genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12136308--12136391	26	3.2	26	96	0	150	34	3	23	38	1.72
12137865--12137916	25	2.0	26	82	10	63	36	23	15	25	1.93
12138164--12138586	137	3.1	137	97	0	794	24	18	25	31	1.97
12140487--12140533	5	9.4	5	100	0	94	40	0	0	59	0.97
12141803--12141859	15	3.9	15	86	2	80	36	0	10	52	1.36
12142222--12142280	23	2.7	22	78	5	75	15	20	23	40	1.90
12144628--12144686	23	2.7	22	78	5	75	40	23	20	15	1.90
12145047--12145104	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
12146374--12146415	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
12151028--12151083	28	2.0	28	96	0	103	41	17	12	28	1.86
12164969--12165028	31	1.9	31	87	12	88	33	8	13	45	1.73
12168733--12168867	71	1.9	69	90	3	216	31	17	19	31	1.95
12182125--12182153	15	1.9	15	100	0	58	79	0	0	20	0.74
12193022--12193079	29	2.0	29	86	10	82	70	6	8	13	1.32
12194272--12194301	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
12207098--12207142	17	2.6	18	79	13	58	71	6	4	17	1.25
12207652--12207696	2	24.0	2	78	13	51	51	2	2	44	1.26
12208217--12208371	79	2.0	79	88	2	231	30	20	2	46	1.64
12208217--12208374	39	4.0	39	89	2	226	30	20	2	46	1.64
12211213--12211248	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
12211850--12211886	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
12212443--12212618	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12212440--12212610	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
12220334--12220372	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
12222029--12222064	16	2.2	16	100	0	72	33	19	0	47	1.50
12224151--12224233	21	3.9	21	83	3	85	36	26	22	14	1.93
12236627--12236698	36	2.0	36	100	0	144	44	13	13	27	1.82
12238922--12238965	15	3.0	15	84	12	56	56	13	0	29	1.38
12241163--12241232	30	2.4	30	82	2	79	45	2	1	50	1.25
12246383--12246451	33	2.1	33	100	0	138	40	8	27	23	1.84
12249216--12249324	55	2.0	55	100	0	218	40	23	14	21	1.90
12250453--12250646	96	2.0	96	86	2	273	12	32	18	36	1.88
12268477--12268512	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
12274134--12274196	30	2.1	30	90	0	99	25	4	14	55	1.58
12274271--12274317	17	2.6	19	76	10	53	27	2	6	63	1.30
12278316--12278383	34	2.0	34	100	0	136	41	14	14	29	1.86
12286662--12286699	7	5.3	7	93	6	67	42	42	0	15	1.47
12296668--12296696	11	2.7	11	94	5	51	0	27	0	72	0.85
12298233--12298308	37	2.1	37	92	0	125	34	9	13	43	1.75
12308103--12308155	25	2.2	24	83	10	63	66	3	1	28	1.20
12308829--12308875	2	23.5	2	91	0	76	0	46	0	53	1.00
12312735--12312774	17	2.5	15	88	8	53	32	2	0	65	1.06
12317422--12317481	25	2.4	24	78	8	66	55	3	3	38	1.33
12333917--12334027	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12334768--12334805	4	9.8	4	85	5	51	2	23	0	73	0.95
12334783--12334879	42	2.3	43	84	7	128	8	24	7	59	1.51
12335701--12335774	31	2.5	30	82	4	78	32	4	13	50	1.60
12335874--12335913	17	2.3	18	82	8	55	45	0	2	52	1.14
12335982--12336037	20	2.7	21	75	20	55	33	3	5	57	1.39
12338831--12338859	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
12348385--12348418	14	2.3	15	90	5	52	47	0	0	52	1.00
12348432--12348465	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
12351272--12351541	46	5.9	46	85	2	319	19	24	14	41	1.88
12351272--12351534	137	1.9	137	85	1	366	19	23	14	41	1.89
12353583--12353630	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
12354580--12354670	9	9.6	9	72	9	56	67	1	2	29	1.10
12354601--12354671	29	2.4	30	79	11	83	67	1	2	28	1.13
12354601--12354670	20	3.6	20	75	9	56	68	1	2	27	1.12
12355930--12355984	27	2.1	27	93	3	94	50	3	7	38	1.48
12357438--12357652	78	2.8	78	87	3	308	33	22	13	31	1.92
12357617--12357750	39	3.4	39	82	5	153	35	21	13	29	1.92
