genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23112208--23112260	18	2.9	18	82	0	61	33	7	16	41	1.77
23112809--23112853	22	2.0	22	100	0	90	48	8	15	26	1.74
23119710--23119891	89	2.0	89	100	0	364	40	10	12	36	1.79
23141310--23141343	9	3.8	9	100	0	68	58	0	20	20	1.39
23145785--23145870	25	3.3	25	73	12	91	26	17	9	46	1.78
23153739--23153812	24	3.2	24	60	21	57	31	25	1	41	1.64
23153720--23153812	46	2.0	47	97	2	179	27	26	2	43	1.67
23160636--23160679	22	2.1	22	83	8	56	45	0	0	54	0.99
23162273--23162308	4	9.0	4	100	0	72	25	0	25	50	1.50
23164769--23164954	46	4.0	46	88	1	239	22	23	14	39	1.91
23166981--23167010	8	3.9	8	95	4	53	66	0	0	33	0.92
23167626--23167680	27	2.0	27	96	0	101	25	5	18	50	1.67
23168138--23168307	85	2.0	85	96	0	313	26	18	25	29	1.98
23168224--23168398	63	2.8	63	78	5	176	23	18	26	32	1.97
23175873--23175984	19	5.8	19	88	9	165	36	16	10	36	1.83
23175873--23175984	36	2.9	37	88	9	154	36	16	10	36	1.83
23175887--23175995	36	2.9	35	78	20	114	35	15	11	37	1.83
23180643--23180911	136	2.0	137	96	0	504	31	24	18	24	1.97
23182687--23182821	26	5.2	26	92	1	227	36	25	5	33	1.78
23182687--23182821	51	2.6	52	95	2	245	36	25	5	33	1.78
23186588--23186855	135	2.0	137	96	1	504	31	25	18	25	1.97
23188634--23188768	26	5.2	26	92	1	227	36	25	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23188634--23188768	51	2.6	52	95	2	245	36	25	5	33	1.78
23189815--23189841	13	2.1	13	100	0	54	22	29	33	14	1.94
23192268--23192316	25	2.0	25	88	8	73	32	0	2	65	1.04
23209523--23209553	14	2.2	14	100	0	62	12	19	6	61	1.53
23216466--23216518	21	2.5	22	81	6	65	32	5	1	60	1.31
23216575--23216629	18	3.1	17	82	12	58	36	3	1	58	1.26
23217218--23217272	17	3.2	18	84	7	78	30	12	9	47	1.73
23228886--23229303	75	5.7	74	87	3	580	29	17	22	30	1.96
23228886--23229303	148	2.9	147	85	5	560	29	17	22	30	1.96
23229246--23229494	88	2.8	87	79	5	252	28	16	19	34	1.94
23229599--23229652	21	2.6	21	81	0	63	29	12	31	25	1.93
23231209--23231251	12	3.7	11	87	3	50	30	9	0	60	1.28
23231373--23231426	3	18.0	3	79	7	56	31	3	1	62	1.23
23231484--23231537	18	3.1	17	82	12	56	35	3	1	59	1.26
23232128--23232182	17	3.2	18	84	7	78	30	12	9	47	1.73
23236214--23236652	217	2.0	220	95	2	794	28	8	5	57	1.51
23236803--23236835	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
23236871--23236947	26	2.9	26	66	9	66	23	5	9	62	1.45
23236916--23236969	22	2.6	21	78	16	58	25	1	7	64	1.30
23237294--23237343	24	2.1	24	92	0	82	22	20	12	46	1.83
23238959--23239060	39	2.6	39	78	4	107	53	3	5	36	1.43
23240427--23240488	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23240388--23240545	87	1.8	84	91	4	262	38	22	12	27	1.89
23240457--23240578	57	2.2	55	88	5	174	41	18	12	27	1.86
23240818--23241007	72	2.6	72	85	5	267	35	24	14	26	1.93
23240938--23241243	116	2.6	116	94	1	517	37	23	14	25	1.92
23240959--23241156	53	3.5	53	70	19	168	37	22	14	25	1.92
23254700--23254735	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
23254696--23254727	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
23256694--23256724	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
23257256--23257280	8	3.1	8	100	0	50	12	12	52	24	1.72
23257288--23257349	22	2.9	21	73	7	70	4	0	37	58	1.20
23265626--23265682	28	2.1	27	87	9	80	49	0	0	50	1.00
23265577--23265662	18	4.2	20	65	16	52	47	2	0	50	1.14
23266413--23266444	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
23269277--23269319	22	1.9	23	86	13	63	32	0	2	65	1.06
23271444--23271536	31	3.2	27	75	10	69	46	1	3	49	1.25
23274721--23274745	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23277621--23277689	10	7.8	10	68	28	50	33	0	1	65	1.02
