genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  10  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3406664--3406835	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
3408243--3408273	14	2.2	14	94	0	53	32	19	12	35	1.90
3408205--3408309	52	2.0	54	92	3	178	29	24	21	23	1.99
3411299--3411367	16	4.1	16	71	20	52	33	2	0	63	1.09
3411371--3411411	16	2.6	16	84	3	57	41	0	4	53	1.22
3413480--3413508	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
3413982--3414016	17	2.1	17	100	0	70	48	0	5	45	1.26
3416326--3416454	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
3420460--3420603	72	2.0	72	85	5	193	22	16	22	38	1.93
3439291--3439350	24	2.5	24	75	17	63	25	56	3	15	1.54
3454107--3454148	19	2.2	19	95	4	75	19	2	0	78	0.86
3461825--3461884	27	2.2	27	80	11	68	61	5	6	26	1.42
3462653--3462684	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
3467401--3467426	10	2.6	10	100	0	52	0	0	7	92	0.39
3467946--3467972	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
3473065--3473119	16	3.5	16	73	14	51	60	14	0	25	1.35
3480397--3480506	39	2.9	38	86	5	170	37	21	26	14	1.92
3480397--3480506	36	2.9	37	87	4	168	37	21	26	14	1.92
3483990--3484164	46	3.8	46	78	13	196	28	30	20	21	1.98
3483998--3484168	93	1.8	93	91	0	279	28	30	20	21	1.98
3489562--3489673	59	1.9	59	85	3	154	42	10	8	38	1.69
3493435--3493486	23	2.2	24	80	10	63	36	7	15	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3500079--3500281	25	8.4	24	83	8	227	34	19	25	19	1.96
3500071--3500281	72	2.9	73	80	11	227	35	19	25	19	1.95
3500071--3500281	97	2.2	97	81	13	256	35	19	25	19	1.95
3500768--3500921	70	2.2	70	89	2	247	31	16	14	37	1.88
3507317--3507348	12	2.7	12	100	0	64	53	0	15	31	1.43
3510449--3510526	37	2.1	38	83	7	97	64	1	8	25	1.31
3510549--3510583	3	12.0	3	93	6	63	65	0	0	34	0.93
3510600--3510641	20	2.2	19	86	4	57	52	4	16	26	1.63
3510608--3510648	20	2.0	20	86	9	57	58	4	12	24	1.53
3510744--3510781	20	1.9	20	88	0	58	57	0	7	34	1.28
3510745--3510811	26	2.7	24	75	13	64	64	0	8	26	1.23
3510852--3510921	21	3.3	21	82	4	61	61	0	8	30	1.26
3510888--3510931	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
3512846--3512879	13	2.6	13	90	0	50	44	2	0	52	1.16
3512909--3512943	17	2.1	17	88	0	52	74	5	14	5	1.19
3514461--3514595	39	3.4	39	75	6	121	23	20	27	28	1.99
3520628--3520661	13	2.6	13	90	0	50	44	2	0	52	1.16
3520691--3520725	17	2.1	17	88	0	52	74	5	14	5	1.19
3522244--3522378	39	3.4	39	75	6	121	23	20	27	28	1.99
3523429--3523480	16	3.5	15	75	19	56	11	0	55	32	1.36
3523440--3523507	13	5.0	13	82	10	73	13	0	50	36	1.42
3523429--3523489	29	2.1	29	93	0	104	13	0	52	34	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3523794--3524208	44	9.4	44	64	11	161	21	23	21	33	1.97
3523744--3524208	88	5.3	88	84	3	569	22	23	21	33	1.97
3523740--3524208	175	2.7	176	82	3	541	22	23	20	33	1.97
3523740--3524339	263	2.3	260	78	8	582	23	22	20	33	1.97
3526133--3526187	20	2.7	20	78	13	58	1	7	9	81	0.93
3529043--3529113	26	2.9	25	74	25	71	69	1	5	23	1.18
3529307--3529378	26	2.9	26	78	12	80	63	0	8	27	1.23
3529315--3529384	20	3.5	20	71	7	61	65	0	8	25	1.21
3530658--3530738	40	2.0	40	97	0	153	44	12	25	17	1.84
3541475--3541539	28	2.3	28	94	0	112	29	9	3	58	1.44
3555533--3555561	7	4.3	7	91	8	51	86	0	13	0	0.58
3555533--3555557	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
3559178--3559306	46	2.8	45	82	2	141	18	17	16	48	1.82
3559202--3559483	46	6.2	46	81	2	210	22	17	14	45	1.84
3559269--3559495	46	4.9	45	81	4	238	24	18	13	43	1.86
