genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56035029--56035078	26	1.9	26	91	0	82	40	14	18	28	1.89
56039285--56039332	6	8.0	6	90	6	71	45	18	0	35	1.50
56039285--56039339	18	3.1	18	86	5	76	43	20	0	36	1.52
56040508--56040545	11	3.1	12	85	14	51	57	0	0	42	0.98
56040613--56040644	9	3.6	9	91	0	55	31	0	12	56	1.37
56045664--56045797	43	2.9	46	79	8	139	21	17	29	30	1.97
56049234--56049412	99	1.8	96	84	5	243	26	19	28	25	1.99
56049147--56049412	47	5.6	47	72	10	173	27	19	29	23	1.98
56049287--56049412	47	2.6	49	88	2	175	26	20	27	24	1.99
56049147--56049412	96	2.8	93	76	12	256	27	19	29	23	1.98
56058177--56058344	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
56064564--56064683	46	2.6	43	83	12	134	28	20	27	24	1.99
56064649--56064830	48	3.7	50	76	10	162	25	18	30	26	1.98
56069753--56070605	48	17.8	48	93	0	1391	34	6	28	30	1.83
56070650--56070793	37	3.9	37	90	1	227	23	20	33	22	1.97
56070650--56070793	73	2.0	74	90	1	227	23	20	33	22	1.97
56072026--56072293	40	6.8	40	94	3	445	25	20	28	25	1.99
56075774--56076290	48	10.8	48	91	0	809	35	7	27	29	1.84
56076335--56076442	37	2.9	37	87	0	153	23	19	34	23	1.97
56085651--56085690	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
56087205--56087285	18	4.5	18	77	14	69	33	0	6	60	1.22
56087254--56087301	20	2.4	18	78	18	51	43	0	2	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56092646--56092686	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
56095581--56095630	25	2.0	25	100	0	100	44	4	24	28	1.72
56098966--56099064	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
56106637--56106735	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
56108871--56108997	59	2.2	59	89	0	191	33	4	11	51	1.58
56108886--56109037	59	2.6	59	84	2	180	36	6	9	47	1.63
56111966--56112034	25	2.8	25	88	2	95	21	23	2	52	1.61
56112322--56112376	28	2.0	28	82	7	67	38	18	3	40	1.68
56112133--56112444	124	2.5	124	82	2	387	30	18	12	38	1.87
56112648--56112721	28	2.7	28	89	2	105	39	28	0	32	1.57
56113315--56113370	23	2.4	24	75	3	60	16	7	7	69	1.33
56115090--56115124	17	2.1	17	100	0	70	40	31	22	5	1.78
56119229--56119417	43	4.4	43	90	1	283	28	33	24	13	1.93
56119389--56119472	38	2.2	38	89	0	132	32	27	20	20	1.97
56122676--56122918	48	4.8	48	87	10	360	34	6	27	30	1.83
56122676--56122872	107	1.8	107	100	0	394	36	6	26	30	1.81
56122703--56122872	59	3.1	58	81	17	252	36	5	25	32	1.79
56123844--56123871	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
56125728--56125862	67	2.0	67	100	0	270	42	17	5	34	1.74
56128048--56128081	16	2.1	16	89	10	52	0	2	8	88	0.62
56134926--56134977	18	2.8	20	78	21	60	51	3	0	44	1.19
56135241--56135332	8	10.2	9	71	15	66	30	1	4	64	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56135243--56135332	9	10.1	8	71	19	63	30	1	4	64	1.20
56135240--56135310	17	4.1	16	77	15	70	28	1	4	66	1.19
56135262--56135341	28	2.8	28	78	12	74	33	3	2	60	1.28
56136189--56136231	21	2.0	21	86	0	59	30	13	9	46	1.75
56142111--56142172	31	2.0	31	90	0	97	41	3	19	35	1.67
56144930--56145210	144	2.0	144	96	0	517	38	17	13	31	1.88
56147978--56148015	17	2.2	18	85	4	51	39	0	0	60	0.97
56148227--56148251	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
56149627--56149746	17	6.8	17	70	17	59	25	6	3	64	1.34
56149606--56149686	36	2.2	37	82	8	103	29	4	3	61	1.34
56149766--56149820	19	2.9	19	83	0	65	36	0	3	60	1.15
56150021--56150052	14	2.1	16	88	11	50	31	9	3	56	1.47
56150829--56150892	16	4.1	16	77	16	53	75	3	0	21	0.95
56150846--56150892	8	5.8	8	78	14	51	80	2	0	17	0.80
56153225--56153259	17	2.1	17	100	0	70	31	5	5	57	1.46
56153765--56153834	20	3.6	19	83	14	81	60	2	0	37	1.12
56153788--56153868	28	3.0	25	84	12	83	55	1	0	43	1.07
56153804--56153892	46	2.0	45	84	10	119	56	1	1	41	1.14
