genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85858289--85858328	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
85862494--85862542	24	1.9	27	84	12	68	34	2	18	44	1.61
85864526--85864929	43	9.5	43	84	5	482	26	18	23	31	1.97
85864942--85865013	24	3.0	24	100	0	144	16	16	20	45	1.85
85869152--85869287	26	5.2	26	91	0	227	40	23	2	33	1.70
85879301--85879354	3	18.0	3	78	14	58	27	1	1	68	1.10
85879302--85879360	12	4.6	12	87	10	82	25	1	1	71	1.05
85883438--85883511	20	3.7	21	71	12	66	45	0	0	54	1.00
85883445--85883513	33	2.2	32	82	10	88	47	0	0	52	1.00
85888133--85888219	9	9.0	9	70	18	59	29	1	3	65	1.16
85888130--85888186	21	2.9	18	80	19	69	24	0	3	71	1.01
85888133--85888215	30	2.8	30	78	10	82	27	1	3	67	1.15
85888130--85888188	19	3.0	20	76	16	59	25	0	3	71	1.02
85891715--85891822	26	4.2	26	91	0	171	31	6	25	37	1.81
85893309--85893361	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
85897839--85897879	18	2.3	18	100	0	82	14	17	19	48	1.81
85898248--85898300	26	2.0	26	96	0	97	11	30	9	49	1.70
85898656--85898845	64	3.0	64	91	3	314	8	7	20	63	1.47
85898688--85898803	16	7.3	16	69	13	62	6	9	19	63	1.46
85898701--85898803	16	6.5	16	70	10	68	6	9	20	63	1.48
85898656--85898845	63	3.0	63	91	5	312	8	7	20	63	1.47
85903764--85903804	16	2.4	17	88	8	57	60	21	2	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85909168--85909464	127	2.3	127	86	1	416	26	17	19	36	1.94
85911866--85912294	45	9.6	44	76	9	325	28	19	23	28	1.98
85911860--85912336	135	3.5	135	88	1	665	29	20	22	27	1.98
85914383--85914412	7	4.3	7	100	0	60	43	0	0	56	0.99
85914842--85915160	127	2.5	127	90	1	478	27	15	20	36	1.93
85918449--85918510	28	2.3	26	89	8	97	19	9	29	41	1.83
85918449--85918516	27	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
85920296--85920339	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
85921457--85921497	17	2.3	18	87	4	57	48	19	7	24	1.74
85922706--85922774	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
85924552--85924595	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
85925028--85925079	26	2.0	27	85	11	72	36	9	0	53	1.34
85925789--85925827	20	2.0	20	85	10	53	66	0	10	23	1.22
85926330--85926393	18	3.6	18	74	14	60	64	1	1	32	1.13
85926458--85926502	22	2.0	23	83	12	58	51	2	2	44	1.26
85932267--85932300	4	8.5	4	100	0	68	0	0	76	23	0.79
85932347--85932409	33	1.9	33	90	0	99	14	6	26	52	1.65
85932947--85932989	11	3.7	11	76	11	50	39	0	0	60	0.97
85932956--85932983	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
85932969--85933005	18	2.0	19	85	15	51	37	0	2	59	1.12
85934392--85934428	13	2.8	13	87	0	56	21	16	27	35	1.94
85934398--85934470	28	2.5	28	84	10	85	27	13	26	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85938177--85938230	15	3.8	14	80	7	56	22	20	31	25	1.98
85938187--85938239	15	3.5	15	84	0	70	26	18	28	26	1.98
85938186--85938242	30	1.9	30	92	0	96	28	19	28	24	1.98
85938258--85938299	18	2.3	18	83	0	57	30	9	26	33	1.88
85939824--85939853	15	1.9	16	93	6	53	33	0	3	63	1.11
85947121--85947152	16	1.9	17	93	6	57	18	0	6	75	1.01
85947916--85947977	29	2.1	29	85	5	81	59	3	0	37	1.13
85948326--85948376	17	2.8	18	85	8	59	72	1	3	21	1.11
85950733--85950759	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
85950872--85951069	99	2.0	99	94	0	351	32	15	17	33	1.92
85952214--85952249	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
85952983--85953100	52	2.3	52	89	4	186	36	6	18	38	1.78
85952983--85953096	51	2.2	51	90	4	176	36	7	19	36	1.79
85954537--85954702	27	6.1	27	87	1	235	30	25	6	37	1.81
85954713--85954863	27	5.7	26	77	9	110	41	23	7	27	1.82
85954734--85954862	27	4.8	27	80	6	120	40	23	8	27	1.83
