genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19233650--19233679	14	2.1	14	100	0	60	20	0	23	56	1.42
19233704--19233745	7	5.9	7	78	15	50	21	0	40	38	1.53
19234176--19234208	7	4.7	7	92	0	57	3	0	51	45	1.16
19234373--19234483	41	2.8	40	80	9	109	40	17	17	25	1.90
19235126--19235171	24	1.9	24	100	0	92	17	15	8	58	1.61
19235901--19235970	24	2.9	24	72	18	72	40	4	10	45	1.57
19238353--19238405	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
19239891--19240026	26	5.2	26	92	0	227	36	24	5	33	1.78
19241360--19241467	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
19252171--19252222	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
19253701--19253836	26	5.2	26	94	0	236	36	24	5	33	1.78
19256053--19256169	9	12.3	9	77	10	117	45	22	0	31	1.58
19256059--19256136	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
19256055--19256167	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
19256054--19256165	39	2.9	36	80	18	129	46	22	0	30	1.58
19257998--19258023	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
19261710--19261754	21	2.1	21	91	0	72	22	17	57	2	1.50
19262043--19262166	41	2.8	43	78	9	126	31	16	20	31	1.95
19262043--19262125	44	2.0	42	88	7	123	36	15	20	27	1.93
19264466--19264537	29	2.5	28	82	12	85	30	4	2	62	1.28
19266325--19266382	22	2.6	22	80	0	62	18	10	8	62	1.53
19266411--19266475	30	2.2	30	94	0	112	24	3	13	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19266556--19266596	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
19267730--19267834	51	2.1	51	100	0	210	47	1	15	35	1.56
19269844--19270011	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
19269839--19270011	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
19274217--19274245	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
19276323--19276552	113	2.1	110	80	14	251	33	15	17	33	1.91
19276739--19276795	20	3.0	20	84	10	73	61	0	15	22	1.34
19276845--19276894	17	3.1	16	77	16	50	64	0	10	26	1.25
19276843--19276883	20	2.1	20	86	4	57	70	0	7	21	1.11
19277174--19277263	47	1.9	47	86	4	128	23	23	16	36	1.94
19277811--19278118	133	2.4	123	76	9	282	34	22	18	25	1.96
19277872--19278112	133	1.8	133	87	0	356	36	20	18	24	1.94
19278416--19278469	3	18.0	3	88	0	81	66	1	0	31	1.02
19278505--19278529	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19278674--19278723	14	3.2	14	79	20	55	60	6	2	32	1.32
19278571--19278690	25	4.8	25	63	17	52	52	4	10	32	1.55
19278809--19278854	2	23.0	2	81	0	56	47	6	2	43	1.41
19278963--19279017	24	2.3	24	83	0	65	61	9	3	25	1.42
19278978--19279040	24	2.6	24	82	9	76	61	6	6	25	1.44
19279137--19279206	35	2.0	35	100	0	140	48	2	11	37	1.54
19279853--19279904	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
19279958--19279988	14	2.3	13	94	5	53	90	0	9	0	0.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19284135--19284173	17	2.3	17	86	8	53	0	30	0	69	0.89
19286120--19286190	27	2.6	27	86	0	97	40	23	7	28	1.81
19286171--19286351	27	6.7	27	84	1	238	40	19	8	30	1.81
19286168--19286351	54	3.4	54	93	0	305	40	19	8	31	1.82
19286989--19287057	28	2.5	28	93	6	115	44	27	8	18	1.79
19294873--19295074	39	5.2	39	93	0	350	13	26	22	37	1.91
19298514--19298623	26	4.2	26	96	0	175	36	23	5	34	1.78
19301078--19301122	19	2.4	18	86	13	65	66	0	33	0	0.92
19302723--19302841	53	2.2	53	93	0	202	17	18	21	42	1.90
19302711--19302847	53	2.4	58	82	14	194	17	18	21	42	1.89
19302969--19303003	18	1.9	18	94	0	61	37	14	17	31	1.89
19303027--19303089	18	3.5	18	84	0	72	34	9	15	39	1.80
19303017--19303089	36	2.0	36	83	0	92	35	9	16	38	1.81
19303027--19303103	36	2.2	36	81	6	86	33	9	16	40	1.81
19303027--19303103	18	4.3	18	80	4	59	33	9	16	40	1.81