23277651--23277689	17	2.3	17	86	8	53	33	0	0	66	0.92
23277624--23277706	24	3.4	24	85	12	107	32	0	1	66	1.00
23283795--23283889	45	2.1	45	98	0	181	29	8	9	52	1.63
23283795--23283905	45	2.4	44	89	4	132	30	8	9	52	1.62
23290897--23290934	5	7.4	5	88	5	58	15	2	0	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23293352--23293424	36	2.0	36	100	0	146	28	10	35	24	1.90
23301288--23301445	17	9.1	17	68	23	73	46	12	12	28	1.77
23301337--23301445	18	6.5	17	69	18	59	47	12	11	27	1.77
23301338--23301450	48	2.2	49	83	10	131	46	15	12	25	1.80
23301464--23301497	17	1.9	18	88	5	52	55	11	11	20	1.67
23302866--23303001	30	4.5	30	80	3	166	44	2	22	29	1.67
23305818--23305842	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23306864--23306973	26	4.2	26	90	6	170	35	4	23	36	1.76
23308579--23308691	27	4.2	27	81	3	120	16	23	23	36	1.94
23308577--23308691	54	2.1	54	85	3	151	16	23	23	36	1.94
23315227--23315265	20	2.0	20	95	5	71	58	0	10	30	1.31
23316537--23316591	22	2.4	22	81	6	56	56	1	3	38	1.28
23322977--23323419	243	1.8	243	87	3	660	41	11	18	29	1.85
23324234--23324267	16	2.2	16	89	5	52	32	2	2	61	1.26
23326928--23327005	38	2.1	38	100	0	156	48	10	10	30	1.70
23331815--23331854	16	2.5	17	84	12	57	20	7	2	70	1.24
23333804--23333847	1	44.0	1	83	0	52	2	4	2	90	0.58
23333804--23333846	17	2.6	16	82	7	59	2	4	2	90	0.59
23333815--23333854	18	2.2	18	86	0	53	10	2	2	85	0.80
23333973--23334203	118	2.0	118	92	0	390	28	31	17	22	1.97
23334837--23334926	41	2.1	43	85	4	121	18	11	35	34	1.87
23335013--23335082	6	10.8	6	77	22	63	80	0	2	17	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23335014--23335086	23	3.1	23	77	18	80	79	0	4	16	0.88
23335015--23335082	26	2.6	25	78	21	77	79	0	2	17	0.86
23335021--23335075	20	2.8	19	89	10	85	80	0	3	16	0.86
23335948--23335977	15	2.0	15	100	0	60	40	33	13	13	1.83
23341870--23341948	26	3.0	26	98	0	149	29	11	25	34	1.91
23343787--23343822	11	3.3	11	84	0	54	41	0	13	44	1.44
23347153--23347189	18	2.1	18	100	0	74	32	27	10	29	1.90
23355057--23355124	34	2.0	34	91	5	111	50	14	7	27	1.70
23356670--23356927	132	2.0	132	83	0	327	36	20	17	25	1.94
23358429--23358483	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
23358663--23358701	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
23358800--23358883	3	27.3	3	95	4	134	67	0	0	32	0.91
23360399--23361043	74	8.7	74	86	3	789	31	20	15	32	1.94
23360399--23361043	223	2.9	222	85	3	834	31	20	15	32	1.94
23373530--23373584	22	2.5	24	80	11	64	52	3	0	43	1.18
23373763--23373979	3	69.0	3	74	14	122	60	5	3	30	1.36
23375575--23375606	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
23378213--23378309	28	3.5	28	90	4	144	20	7	25	46	1.76
23378930--23378991	27	2.3	27	88	0	97	25	14	17	41	1.88
23378947--23379097	54	2.8	54	85	2	151	29	9	20	41	1.83
23378945--23379097	81	1.9	81	85	5	211	30	9	20	40	1.83
23378974--23379097	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23379081--23379151	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
23378974--23379097	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
23378971--23379124	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
23380528--23380576	25	2.0	25	100	0	98	18	4	44	32	1.68
23380768--23381157	137	2.8	137	92	0	618	26	17	20	34	1.95
23380902--23381385	229	2.1	228	91	1	772	27	17	21	33	1.96
23381031--23381249	92	2.4	92	92	1	359	26	18	21	32	1.97
23381123--23381432	136	2.3	136	87	3	460	26	18	20	34	1.96
23381525--23381645	45	2.7	45	78	13	133	19	25	20	34	1.96
23383166--23383223	28	2.1	28	84	12	77	60	1	0	37	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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