genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr05 97880472 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  97880472

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26509625--26509663	18	2.2	18	86	4	53	61	0	2	35	1.10
26514667--26514823	38	4.0	38	80	5	136	23	21	23	31	1.98
26530485--26530983	253	2.0	252	88	2	743	34	25	11	29	1.90
26531526--26531556	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
26531752--26531776	13	1.9	13	100	0	50	92	0	8	0	0.40
26533546--26533596	13	4.0	13	75	12	52	37	0	3	58	1.16
26538597--26538628	16	2.0	16	93	0	55	78	0	6	15	0.95
26543101--26543132	4	8.2	4	93	6	57	71	0	28	0	0.86
26544658--26544682	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
26544713--26544829	47	2.5	47	90	2	173	16	21	23	39	1.92
26544723--26544870	47	3.0	52	83	8	159	16	22	25	35	1.94
26544940--26545142	18	11.3	18	77	10	173	34	11	15	37	1.85
26544940--26545235	18	16.1	18	74	9	168	34	12	15	37	1.85
26549866--26549984	40	3.0	40	85	4	143	33	17	10	38	1.83
26551090--26551159	32	2.1	32	82	12	79	50	1	1	47	1.19
26553981--26554061	42	1.9	42	92	0	135	29	17	18	34	1.94
26554945--26555027	23	3.6	23	70	3	69	42	18	19	20	1.90
26555670--26555696	12	2.2	12	100	0	54	14	33	0	51	1.43
26559976--26560159	94	2.0	94	94	0	323	35	15	19	29	1.93
26567961--26567986	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26569310--26569424	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
26569310--26569443	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26571356--26571385	13	2.4	12	94	5	51	86	0	0	13	0.57
26571356--26571385	6	4.8	6	92	8	51	86	0	0	13	0.57
26575273--26575328	20	2.8	20	81	10	71	67	1	1	28	1.10
26575753--26575786	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
26583006--26583151	74	2.0	74	98	0	283	34	15	17	31	1.92
26590776--26590833	31	1.9	29	86	6	80	36	1	10	51	1.46
26590976--26591048	30	2.4	31	88	8	107	56	2	4	36	1.33
26591000--26591076	31	2.6	29	83	6	82	58	5	2	33	1.34
26592211--26592256	3	15.3	3	95	0	83	32	2	0	65	1.05
26604619--26604668	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
26604639--26604697	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
26605384--26605408	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
26618606--26618646	20	2.0	20	100	0	82	41	0	9	48	1.36
26620088--26620131	19	2.3	19	84	11	54	22	2	2	72	1.07
26625410--26625547	70	2.0	71	94	1	242	34	18	14	31	1.91
26625964--26626006	19	2.3	18	84	11	52	58	11	0	30	1.34
26626004--26626107	24	4.2	24	75	4	91	55	0	10	32	1.40
26626187--26626258	15	5.0	14	72	12	56	61	1	9	27	1.36
26640869--26640947	25	3.2	25	94	0	131	34	17	29	18	1.95
26640869--26640972	50	2.1	50	85	0	136	34	17	27	20	1.95
26643390--26643422	13	2.5	13	95	0	57	27	36	9	27	1.87
26646902--26646969	34	2.0	34	100	0	136	26	20	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26659470--26659562	41	2.3	41	86	0	123	36	1	11	50	1.46
26659470--26659577	41	2.6	41	82	0	99	36	2	12	49	1.55
26661345--26661443	52	2.0	49	80	13	112	55	2	9	33	1.43
26662328--26662365	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
26664256--26664430	46	3.7	46	90	7	287	36	13	25	25	1.93
26664398--26664463	33	2.0	33	93	0	114	39	12	21	27	1.88
26664352--26664509	79	2.0	79	91	0	253	38	13	23	24	1.91
26664317--26664555	125	1.9	125	88	1	363	39	13	23	23	1.90
26664433--26664572	46	3.0	46	84	2	174	41	12	22	22	1.88
26665198--26665232	15	2.4	14	86	9	52	65	0	8	25	1.21
26666255--26666279	9	2.8	9	100	0	50	36	0	0	64	0.94
26668109--26668140	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
26669443--26669481	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
26669977--26670016	19	2.2	18	86	13	55	47	0	22	30	1.52
26673252--26673303	27	1.9	27	84	0	68	76	1	11	9	1.09
26673257--26673312	14	4.0	14	77	15	53	75	1	12	10	1.14
