genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61672807--61672909	50	2.0	50	85	5	136	13	57	1	27	1.47
61674780--61674967	40	4.7	40	86	2	234	27	25	21	25	2.00
61682829--61683013	39	4.7	40	86	6	234	27	27	21	24	1.99
61682829--61683013	79	2.3	79	85	7	243	27	27	21	24	1.99
61691287--61691490	40	5.2	40	86	4	254	25	20	26	26	1.99
61695296--61695708	48	8.7	48	84	7	445	34	8	26	30	1.87
61695763--61695860	37	2.6	37	96	0	178	24	19	30	25	1.98
61700888--61700948	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
61704616--61704670	23	2.5	21	75	13	56	25	25	14	34	1.94
61719279--61719345	34	1.9	34	85	11	91	53	0	44	1	1.09
61726792--61726832	21	1.9	21	85	5	55	46	4	19	29	1.71
61732134--61732178	19	2.3	19	82	14	56	75	8	13	2	1.13
61732134--61732173	14	2.9	14	88	0	62	75	10	12	2	1.15
61735031--61735100	35	2.0	35	100	0	140	40	14	11	34	1.82
61738410--61738455	22	2.1	22	83	0	56	50	6	10	32	1.63
61739272--61739401	41	3.2	41	84	2	163	33	15	18	32	1.92
61741270--61741450	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
61749269--61749449	40	4.6	40	90	2	276	23	20	30	25	1.99
61751778--61751959	46	4.0	46	88	1	231	21	23	14	40	1.90
61758209--61758359	44	3.4	45	80	8	164	27	13	24	35	1.92
61773514--61773598	44	1.9	44	85	0	116	31	17	17	32	1.94
61775438--61775482	19	2.3	20	92	7	83	33	28	13	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61775596--61775861	38	6.9	38	85	0	325	32	24	20	22	1.98
61775596--61775854	114	2.3	114	88	2	376	32	24	20	22	1.98
61785168--61785212	19	2.3	20	92	7	83	33	28	13	24	1.93
61785326--61785620	38	7.7	38	83	2	313	30	23	21	24	1.99
61789419--61789537	6	19.3	6	66	17	57	49	12	18	19	1.79
61789440--61789509	25	2.8	25	84	0	104	48	11	21	18	1.79
61789440--61789537	31	3.4	30	75	16	107	48	12	19	19	1.79
61794909--61795061	76	2.0	79	88	7	233	30	16	26	26	1.97
61794980--61795201	64	3.4	63	76	7	212	31	14	29	23	1.95
61799408--61799658	64	3.8	65	77	9	210	24	28	16	30	1.97
61800323--61800383	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
61808686--61808792	39	2.7	39	80	8	126	28	18	28	25	1.98
61808692--61808830	40	3.5	40	82	2	156	25	20	29	25	1.99
61814399--61814563	49	3.4	49	95	0	285	30	30	9	29	1.88
61819806--61820041	48	4.8	49	84	4	262	29	25	18	26	1.98
61819806--61820041	98	2.4	101	82	4	284	29	25	18	26	1.98
61822167--61822231	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
61822167--61822235	30	2.3	31	83	14	92	60	17	13	8	1.56
61825233--61825468	49	4.8	49	87	3	305	29	27	18	24	1.98
61825233--61825476	101	2.5	98	85	3	321	28	28	18	24	1.98
61827344--61827395	20	2.6	20	84	0	68	13	30	30	25	1.94
61828853--61829004	45	3.4	45	84	2	155	34	28	15	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61830813--61830947	40	3.1	44	83	9	188	32	21	18	27	1.97
61839145--61839305	46	3.5	44	82	9	180	23	28	18	29	1.98
61839145--61839399	47	5.5	47	76	11	179	23	29	18	29	1.97
61843701--61843785	25	3.4	25	91	0	134	22	25	23	28	1.99
61843691--61843785	50	1.9	50	88	0	145	26	24	23	26	2.00
61844006--61844088	30	2.7	31	88	3	125	31	19	26	22	1.98
61844006--61844083	31	2.6	30	91	2	120	30	20	26	21	1.98
61848507--61848579	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
61856356--61856420	29	2.2	29	97	0	121	26	27	16	29	1.97
61859732--61859908	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
61867710--61867885	40	4.4	40	84	6	216	23	22	27	26	2.00
61867710--61867885	79	2.2	80	87	6	243	23	22	27	26	2.00
61875533--61875639	39	2.7	39	88	2	160	27	20	28	24	1.99
61875539--61875677	40	3.5	40	89	2	192	24	21	29	24	1.99
61875538--61875703	79	2.1	79	81	6	194	24	21	28	25	1.99
61887586--61887721	40	3.4	40	85	3	168	24	19	30	25	1.98
61892150--61892297	44	3.4	44	78	13	137	32	22	17	27	1.96
61900404--61900635	48	4.8	48	86	0	302	28	25	18	27	1.98
