genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59239483--59239729	119	2.1	119	84	1	316	40	8	23	26	1.84
59239475--59239750	146	1.9	146	88	0	417	39	8	23	28	1.83
59239611--59239775	54	3.1	54	79	0	186	37	8	24	29	1.85
59240674--59240798	6	20.3	6	76	16	123	48	16	18	16	1.82
59240683--59240789	37	2.9	36	87	4	151	47	16	19	15	1.82
59240683--59240798	25	4.7	25	83	9	134	48	16	18	16	1.82
59240688--59240797	31	3.5	31	81	14	145	48	17	19	15	1.82
59241570--59241792	48	4.6	48	96	0	356	32	27	5	34	1.80
59244728--59245193	27	17.3	27	89	1	553	25	20	18	35	1.96
59245177--59245491	27	11.7	27	76	8	180	32	8	20	38	1.83
59245314--59245491	27	6.6	27	86	2	223	30	6	20	41	1.78
59245285--59245491	54	3.8	54	85	2	263	32	7	19	40	1.80
59245285--59245491	81	2.6	81	84	1	272	32	7	19	40	1.80
59247419--59247527	6	17.8	6	78	11	105	47	16	17	18	1.83
59247430--59247522	25	3.8	25	84	4	118	46	18	18	17	1.85
59247639--59247698	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
59249173--59249274	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
59257017--59257118	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
59258858--59259214	27	13.3	27	84	2	414	25	20	19	34	1.96
59259200--59259464	27	9.8	27	78	3	219	32	7	20	38	1.81
59259334--59259497	54	3.0	53	84	6	204	33	6	19	40	1.78
59259251--59259495	81	3.0	81	78	2	215	32	8	20	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59261436--59261548	6	18.3	6	74	18	99	48	15	16	19	1.81
59261421--59261479	24	2.4	25	83	8	68	54	11	13	20	1.70
59261445--59261548	31	3.4	31	75	17	108	49	14	17	19	1.80
59261436--59261520	37	2.3	37	85	4	109	49	15	16	18	1.80
59261481--59261548	25	2.7	25	90	0	109	47	16	19	17	1.83
59261450--59261548	19	5.3	18	75	17	87	48	15	17	19	1.81
59261667--59261726	27	2.3	26	82	2	66	33	20	25	21	1.97
59263542--59263751	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
59271676--59271885	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
59274992--59275020	14	2.1	14	100	0	58	68	13	6	10	1.37
59275868--59275930	31	2.1	31	96	3	119	22	22	15	39	1.92
59276121--59276235	24	5.0	23	83	11	137	27	23	20	27	1.99
59276121--59276236	46	2.5	46	88	4	162	27	23	20	28	1.99
59276287--59276346	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
59276287--59276341	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
59276389--59276436	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
59281109--59281153	19	2.3	20	84	7	65	26	31	13	28	1.94
59281132--59281202	28	2.6	28	84	6	83	32	33	7	26	1.83
59281912--59282008	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
59288875--59288922	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
59288869--59288912	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
59288869--59288928	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59289907--59289951	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
59290882--59290986	27	3.9	26	83	7	129	18	24	20	36	1.95
59290882--59290993	54	2.1	54	86	3	154	16	24	21	37	1.94
59291470--59291567	30	3.2	30	73	8	83	27	26	16	29	1.97
59300221--59300332	27	4.2	26	83	7	134	16	24	22	36	1.94
59300221--59300332	54	2.1	54	88	3	163	16	24	22	36	1.94
59302926--59302963	9	4.2	9	89	0	58	65	0	26	7	1.19
59309497--59309555	20	2.8	20	82	5	73	28	37	11	22	1.89
59311285--59311324	20	1.9	20	85	10	53	35	20	22	22	1.96
59312027--59312062	17	2.1	17	89	0	54	50	0	13	36	1.43
59314665--59314709	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
59314692--59314797	42	2.5	42	96	1	194	41	13	12	33	1.81
59317499--59317557	28	2.1	29	87	3	84	28	0	28	42	1.56
59318528--59318572	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
59321052--59321101	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
59321027--59321104	24	3.2	24	79	0	93	12	28	0	58	1.34
59322160--59322204	11	4.0	11	88	5	72	15	2	8	73	1.18
