Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   

This is table  85  of  335  ( 40112 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28087726--28087780
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21
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0
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93
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28
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3.0
30
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92
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10
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28093701--28093778
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22
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28
28
20
22
1.98
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22
2.0
22
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22
2.0
22
86
9
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20
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2
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2.0
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4.2
32
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0
196
32
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11
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28111045--28111180
64
2.1
64
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0
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3.5
21
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0
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1.85
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2.0
25
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2.0
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3
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66
0
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0
0.92
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70
66
0
33
0
0.92
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6.1
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72
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50
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0
32
0
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0
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0
0.90
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17
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50
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0
34
0
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28120403--28120461
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1.9
31
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3
93
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3
5
23
1.26
28120413--28120669
136
1.9
133
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329
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7
8
27
1.55
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145
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146
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961
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7
29
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28120838--28120873
12
2.8
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0
2
22
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28120549--28121455
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3.1
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9
1098
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29
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28123323--28123462
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1.9
72
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11
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16
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0
32
0
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0.91
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55
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0
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0
0
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33
0
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62
1.15
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18
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19
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56
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2
2
63
1.22
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2.3
17
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2.0
17
100
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23
29
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27
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2.0
28
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24
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53
1
0
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1
0
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12
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13
50
46
0
0
53
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
26
100
0
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2.2
31
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1.68
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2.2
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21
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18
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2.2
12
100
0
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0
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19
29
1.83
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9
2
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2
9
2
85
0.77
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117
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22
1.97
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5
12.0
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0
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82
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1
15
0.74
28223147--28223208
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2.7
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81
82
0
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16
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15
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0
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2
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1.05
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2
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31
1.39
28243505--28243623
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5.4
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19
17
34
1.95
28245138--28245482
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7.8
44
71
9
200
26
20
19
33
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28245522--28246320
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9.1
88
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1
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23
21
33
1.97
28245522--28246320
175
4.6
176
87
1
1057
21
23
21
33
1.97
28245522--28246320
263
3.0
261
86
2
1057
21
23
21
33
1.97
28245557--28246408
44
19.5
44
64
14
240
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23
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20
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0
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94
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3
6
31
1.39
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23
6.4
24
77
8
136
57
2
6
33
1.38
28253778--28253827
25
2.1
23
88
7
73
84
0
10
6
0.79
28253783--28253820
20
1.9
20
88
0
58
84
0
10
5
0.77
28253776--28253821
14
3.1
15
81
9
51
82
0
13
4
0.81
28260749--28260803
26
2.2
24
90
6
83
25
18
20
36
1.94
28260784--28260853
23
2.9
24
85
6
97
30
21
14
34
1.93
28269322--28269447
46
2.7
46
86
3
164
20
19
26
33
1.97
28280577--28280633
23
2.4
24
77
11
64
63
1
1
33
1.15
28291333--28291374
20
2.0
22
86
9
61
45
0
0
54
0.99
28291455--28291511
15
3.5
15
71
17
51
49
1
1
47
1.22
28291878--28291949
33
2.2
34
80
14
89
50
20
2
26
1.62
28291967--28292005
14
2.8
14
88
0
51
30
17
7
43
1.77
28298339--28298513
25
7.4
24
80
9
182
35
19
26
18
1.95
28298339--28298513
47
3.7
47
83
8
223
35
19
26
18
1.95
28298339--28298513
97
1.8
94
91
6
289
35
19
26
18
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28303091--28303128
15
2.7
14
84
11
51
36
0
5
57
1.21
28306625--28306814
47
3.9
49
79
12
187
30
28
16
24
1.97
28319662--28319880
75
2.7
81
81
11
281
34
23
10
31
1.88
28320964--28321010
17
2.5
19
80
10
53
29
2
0
68
1.02
28330416--28330526
38
2.9
38
90
0
168
31
25
11
31
1.91
28330494--28330632
48
2.9
48
86
1
199
30
20
15
33
1.93
28333128--28333326
42
4.7
42
82
1
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44
15
20
19
1.86
28333126--28333306
63
2.9
63
80
1
202
43
14
20
21
1.88
28333128--28333302
21
8.3
21
77
0
152
44
14
21
20
1.87
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2.5
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5
132
28
23
18
28
1.98
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45
11.7
45
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14
235
26
20
20
31
1.97
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4.6
42
69
16
146
26
21
20
30
1.98
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137
4.1
137
91
0
864
26
20
20
31
1.98
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2.0
83
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5
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23
16
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28
1.96
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44
2.6
44
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2
149
35
13
22
27
1.92
28349167--28349300
46
3.0
45
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4
153
35
14
23
26
1.93
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2
18.5
2
94
0
65
51
0
2
45
1.15
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43
2.0
43
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4
122
41
19
0
39
1.52
28357385--28357432
24
2.0
24
100
0
96
45
4
4
45
1.41
28357472--28357542
35
2.0
36
97
2
135
49
2
2
45
1.31
28358655--28358938
126
2.3
125
86
1
390
44
10
4
40
1.61
28360771--28360801
6
5.2
6
92
0
53
48
0
19
32
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28360771--28360804
18
1.9
17
94
5
59
47
0
17
35
1.48
28380322--28380346
12
2.1
12
100
0
50
92
8
0
0
0.40
28385936--28385970
16
2.1
17
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5
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25
11
0
62
1.28
28385999--28386032
13
2.5
13
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9
50
35
0
0
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0.94
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2.0
17
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52
34
0
0
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0.93
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206
5.7
206
89
1
1733
31
17
22
29
1.96
28398031--28399190
411
2.8
412
89
2
1780
31
17
22
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17
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11
0
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2.5
13
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9
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35
0
0
64
0.94
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18
2.0
17
88
5
52
34
0
0
65
0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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