0.99
89245951--89246036	33	2.5	35	81	7	104	54	3	3	38	1.34
89246351--89246396	19	2.3	20	85	7	67	65	2	0	32	1.05
89251988--89252029	5	8.2	5	84	5	57	21	0	2	76	0.90
89255867--89255905	19	2.1	19	86	13	55	48	0	25	25	1.51
89256412--89256443	7	4.6	7	100	0	64	56	0	0	43	0.99
89257292--89257354	19	3.3	19	78	14	67	42	3	0	53	1.16
89257670--89257705	14	2.6	14	95	4	65	61	5	5	27	1.41
89257912--89257957	24	2.0	23	95	4	83	45	0	8	45	1.34
89265636--89265692	23	2.5	21	78	15	60	56	1	0	42	1.10
89265641--89265704	25	2.6	25	75	14	69	59	1	0	39	1.07
89267898--89267927	15	2.0	15	93	0	51	63	0	10	26	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89269087--89269134	21	2.3	21	88	0	69	16	27	33	22	1.96
89274447--89274605	43	3.7	42	76	5	124	31	27	19	22	1.98
89278036--89278130	27	3.5	27	82	0	118	28	11	18	41	1.86
89278036--89278173	54	2.5	53	80	6	143	27	15	18	38	1.91
89278036--89278169	27	5.0	27	75	3	117	27	15	17	38	1.91
89278533--89278570	18	2.1	18	90	0	58	21	21	13	44	1.85
89280190--89280237	23	2.1	23	100	0	96	60	12	4	22	1.49
89283804--89283928	48	2.6	48	80	12	123	28	18	24	28	1.98
89286212--89286244	6	5.5	6	92	0	57	51	0	30	18	1.46
89287324--89287358	18	1.9	18	88	0	52	31	17	17	34	1.93
89287324--89287349	6	4.3	6	100	0	52	34	15	15	34	1.89
89297126--89297415	48	6.0	48	90	1	456	36	6	25	31	1.81
89297556--89297665	37	3.0	37	94	0	193	23	19	31	25	1.98
89303065--89303284	99	2.3	92	82	9	241	25	30	18	26	1.98
89303018--89303332	46	6.7	47	77	12	245	24	30	18	26	1.98
89309110--89309337	46	5.0	46	92	1	350	39	14	23	21	1.91
89310219--89310276	12	4.8	12	82	0	71	39	10	34	15	1.81
89310219--89310297	24	3.3	23	76	16	72	36	10	35	17	1.84
89311442--89311530	42	2.1	42	91	0	142	25	19	2	52	1.57
89314051--89314120	35	2.0	35	97	0	131	54	4	8	32	1.50
89315525--89315569	19	2.3	20	85	14	60	33	0	6	60	1.23
89322396--89322478	25	3.3	24	80	8	85	21	26	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89322411--89322489	26	3.1	25	85	7	97	20	24	17	37	1.93
89323589--89323632	21	2.1	21	86	0	61	43	6	18	31	1.76
89326978--89327356	165	2.3	162	86	1	524	37	16	18	27	1.92
89331094--89331132	19	2.1	18	86	13	53	23	7	0	69	1.14
89340162--89340195	15	2.2	16	94	5	61	70	0	5	23	1.09
89340157--89340194	15	2.7	14	80	11	51	65	0	5	28	1.14
89343484--89343529	21	2.2	21	88	0	65	43	6	17	32	1.75
89346842--89347164	165	2.0	162	88	3	477	37	16	19	27	1.92
89347252--89347355	41	2.6	41	81	1	129	37	20	22	20	1.94
89347996--89348044	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
89348322--89348382	7	8.6	7	76	3	50	26	1	22	49	1.59
89348377--89348446	14	4.9	15	80	5	74	17	0	44	38	1.49
89348371--89348442	21	3.4	22	77	12	62	16	0	43	40	1.48
89348390--89348448	22	2.7	22	79	7	68	16	0	44	38	1.48
89348798--89348861	22	2.9	23	77	15	71	64	3	3	29	1.24
89348853--89348975	40	3.1	40	89	2	176	43	18	19	17	1.88
89348866--89348975	39	2.8	40	91	2	177	41	19	20	18	1.90
89352073--89352139	33	2.0	33	94	0	116	16	25	13	44	1.84
89352164--89352598	241	1.8	241	97	0	834	34	18	14	33	1.91
89352717--89352844	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
89352734--89352811	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
89352730--89352842	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89380111--89380154	22	2.0	22	90	0	70	31	18	18	31	1.95
