genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59414777--59414834	26	2.2	27	78	12	66	34	27	12	25	1.91
59414939--59415047	28	3.9	28	85	1	148	19	24	19	36	1.94
59416346--59416543	50	4.0	50	80	1	200	25	17	26	29	1.98
59417934--59417979	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92
59417931--59417979	21	2.4	20	89	3	71	14	22	22	40	1.90
59418204--59418232	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
59419920--59419949	14	2.1	15	93	6	53	30	0	20	50	1.49
59424239--59424388	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
59424263--59424446	67	2.8	64	77	10	196	28	17	30	22	1.97
59428686--59428869	67	2.8	64	76	8	194	28	16	30	23	1.96
59429950--59429976	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
59433183--59433224	13	3.1	13	86	10	57	71	4	21	2	1.16
59434909--59434964	29	2.0	28	83	13	71	32	8	28	30	1.88
59438859--59438901	14	3.0	14	78	15	52	4	18	4	72	1.20
59440978--59441006	10	2.9	10	100	0	58	17	0	10	72	1.11
59446569--59446669	10	10.2	10	79	13	95	18	1	7	71	1.20
59449187--59449233	20	2.4	20	85	3	69	36	14	25	23	1.93
59452355--59452768	47	8.8	46	77	10	322	26	18	29	24	1.98
59452355--59452769	94	4.4	93	80	9	441	26	18	29	24	1.98
59453533--59453659	55	2.3	55	84	0	173	21	22	33	22	1.98
59454735--59454817	36	2.3	36	84	13	102	7	19	1	72	1.15
59454753--59454817	6	10.8	6	73	12	53	6	20	1	72	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59454735--59454817	18	4.7	18	75	14	75	7	19	1	72	1.15
59455445--59455490	24	1.9	24	100	0	92	13	19	17	50	1.78
59457021--59457166	50	3.0	49	93	1	231	56	9	4	29	1.52
59457043--59457138	17	5.9	16	70	14	54	56	9	3	31	1.47
59460192--59460358	43	3.9	43	79	5	160	29	16	24	28	1.97
59461145--59461192	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
59461139--59461182	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
59461139--59461198	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
59461563--59461589	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
59466298--59466400	29	3.6	29	90	2	145	26	16	31	26	1.97
59469176--59469202	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
59473646--59473701	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
59474996--59475055	29	2.1	29	87	0	84	31	0	26	41	1.56
59476621--59476801	46	3.9	46	81	11	235	21	20	29	27	1.98
59476623--59476793	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	27	1.98
59480312--59480408	30	3.2	30	73	2	79	29	25	15	28	1.96
59491320--59491360	21	1.9	21	85	5	55	14	12	9	63	1.52
59493126--59493301	50	3.5	49	83	7	194	28	28	18	25	1.98
59493126--59493312	101	1.9	99	86	4	268	27	29	18	24	1.98
59497411--59497614	106	1.9	107	84	6	272	33	11	21	33	1.89
59498829--59498946	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
59498797--59498960	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59513381--59513483	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
59518151--59518277	64	2.0	64	98	0	245	49	14	11	25	1.75
59518541--59518567	13	2.1	13	100	0	54	14	22	7	55	1.64
59523496--59523631	26	5.3	26	84	3	163	30	19	22	28	1.98
59524952--59525217	46	5.7	46	74	15	253	22	19	27	30	1.98
59524998--59525166	47	3.6	47	76	13	204	23	18	27	30	1.98
59524949--59525212	93	2.8	93	95	1	476	22	19	28	29	1.98
59529028--59529092	29	2.2	29	91	2	103	32	16	27	23	1.96
59530971--59531001	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
59531897--59531979	42	2.0	42	92	4	141	39	18	3	38	1.68
59535052--59535076	9	2.8	9	100	0	50	28	0	12	60	1.32
59535077--59535192	39	3.0	39	78	7	112	31	12	10	45	1.75
59537210--59537299	29	3.1	28	90	4	128	23	30	12	34	1.91
59538600--59538631	16	2.0	16	93	0	55	46	25	21	6	1.74
59541412--59541458	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