19305110--19305151	21	2.0	21	81	9	50	19	26	0	54	1.44
19306914--19307005	4	22.8	4	71	18	50	3	23	3	69	1.18
19307164--19307194	8	3.9	8	91	0	53	61	3	0	35	1.12
19320366--19320429	21	3.0	21	78	17	60	73	4	12	9	1.23
19320396--19320464	4	17.0	4	75	19	63	72	2	23	1	1.06
19320394--19320463	33	2.1	34	89	2	106	74	2	21	1	1.03
19320383--19320464	29	2.9	28	77	15	87	73	2	20	3	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19320396--19320475	20	4.0	20	79	12	74	70	2	26	1	1.08
19321613--19321659	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
19321920--19322305	46	9.0	44	84	10	416	23	24	15	37	1.93
19322052--19322294	38	6.0	38	83	14	317	24	24	16	34	1.96
19322090--19322294	83	2.4	83	97	1	383	24	24	16	34	1.95
19326483--19326537	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
19335465--19335735	46	5.9	46	89	1	357	20	23	15	40	1.90
19335470--19335738	138	1.9	138	89	0	412	20	23	14	41	1.89
19337462--19337509	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
19340347--19340531	79	2.3	80	81	9	200	23	27	23	24	2.00
19340340--19340531	40	4.8	40	77	7	142	23	28	23	25	2.00
19348379--19348563	79	2.3	81	82	9	220	23	27	24	24	2.00
19348372--19348563	40	4.8	40	78	7	151	22	28	23	25	2.00
19352301--19352557	39	6.5	39	93	1	408	29	29	22	18	1.97
19354492--19354530	6	6.5	6	90	0	60	15	5	0	79	0.90
19371983--19372041	30	2.0	30	93	6	102	20	37	0	42	1.52
19375856--19375889	13	2.6	13	95	0	59	17	44	29	8	1.79
19377855--19377909	23	2.4	23	79	14	60	38	27	0	34	1.57
19378386--19378492	21	5.2	21	84	2	137	44	16	22	15	1.86
19381344--19381414	22	3.1	22	74	18	65	42	0	2	54	1.14
19382383--19382454	20	3.6	20	71	14	67	37	6	2	52	1.43
19382381--19382465	40	2.1	41	91	2	136	37	7	3	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19382390--19382476	40	2.2	40	85	4	113	37	6	3	51	1.46
19382528--19382672	71	2.0	72	87	1	211	48	3	4	42	1.41
19384838--19384944	30	3.6	30	84	2	135	27	26	19	27	1.99
19388824--19388866	22	1.9	22	90	4	68	55	0	0	44	0.99
19388809--19388894	30	2.9	30	80	11	88	59	0	0	40	0.97
19388862--19388887	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
19388922--19389001	24	3.3	24	84	5	90	57	3	0	38	1.17
19388951--19388991	13	3.3	13	76	13	50	63	4	0	31	1.15
19389057--19389110	17	3.1	18	76	10	58	42	1	1	53	1.22
19389104--19389208	33	3.2	33	82	10	108	55	1	1	40	1.22
19389138--19389178	22	2.0	20	86	13	57	58	0	2	39	1.11
19389244--19389314	24	3.0	23	80	15	74	76	0	4	19	0.96
19389261--19389315	18	2.9	18	83	5	65	80	0	3	16	0.86
19389354--19389420	21	3.2	21	74	4	64	61	1	1	35	1.15
19389657--19389700	19	2.2	20	88	4	63	50	6	0	43	1.29
19389668--19389709	17	2.4	18	84	11	52	38	7	0	54	1.28
19390072--19390126	22	2.5	22	85	8	69	60	1	1	36	1.18
19390143--19390209	23	2.8	25	73	15	70	58	1	0	40	1.07
19390123--19390216	51	1.9	46	81	16	109	58	1	0	40	1.05
19393415--19393609	38	5.0	38	84	5	212	33	26	19	21	1.97
19402252--19402379	21	6.2	21	77	5	127	49	17	18	14	1.80
19402264--19402383	42	2.9	42	82	2	143	51	16	17	14	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19402252--19402372	63	2.0	61	85	3	161	48	17	19	14	1.80
19402685--19402838	76	2.0	76	97	0	290	34	13	8	43	1.75
19408350--19408376	10	2.7	10	100	0	54	7	11	51	29	1.64
19419886--19419939	25	2.2	24	81	15	65	29	7	1	61	1.34
19419887--19419946	26	2.3	27	86	11	81	28	6	1	63	1.29
19419904--19419955	26	2.0	25	81	3	59	25	11	3	59	1.49
19420077--19420174	3	32.3	3	89	6	144	32	4	0	63	1.13
19420065--19420222	27	5.8	28	77	16	95	31	5	1	61	1.28
19420517--19420585	9	7.7	9	88	4	95	34	4	0	60	1.16
19420517--19420585	6	11.5	6	89	4	95	34	4	0	60	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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