56155904--56155950	21	2.3	21	85	3	60	44	8	21	25	1.80
56161121--56161145	12	2.1	12	100	0	50	20	0	16	64	1.30
56170805--56170888	41	2.0	41	97	0	159	28	22	13	35	1.92
56172167--56172269	43	2.4	42	78	10	111	27	21	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56175604--56175638	7	4.9	7	96	3	61	28	0	28	42	1.56
56175618--56175964	185	1.9	185	94	0	613	37	6	24	31	1.80
56178979--56179088	26	4.2	26	94	0	184	36	24	5	33	1.79
56186793--56186848	26	2.2	26	83	6	69	46	0	3	50	1.19
56194596--56194680	38	2.2	38	89	4	127	22	23	24	29	1.99
56194616--56194745	38	3.4	38	83	3	170	19	17	26	36	1.94
56197882--56197914	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
56197880--56197914	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
56197966--56198002	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
56199027--56199052	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
56201193--56201281	17	5.7	17	73	15	68	70	21	3	4	1.19
56201215--56201248	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
56201244--56201280	16	2.3	16	90	9	58	64	27	0	8	1.21
56201196--56201322	44	2.8	41	73	24	96	74	14	5	4	1.16
56203844--56203879	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
56209071--56209492	71	6.2	68	76	12	399	24	14	22	39	1.91
56209213--56209458	122	2.0	123	89	3	381	24	13	22	39	1.90
56209161--56209693	193	2.6	204	81	9	601	26	16	22	35	1.94
56209563--56210396	79	10.5	75	67	19	241	29	18	20	32	1.96
56209722--56209864	74	1.9	74	88	5	218	30	19	22	27	1.98
56209563--56210200	163	3.9	164	92	3	975	28	18	20	31	1.96
56209885--56210029	74	1.9	76	88	5	224	30	18	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56210057--56210563	72	6.5	73	75	12	406	29	16	19	34	1.94
56210056--56210773	88	9.0	76	73	14	427	28	16	19	35	1.94
56210415--56210450	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
56210545--56210606	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
56210196--56210774	254	2.3	248	85	6	762	27	16	18	36	1.93
56211399--56211482	16	5.7	16	71	21	58	70	22	3	3	1.19
56211448--56211481	15	2.3	15	95	5	61	64	29	0	5	1.17
56218019--56218057	18	2.2	18	86	9	53	30	7	10	51	1.64
56218573--56218630	25	2.3	26	80	11	68	62	13	10	13	1.55
56220336--56220568	90	2.6	90	85	5	285	31	21	16	30	1.95
56224742--56224855	40	2.8	39	84	6	140	23	28	24	23	2.00
56224742--56224892	40	3.8	40	80	6	128	22	26	24	26	2.00
56224742--56224892	80	1.9	79	82	6	189	22	26	24	26	2.00
56230189--56230352	71	2.3	71	98	0	319	34	17	28	18	1.94
56237247--56237410	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
56241048--56241093	18	2.6	17	80	10	56	76	0	13	10	1.03
56242416--56242488	29	2.5	29	93	0	119	27	15	30	27	1.96
56250716--56250932	79	2.7	81	80	8	241	25	27	22	24	2.00
56250741--56250932	40	4.8	39	79	8	190	24	28	22	24	2.00
56253675--56253699	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
56254106--56254143	20	1.9	20	88	0	58	44	2	10	42	1.52
56254051--56254474	147	2.8	149	85	7	539	43	4	10	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56254499--56254541	22	2.0	21	86	4	59	46	0	6	46	1.30
56256648--56256772	42	3.0	41	88	3	171	30	25	13	30	1.94
56256732--56256854	47	2.7	46	85	1	156	30	26	14	27	1.95
56256880--56257028	31	4.8	31	88	0	199	26	28	18	26	1.98
56257004--56257132	50	2.5	51	85	5	181	26	23	15	34	1.94
56259274--56259595	42	7.7	41	84	4	376	24	18	23	33	1.97
56259276--56259645	84	4.4	84	82	3	431	25	18	24	31	1.98
56259235--56259645	126	3.2	125	80	6	463	25	19	24	31	1.98
56268739--56268921	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
56268718--56268921	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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