89380490--89380533	3	14.7	3	100	0	88	34	34	0	31	1.58
89383035--89383077	10	4.4	10	76	5	52	72	0	2	25	0.97
89386569--89386623	21	2.6	21	75	11	58	20	27	27	25	1.99
89387078--89387119	15	2.8	15	79	10	50	42	2	0	54	1.13
89387936--89388053	60	2.0	60	100	0	236	46	12	18	22	1.82
89388684--89388728	18	2.3	20	85	7	58	40	11	2	46	1.52
89388730--89388792	18	3.5	19	82	6	69	44	11	9	34	1.73
89388970--89389053	44	1.9	44	85	4	116	32	27	20	20	1.97
89389717--89389758	11	3.7	11	93	3	66	26	16	2	54	1.54
89389717--89389767	23	2.2	23	86	6	68	25	15	1	56	1.50
89390247--89390275	5	5.8	5	100	0	58	58	0	0	41	0.98
89390537--89390615	38	2.1	38	97	0	149	26	22	11	39	1.88
89392212--89392258	24	2.0	24	91	0	76	42	38	4	14	1.66
89393583--89393616	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
89393662--89393716	23	2.3	23	84	12	67	20	3	3	72	1.15
89393671--89393716	23	1.9	23	91	8	74	17	4	4	73	1.15
89397686--89397895	88	2.4	90	86	3	273	36	10	21	31	1.88
89397721--89397915	88	2.2	89	83	2	250	33	9	21	35	1.86
89397769--89397937	88	1.9	88	79	4	189	36	8	18	35	1.83
89404023--89404055	17	2.0	17	88	5	50	9	0	9	81	0.87
89419143--89419190	17	2.8	16	84	12	60	62	33	0	4	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89419149--89419191	17	2.4	18	92	7	70	67	27	0	4	1.10
89419476--89419519	14	3.2	13	81	12	52	0	13	2	84	0.73
89420156--89420200	11	4.1	11	82	0	54	35	0	4	60	1.17
89432551--89436779	72	57.1	72	83	7	4917	31	16	18	33	1.93
89432551--89436893	223	19.5	216	84	5	4958	31	16	18	33	1.93
89436955--89437031	30	2.6	30	97	0	145	20	7	33	37	1.82
89440035--89440079	22	2.1	22	88	8	67	28	0	26	44	1.55
89441702--89441836	41	3.3	41	89	0	198	29	28	20	21	1.98
89456206--89456279	20	3.5	20	67	25	53	32	17	4	45	1.67
89456193--89456280	44	2.0	44	93	0	149	31	19	3	45	1.67
89456560--89456595	18	2.1	16	90	10	54	2	16	0	80	0.83
89458219--89458258	20	2.1	19	90	4	62	47	5	5	42	1.47
89459972--89460005	16	2.2	16	89	5	52	44	0	0	55	0.99
89459998--89460047	20	2.5	20	83	3	66	40	10	0	50	1.36
89464247--89464293	6	8.0	6	80	4	60	46	14	17	21	1.83
89487455--89487584	58	2.2	58	81	10	158	32	21	26	20	1.97
89490150--89490210	32	1.9	32	96	0	113	29	19	11	39	1.87
89493947--89493989	16	2.9	15	83	10	52	72	6	6	13	1.27
89494894--89494958	32	2.0	32	96	0	121	46	9	7	36	1.65
89504041--89504076	18	2.0	18	100	0	72	44	11	11	33	1.75
89504902--89504943	10	4.3	10	75	6	50	66	0	2	30	1.04
89506313--89506365	19	2.8	19	82	0	70	37	20	20	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89507117--89507209	40	2.3	40	83	0	114	15	34	25	24	1.94
89523199--89523468	136	2.0	135	93	2	461	31	18	11	38	1.87
89528764--89528788	12	2.1	12	100	0	50	24	24	36	16	1.94
89528801--89528911	51	2.2	51	91	0	186	16	17	28	37	1.91
89547206--89547245	18	2.2	18	86	0	53	50	20	17	12	1.78
89549047--89549189	43	3.3	43	80	3	155	27	17	26	28	1.98
89550305--89550411	30	3.6	30	89	0	160	24	28	35	11	1.90
89552202--89552232	12	2.5	12	94	5	53	38	0	3	58	1.15
89553013--89553043	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
89554521--89554579	30	2.0	30	86	0	82	45	35	0	18	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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