12362703--12362868	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
12362703--12362873	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
12370197--12370362	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
12370197--12370367	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
12372727--12372824	48	2.0	48	100	0	196	42	14	2	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12377386--12377411	6	4.3	6	100	0	52	30	30	19	19	1.96
12378749--12378788	20	2.0	20	95	0	71	32	5	12	50	1.62
12378779--12378865	33	2.7	32	75	7	95	28	8	17	45	1.76
12380561--12380589	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
12389135--12389176	21	2.1	19	86	8	57	73	0	19	7	1.05
12389584--12389677	35	2.7	35	90	3	111	44	2	14	38	1.58
12389593--12389677	19	5.0	15	78	21	80	42	2	15	40	1.60
12389595--12389684	20	5.0	19	77	20	88	42	3	14	40	1.62
12389595--12389677	35	2.4	35	97	0	157	43	2	14	39	1.58
12390039--12390097	18	3.3	18	87	0	73	42	11	13	32	1.81
12394002--12394049	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
12397323--12397388	27	2.4	27	94	0	114	40	10	27	21	1.86
12398808--12398848	12	3.3	13	83	10	50	17	4	2	75	1.08
12399501--12399551	22	2.3	22	83	10	59	29	9	1	58	1.41
12400113--12400363	131	1.9	132	88	2	380	29	20	19	30	1.97
12400113--12400394	131	2.1	132	84	1	370	30	19	18	31	1.95
12402618--12402739	57	2.2	57	83	1	147	53	4	3	39	1.36
12402796--12402829	10	3.4	10	87	0	50	32	0	0	67	0.91
12403134--12403167	18	1.9	17	94	5	59	67	0	0	32	0.91
12412429--12412479	9	5.8	9	75	13	52	60	0	0	39	0.97
12412426--12412475	19	2.8	19	85	14	72	60	0	0	40	0.97
12412428--12412486	26	2.1	29	87	9	88	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12412426--12412482	16	3.4	17	81	15	73	61	0	0	38	0.96
12412426--12412485	19	3.4	19	82	15	67	60	0	0	40	0.97
12413327--12413353	13	2.1	13	100	0	54	29	29	22	18	1.97
12413738--12413762	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
12418977--12419017	5	8.2	5	97	0	73	39	17	0	43	1.49
12422103--12422166	13	4.9	13	77	7	76	32	6	23	37	1.80
12424264--12424329	29	2.3	30	80	15	77	40	3	4	51	1.38
12442460--12442517	27	2.1	27	81	12	66	44	0	1	53	1.10
12450378--12450424	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
12450684--12451087	46	9.0	46	91	4	619	22	24	15	37	1.93
12451001--12451076	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
12460433--12460548	60	1.9	60	87	3	171	46	2	4	46	1.36
12462322--12462358	17	2.2	16	90	4	56	56	13	5	24	1.58
12469177--12469212	17	2.1	17	94	0	63	16	2	30	50	1.60
12475921--12475956	16	2.2	17	95	5	65	30	5	0	63	1.17
12476001--12476028	14	2.0	14	100	0	56	57	7	7	28	1.52
12478077--12478174	30	3.6	28	65	29	68	52	2	0	45	1.12
12479395--12479448	19	2.8	18	75	10	54	35	5	0	59	1.21
12484820--12484935	50	2.4	49	82	5	139	27	20	15	36	1.93
12492469--12492502	12	2.7	13	86	4	52	41	0	0	58	0.98
12494966--12495025	11	5.2	12	78	9	54	70	3	0	26	1.03
12501623--12501676	27	2.0	27	82	13	67	25	5	9	59	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12503160--12503193	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
12515663--12515720	25	2.4	25	88	2	91	34	12	27	25	1.91
12516517--12516594	16	5.2	16	68	20	51	47	0	1	51	1.09
12516471--12516538	24	2.9	23	75	12	59	44	1	2	51	1.25
12516426--12516594	59	2.7	62	86	6	202	42	1	2	53	1.24
12516697--12516790	44	2.1	46	84	7	122	35	25	6	32	1.81
12516772--12516826	16	3.4	16	92	0	92	29	29	7	34	1.84
12523749--12523782	15	2.3	15	89	0	50	26	0	0	73	0.83
12526725--12526811	40	2.2	40	89	0	129	40	20	8	31	1.82
12526725--12526792	21	3.3	21	68	15	61	38	20	8	32	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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