26673869--26673977	53	2.1	53	91	0	173	22	21	16	39	1.92
26682570--26682662	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
26682684--26682723	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
26687289--26687381	43	2.2	44	92	3	154	51	13	6	27	1.66
26687403--26687442	19	2.2	18	86	13	55	42	15	2	40	1.60
26690399--26690473	39	1.9	39	88	0	114	18	9	18	53	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26690895--26690933	20	2.0	20	89	0	60	48	0	0	51	1.00
26690870--26690930	21	2.8	22	72	18	56	55	1	0	42	1.09
26692070--26692127	30	1.9	30	86	6	82	37	5	8	48	1.56
26693031--26693060	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26695554--26695633	29	2.8	29	92	0	124	55	8	11	25	1.64
26695684--26695741	15	3.6	15	70	17	53	44	1	1	51	1.21
26698054--26698079	9	2.9	9	100	0	52	88	0	0	11	0.52
26698567--26698604	14	2.8	14	88	4	60	39	0	10	50	1.37
26699495--26699528	15	2.2	16	89	5	52	70	14	0	14	1.17
26701350--26701409	31	1.9	31	86	6	86	56	0	1	41	1.09
26705558--26705593	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
26706227--26706312	35	2.5	34	76	14	79	65	0	9	25	1.22
26706766--26706804	16	2.3	16	86	8	51	46	0	53	0	1.00
26708325--26708377	18	2.9	18	75	5	54	69	3	0	26	1.05
26730790--26730855	32	2.1	32	97	0	123	28	12	10	48	1.74
26730893--26731067	86	2.0	86	94	0	305	20	24	13	41	1.88
26738173--26738229	27	2.1	27	83	0	69	40	12	5	42	1.65
26748915--26748951	14	2.6	14	91	0	56	18	5	10	64	1.43
26748967--26748999	17	1.9	17	88	11	50	27	0	3	69	1.03
26748980--26749038	30	2.0	30	89	0	91	28	5	11	54	1.58
26750726--26750773	11	4.4	11	86	0	69	18	2	8	70	1.22
26750733--26750785	22	2.4	22	90	3	79	22	0	9	67	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26754294--26754328	18	1.9	18	88	0	52	42	0	14	42	1.45
26759432--26759481	21	2.4	21	76	3	57	44	2	4	50	1.32
26759486--26759539	20	2.7	21	80	13	69	38	0	7	53	1.29
26759680--26759724	23	2.0	23	82	8	56	35	17	13	33	1.89
26761293--26761336	20	2.1	21	84	12	56	29	0	4	65	1.12
26761287--26761337	20	2.5	20	76	20	52	29	1	3	64	1.22
26761868--26761896	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
26762399--26762452	28	2.0	27	85	3	72	24	11	5	59	1.53
26762562--26762600	20	2.0	20	85	10	53	58	0	7	33	1.26
26764460--26764492	17	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
26765683--26765720	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
26765957--26766030	19	3.9	18	70	12	51	51	2	0	45	1.15
26765931--26766000	19	3.5	20	71	11	54	52	5	1	40	1.34
26773555--26773595	20	2.0	20	100	0	82	24	19	9	46	1.80
26773949--26773983	17	2.1	17	89	10	54	57	2	0	40	1.14
26782013--26782038	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26786526--26786591	33	2.0	33	100	0	132	42	12	27	18	1.85
26794437--26794505	31	2.2	32	80	10	81	42	18	8	30	1.81
26798860--26798893	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
26806816--26806846	2	15.5	2	93	0	53	54	0	45	0	0.99
26807481--26807559	41	2.0	39	85	9	108	55	13	16	13	1.69
26814226--26814286	31	2.0	31	84	12	81	34	11	9	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26814533--26814583	25	2.0	25	96	0	93	45	13	7	33	1.73
26829367--26829402	17	2.1	17	89	0	54	50	0	11	38	1.38
26830929--26830967	2	19.5	2	89	0	60	46	2	0	51	1.14
26833329--26833353	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
26834875--26834918	22	2.0	21	83	12	54	43	0	15	40	1.47
26837179--26837208	14	2.1	14	100	0	60	43	6	30	20	1.77
26837448--26837554	56	2.0	53	85	12	148	43	15	11	28	1.81
26857861--26858217	46	7.7	46	92	0	527	40	14	23	21	1.89
26860122--26860150	14	2.1	14	100	0	58	20	0	6	72	1.07
26860421--26860505	44	1.9	44	97	0	161	47	11	17	23	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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