59541507--59541611	24	4.4	24	91	3	169	32	19	20	28	1.96
59542467--59542495	8	3.6	8	100	0	58	0	10	0	89	0.48
59543202--59543347	37	3.9	37	90	0	202	27	29	17	26	1.97
59543486--59543966	48	10.0	48	94	0	836	30	26	6	36	1.82
59548335--59548413	39	2.0	39	100	0	158	39	20	12	27	1.89
59553527--59553639	31	3.7	31	80	6	126	26	23	18	31	1.97
59555493--59555571	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59555457--59555988	49	11.0	49	93	2	871	29	31	8	31	1.87
59555457--59555988	145	3.7	145	95	1	935	29	31	8	31	1.87
59558496--59558631	26	5.3	26	86	3	181	26	22	22	29	1.99
59559431--59559522	27	3.4	27	82	8	107	18	23	20	36	1.94
59559660--59559870	27	7.9	27	77	10	191	30	9	21	39	1.84
59559555--59559913	54	6.6	53	74	6	227	30	9	21	38	1.85
59559665--59559899	81	2.9	81	87	3	296	29	8	21	40	1.84
59559667--59559913	27	9.2	25	74	12	138	29	8	22	39	1.84
59559865--59559967	27	3.8	27	85	0	125	38	9	21	30	1.85
59562234--59562303	31	2.3	31	97	0	131	30	22	14	32	1.94
59562509--59562644	26	5.3	26	89	3	199	27	22	21	28	1.99
59563090--59563146	20	2.8	20	89	2	87	24	33	19	22	1.97
59563464--59563541	27	2.9	26	78	14	86	21	20	21	35	1.96
59563673--59563823	27	5.7	27	82	4	164	27	7	22	41	1.81
59563673--59563823	53	2.8	52	81	6	160	27	7	22	41	1.81
59563645--59563836	27	7.2	26	74	11	131	28	7	23	40	1.81
59563815--59563890	27	2.9	27	88	2	109	43	7	21	27	1.80
59567308--59567446	40	3.5	40	85	4	158	24	28	21	25	1.99
59595613--59595769	68	2.4	64	82	7	181	26	30	16	26	1.97
59596424--59596484	30	2.0	30	83	0	77	31	26	3	39	1.72
59602781--59602818	18	2.1	19	85	5	51	21	2	18	57	1.52
59603776--59603848	36	2.1	35	94	2	128	34	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59606937--59607153	40	5.4	40	93	2	341	23	23	27	25	2.00
59616135--59616265	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
59616134--59616265	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
59624088--59624218	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
59624087--59624218	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
59626046--59626268	40	5.6	40	89	4	310	24	22	26	26	2.00
59626046--59626301	80	3.2	80	88	4	351	25	22	26	25	2.00
59626046--59626287	120	2.0	120	88	4	355	24	22	27	26	2.00
59628608--59628726	32	3.8	32	86	2	159	29	26	17	26	1.98
59629988--59630023	14	2.6	14	100	0	72	50	0	44	5	1.25
59633636--59633699	27	2.4	26	84	7	83	42	25	4	28	1.75
59633650--59633870	54	4.1	54	85	1	174	29	23	8	38	1.84
59633680--59633870	27	7.1	27	87	2	258	28	22	9	39	1.85
59633680--59633898	81	2.7	80	80	8	255	27	21	10	40	1.87
59634796--59634927	6	21.8	6	75	18	114	49	11	16	22	1.78
59634797--59634927	30	4.3	30	89	4	176	48	11	16	22	1.78
59635045--59635110	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
59635045--59635118	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
59635069--59635126	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
59635283--59635341	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
59635429--59635511	27	3.1	26	82	5	94	37	19	21	21	1.94
59635710--59635905	27	7.3	27	84	4	216	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59635710--59635905	54	3.6	54	85	2	250	27	20	17	34	1.95
59635712--59635905	81	2.4	81	82	3	239	27	20	17	35	1.95
59635910--59636184	27	10.2	27	84	3	356	41	9	21	26	1.84
59635910--59636215	54	5.7	52	80	8	285	39	9	22	27	1.86
59638565--59638739	39	4.5	39	90	2	248	25	29	20	24	1.99
59638565--59638739	77	2.3	78	88	5	248	25	29	20	24	1.99
59638565--59638789	116	1.9	117	80	9	264	25	29	20	24	1.99
59646104--59646281	39	4.5	40	88	4	229	26	29	19	24	1.98
59646137--59646326	78	2.4	79	82	5	206	27	27	18	26	1.98
59653797--59653842	10	4.5	10	81	5	56	15	23	21	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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