59322159--59322204	23	2.0	23	91	0	74	15	2	8	73	1.16
59322422--59322469	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
59322416--59322459	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
59322416--59322475	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
59323448--59323492	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59326551--59326582	12	2.8	12	95	4	57	12	3	0	84	0.74
59327748--59327792	14	3.3	14	84	6	65	48	13	0	37	1.42
59327804--59327873	22	3.3	22	64	28	60	38	15	12	32	1.86
59327775--59327880	42	2.5	42	95	1	194	40	14	13	32	1.84
59328655--59328703	14	3.4	14	77	11	55	73	2	20	4	1.10
59331016--59331051	13	2.6	14	91	8	56	77	5	5	11	1.10
59331027--59331064	17	2.4	16	83	12	51	78	5	7	7	1.07
59331972--59332035	20	3.3	19	75	18	60	78	3	15	3	1.01
59331976--59332035	26	2.4	25	80	8	68	78	3	15	3	1.01
59332085--59332114	12	2.5	12	100	0	60	46	13	16	23	1.82
59332117--59332141	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
59332111--59332166	18	3.1	18	76	5	51	69	3	19	7	1.27
59332117--59332198	30	2.7	31	81	5	105	64	1	21	12	1.33
59333118--59333144	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
59335678--59335760	30	2.7	30	81	9	89	13	21	1	63	1.35
59335711--59335766	18	3.1	18	76	5	51	7	19	3	69	1.27
59335736--59335760	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
59335761--59335792	12	2.8	11	90	9	55	25	18	15	40	1.90
59338345--59338371	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
59339996--59340026	11	2.7	11	95	5	53	77	6	6	9	1.12
59339994--59340027	12	2.8	13	86	13	54	76	5	8	8	1.15
59341866--59341913	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59341957--59342015	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
59341961--59342015	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
59342065--59342181	24	5.0	23	84	10	150	29	22	23	25	1.99
59342065--59342157	47	2.0	47	93	0	159	27	22	22	26	1.99
59342372--59342435	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
59349945--59349992	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
59350036--59350094	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
59350040--59350094	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
59350145--59350262	23	5.0	24	88	4	161	27	22	22	27	1.99
59350454--59350517	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
59353051--59353120	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
59355470--59355592	28	4.4	28	81	5	115	26	12	30	30	1.92
59355470--59355586	57	2.1	56	82	7	139	26	11	31	29	1.92
59360659--59360755	30	3.2	30	73	0	86	28	15	26	28	1.96
59365266--59365298	16	1.9	18	88	11	52	60	21	3	15	1.48
59368709--59368772	32	2.0	32	100	0	128	53	3	21	21	1.60
59369298--59369345	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
59370585--59370624	19	2.1	19	90	0	62	22	12	35	30	1.91
59375837--59375885	11	4.7	10	85	9	71	8	4	8	79	1.04
59375837--59375885	10	4.6	11	90	7	75	8	4	8	79	1.04
59375837--59375885	21	2.3	21	92	0	80	8	4	8	79	1.04
59376252--59376299	14	3.4	14	85	0	60	43	6	31	18	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59383397--59383494	30	3.3	30	75	0	97	29	16	26	27	1.97
59386768--59386960	50	3.9	48	81	3	199	25	19	26	27	1.99
59389959--59390003	15	3.0	15	78	12	56	8	8	17	64	1.47
59392212--59392271	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
59395609--59395641	17	1.9	17	100	0	66	6	24	0	69	1.10
59396716--59396821	28	3.8	28	87	0	158	18	24	20	35	1.95
59409448--59409618	46	3.7	46	78	4	173	30	26	19	23	1.98
59409451--59409622	93	1.8	93	87	0	254	29	26	20	23	1.99
59409489--59409639	46	3.2	46	73	14	132	31	27	18	23	1.97
59413832--59413864	17	1.9	17	100	0	66	6	24	0	69	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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