3559270--3559498	92	2.5	91	82	4	271	24	18	13	43	1.86
3561362--3561434	19	3.8	20	77	12	64	61	4	1	32	1.23
3562037--3562106	35	2.0	35	100	0	140	31	25	8	34	1.86
3562767--3562830	31	2.1	31	88	5	94	40	15	15	28	1.88
3565380--3565439	24	2.5	24	79	15	61	60	3	3	33	1.30
3568391--3568497	30	3.6	30	66	9	92	17	14	42	25	1.88
3568501--3568526	9	2.9	9	100	0	52	23	0	53	23	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3573151--3573212	25	2.4	25	83	8	70	56	1	1	40	1.19
3573368--3573405	18	2.1	18	85	9	51	23	5	0	71	1.07
3593427--3593512	40	2.2	40	97	0	163	48	12	15	23	1.79
3601058--3601093	17	2.1	18	89	5	56	27	0	0	72	0.85
3605116--3605199	12	7.2	12	68	18	61	38	3	2	55	1.30
3605096--3605194	19	5.2	19	72	15	71	37	4	2	56	1.30
3605114--3605199	26	3.1	26	71	20	84	38	3	2	55	1.29
3605107--3605199	13	6.8	13	74	20	66	37	3	3	55	1.32
3606646--3607080	213	2.0	215	91	3	712	30	14	17	37	1.89
3622064--3622106	22	2.0	21	81	4	50	48	0	0	51	1.00
3622097--3622150	13	3.9	14	75	20	51	57	0	3	38	1.17
3627195--3627221	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
3628234--3628327	42	2.2	42	83	3	118	44	15	18	21	1.86
3630297--3630321	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
3630986--3631014	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
3633382--3633482	21	4.4	23	75	16	77	51	0	1	45	1.19
3633382--3633483	23	4.5	23	78	10	95	50	0	1	46	1.19
3635209--3635265	17	3.2	17	68	18	53	21	1	17	59	1.46
3640026--3640093	34	2.0	34	100	0	136	38	20	23	17	1.93
3644544--3644682	10	14.2	10	65	20	62	61	0	2	34	1.16
3644586--3644629	21	2.0	22	87	12	65	63	0	4	31	1.14
3644616--3644668	27	1.9	28	84	3	72	64	1	3	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3644894--3644946	21	2.5	20	84	6	61	28	1	1	67	1.11
3644902--3644927	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
3654625--3654658	6	5.7	6	100	0	68	32	17	35	14	1.91
3654663--3654693	6	5.2	6	100	0	62	32	19	32	16	1.94
3656814--3656875	31	2.0	31	100	0	124	35	9	19	35	1.85
3687087--3687126	19	2.1	19	86	13	55	55	5	5	35	1.44
3698086--3698139	25	2.2	25	83	6	65	66	3	29	0	1.09
3698109--3698139	16	2.0	15	93	6	53	70	0	29	0	0.87
3707110--3707325	107	2.0	108	97	0	407	43	5	9	41	1.60
3713689--3713882	41	4.8	41	84	3	241	34	24	21	19	1.96
3713689--3713882	81	2.4	81	84	5	241	34	24	21	19	1.96
3720448--3720478	11	2.8	11	100	0	62	0	0	35	64	0.94
3724777--3724992	107	2.0	108	97	0	407	43	5	9	41	1.60
3731359--3731552	41	4.8	41	84	3	241	34	24	21	19	1.96
3731359--3731552	81	2.4	81	84	5	241	34	24	21	19	1.96
3738119--3738149	11	2.8	11	100	0	62	0	0	35	64	0.94
3749637--3749685	24	2.0	24	100	0	98	28	16	18	36	1.92
3749641--3749692	24	2.2	24	89	0	77	32	15	21	30	1.94
3754023--3754051	13	2.2	13	100	0	58	48	13	31	6	1.69
3759613--3759726	56	2.0	57	96	1	212	33	13	12	41	1.81
3760616--3760653	4	9.5	4	100	0	76	23	0	0	76	0.79
3762428--3762459	9	3.4	9	95	4	55	12	53	0	34	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3765273--3765306	17	2.0	17	100	0	68	41	0	17	41	1.50
3767679--3767860	46	4.0	46	86	1	213	41	14	22	20	1.89
3767684--3767860	92	1.9	92	84	2	239	42	14	22	20	1.88
3770153--3770177	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
3778047--3778093	20	2.3	21	85	7	62	65	2	2	29	1.15
3781472--3781510	7	5.6	7	100	0	78	12	0	0	87	0.55
3783378--3783410	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
3793304--3793362	25	2.4	25	85	0	73	25	27	20	27	1.99
3793998--3794050	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
3801720--3801744	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335