85954713--85954863	54	2.8	51	81	4	149	41	23	7	27	1.82
85954847--85955156	27	11.3	27	82	8	331	36	20	19	24	1.95
85954855--85955121	142	1.9	143	89	2	421	35	20	20	23	1.95
85954937--85955056	62	2.0	61	90	5	188	38	20	20	21	1.94
85954881--85955098	115	1.9	116	89	0	339	36	19	20	22	1.95
85954899--85955071	89	2.0	88	95	1	310	36	20	21	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85955582--85955646	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
85955804--85955905	27	3.8	27	81	5	116	20	21	21	36	1.95
85956062--85956211	6	24.8	6	80	14	166	20	17	13	48	1.80
85956037--85956199	73	2.2	72	92	4	272	20	17	14	47	1.82
85958959--85959274	137	2.3	138	82	2	384	21	23	13	41	1.89
85958959--85959277	46	7.0	46	85	1	372	21	23	13	41	1.89
85962068--85962111	21	2.1	21	95	0	79	29	15	20	34	1.94
85962261--85962499	128	1.9	127	85	4	329	36	12	8	42	1.74
85963785--85963828	16	2.6	16	85	7	52	40	2	2	54	1.25
85965375--85965401	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
85973801--85973835	18	1.9	18	100	0	70	17	5	28	48	1.69
85975559--85975610	27	1.9	27	84	7	70	19	23	23	34	1.96
85978897--85979262	83	4.4	83	88	0	516	23	21	31	23	1.98
85989895--85990015	27	4.6	26	79	7	127	42	14	9	33	1.77
85989895--85990015	53	2.3	52	80	8	138	42	14	9	33	1.77
85989895--85990044	80	1.9	79	84	1	201	42	15	10	32	1.80
85990007--85990072	27	2.4	27	82	0	78	37	21	15	25	1.92
85996117--85996147	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
86015695--86015720	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
86017008--86017083	38	2.0	38	100	0	152	28	15	18	36	1.92
86017290--86017447	85	1.9	85	91	0	262	45	10	19	24	1.82
86017728--86017780	11	4.8	11	83	6	72	79	1	9	9	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86017729--86017779	21	2.4	22	86	3	77	78	1	9	9	1.04
86017728--86017780	12	4.8	12	81	11	60	79	1	9	9	1.02
86018881--86018944	29	2.2	29	83	5	76	46	6	1	45	1.37
86020416--86020578	27	6.0	27	85	5	204	23	16	19	41	1.90
86023714--86023777	26	2.5	26	97	0	92	53	15	9	21	1.70
86026852--86026913	24	2.6	23	82	5	70	67	1	3	27	1.15
86026852--86026904	23	2.2	24	86	3	72	67	0	3	28	1.07
86029547--86029607	24	2.5	24	91	0	95	31	26	6	36	1.82
86031871--86031930	29	2.1	28	93	6	104	30	23	15	31	1.95
86033952--86034006	25	2.2	25	96	0	101	23	10	23	41	1.86
86035267--86035300	11	3.1	11	86	0	50	64	11	8	14	1.49
86036511--86036556	23	2.0	23	100	0	92	26	21	8	43	1.81
86043662--86043687	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
86044549--86044590	23	1.9	22	90	9	68	26	0	4	69	1.08
86048870--86048910	15	2.6	17	78	21	54	29	29	24	17	1.97
86049814--86049850	18	2.1	18	100	0	74	27	0	29	43	1.55
86051872--86051907	17	2.1	17	100	0	72	27	11	27	33	1.91
86052342--86052461	23	5.2	22	70	21	77	25	7	1	65	1.28
86052382--86052444	29	2.2	28	78	13	65	28	7	0	63	1.22
86052411--86052466	15	3.4	16	85	12	69	26	5	0	67	1.11
86052400--86052464	21	3.3	21	83	14	77	26	6	0	67	1.13
86052887--86052989	27	4.1	25	64	14	68	26	9	9	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86052861--86053017	76	2.1	76	100	0	314	27	10	8	53	1.64
86055111--86055153	18	2.5	17	85	7	59	65	0	34	0	0.93
86061965--86062029	30	2.1	30	83	8	78	49	9	4	36	1.56
86068842--86068879	20	1.9	20	94	0	67	0	5	31	63	1.17
86069177--86069222	18	2.5	17	86	10	56	32	0	2	65	1.05
86069195--86069279	35	2.5	33	81	10	93	31	1	4	62	1.23
86072674--86072707	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
86072868--86072935	35	1.9	35	82	11	86	60	10	1	27	1.38
86072927--86072969	11	3.9	11	81	0	50	60	2	11	25	1.43
86073824--86073901	39	2.0	39	97	0	147	42	2	16	38	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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