61900404--61900636	96	2.4	96	88	0	340	28	25	18	27	1.98
61904463--61904638	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
61904459--61904630	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
61907583--61907651	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61907574--61907661	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
61910046--61910221	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
61910042--61910213	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
61914920--61915152	48	4.9	48	86	0	268	28	24	18	28	1.98
61914920--61915152	96	2.4	96	86	0	322	28	24	18	28	1.98
61915718--61915758	21	1.9	22	85	5	57	39	24	2	34	1.69
61918710--61918739	15	1.9	16	93	6	53	20	3	13	63	1.43
61921202--61921371	24	7.2	24	89	2	254	27	20	21	30	1.98
61921203--61921371	47	3.6	47	91	1	275	27	20	21	29	1.98
61921202--61921372	71	2.4	72	91	1	283	27	20	21	30	1.98
61921430--61921486	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
61921426--61921488	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
61922731--61922795	27	2.4	27	84	5	87	20	24	20	35	1.96
61922864--61923205	27	12.7	27	84	4	395	38	9	23	27	1.87
61926423--61926573	67	2.3	66	86	4	200	30	15	32	21	1.94
61932628--61932730	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
61940645--61940747	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
61950755--61950911	6	25.8	6	76	14	153	48	14	18	19	1.81
61951029--61951094	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
61951047--61951102	27	2.1	27	86	6	78	35	21	25	17	1.95
61951053--61951110	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
61951603--61951705	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61958580--61958682	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
61960435--61960492	22	2.6	22	88	0	80	34	20	24	20	1.97
61960580--61960661	27	3.1	26	87	5	110	37	20	21	19	1.94
61960861--61961055	27	7.3	27	86	1	257	25	20	19	35	1.96
61960863--61961055	80	2.4	81	85	2	255	25	20	18	35	1.95
61960914--61961083	80	2.1	80	80	9	195	27	18	18	34	1.95
61961060--61961550	27	18.2	27	85	4	659	39	9	23	27	1.86
61963929--61964016	27	3.3	26	82	9	106	40	22	19	17	1.91
61964006--61964274	27	10.0	27	72	7	172	27	15	17	39	1.90
61964008--61964263	53	4.8	53	75	7	223	28	14	16	40	1.88
61967557--61967657	52	2.0	51	86	2	139	35	27	15	20	1.94
61967618--61967703	44	2.0	44	85	0	118	34	29	15	20	1.93
61967672--61967839	45	3.7	45	89	1	221	33	25	14	26	1.94
61967638--61967839	90	2.3	90	78	2	228	33	26	14	25	1.94
61974734--61974900	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
61982730--61982896	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
61988796--61988902	39	2.7	39	84	8	144	26	19	28	25	1.99
61988802--61988931	40	3.3	40	86	3	174	23	21	29	25	1.99
61995514--61995680	40	4.2	40	85	4	232	27	27	21	23	1.99
61995505--61995680	80	2.2	78	88	6	257	27	27	21	23	1.99
61996220--61996249	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
62002042--62002071	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62002104--62002155	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
62004475--62004646	27	6.4	26	80	6	175	24	21	18	35	1.96
62004475--62004646	54	3.2	53	85	2	218	24	21	18	35	1.96
62004493--62004645	81	1.9	80	83	4	200	23	20	19	36	1.95
62007341--62007424	43	2.0	43	88	2	125	23	17	25	33	1.97
62010596--62010655	6	9.8	6	76	16	61	48	16	18	16	1.82
62010605--62010683	31	2.5	31	85	0	104	49	13	18	17	1.80
62010786--62010939	67	2.3	67	93	0	254	30	20	29	19	1.97
62011165--62011497	27	12.3	27	85	5	347	24	20	18	36	1.94
62011488--62011590	27	3.8	27	89	0	125	36	8	25	29	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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